第1話『我が輩がケロロ軍曹 であります／ケロロ 大地に立つ であります』
「ケロロ 大地に立つ であります」ケロン星から地球侵略に来たケロロ。潜入した日向家で冬樹、夏美に見つかり地球侵略は早くも失敗！ケロロの運命は!?「我が輩がケロロ軍曹 であります」日向家に正式配属（居候）することになったケロロに、秋から専用部屋が与えられる。喜ぶケロロだが…。
第2話『桃華＆タママ 出撃！ であります／桃華＆タママ 日向家上陸 であります』
「桃華＆タママ 出撃！ であります」人は誰でも秘密を抱えている。西澤桃華も秘密を抱える少女であった。冬樹が見たその秘密とは？「桃華＆タママ 日向家上陸 であります」日向家にて『宇宙人特別対策作戦会議』を開くことになった。桃華とタママは招待されるが、作戦会議はすんなり進まず…。
第3話『ケロロ 危険臨界点突破 であります／ケロロ 極秘任務開始 であります』
「ケロロ 危険臨界点突破 であります」ストレスが溜まり過ぎたケロロは、臨界点突破状態？冬樹とタママはケロロを救うべく様々なアイデアを出すが…。「ケロロ 極秘任務開始 であります」最近のケロロの行動に疑問を感じる夏美は、『地球安全保障会議』と称してケロロの1日を観察する。
第4話『ギロロ 宇宙で最も危険な男 であります／ケロロ 雨時々危険な男 であります』
「ギロロ 宇宙で最も危険な男 であります」突然爆発した日向家のテレビからケロロの部下・ギロロ伍長が登場、地球侵略を開始するが…。「ケロロ 雨時々危険な男 であります」ギロロは地球の生活に馴染んだケロロを元に戻すため、加湿器で部屋の湿度をケロン星と同じにするが…。
第5話『ケロロ おもちゃを愛する男達の歌 であります（前編）／ケロロ おもちゃを愛する男達の歌 であります（後編）』
「ケロロ おもちゃを愛する男達の歌 であります 前後編」家事手伝いに精を出し、ママから『おこづかい』の支給を受けたケロロ。早速ケロロは大好きなガンプラを買いにおもちゃ屋へ向かうが、ガンプラは買えなかった。冬樹と再度おもちゃ屋に行ったケロロは、おもちゃ屋は今月で閉店するという話を聞いて…。
第6話『桃華 ラブラブ南海大作戦 であります／桃華 ひゅ～どろ南海大作戦 であります』
「桃華 ラブラブ南海大作戦 であります」桃華は南の海へ冬樹を誘うが、日向家の面々もついて来てしまう。冬樹の気を引くため、色々な作戦を実行する桃華だが…。「桃華 ひゅ～どろ南海大作戦 であります」南の海で楽しむ日向家とケロロたち。夕暮れ時バーベキューを始めたケロロたちは…。
第7話『モア はじめての地球破壊 であります／タママVSモア 結果はタママの負け であります』
「モア はじめての地球破壊 であります」ある予言書の一遍『1999年の7の月。天から恐怖の大王が降ってくる』ある日、日向家の裏庭に女子高生が降ってきて…。「タママVSモア 結果はタママの負けであります」日向家でケロロとくつろぐアンゴル・モア。それを見ていたタママは…。
第8話『ケロロ 侵略作戦絶好調！ であります／ケロロ 間違いだらけの基地作り であります』
「ケロロ 侵略作戦絶好調！ であります」本来の目的『地球侵略作戦』を思い出したケロロ。作戦を実行に移すため、秘密基地作りを始める。「ケロロ 間違いだらけの基地作り であります」地下秘密基地で、ケロロたちは侵入者撃退の作戦を考える。次々と倒されてゆく隊員たちだが…。
第9話『夏美 恋の行く手に来るクルル であります／日向秋 ダイナマイトな女 であります』
「夏美 恋の行く手に来るクルル であります」今までの失敗から、作戦計画の要であるクルル曹長を思い出したケロロたちは、クルルを探し始める。「日向秋 ダイナマイトな女 であります」クルルの発明した『人生二度あればガン』で子供に戻ってしまった秋。青春を満喫しようとする秋は…。
第10話『決戦！第三大臼歯 であります』
「決戦！ 第三大臼歯 であります 前後編」居間でお菓子を食べていたケロロの歯が、突然痛み出す。もちろん虫歯が痛んでいるのだが、その虫歯は実はケロン人の歯に寄生した宇宙人であった！それらを排除するため、ケロロの口の中に入り戦いを始めるが、その戦いの行方は…。
第11話『ケロロ小隊 テレビに出演せよ！ であります』
「ケロロ小隊 テレビに出演せよ！ であります 前後編」宇宙の星々を旅して回る人情感動番組で大人気の2人組タレントが、番組収録で日向家に突如現れる。ケロロ小隊の面々はスタッフにおもてなしを始め、収録が進むうちに強引に温泉で混浴を収録することに。秋も帰宅し、基地にある地下温泉で収録が始まるが…。
第12話『すもも アイドルは宇宙をこえて であります／ギロロ 戦場のちいさな天使 であります』
「すもも アイドルは宇宙をこえて であります」朝、冬樹はベットで眠る宇宙人に驚く。その子は宇宙で人気のアイドルスターだった。「ギロロ 戦場のちいさな天使 であります」基地に現れたギロロは、いつも身に付けているベルトを無くしたことに気付く。懸命にベルトを探すギロロだが…。
第13話『ドロロ 忘れられた戦士 であります／ドロロ＆小雪 友情は美しき哉 であります』
