第1～12話
第13話（第1章）『アムリッツァ』
3000万人を動員し、帝国領への大規模進攻を実行した自由惑星同盟軍だったが、ラインハルト率いる銀河帝国軍の反転攻勢により三個宇宙艦隊が壊滅。ヤン率いる第十三艦隊は、九割の戦力を維持していたものの、各艦隊は深刻な損害を被っていた。しかし、総司令官ロボスは、残る戦力のすべてをアムリッツァ星系へ集結させての決戦を命じ、ラインハルトもアムリッツァ星系に全艦隊を集結。再び、両軍の戦いの火ぶたが切られようとしていた。
第14話（第1章）『皇帝崩御』
銀河帝国皇帝フリードリヒ四世が後継者を指名しないまま、心臓発作で急死した。亡き皇太子の息子で、唯一の直系の嫡子であるエルウィン・ヨーゼフは、まだ5歳。皇帝の娘を娶ったブラウンシュバイク、リッテンハイム両家は、それぞれが自らの娘を女帝の地位に就かせようと画策。皇帝の三人の孫の後見人による帝位継承権争いが静かに始まった。どの派閥にも属していないラインハルトにも、その武力を求めて、ある勢力が近づいてくる。
第15話（第1章）『嵐の前』
自由惑星同盟軍がイゼルローン要塞を攻略した際、捕虜にした銀河帝国軍兵。銀河帝国軍がアムリッツァ星域会戦で捕虜にした自由惑星同盟軍兵。双方200万人ずつの捕虜がイゼルローン要塞で交換されることとなった。同盟側の代表は、イゼルローン要塞司令官のヤン。帝国側の代表は、捕虜交換の提案者ラインハルトの名代であるキルヒアイス。戦場で知略を競ったこともある二人の用兵家は、捕虜交換の式典で初めて相見みえることとなった。
第16話（第1章）『発火点』
幼帝エルウィンの後見人となったラインハルトとリヒテンラーデに対する、ブラウンシュバイク、リッテンハイムを中心とした門閥貴族たちの反感は、募るばかり。そんな中、マリーンドルフ伯爵の一人娘ヒルダは、オーディンの元帥府を訪ねて、ラインハルトとの面会を実現。突然の訪問の意図を訪ねられると、明日にも起きるであろう内戦に際して、マリーンドルフ家はラインハルトの味方になる、と告げるのだった。
第17話（第2章）『ヤン艦隊出動』
自由惑星同盟領の4つの辺境惑星で次々と武力叛乱が発生。統合作戦本部長代行に就任したばかりのドーソン大将は、イゼルローン駐留艦隊を率いるヤンに、すべての叛乱の鎮定を命じた。しかし、ヤン艦隊が出撃するよりも早く、首都ハイネセンでクーデター勃発との報が届く。ヤンは、一連の事態はラインハルトの企てが招いたものだと見抜き、クーデターも予測していたが、その首謀者は思いもよらない人物だった。
第18話（第2章）『流血の宇宙』
帝都オーディンを脱出したリップシュタット貴族連合は、ガイエスブルク要塞を拠点と定め、帝国軍最高司令官ラインハルトの艦隊も、対立する「賊軍」を討つべくオーディンを発った。貴族連合の艦隊総司令官メルカッツは要塞で迎え撃つべきと主張したが、先んじて武勲を立てたいシュターデンとヒルデスハイムの艦隊が出撃。ラインハルトもミッターマイヤーに出撃を命じ、後に「リップシュタット戦役」と称される内乱が幕を開ける。
第19話（第2章）『ドーリア星域の会戦』
救国軍事会議に制圧されたハイネセンを解放するべくイゼルローン要塞を出発したヤン艦隊は、兵站の拠点確保のため、まずは武力叛乱の起きた辺境惑星シャンプールへ向かった。駐留艦隊を持たないシャンプール叛乱軍との戦いは、シェーンコップが率いる陸戦隊の独壇場となり、わずか3日で叛乱軍を鎮圧。市民からも熱烈な歓迎を受けた。そんな中、ハイネセンから脱出してきたという情報部のバグダッシュ中佐がヤンとの面会を求めてくる。
第20話（第2章）『惨劇』
レンテンブルク要塞を陥落させたラインハルトは、リップシュタット貴族連合の拠点、ガイエスブルク要塞に向けて進軍。別働隊を率いるキルヒアイスには、貴族連合の副盟主リッテンハイムの討伐を命じた。リッテンハイムは、盟主ブラウンシュバイクとの立場を逆転するため、キルヒアイスを倒して武勲を立てようと考えたのだ。戦闘が始まると、猛攻を続けるリッテンハイム艦隊に対し、キルヒアイス艦隊は防御に徹していたが……。
第21話（第3章）『誰がための勝利』
ルグランジュをドーリア星域で破ったヤン艦隊は救国軍事会議に支配された首都星ハイネセンへと迫る。救国軍事会議議長グリーンヒルは厳しい状況を理解しながらも、ヤン艦隊はハイネセンの重力圏内へ突入することはできないと考えていた。ハイネセン軌道上には12個の首都星防衛システム［アルテミスの首飾り］が存在するからだ。しかし、ヤンには、［アルテミスの首飾り］を無効化する作戦があった…。
第22話（第3章）『黄金樹は倒れた』
辺境星域の平定を終えたキルヒアイスは、ラインハルトと久々に再会する。彼はラインハルトにヴェスターラントへの核攻撃の計画を事前に知りながら、住民を見殺しにしたという噂の真偽を問いただす。貴族連合との最終決戦を前に、二人の関係にこれまでにない変化が生じようとしていた。一方ガイエスブルク要塞に立て籠るリップシュタット貴族連合軍は、ラインハルト艦隊との最後の決戦に挑むべく全艦をあげて出撃するのであった。
第23話（第3章）『さらば、遠き日』
リップシュタット貴族連合との戦いは決着をむかえ、ガイエスブルク要塞、盟主の間では戦勝式と捕虜の引見が行われていた。これまではラインハルトへの謁見にも銃の携帯を許可されていたキルヒアイスであったが、この日初めて衛兵にそれを止められる。引見を進めていくなか、ラインハルトの前にブラウンシュバイクの腹心アンスバッハが、主君の遺体を納めた棺とともに現れ…。
第24話（第3章）『わが友』
クーデターが終結し解放されたハイネセンで平和式典が開催。クーデター中、地球教の信者に匿われていたトリューニヒト最高評議会議長は、巧みな演説で会場に集まった民衆を熱狂させる。民衆の前で、トリューニヒトとの握手を強いられて不機嫌なヤンは、自らの脳裏に宿ったある考えに戦慄する。そんな中、銀河帝国軍の名将メルカッツがヤンを頼って亡命してきたという驚きの報告が届く。