第1話『誕生』
見覚えのない部屋で目を覚ました009・島村ジョーは、赤い服と黄色いマフラーを身にまとっていた。そこへ敵が現れ、突然銃撃される。だがジョーは傷ひとつ負わず、いとも簡単に敵を倒してしまい、自らの能力に驚く。
第2話『脱出』
ジョーはぼんやりと記憶を蘇らせていく。だが、なぜここにいるのか、なぜこんな力を持っているのかということは不明だった。ジョーたち9人のサイボーグ戦士は、ブラックゴーストの基地から脱出し…。
第3話『閃光の暗殺者』
サイボーグ戦士たちはギルモア博士の友人・コズミ博士のもとに身を寄せた。この場所は安全な場所だと、みんなはリラックスしていた。だが、そんな安らぎの時も束の間、稲妻と共に新たな敵が出現する。
第4話『死闘の果てに』
暗殺者0010の圧倒的な強さにジョーたちは絶体絶命の危機に陥るが、降り出した雨に辛うじて救われる。雨が止めば0010は、必ずやってくる。だが、今は身体と心を癒やす時だった。特にジョーの疲労が激しく…。
第5話『鋼鉄の涙』
004、アルベルト・ハインリヒは亡命の際、恋人を死なせてしまったという過去を引きずっていた。そんな時、新たな暗殺者0011が現れる。その巨大なサイボーグが発した言葉に自らを重ねた004は、攻撃を躊躇してしまう。
第6話『消えた博士を追え！』
コズミ博士が誘拐されたため、ジョー、007、004は手掛かりを頼りに不気味な洋館へとたどり着く。そこで彼らを迎えたのは妖艶なマダムだった。彼女は、主人の帰りを待って、ひとりでこの屋敷で暮らしていた。
第7話『見えない敵を撃て！』
00ナンバーたちは、コズミの行方を探る。ブラックゴーストの存在を警察に訴えても信じてもらえるはずもなく、当て所のない探索が続く。ジョーはあるきっかけで、かつて共に教会で育った仲間のヤスと出会う。
第8話『トモダチ』
死の商人たちに向けた巨大ロボットが突然出現。スカールが、新兵器であるロボットで容赦なく都市破壊をし、アピールするためのものだった。その恐るべき破壊力を目の当たりにし、死の商人たちはどよめく。
第9話『深海の悪魔』
00ナンバーたちは、0013の事件をきっかけに、守勢から攻撃に転じる決意を固めた。コズミ博士の屋敷を後にした彼らは、ドルフィン号を駆り、ブラックゴーストの本拠を求め、放浪の旅へ出るのだが…。
第10話『オーロラ作戦』
ブラックゴーストの輸送機をジャックした00ナンバーたちは、拉致された少女・シンシアと出会う。彼女の父・フィンドル教授は、新兵器MMM-1号を開発。しかし、その完成を頑なに拒んでいたのだった。
第11話『幻影の聖夜』
ドルフィン号はフランスの港に立ち寄った。わずかな時間を利用して、003・フランソワーズは久しぶりに故郷の土を踏む。時が経過しても変わることのないパリの風景は、フランソワーズに過去を思い出させていた。
第12話『なぞの無人島』
偵察機・トルドーで敵基地探索に向かった005、006、007が遭難し、人影のない小島にたどり着く。どうやら無人島のようだが、島の周囲は激流が渦巻き、ドルフィン号の位置さえも探ることが不可能だった。
第13話『倫敦（ロンドン）の霧』
007、グレート・ブリテンは、故郷・ロンドンの街を散策し、1枚の看板を見かける。それはブリテンがかつて役者だった時代に最も得意としていた演目のものだった。懐かしむ彼は、同時に別の苦い記憶を思い出す。
第14話『再会の地で』
008・ピュンマの故郷は西アフリカのムアンバ共和国。高エネルギー鉱石・メタルＸの宝庫として有名だが、その豊かな財産は全て独裁者であるウンババ大統領の手中にあった。独裁に抵抗する反政府ゲリラたちは…。
第15話『さらば友よ』
008は旧友であり、ゲリラのリーダー格・カボレに、ブラックゴーストの真の目的がムアンバに内乱を起こし、将来的にそれを世界大戦の引き金とするつもりではないかと伝える。しかし、彼は008の言葉に耳を貸さない。
第16話『突入』
度重なる計画の失敗に業を煮やしたスカールは、とうとう自ら指揮を執ることを決意。00ナンバーたちに宣戦布告をする。ブラックゴーストの巨大空中母艦・ダイマンタと戦闘機の群は、ドルフィン号に猛攻撃を加える。
第17話『決戦』
ドルフィン号はブラックゴーストの要塞・デーモンズロックに突入。009たちはコントロールルーム占拠し、弾薬庫から爆薬を盗み出し、三方に別れて基地殲滅に出る。00ナンバーたちは、地下動力炉などに潜入し…。
第18話『張々湖飯店奮闘記』
スカールを倒し、安息の日々が訪れる。ジョーや003はギルモア博士邸に身を寄せ、ほかのメンバーもおのおの帰郷した。006・張々湖も中華飯店を開業。しかも、この日に高名な料理評論家・津山マサミが訪れる。