「ドロロ 忘れられた戦士 であります」地球に潜伏中の宇宙人たちが次々と襲われるという事件が発生。その犯人はケロロ小隊のドロロ兵長であった!!「ドロロ＆小雪 友情は美しき哉 であります」一旦は姿を現すも絶縁を宣言するドロロ兵長。しかしケロン人の天敵とも言うべきバイパーに捕まってしまい…。
第14話『五人集結！ たぶん史上最大の作戦 であります』
「五人集結！ たぶん史上最大の作戦 であります 前後編」ケロロはドロロが気に入る地球侵略作戦を色々考えて、ドロロに伝えに行く。しかし、ドロロは逆に地球の平和を考えていたのだった…。
第15話『桃華 裏桃華 降臨 であります／裏桃華 裏切りの裏側 であります』
「桃華 裏桃華 降臨 であります」タママは弱気な桃華の根性を鍛えようとする。しかし、特訓中に桃華は裏桃華と分裂してしまう。「裏桃華 裏切りの裏側 であります」分裂してしまった裏桃華と桃華を元に戻すため、ドロロの提案で心と体を同調させるべく、地下秘密基地でシンクロを始めて…。
第16話『モア 裏モア 降臨！？ であります／モア モアモア大パニック であります』
「モア 裏モア 降臨!? であります」繁華街の路地裏で、女子高生がケンカをしていた。ドロロやサブローが見かけたその女子高生は…。「モア モアモア大パニック であります」モアにそっくりな女子高生の麻美は、モアが選んだ地球人時のモデルだった。しかし、麻美は以前と変わっていて…。
第17話『ケロロVS夏美 水中大決戦！ であります／冬樹 ようこそホラーワールドへ であります』
「ケロロVS夏美 水中大決戦！ であります」スクール水着を発見したケロロ。その性能を調査するため、ケロロたちは夏美の学校のプールに潜入する。「冬樹 ようこそホラーワールドへ であります」TVの怪談を見たケロロたち。地球人と宇宙人の怪談話を対決させるべく、怪談大会を始めて…。
第18話『夏美 爆笑！オトナの海岸物語 であります』
「夏美 爆笑！オトナの海岸物語 であります 前後編」ケロロたちは海に行きたがるが、子供と宇宙人だけでは行かせられないと秋に止められる。その時クルルが現れ、発明品を使って夏美を大人にする。一行は早速海に出かけるが…。
第19話『ケロロVS夏美 おまつり頂上決戦！ であります／ケロロ あなたのお耳に侵略ラジオ であります』
「ケロロVS夏美 おまつり頂上決戦！ であります」新たな地球侵略作戦を縁日の屋台で展開するケロロたちを見つけた夏美だが、その非道な商売ぶりに怒り…。「ケロロ あなたのお耳に侵略ラジオ であります」623のラジオの力を目の辺りにしたケロロは、ラジオを地球侵略計画に使おうとする。
第20話『冬樹 ミーツ・ア・ガ～ル であります／冬樹 ノントルマの使者 であります』
「冬樹 ミーツ・ア・ガ～ル であります」地球表面の殆どが海に覆われていることを知ったケロロ。『まずは海を侵略しちゃおう作戦』を実行するが…。「冬樹 ノントルマの使者 であります」海を調べる冬樹とともに潜水艦で海に乗り込んだケロロたちは、海中で暮らす生命体に出会う。
第21話『ケロロ 侵略も省エネでね であります／ケロロ 田舎にむけて突撃せよ！ であります』
「ケロロ 侵略も省エネでね であります」夏の暑い最中、町全体が停電となった。暑さで苦しむ夏美の前に小雪が現れて…。「ケロロ 田舎にむけて突撃せよ！ であります」秋の実家に帰省する夏美たちにこっそり付いて来たケロロたち。夏美は、おとなしくしているようケロロたちに命令するが…。
第22話『タママ 今日からボクが隊長ですぅ であります』
「タママ 今日からボクが隊長ですぅ であります 前後編」マンネリ気味の地球侵略作戦にケロロ以外のメンバーが不満を募らせている矢先、ケロン軍本部から届いた1通の通達により、タママ二等兵が隊長になることになった!? 果たしてその指揮官ぶりはいかに…。
第23話『パニック！日向家の最も騒がしい一日 であります』
「パニック！日向家の最も騒がしい一日 であります 前後編」ケロボールに『カンタン修復機能』があるのを夢で思い出したケロロ。壊れてしまったガンプラを修復しようと、冬樹の部屋にあるケロボールをこっそり使用するが、ケロボールは実は以前から故障しており…。
第24話『ケロロ 正義と貧乏の宇宙探偵 であります／556 特撮就職最前線 であります』
「ケロロ 正義と貧乏の宇宙探偵 であります」スーパーで買い物をしていた夏美。そこで宇宙探偵556と名乗る不思議な宇宙人に出会い…。「556 特撮就職最前線 であります」地球で暮らすことになった556は仕事を探すが、中々見つからず悪戦苦闘する。それを知ったケロロたちは…。
第25話『桃華、愛と青春と波乱の逃亡 であります』
「桃華、愛と青春と波乱の逃亡 であります 前後編」オカルト研究会の野外活動（廃墟の病院探索）のため、父である西澤梅雄との約束をすっぽかした桃華は、父の精鋭部隊に狙われてしまう。ポールとタママにより、間一髪で精鋭部隊から逃れた桃華は、ケロロ小隊に護衛をしてもらう事になったが…。
