第1話（シルヴァラント編）
ここは滅びの道を歩む世界。永きにわたる衰退の末、神託が下る。「神子」に選ばれた少女の名はコレット。世界を救う唯一の方法―――天使となるため、救いの塔を目指す旅の任が与えられた。旅の出発前夜、幼なじみの少年ロイドは自分の想いを告白する。コレットは、ただ微笑むのであった…。そして陽は昇り、出発の朝を迎える。
第2話（シルヴァラント編）
世界は、徐々にそして着実に滅びつつある。ディザイアンの手により朽ち果てた村を目の当たりにし、世界再生の決意を再確認するコレット。しかし、旅の試練はコレットの身体に変化を生んでいった。―――天使の痛み。そして、ロイド達の困惑を他所に、コレットを狙う謎の刺客。その裏にはもう一人の「神子」の存在が見え隠れしていた。果たして、世界再生の真意とは……。
第3話（シルヴァラント編）
天使疾患は、コレットの人間性を侵していく。ロイドは苦悩しながらも、世界再生の旅を続けてゆくしかなかった。目指すは、最後の封印……。その旅の途中、ディザイアン五聖刃のひとり・クヴァルの統べるアスカードベースに潜入した一行。そこでは、輝石エクスフィアの培養実験が行われていた。クヴァルと対峙したロイドは、母の形見であるエクスフィアにまつわる、衝撃の真相を知らされる……。
第4話（シルヴァラント編 最終回）
世界再生の旅は、終着地点・救いの塔へと臨む。既に感覚の殆どを失ったコレットは、最後に残された「心」と「記憶」を捧げる決意をする。天使に生まれ変わることはすなわち、人としての死を意味していた。非情ともいえるこの世界の法則――衰退世界シルヴァラントは、神子の死を以って救われる…。世界再生という大儀と、コレットへの想いの間で選択を迫られるロイド達。そんな中、地下組織レネゲードを名乗る男・ユアンが現れ、神子の天使化を阻止するという……。
第1話（テセアラ編）
シルヴァラントとテセアラ―――2つの世界の法則とはどちらかが栄える一方、もう片方が荒むというものだった。まるで天秤のように、衰退と繁栄の均衡が保たれた世界。そして、神子による世界再生の旅が成就することで、その傾きは逆転する。テセアラからの暗殺者・しいなに導かれ、コレットの天使疾患の治療法を求めて彼の地へと降り立ったロイドたち。世界を旅することを許された一行だったが、監視役として、テセアラの神子が同行することとなる。テセアラの神子・ゼロスとの出会いは、新たな運命の歯車を廻しはじめる―――
第2話（テセアラ編）
鉱山でロイドたちを待ち受けたのは、クルシスの最高指導者・ユグドラシルだった。女神・マーテル復活の礎として、コレットを手中に収めようとするユグドラシル。その絶対的な力の前に、ロイドたちは為す術なく一蹴されてしまう。一方、ゼロスと再び相対する囚人服の男・リーガル。彼の犯した罪とは何なのか、そして、ゼロスを付け狙う目的とは…。プレセアの心がエクスフィアから開放された時、リーガルの背負う罪の真相が明らかにされてゆく――
第3話（テセアラ編）
コレット捜索の協力を得るため故郷のミズホへ戻ったしいな。しかし、彼女を待っていたのはレネゲードのリーダー・ユアンだった。ユアンによるとコレットは“飛竜の巣”に捕らわれているという。神子の完全天使化を阻止しようとするレネゲードは、“飛竜の巣”への突入を試みようとしていた。そのために必要な、雷の神殿に眠る精霊・ヴォルトとの契約をしいなに依頼するのだが…。かつてしいなはヴォルトとの契約に失敗し、その際に多くの仲間が犠牲になっていたのだった―――
第4話（テセアラ編 最終回）
コレット救出のため、ユアンらレネゲードと共に“飛竜の巣”へ突入したロイドたち。そこでロイドはかつての仲間・クラトスと対峙する。自分たちを裏切ったクラトスに怒りの眼差しを向け、剣を構えるロイド。そのとき、ユアンの刃が捉えたのは、なんとロイドだった。｢息子の命が惜しいと思うなら我々に従え｣ユアンの冷たい視線は、クラトスを見据えていた……。
第1話（世界統合編）
遥か昔、1つの理想を掲げて進む者たちがいた。誰も差別されることのない、全ての者が同じように暮らせる世界を―――そして現在、1つの希望を掲げて進む者たちがいた。誰も犠牲になることのない、全ての者が同じように暮らせる世界を―――シルヴァラントとテセアラ、2つの世界の統合には精霊オリジンの封印を解く必要があった。そんな中、封印の在処を捜索するロイドたちのもとに一人の少年が現れる。彼の名は、古代大戦の勇者と同じ“ミトス”と言った。
第2話（世界統合編）
マーテル復活を目論むユグドラシル。その永年の願いが成就されようとしていた。ゼロスの裏切りにより、ウィルガイアへと連れ去られてしまったコレット。このままではコレットは、マーテルの魂を迎える器となってしまう…！ロイドたちはユグドラシルの計画を止めるべく、救いの塔の最上階を目指す！！一方クラトスは、オリジンの封印へと赴く。精霊の王・オリジンとユグドラシルの契約を破棄しない限りユグドラシルを倒すことはできないのだ。しかし、オリジンの封印を解く代償として、クラトスは命を捧げなければならなかった…。―――世界再生の旅は、遂に最終局面を迎える。
第3話（世界統合編 最終回）
かつて人間からもエルフからも疎まれ、その姉弟は居場所を追われた。そして姉は凶刃に倒れ、残された弟は決意した。差別のない世界を―――。しかし、ユグドラシルの描いた千年王国は全ての種族を無機生命体に変え、差別のない世界を作るというものだった…。果たしてロイドたちはユグドラシルの歪んだ理想を止めることができるのか？そして、居場所を求めるミトスの心を救うことはできるのか？