第19話『英雄（ヒーロー）の条件』
ニューヨークのとあるコーヒーショップに、002、ジェット・リンクの姿があった。この店のウエイトレス・キャシーの息子であるジミーはジェットに懐いていた。ある日、キャシーの働くホテルで火災が発生する。
第20話『まぼろしの犬』
子犬とジョーの出会いは秋だった。老人に連れられ、親らしき犬と共に子犬はいた。その老人は路上で犬たちに計算問題を解く芸を披露していたが、ジョーが再び出会った時、そこには子犬だけが残されていた。
第21話『悪の化石』
幻の恐竜・ディノニクスを生け捕りにしてほしい、とゴッドフリート・ロス博士の招きで、009、002、005は、とある渓谷を訪れた。ロボット工学の権威だったロス博士は、ブラックゴーストに加担していた人物で…。
第22話『神々の来襲』
世界各地で大災害が発生。原因を推測するニュースのなかに「神の姿を見た」という目撃談も報道された。00ナンバーも大災害の調査を開始する。すると、戦地へ調査に赴いていた00ナンバーたちの前にも神が現れる。
第23話『そびえ立つ神話』
神と名乗るミュートスたちのいる島にたどり着いたジョーたちだが、003の超視覚能力を持ってしても、内部を窺い知ることは不可能だった。00ナンバーたちが二手に分かれて突入を試みると、あっさり上陸に成功する。
第24話『アルテミス』
アポロンから放たれた光線がジョーを射抜く。その身体は海に深く吸い込まれていった。そんななか、ポセイドンとアトラスがドルフィン号に襲いかかる。その時、突如ドルフィン号が消滅し、001が目を覚ます。
第25話『ミュートス、終章。』
00ナンバーたちは、二手に分かれて、火山島・マグマの地下へと潜入。アキレスの弔い合戦とはやるアポロンたちを引きつけ、その隙を狙って001やギルモアたちがエネルギー炉を破壊しようという作戦なのだが…。
第26話『ギルモアノート』
ギルモアは、蓄積されたデータをもとに、来るべき戦いに備えていた。サイボーグ兵士開発計画への参加、ブラックゴースト基地からの脱出行、暗殺サイボーグたちの襲来、そして、スカールの死、数々の激闘が去来する。
第27話『小さな来訪者』
世界の各地で異変が続発。湖畔で釣りをしていたジョーたちの目前でも眩い閃光が走ったかと思うと、そこには巨大な物体と、尖った耳と灰色の皮膚を持つ子供たちが出現した。彼らは001と交信を行い…。
第28話『闘いの未来（あした）』
侵略者の物体・次元錯卵は、いくら撃退しても次々に出現する。パルたちはジェットの説得で、戦闘への参加を試してみるという。何とか次元錯卵の破壊には成功するが、能力を発揮することはできなかった。
第29話『青いけもの』
世界各地で異変が相次ぎ、事件現場では必ず美しい紺の毛で覆われた豹・青いけものが目撃されていた。一方、005は戦いの焦燥のなか、故郷へと立ち寄ったが、その変貌に愕然。大地は汚れ、河川の水は濁っていた。
第30話『未来都市（コンピュートピア）』
ギルモア博士と009たちは、ドルフィン号に搭載する新ライドメカ・モングランをエッカーマン博士から受け取るために、未来型実験都市・コンピュートピアを訪れた。そこで00ナンバーたちは指紋を登録する。
第31話『怪物島（モンスターアイランド）』
幻のキノコを探しに山に入った006と007は、単独で登山していた青年と出会う。催眠液を持つ毒虫に刺された彼は、ギルモア邸で手当てを受けることになったのだが、この毒虫がロボットであることが判明する。
第32話『機々械々』
帰郷していた004は、ギルモア博士からドイツ郊外で不穏な動きがあると、調査を依頼される。同地に向かった004の前に、威圧感漂う古城が現れる。薄暗い城内に004が踏み込むと背後から、突然マシンガンが発射された。
第33話『結晶時間』
009は身体のメンテナンスを受けて、ギルモア邸で眠っていた。009は調整台の上で目を覚ますと、すぐに周囲の異変に気づく。次に彼が目にしたのは、時が凍りついたかの如く静止しているギルモア博士や003の姿だった。
第34話『ファラオウィルス』
ギルモア博士と003、009は、考古学者・ハーシェルの案内で、エジプトにあるツタンカーメン王の墓にやってきた。ハーシェルは、エジプト政府からの依頼で、細菌によって痛んだミイラの健康診断を行うと言う。
第35話『風の都』
ボリビアのとある遺跡で、バン・アレン卿率いる探検隊が消息を絶った。すると、彼には役者時代の恩があるという007を始めとするメンバーが調査に赴く。発見された探検隊員は謎の言葉を残して息絶えてしまう。