第26話『ケロロ 一致団結！ 運動会を侵略せよ であります』
「ケロロ 一致団結！ 運動会を侵略せよ であります 前後編」来週の運動会にヘコむ運動音痴の冬樹とは対照的に、夏美は秋との2人3脚に出場するのを楽しみにしていた。しかし、仕事の都合で秋は運動会に出られなくなりそうになる。落ち込む夏美を見ていたケロロは、何とかして秋を連れてこようとするが…。
第27話『ケロロ 父キタル父カエル であります／ケロロ 温泉GO！GO！GO！ であります』
「ケロロ 父キタル父カエル であります」ケロロにハガキが届いた。そこには、ケロロの父親が出張ついでにケロロの様子を見に来るとあったが、それを見たケロロは…。「ケロロ 温泉GO！GO！GO！ であります」地下にある秘密基地に天然温泉をひくため集められたケロロ小隊の面々は…。
第28話『ケロロ 雪合戦サバイバル であります／クルル クックックのクッ であります』
「ケロロ 雪合戦サバイバル であります」侵略作戦で都市に雪を積もらせたケロロ小隊。あまりの寒さにヘコたれたケロロは、雪上訓練を始めようとする。「クルル クックックのクッ であります」ケロロ小隊不人気ナンバーワンのクルルは、ケロロ小隊に変わって様々な陰湿な嫌がらせを始めるが…。
第29話『夏美＆小雪 舞台にかける青春 であります／ケロロ スクープはNG であります』
「夏美＆小雪 舞台にかける青春 であります」夏美は学校で突然、小雪とお芝居をする事になる。苦手な芝居に戸惑う夏美は…。「ケロロ スクープはNG であります」すっかり地球の生活に馴染んでいたケロロ。しかし、冬樹の通う学校の新聞部に正体をスクープされそうになって…。
第30話『タママ ケロン星から来た少年 であります／桃華 めざせナイスバディ であります』
「タママ ケロン星から来た少年 であります」西澤家の庭園に未確認飛行物体が落下した。中にいたのは、タママの後輩・タルルで…。「桃華 めざせナイスバディ であります」西澤家のコンピューターは、桃華がオトナになれば冬樹と親密になると分析した。それを知った桃華は…。
第31話『ケロロ 帰りたい帰れない… であります』
「ケロロ 帰りたい帰れない… であります 前後編」宇宙インターネットの個人オークションで小型ソーサを手に入れたケロロ。大喜びしたケロロは、夏美が止めるもの聞かず、早速外に出て乗り回しに行く。しかし、途中でソーサが壊れ、ケロロは迷子になってしまう。果たしてケロロは無事日向家に帰れるのか…。
第32話『ケロロ 動物隊員大集合 であります／ギロロ ネコは言いたい であります』
「ケロロ 動物隊員大集合 であります」動物を兵士に変える光線銃で動物をケロロ小隊にスカウトしようとするケロロだが…。「ギロロ ネコは言いたい であります」手作りのお守りを夏美に渡そうとするギロロだが、うまくいかない。以前ギロロに助けられたネコはそれを見て…。
第33話『ケロロ小隊 アニメでペコポン侵略 であります』
「ケロロ小隊 アニメで地球侵略 であります」ケロロの好きなマンガがアニメ化されたのをきっかけに、アニメを利用した地球侵略を考えたケロロ小隊の面々。早速自分たちが主人公のアニメを制作しようとするがうまくいかず、アニメの制作会社の作業を見に出かけるのだが…。
第34話『桃華VS小雪 温泉争奪バトル であります／ケロロ＆冬樹 まったり行こっ であります』
「桃華VS小雪 温泉争奪バトル であります」商店街の福引で温泉チケットを当てた冬樹。それは桃華が仕組んだことで…。「ケロロ＆冬樹 まったり行こっ であります」冬樹はふと気に留まった遊歩道を通る最中に偶然ケロロに出会う。二人は遊歩道を通って散歩をすることになり…。
第35話『極秘！ 夏美のお誕生日大作戦 であります』
「極秘！ 夏美のお誕生日大作戦 であります」夏美の誕生日が近づいている事を知ったケロロ軍曹は小隊の面々と夏美の誕生日パーティーをする事に。夏美をビックリさせるため内緒で準備を始めるケロロ小隊の面々であったが冬樹は何故か乗り気ではなかった。その訳とは…。
第36話『ケロロ 死闘！軍曹VS冬将軍 であります／冬樹 そ～なんですよ西澤さん であります』
「ケロロ 死闘！軍曹VS冬将軍 であります」ボーナスを貰ったケロロ軍曹はガンプラを買うため冬樹とプラモ屋に行こうとするが…。「冬樹 そ～なんですよ西澤さん であります」桃華はケロロ小隊の雪中訓練を手伝う名目で冬樹たちを西澤家専用スキー場に誘う。彼女の目的とは…。
第37話『ドロロ きたれ忍者教室へ であります／ケロロ の恐竜 であります』
「ドロロ きたれ忍者教室へ であります」ケロロ小隊はドロロを使って忍者教室を開くが、全く人は集まらない。仕方がないのでまずはケロロたちが訓練を受けるが…。「ケロロ の恐竜 であります」地下からの騒音が気になる夏美と冬樹は、様子を見にケロロ小隊の基地を覗きに行くが…。
第38話『ギロロ 愛の機動歩兵 であります／ギロロVS夏美 めぐりあい…も であります』
