第1話『The Black Lagoon』
日本の商社、旭日重工に勤めるしがないサラリーマン、岡島緑郎。取引先にディスクを届ける旅の途中、海賊まがいのダッチ、レヴィ、ベニーに捕らわれ、訳のわからぬうちに誘拐されてしまう。彼らの狙いは、緑郎の持っていたディスク。見知らぬ地に上陸した緑郎は、三人とともにとんでもない襲撃に巻き込まれてしまい…。
第2話『Mangrove Heaven』
襲撃したのは、エクストラオーダー社という「戦争屋」から派遣された傭兵たちだった。岡島緑郎＝ロックは事実隠蔽のために会社から見放されたのだ。なんとか海へ逃げたラグーン号を傭兵たちの乗る戦闘ヘリが追撃する。圧倒的な戦力差に追い詰められるラグーン号。そんな中、ロックは正気とは思えない作戦を口にして…。
第3話『Ring-Ding Ship Chase』
ラグーン号のクルーとなったロック。そして交渉役として一応の仕事をこなしていたある日、ロアナプラの街に構えたオフィスでひと時の休息を楽しんでいたラグーン商会に、横領品受け取りの依頼が舞い込む。だが、依頼はロシアンマフィアの元で仕事を受けるようになった彼らを逆恨みした者が仕掛けた罠だった…。
第4話『Die Ruckkehr des Adlers』
終戦間近のインド洋で連合軍によって撃沈された一隻のUボート。その艦内には『ブリュンヒルデに導かれし十二名の騎士』という絵画が残されていた。ラグーン商会の今回の仕事はその絵画を引き上げること。ダイビングの経験があると口を滑らせたため、回収作業をするハメになったロックはレヴィとサルベージを開始して…。
第5話『Eagle Hunting and Hunting Eagles』
Uボートの艦内に侵入したロックとレヴィ。一方、ラグーン号は突然攻撃してきた船舶の様子をうかがっていた。彼らの目的はラグーン号同様、沈没したUボートの探索らしく、潜水ポッドを降ろし作業に入る。このままでは艦内のロックたちと鉢合わせてしまう。なす術のないダッチたちはチャンスをうかがうことに…。
第6話『Moonlit Hunting Grounds』
不審船から潜入した一団の襲撃を受け、レヴィたちは目的の絵を奪われてしまった。その絵を奪った彼らはナチスの遺産であるその絵を狙う、ネオナチの一団。相手の充実した装備に加え、依頼に提示された異常に高いギャラに不審を抱きながらも、ダッチとレヴィは絵を取り戻すべく、ネオナチの船へ襲撃を試みるが…。
第7話『Calm down,Two men』
潜水艦での一件以来、ロックとレヴィの間は気まずいまま。険悪な雰囲気を漂わせたまま、二人はダッチの使いを黙々とこなす。最後に武器を受け取るべく訪れた教会では、ロックの機転で老獪なシスターを相手にした駆け引きに成功するも状況は変わらなかった。昼食の席で「もう謝らない」と宣言したロックにレヴィは…。
第8話『Rasta Blasta』
武器の受け渡しを終えたラグーン号が受け取った荷物は、白人の少年だった。戸惑うロックに、荷物に余計な感情移入は必要ないと言うダッチ。少年のかわいげのなさにキレたレヴィに代わって見張りをすることになったロックは、激しい反発にさらされながらも、彼が南米十三家族、ラブレス家の次期当主であると確信して…。
第9話『Maid to Kill』
イエローフフラッグに現れたのは、ラブレス家に仕えるハウスメイドであるロベルタだった。自分を囲むコロンビア・カルテルを相手に物怖じもせずに対峙したロベルタは、彼らと大銃撃戦を展開する。ロックたちはこの件から手を引くことを決意、少年をその場に置いて、銃撃戦のただなかから抜け出そうとするが…。
第10話『The Unstoppable Chambermaid』
イエローフラッグから辛くも脱出したラグーン号の面々だが、ロベルタの追撃は続く。夜のロアナプラを舞台に、派手なカーチェイスを繰り広げるロックたち。ついにロベルタに捉えられたロックたちの車は、埠頭に積まれたコンテナの山に突っ込んでしまう。それでも起き上がってくるロベルタに万事休すと思われたその時…。
第11話『Lock’n Load Revolution』
テロリストによって事務所を爆破された香港マフィアの張から、ラグーン商会に緊急の依頼が舞い込む。内容はアメリカに対するテロ計画書の運送。この仕事には慎重を期して、それぞれに目的地が設定された五つのチームが用意されていた。依頼の最中、張の事務所に続き、ラグーン商会も容赦のない襲撃を受けるが…。
第12話（最終回）『Guerrillas in the Jungle』
陽動のため、二手に分かれたラグーン号の面々。レヴィとロックは無事に逃し屋との待ち合わせ場所にたどり着くが、先回りしていたテロリストにロックが捕えられてしまう。逃がし屋に偽装して彼らを待ち受けていたのは、テロリストの中にいたタケナカだった。アジトで尋問を受けるロックにタケナカは自分の過去を語り…。