第36話『凍る大地』
6月だというのに、山神洞には氷河が拡がり、しかも、その氷河はこの暑さにも関わらず、溶けるどころか拡大を続けていた。ギルモア博士と共に009たちが調査に向かうと、少年・タダシと、その父・迫と出会う。
第37話『星祭りの夜』
七夕の日、ローカル線の列車に乗り、田舎街を訪れていたジョー。そこで少女・アリスと出会う。彼女は、何者かに追われているから、ジョーにボディガードになってほしいと訴え、さらに突飛なことも言ってきた。
第38話『黒い幽霊団（ブラックゴースト）』
初めて人が宇宙へ旅立った時代。苦悩する若き天才科学者・ギルモアの前にある男が現れる。彼はノーベル医学賞の受賞歴もあるブラウン博士だ。事故死したと伝えられていた彼は、ある組織に身を投じていたのだと言う。
第39話『ミュータント戦士編1 新たなる刺客』
若者が張々湖飯店に駆け込んで来た。超能力を持つ彼は深手を負い、「ブラックゴースト」と言って死ぬ。残された物からジョーたちは手掛かりを求めて、ロシアの彼の地へと飛ぶ。すると、4人の少年少女が現れる。
第40話『ミュータント戦士編2 シンクロワープ――同調跳躍――』
4人のミュータント戦士たちは身体に異変を起こし、退却する。彼らの超能力はその肉体を急激に老化させてしまう。それを抑止するには彼らの母艦内にあるリカバリーシリンダーに身を預けるしかないのだが…。
第41話『ミュータント戦士編3 悪夢の未来』
ニコルが残したペンダントを見たことで意識が同調し、シンクロワープしてしまったジョーとリナ。彼らが飛ばされた時代は、未来の戦場だった。瓦礫の山々の中、わずかながら生き残った人々をマシンが掃討していく。
第42話『ミュータント戦士編4 明日へ…』
未来においても、戦い続いており、そしてブラックゴーストも滅んではいなかった。ショックを受けたジョーは虚無感に襲われながらも、リナと共に逃亡の旅を続ける。一方、ミーはリナを現在に帰還させようとする。
第43話『地下帝国ヨミ編1 異変』
超音波を発する巨大な怪物たちが街を破壊するという事件が世界各地で起きた。各国首脳はそれがどこかの国で造られた侵略兵器なのでは、と疑心暗鬼に陥る。一方ジョーたちは、ある情報を入手した。
第44話『地下帝国ヨミ編2 バン・ボグート』
008が怪物の超音波によって重傷を負った。メンバーたちは彼の命を救うべく、必死でギルモアのもとへ彼を運ぶ。そんななか、1人の少女が004たちに救出される。彼女は記憶がなく、ブラックゴーストに追われていた。
第45話『地下帝国ヨミ編3 さよなら、ドルフィン』
改造型サイボーグマンを率いるボグートの急襲によって、ギルモア邸は大破。そこにヘレンと、瓜ふたつの少女・ビーナが現れる。5人姉妹だという彼女たちの口から、衝撃的な事実が明らかにされる。
第46話『地下帝国ヨミ編4 地底へ！』
ドルフィン号を失った00ナンバーとビーナたちは、地底探査艇モングランで地下帝国・ヨミへとたどり着く。だが、敵に動きを察知されていた。さらに攻撃は激しいものとなり、モングランさえも失ってしまう。
第47話『地下帝国ヨミ編5 魔神、発動』
004とビーナはとらわれの身となり、コロシアムで公開処刑されようとしていた。一方、催眠から目覚めた009とダフネによって助けられたギルモアたちは、神殿を目指していた。また、004が処刑されるという時に…。
第48話『地下帝国ヨミ編6 地上より永遠に』
ボグートは人質・ギルモアの解放と引き替えに、ビーナたち姉妹の身柄を要求。やむを得ず彼女らを引き渡したジョーたちだったが、ボグートは無慈悲な行動に出る。凄惨な光景に、004は悲しみと怒りに打ち震える。
第49話『第一幕 女神の陰謀（はかりごと）』
世界各地で異変が頻発していた頃、島村ジョーは与那国島の沖合にいた。彼は篝矢研究室の助手として、海底ピラミッドに出現したモアイ像の探査を行っていた。これは教授の娘が秘めているという力が教えたもので…。
第50話『第二幕・光の羽音』
神としか形容できない物たちが出現。各地で現出する奇蹟の数々で、世界は争乱の最中にあった。父である篝矢教授を手にかけようとした翡翠・翡巫女の前に、ジョーが立ちはだかる。だが、彼女の力はとてつもなかった。
第51話（最終回）『終幕・宇宙（かみ）の産声』
アメリカ軍の衛星写真は奇妙だった。石垣島の南周辺が全く写っていないのだ。それはあの海底ピラミッドのところだった。その中は、フィールドのようなもので護られ、フランソワーズですら透視ができなかった。