「ギロロ 愛の機動歩兵 であります」宇宙TVからギロロをビックリカメラで騙そうと依頼を受けたケロロたちは、いろいろなドッキリを仕掛けるが…。「ギロロ めぐりあい…も であります」クルルの発明した変身チョーカーが外れない夏美は、それを付けたまま学校に登校するが…。
第39話『ケロロ クリスマス大作戦 であります／ケロロ 仕事納めの大掃除 であります』
「ケロロ クリスマス大作戦 であります」ケロロはクリスマスに浮かれる地球人の隙をついて侵略する作戦を立てた。しかし小隊の面々は次々と作戦から抜けていき…。「ケロロ 仕事納めの大掃除 であります」年末の大掃除に張り切るケロロ。しかし、日向家の面々は間違った掃除を始めて…。
第40話『モア ていうか 謹賀新年？ であります／ケロロ おせちもいいけど宿題もね であります』
「モア ていうか 謹賀新年？ であります」ケロロ特製のお雑煮を薦められるが誰も食べようとしない小隊の面々。それを見たモアは無理矢理食べ始めるが…。「ケロロ おせちもいいけど宿題もね であります」本部からの宿題を何もしていないケロロ。慌てて取り組むケロロだったが…。
第41話『ケロロ すごろく攻略戦 であります／ドロロ もーれつに熱血せよ であります』
「ケロロ すごろく攻略戦 であります」夏美と口論になったケロロは、決着をクルルが作った双六でつけることにするが…。「ドロロ もーれつに熱血せよ であります」ドロロは556の存在感の強さを見て関心する。早速556のその存在感の秘密をドロロは教えてもらうのだが…。
第42話『ケロロ 赤き血のケロロ小隊 であります／タママ 友情の嫉妬シュート！ であります』
「ケロロ 赤き血のケロロ小隊 であります」テレビでサッカーを見ていたケロロは、熱狂のあまり小隊を集めて世界を目指そうと練習を始めるが…。「タママ 友情の嫉妬シュート！ であります」タママはある日、公園で一人でサッカーの練習をしていた少年に会い、サッカーを教えるのだが…。
第43話『ギロロ 泣けない赤鬼 であります／ギロロ 飛び出せ節分！ であります』
「ギロロ 泣けない赤鬼 であります」ペコポンの童話に感動したケロロは、夏美にとりいる作戦「青鬼さん作戦！」を開始するがそんなにうまくいくはずもなく…。「ギロロ 飛び出せ節分！ であります」節分を夏美から教わったケロロは夏美を鬼に変身させ、日頃の恨みを晴らそうと企むが…。
第44話『ケロロVS冬樹 スポーツで激闘 であります／クルルVS秋 侵略ロボで爆闘 であります』
「ケロロVS冬樹 スポーツで激闘 であります」クルルの調査でケロン人と地球人の運動能力の比較データを取ることになる。夏美が名乗りを上げるが…。「クルルVS秋 侵略ロボで爆闘 であります」ケロロと冬樹が対決する一方で、クルルは秋に開発した侵略ロボの試運転を依頼していて…。
第45話『ケロロ 愛のいきなり団子 であります／夏美＆桃華 V作戦発動！ であります』
「ケロロ 愛のいきなり団子 であります」バレンタインチョコの代わりに「ケロロ印のいきなり団子」を売り一儲けする作戦に出た小隊だが…。「夏美＆桃華 V作戦発動！ であります」バレンタインに気合いが入る桃華と夏美は、冬樹とサブロー先輩にそれぞれチョコを渡そうとするが…。
第46話『ケロロ あなた忘れられていませんか？ であります』
「ケロロ あなた忘れられていませんか？ であります」日向家でなぜか怪現象が頻繁におきるようになる。夏美はケロロたちの仕業かと思うが、同じような恐怖をケロロ達も感じていて…。
第47話『夏美 ひなまつりを守れ！ であります／ケロロ アフロでみゃおん であります！』
「夏美 ひなまつりを守れ！ であります」夏美と小雪にひな祭りを教えてもらったケロロは地味な祭りを盛り上げようとするが…。「ケロロ アフロでみゃおん であります！」ダンス☆マンの歌を気に入った夏美は、コンサートに行きたがる。それを聞いたケロロとクルルはチケットを売りつけて…。
第48話『ケロロ小隊 春のうららの大作戦 であります／冬樹 ダメダメハザード救出作戦 であります』
「ケロロ小隊 春のうららの大作戦 であります」春の陽気でダラけた冬樹を見たケロロは、そのダラけたエネルギーを利用しようと企む。「冬樹 ダメダメハザード救出作戦 であります」ダメエネルギーが漏れたおかげで町はダラけきっていた。冬樹とドロロは漏れたダメエネルギーを止めようとするが…。
第49話『クルル 宇宙でうまくやる方法 であります／桃華 Wデイ頂上作戦 であります』
「クルル 宇宙でうまくやる方法 であります」クルルは、普段の行いとは違う事をして夏美と冬樹に褒められていた。それを見ていたケロロも早速マネをするが…。「桃華 Wデイ頂上作戦 であります」冬樹からバレンタインのお返しを貰った桃華は、冬樹から告白をされるように色々シュミレーションして…。
第50話『夏美 高熱の地球戦士 であります／ギロロ 俺がやらねば誰がやる であります』
「夏美 高熱の地球戦士 であります」ギロロは自分の荷物を整理中に、1枚のディスクに映った過去の自分を見て、侵略作戦を思い出すのだが…。「ギロロ 俺がやらねば誰がやる であります」具合の悪くなった夏美を助けようと、ギロロはあやしい宇宙商人から薬を買おうとするが…。
