第1話『ガンメタル・キャリコロード』
両親を殺した“武器”を憎みながらも、武器商人ココの私兵部隊に加わることとなった元少年兵のヨナ。ココはある国の軍と武器の取り引きをしていたが、それを防ごうとする勢力に襲撃される。入隊のテストということでココに同行していたヨナはそのピンチを乗り切ろうと応戦するが…。
第2話『PULSAR』
依頼人の元へ向かうココたち。商品を届けて帰るだけの任務のはずが、赴いた先はパイプライン利権を奪い合う戦闘地域と化していた。出くわした商売敵の武器商人カリーから旨みのない兵器追加発注の契約を無理やり押しつけられ、不利な状況に追いやられてしまう。ココは契約を反故にして戦闘地域からの脱出を試みるが…。
第3話『ムジカ・エクス・マキーナ phase.1』
中東ドバイに滞在していたココたちは、つかの間の休暇を楽しんでいた。しかし、一方でココの命を狙う2人組の殺し屋“オーケストラ”もドバイに到着していた。油断していたココに突然襲撃をしかけ、白昼の街中で銃撃戦を繰りひろげるオーケストラは、駆けつけたバルメ、ヨナたちと壮絶な死闘を展開する…。
第4話『ムジカ・エクス・マキーナ phase.2』
ショッピング中、オーケストラの“師匠”と“チナツ”による襲撃を受けたココ。分散していたレームたちと合流するも、大火力で見境なしに銃撃され、防戦一方の状態に…。そして、激しい銃撃戦の後、その現場へ地元警察を引き連れ、1人の男が現れる…。
第5話『Vein』
ソマリア沖を航行中、追加の荷を洋上で受け取ることになったココ。しかし、それを運んできたのはココの兄、キャスパーだった。ココたちはヨナと、彼の過去に深く関わるキャスパーを、対面させないよう試みるも、運悪く2人は遭遇してしまう。殺意をむき出しに襲い掛かるヨナに対してキャスパーは…。
第6話『African Golden Butterflies phase.1』
海路で移動中のココたちは途中、海賊に襲われつつも南アフリカを目指す。一方で香港の貿易会社、大星海公司の陳国明もまたある目的から南アフリカを目指していた。そんな2人の動きを察知したスケアクロウが付け狙う中、到着したココは目的である、ドクター・マイアミこと天田南博士に会おうとするが…。
第7話『African Golden Butterflies phase.2』
天田南博士を追って雪山地帯へ入ったヨナたち。陳の部下カレン・ロウの使う戦闘術に、かつての戦いで自身の部隊を全滅させた者の面影を垣間見たバルメはその者の正体を聞き出すべく戦いを挑む。一方、街に残るココは陳との会合に臨み、博士を巡って対峙することになる…。
第8話『モンド・グロッソ』
無人航空機導入を図るB国に、売り込みを行うココ。しかし売り込み先にいたのは元女優の兵器ブローカー、アマーリア・トロホブスキー。以降、ココの行く先々に根回しをして動きを封じてくる。八方ふさがりに陥ったココに逆転の手立てはあるのか…？
第9話『Dragon Shooter phase.1』
商品を空輸することになったココたち。しかし今回は商品のほかにNGOの医師団も合わせて輸送しなければならなくなってしまう。彼らを積んでいることを隠しながらＴ共和国に入国と取引を済ませるが、民兵組織である「バルカン・ドラゴン」のリーダー、バルドラの乱入により、一気に窮地に立たされてしまう…。
第10話『Dragon Shooter phase.2』
T共和国空港でバルドラの部隊をしりぞけるも、連れてきた医師長のリビエールを攫われてしまうココたち。この場を脱出し彼を救出する次の一手を思案するが、いずれにしても激しい反撃が予想され決め手に欠ける。しかしマオの放った一言が部隊脱出の鍵となる…。
第11話『滅びの丘 phase.1』
ココが話していても上の空のバルメ。かつて自分の部隊を全滅させた敵の手掛かりをつかんだ今、バルメはココ部隊を離れ、復讐のために1人敵地へ向かうことを決意していた。一方その頃、3人組の殺し屋が、ココ部隊全員の殺害計画を練っていた…。
第12話（最終回）『滅びの丘 phase.2』
バルメとヨナの欠けた状態で殺し屋の襲撃を受けるココたち。不意を突かれて、かつてない危機的状況に陥ってしまう。一方、同伴していたヨナをも出し抜き、単身敵地に乗り込むバルメ。敵兵を倒しながら進んでいるようにみえたが、敵の作戦により狙撃ポイントへ狩り出されてしまう…。