第1話『NO NOISE NO LIFE / 持続可能戦争』
2045年の米国。よう兵となった少佐率いる部隊は新人のスタンを迎え、GATED TOWNの襲撃を企む無法者の掃討作戦を開始。トグサは、思わぬ連絡を受ける。
第2話『AT YOUR OWN RISK / 壁が隔てるもの』
レイディストは”親切な金持ち”と呼ばれるパトロンから提供されたAIドローンを使い、少佐たちを攻撃。トグサは、総理大臣が要望する任務を引き受ける。
第3話『MAVERICK / 作戦行動中行方不明』
ダークウェブに入り、かつての仲間たちの行方を追うトグサ。少佐たちは謎の組織に拘束されるも仕事を持ち掛けられ、大きな策謀に巻き込まれてゆく。
第4話『SACRIFICIAL PAWN / 分界よりの使者』
消えた仲間たちとジョン・スミスについて調べるトグサは、危険を覚悟で次なる一手を打つ。GHOST(ゴースト)の面々は、任務の本当の意図に疑問を抱く。
第5話『PATRICK HUGE / 神からの贈り物』
大至急で少佐たちのもとへ向かう荒巻。GHOSTは任務を開始するが、パトリック・ヒュージ邸の厳重な警備と予想外の事態を前に作戦変更を強いられる。
第6話『DISCLOSURE / 量子化された福音』
ついに再会を果たした元公安9課のメンバーたち。少佐たちは、人類にとって新たな脅威である”ポスト・ヒューマン”の驚くべき実態について知らされる。
第7話『PIE IN THE SKY / はじめての銀行強盗』
6年ぶりに日本へ戻ったバトーは、仲間と合流を果たす前に束の間の休息を楽しむことに。だが、バトーは、素人丸出しの銀行強盗に巻き込まれてしまう。
第8話『ASSEMBLE / トグサの死によってもたらされる事象』
ポスト・ヒューマンに関する新生公安9課の任務を巡り、意見を衝突させる少佐とスミス。少佐は、総理官邸内の内通者を洗い出すようトグサに命じる。
第9話『IDENTITY THEFT / 一人きりの闘争』
日本に潜伏するポスト・ヒューマンの1人が、不正を働く政治家や役人を撲殺。公安9課は身柄の確保を急ぐが、総理の義父が新たな標的となってしまう。
第10話『NET PEOPLE / 炎上に至る理由』
公安9課は、ポスト・ヒューマンのハッカーが人々を扇動したと思しきネットリンチ事件を調査。すると、ある少年の存在が捜査線上に浮かび上がる。
第11話『EDGELORD / 14歳革命』
プリンは、ポスト・ヒューマンの中学生、シマムラ・タカシが作ったプログラム”シンクポル”の解析に協力。少佐とトグサは、タカシの手掛かりを探す。
第12話（最終回）『NOSTALGIA / すべてがNになる。』
トグサは、シマムラ・タカシの実家から押収したデータの解析中に異変に襲われ、意識を失う。目を覚ましたトグサは、バトーと捜査に向かうのだが…。