第51話『ケロロ小隊撤退！ さらばペコポンよ であります』
「ケロロ小隊撤退！ さらばペコポンよ であります」 突然、上官からペコポン撤退命令を下されるケロロ小隊。猶予はたったの24時間。未だ地球侵略を成し遂げていないケロロ軍曹は、「ペコポン侵略マニュアル」を片手に、隊長の心得を一から学びなおすが…
第52話『ケロロ 再び大地に立つ であります/タママ 黒いタママ であります』
｢ケロロ 再び大地に立つ であります｣ケロロ小隊の面々が去り、日向家はしばしの休息が訪れていたが、再びアイツが帰ってきた!｢タママ 黒いタママ であります｣日向家を制圧するかに見えたケロロだが、結局いつも通りこき使われるはめになる。だが、タママ二等兵が第二の作戦を進行していた。
第53話『ケロロ お宝侵略大作戦 であります/アンゴル・モア 花見でモアモア～ であります』
｢ケロロ お宝侵略大作戦 であります｣TVで巨石建築物を見たケロロは、古代の宇宙人が地球侵略の為に作ったと思い、調査に出かける。｢アンゴル・モア 花見でモアモア～ であります｣地球人がお花見でストレスを発散し、驚異的な経済成長を遂げる原動力にしていると分析したケロロは…。
第54話『冬樹 名探偵は僕? であります/ドロロ 復活の戦士 であります』
｢冬樹 名探偵は僕? であります｣冬樹は探し物が得意だと聞いたケロロは、探偵になり一儲けしようと、宇宙探偵の556を助手にするため部屋を訪ねる。ところが556は密室で倒れていた!｢ドロロ 復活の戦士 であります｣秋の実家の田植えを手伝いに来たケロロたちは、鬼の噂を聞き…。
第55話『ギロロ よみがえったソルジャー であります/冬樹 およげこいのぼり! であります』
｢ギロロ よみがえったソルジャー であります｣地球侵略を始めたギロロは、すぐに育つ植物を使って日本中をジャングルにしようとして…。｢冬樹 およげこいのぼり! であります｣おばあちゃんから冬樹にこいのぼりと鎧飾りが届く。ケロロは早速飾ろうとするが、冬樹は年齢を理由に嫌がり…。
第56話『夏美&小雪 テニスのプリンセス であります/ケロロ 侵略日和のさつき晴れ であります』
｢夏美&小雪 テニスのプリンセス であります｣小雪から決闘を言い渡された夏美。テニスで決着をつけることになり、夏美はケロロの特訓を受けるが…。｢ケロロ 侵略日和のさつき晴れ であります｣日向家にツバメが巣を作った。みんなに大事にされるツバメに嫉妬したケロロは…。
第57話『ドロロ 逆襲するは我にあり であります/巨大カエル対南海の大怪獣 であります』
｢ドロロ 逆襲するは我にあり であります｣バイパーの兄は弟の復讐をするため、様々なワナでケロロ小隊を捕らえていく。残されたドロロは…。｢巨大カエル対南海の大怪獣 であります｣バイパーとの戦いで巨大化したケロロは、元に戻るまで西澤家の別荘のある島にいることになり…。
第58話『ケロロ 自販機で侵略せよ であります/タママ 覚醒!新必殺技 であります』
｢ケロロ 自販機で侵略せよ であります｣ケロロはそこら中にある自販機に目をつけ、色々なジュースを自販機で売り始めるのだが…。｢タママ 覚醒!新必殺技 であります｣タママはポールに戦いを挑むが、必殺技をあっさりかわされ、負けてしまう。そこで、タママは新しい必殺技を開発するが…。
第59話『ケロロ 育てよ城! であります/ケロロ の､動く城! であります』
｢ケロロ 育てよ城! であります｣ケロロは、クルルが作った道具ナノラを使って、自分で作ったお城のプラモデルを兵器として育てたのだが…。｢ケロロ の、動く城! であります｣お城に逃げられたケロロ軍曹は、移動するお城を捕捉する。だが、その進路にはガンプラ工場があって…。
第60話『ケロロ ケロケロマシン猛レース であります/モア 眠り姫てゆーか安眠希望? であります』
｢ケロロ ケロケロマシン猛レース であります｣クルルの発明品で小さくなった夏美は、ケロロ軍曹が作ったレース場で勝負を挑まれるのだが…。｢モア 眠り姫てゆーか安眠希望? であります｣忙しいケロロにかまってもらえないモアは居眠りをしてしまう。時々寝ぼけて起きるモアだが…。
第61話『冬樹 謎の転校少女にナニが起こったか? であります/夏美&サブロー 戻れないフ・タ・リ であります』
｢冬樹 謎の転校少女にナニが起こったか? であります｣冬樹のクラスにオカルト好きの転校生、木下黎がやってきた。彼女は冬樹と意気投合するが…。｢夏美&サブロー 戻れないフ・タ・リ であります｣実体化ペンの修理で日向家を訪れたサブロー。修理中、基地内部を夏美と見学していたのだが…。
第62話『桃華&夏美&モア 怪盗モアピーチサマー であります/ケロロ 必勝!水中大決戦 であります』
｢桃華&夏美&モア 怪盗モアピーチサマー であります｣冬樹は桃華の父に、新たにオープンする西澤美術館に飾る予定の絵が狙われているので守って欲しいと依頼を受けるが…。｢ケロロ 必勝!水中大決戦 であります｣学校から帰ってきた冬樹と夏美は、家の中が水で一杯になっているのに驚き…。
第63話『ケロロ 教師ゲロゲロ物語! であります/ケロロ 再会､父よ であります』
｢ケロロ 教師ゲロゲロ物語! であります｣軍へのレポート提出を忘れたケロロは、手早く調査するため教師として学校に現れるが…。｢ケロロ 再会、父よ であります｣ケロロの父がケロロにお見合い話を持ってきた。ケロロは結婚に関するあるしきたりを嫌がり、断ろうとするが…。
第64話『ケロロ 吸うなら吸え! ウソやっぱやめて であります/ドロロ トラウマからの脱出 であります』
｢ケロロ 吸うなら吸え! ウソやっぱやめて であります｣長雨で湿度が上がり絶好調のケロロは、水分を吸い取るニョロロで洗濯物を乾かすが…。｢ドロロ トラウマからの脱出 であります｣トラウマスイッチが入ったドロロは症状が悪化していた。原因を探ろうとするケロロたちは…。
第65話『ケロロ ペコポンにほえろ! であります/タママ ケロン星からの訪問者 であります』
｢ケロロ ペコポンにほえろ! であります｣偶然宇宙警察の無線を傍受したケロロたちは、凶悪犯がペコポンに向かっていると知って…。｢タママ ケロン星からの訪問者 であります｣突然空から宇宙船が落下してきた。中からは、小隊への配属命令を受けたというケロン人・カララが現れる。
第66話『ギロロ 愛の救出大作戦 であります/夏美&小雪 ドッキドッキ初デート であります』
｢ギロロ 愛の救出大作戦 であります｣夏美と冬樹は、突然現れたイベント星人に拘束されてしまう。ギロロたちは夏美たちを救出しようとするが…。｢夏美&小雪 ドッキドッキ初デート であります｣ギロロは夏美からデートに行くと聞き夏美の後を付けるが、デートの相手は小雪で…。
第67話『冬樹&桃華 ひみつのミステリーデート であります/ケロロ なあ､ゲームを作ろうじゃないか であります』
｢冬樹&桃華 ひみつのミステリーデート であります｣廃校で怪奇現象が起こるという噂を聞いた冬樹と桃華。調査をすべくその学校に向かうが…。｢ケロロ なあ、ゲームを作ろうじゃないか であります｣テレビゲームに夢中の夏美を見たケロロは、自分たちでゲームを作り予算を増やそうとするが…。
第68話『ケロロ 大改造!リフォームは劇的に であります/ドロロ いざまいる!宿命の対決 であります』
｢ケロロ 大改造!リフォームは劇的に であります｣家のリフォーム番組を見た夏美と冬樹は、秋に家のリフォームをお願いするが却下されてしまう。｢ドロロ いざまいる!宿命の対決 であります｣利口な犬が町にやってきた。その犬に興味をもったケロロは、犬を捕まえようと企むが…。
第69話『夏美と冬樹 の神隠し であります/ケロロ 恒例!真夏のお笑いバトル であります』
｢夏美と冬樹 の神隠し であります｣車で家に帰ろうとしていた日向家の三人は、道に迷い、ケロロ達が経営する宇宙人専門の健康ランドにたどり着く。｢ケロロ 恒例!真夏のお笑いバトル であります｣ある日、ケロロ宛に手紙が届く。それは以前出場した『水着漫才コンテスト』の案内で…。
第70話『ケロン人VSペコポン人ついに全面対決か!? であります/小雪 ドッキドッキ初おむすび であります』
｢ケロン人VSペコポン人ついに全面対決か!? であります｣超リアル侵略体感ステージで訓練をするケロロたち。だが、そこに思わぬ強敵が現れて…。｢小雪 ドッキドッキ初おむすび であります｣ピクニックで夏美とお弁当交換をすると約束した小雪。だが夏美のかわいいお弁当を見た小雪は…。
第71話『極悪!迷惑!宇宙宿題忘れ王伝説 であります』
｢極悪!迷惑!宇宙宿題忘れ王伝説 であります｣ケロン軍本部から送られてきた侵略ノルマ提出指令書を見て、提出を忘れていたケロロ軍曹は慌てていた。期限に遅れた場合、小隊は強制退去となるためケロロは色々な策を考えるのだが…。
第72話『ケロロ 鉄人シェフの挑戦状 であります/タママ 最強戦士の挑戦状ですぅ であります』
｢ケロロ 鉄人シェフの挑戦状 であります｣宇宙一の料理名人、ミネミネとゴモゴモ。彼らは宇宙いきなり団子選手権優勝者のケロロの噂を聞きつけ…。｢タママ 最強戦士の挑戦状ですぅ であります｣何故か日向家に眼光するどいヘラクレスカブトがやってくる。彼の目的はタママと戦うことで…。
第73話『冬樹 198X僕たちの夏休み であります』
｢冬樹 198X僕たちの夏休み であります｣ケロロ小隊と冬樹は、人生が二度あれば銃に落雷が落ちたショックで、昭和の時代へとタイムスリップしてしまう。ケロロと冬樹は昭和の時代の町へ見物に出かけるのだが…。
第74話『あっと驚く～特別企画 ゲロゲロ30分 であります』
｢あっと驚く～特別企画 ゲロゲロ30分 であります｣夏休みも終わり相変わらずガンプラ作りにいそしむケロロだが、今回のケロロ軍曹は特別バージョン! 30分間にショートストーリーをどんどん発表! さてケロロ軍曹の活躍はいかに…。
第75話『桃華 覚醒!三番目の桃華 であります』
｢桃華 覚醒!三番目の桃華 であります｣桃華の父、梅雄は冬樹が愛娘の婿にふさわしいかどうかテストすることになる。是が非でもテストをクリアさせたい桃華は、ケロロ小隊の面々に協力をお願いするのだが…。
第76話『ケロロ小隊 私を月へ連れてって であります』
｢ケロロ小隊 私を月へ連れてって であります｣ケロロが月にリゾート開発をして、ひともうけを企んでいるのを察知した夏美と冬樹はケロロを問いつめる。だがケロロは小隊の慰安旅行だと言ってごまかそうとするのだが…。
第77話『タママ 結婚するって本当ですか であります/タママ 封印タママインパクト であります』
｢タママ 結婚するって本当ですか であります｣タママのところにタルルとカララが現れる。カララはタママのお嫁さんになるために来たと言うが…。｢タママ 封印タママインパクト であります｣タママはカララ父の宇宙船にタママインパクトが効かなかったため、飛び道具技を封印するのだが…。
第78話『ケロロ 宝さがしはやっぱ宝島だよね であります』
｢ケロロ 宝さがしはやっぱ宝島だよね であります｣突然宇宙刑事のポヨンが現れケロロを逮捕しようと日向家にやってくる。どうやらケロロ軍曹が宇宙アイドルのすももになりすまして指輪を盗んだというのだが、その指輪には秘密が…。
第79話『冬樹 運動会はあきらめない であります/ギロロ 猫は知っている であります』
｢冬樹 運動会はあきらめない であります｣冬樹は運動会のリレーの選手になってしまい、特訓を始めるが…。｢ギロロ 猫は知っている であります｣ギロロは猫に呼びかけられて驚いた拍子に大切な夏美の写真を手放し、無くしてしまう。猫は責任を感じて、写真の代わりを探そうとするのだが…。
第80話『ケロロ いや～家出ってホント寂しいもんですね であります』
｢ケロロ いや～家出ってホント寂しいもんですね であります｣いつものように夏美とケロロはケンカを始める。エキサイトしたケロロは、日向家から秘密基地を移動する決意をするのだが…。
第81話『ギロロ 真っ赤なド根性の日々 であります/戦え小雪! 大切な人を守るために であります』
｢ギロロ 真っ赤なド根性の日々 であります｣実験の失敗で、ギロロは夏美の右腕にくっついてしまう。大事な試合がある夏美は、ギロロをつけたまま学校に行くが…。｢戦え小雪! 大切な人を守るために であります｣修行中の小雪は、突然何者かの攻撃を受ける。それは宇宙忍者・機動幻惑種族の仕業で…。
第82話『623 僕のラジオにでない? であります/ケロロVS夏美 1/6のガチンコバトル であります』
｢623 僕のラジオにでない? であります｣623のラジオ番組で、一日アシスタントのオーディションがあると知った夏美は…。｢ケロロVS夏美 1/6のガチンコバトル であります｣夏美は当番をサボったケロロからガンプラを取り上げた。自分の1/6スケールのプラモデルで夏美を攻撃するケロロだが…。
第83話『ケロロ 温泉混浴露天風呂殺人事件 湯煙にさすらう宇宙一不幸な兄妹の魂…ほか一本を収録』
｢ケロロ 温泉混浴露天風呂殺人事件 湯煙にさすらう宇宙一不幸な兄妹の魂 兄が作ったカラーボックス温泉 いざ入ろうとすれば片足しか入んなくて、ショックで足を滑らせた兄が気絶するとき、湯の花に妹の涙が舞い落ちる であります｣｢クルル とことん嫌なヤツ であります｣
第84話『桃華 ちょっと宇宙でランチでも であります/ケロロ 松茸を狩れ! であります』
｢桃華 ちょっと宇宙でランチでも であります｣冬樹にお弁当を食べてもらいたい桃華は、冬樹が彗星を見たがっているのを聞き、自家用スペースシャトルで宇宙に誘い…。｢ケロロ 松茸を狩れ! であります｣松茸が高価だと知ったケロロは、松茸を売って活動資金にしようと松茸狩り作戦を決行するのだが…。
第85話『ケロロ ガシャッとまわせばいれかわり であります/夏美 魔法少女になれたら… であります』
｢ケロロ ガシャッとまわせばいれかわり であります｣クルルの発明で、夏美はケロロと姿を入れ替えられてしまう。だが入れ替わった二人は様々な出来事に巻込まれ…。｢夏美 魔法少女になれたら… であります｣ケロロが宇宙廃品回収に出した不要品から、冬樹たちはおもちゃの魔法のステッキを見つけて…。
第86話『冬樹&夏美 悪魔のすむ日向家 であります/ケロロ なれ!スーパーヒーローに であります』
｢冬樹&夏美 悪魔のすむ日向家 であります｣憑依型敵性宇宙人・アクリョーン星人が日向家に取りついてしまった。冬樹たちは家からの脱出を試みるが…。｢ケロロ なれ!スーパーヒーローに であります｣イベンタ星人から全宇宙向けの新番組の制作を頼まれたケロロは、さっそく番組を作り始めるのだが…。
第87話『ケロロ 祝え!ハッピーバースデイ であります/モア 不思議の国のモア であります』
｢ケロロ 祝え!ハッピーバースデイ であります｣誕生日が近くなったケロロは、皆に祝ってもらおうと、さりげなくアピールするのだが…。｢モア 不思議の国のモア であります｣モアはケロロに頼まれてガンプラを買いに街に出掛ける。だが、そこで出会った黒いウサギにガンプラを持っていかれてしまい…。
第88話『ダソヌ☆マソ ペコポンはもらった! ブッチャ毛ほしくもないけどね であります』
｢ダソヌ☆マソ ペコポンはもらった! ブッチャ毛ほしくもないけどね であります｣ある冬の日、夏美と冬樹は空から突然降ってきたダソヌ☆マソのチケットを間違って切ってしまう。早速、冬樹達の目の前にダソヌ☆マソが現れるのだが…。
第89話『ギロロ 七つの顔の男だぜ であります/冬樹 盛り上がれ!オカルト大会 であります』
｢ギロロ 七つの顔の男だぜ であります｣ クルルの発明のせいで、ギロロは七人の性格のギロロに分裂してしまう。なんとか元に戻ろうとするギロロだが…。｢冬樹 盛り上がれ!オカルト大会 であります｣オカルトクラブの廃部の危機を救うため、桃華は冬樹とオカルト大会に出場して実績を作ろうとして…。
第90話『ケロロ メリークリスマスが言えなくて であります』
｢ケロロ メリークリスマスが言えなくて であります｣ クリスマスの日、ケロン軍本部から侵略経過を審査する調査団の派遣の連絡を受けたケロロ軍曹は色々な作戦を考えるのだが…。
第91話『ケロロ 新年・新生ケロロ誕生 であります/小雪 おばあちゃんがやって来た であります』
｢ケロロ 新年・新生ケロロ誕生 であります｣新年の抱負も適当なケロロを見かねたギロロは、クルルの発明品でケロロを真面目にしようとするのだが…。｢小雪 おばあちゃんがやって来た であります｣小雪を交えておせちを食べていた夏美たち。そこへ突然、秋奈おばあちゃんがやって来て…。
第92話『ケロロ小隊 大空から愛をこめて であります/桃華対モア 激突はねつきバトル であります』
｢ケロロ小隊 大空から愛をこめて であります｣凧が昔軍事的要素を持っていたと知ったケロロは、小隊員自らが凧になり、上空で侵略会議をしようと思い付くが…。｢桃華対モア 激突はねつきバトル であります｣おみくじで｢ラッキーアイテムははねつき｣と出た桃華は、早速はねつき大会を開催するのだが…。
第93話『夏美 侵入!秘密基地 であります/日向秋 たぶん宇宙最強の女 であります』
｢夏美 侵入!秘密基地 であります｣秘密基地の非常呼集訓練を実施。ケロロは、623の色紙でおびき寄せた夏美を侵入者に仕立てるが…。｢日向秋 たぶん宇宙最強の女 であります｣非常呼集の訓練時、外部からの不正アクセスにより、秋のパーソナルデータが盗まれた。秋は謎の宇宙人にさらわれてしまい…。
第94話『カララ&タルル ペコポンをもらっちゃおう! であります』
｢カララ&タルル ペコポンをもらっちゃおう! であります｣日向家に突然、タママの後輩のタルルとカララが再びやって来た! カララはクルルに花嫁修業の成果を見てもらおうと訪ねたのだが…。
第95話『夏美 ギロロ散る?決死の救出作戦 であります』
｢夏美 ギロロ散る?決死の救出作戦 であります｣ギロロは突然、謎の宇宙船連れ去られてしまった。なんとか救出しようとするケロロたち。だが、囚われたギロロが居る場所はケロン人の苦手な砂漠地帯だった! 頼りにならないケロロたちに代わり、夏美が救出に向かうのだが…。
第96話『モアピーチサマースノー 決戦バレンタイン であります/ケロロ 世にも不幸な物語 であります』
｢モアピーチサマースノー 決戦バレンタイン であります｣夏美はサブローにチョコを渡すつもりが、そこを通りかかった556に渡してしまい…。｢ケロロ 世にも不幸な物語 であります｣助けた宇宙人に落とし物の返却を頼まれるケロロ。その落とし物｢絶対不幸石｣のせいで、ケロロは災難に見舞われて…。
第97話『桃華 強敵と書いて“とも”と読む であります/ケロロ&冬樹 ふたりで… であります』
｢桃華 強敵と書いて “とも”と読む であります｣新聞部の月神散世はスクープを狙って冬樹を付け回す。一方、桃華も冬樹の写真を撮ろうとするのだが…。｢ケロロ&冬樹 ふたりで… であります｣ケロロと冬樹が屋外でケロン星の遊びを始めると、いつの間にか冬樹のおばあちゃんの家近くまで来ていて…。
第98話『桃華 駆け落ち大作戦 であります/ドロロ&小雪 出会いの記憶 であります』
｢桃華 駆け落ち大作戦 であります｣親衛隊員の吉岡平と駆け落ちをしようとする桃華。しかしそれは、冬樹にある一言を言わせるための作戦で…。｢ドロロ&小雪 出会いの記憶 であります｣ケロロから友達だと思われているのかどうか悩んでいるドロロ。その姿を見て、小雪は自分の幼い頃の暮らしを思い出して…。
第99話『夏美 名犬ナッチー であります/ケロロ わんぱくケロッパー であります』
｢夏美 名犬ナッチー であります｣テレビの子犬にうっとりする夏美。ケロロより子犬の方がいいと言う夏美の言葉を聞いてしまったケロロは、あることを思いつくが…。｢ケロロ わんぱくケロッパー であります｣冬樹から水族館がブームだと聞いたケロロは、自分たちで水族館を作って一儲けしようと企むのだが…。
第100話『ケロロ え?我が輩…誰?みんな…誰? であります』
｢ケロロ え?我が輩…誰?みんな…誰? であります｣上空から突然の電撃が日向家に直撃した。その途端、ケロロ小隊の面々は記憶喪失に。ケロロたちは、色々な試みをして記憶を思い出そうとするのだが…。