第384話『標的(ターゲット)は毛利小五郎』
ある夜、酔っぱらった小五郎が事務所へ帰る途中、小五郎の頭上へ数本の鉄パイプが落ちてきた。偶然にも直撃をまぬがれた小五郎だったが、事務所へ戻ると携帯電話に「次は失敗しない、今度こそお前を殺す…」というメールが送られてくる。小五郎には全く心当たりがない。その時、蘭が小五郎の携帯と上着が違うことに気づく。
第385話『ストラディバリウスの不協和音 前奏曲』
小五郎はコナンと蘭を連れて音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼を聞く為に設楽家の屋敷を訪れた。この日は調一朗の誕生日。だが、この誕生日に2年連続で人が死んでいるというのだ。どうやら弟の弾二朗が30年前に兄の調一朗に贈ったバイオリンが関係しているようだ。そして今年は蓮希が弾くことになった。
第386話『ストラディバリウスの不協和音 間奏曲』
音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼で訪れた屋敷の別館で火災が起こり、調一郎の弟(三男)で指揮者の弦三朗が焼死した。コナンは、30年前に殺された弾二朗(次男)、2年続けて亡くなった弦三朗の妻・詠美、調一朗の息子・降人のイニシャルを続けて読むとアルファベットの順になっていることに気づく。
第387話『ストラディバリウスの不協和音 後奏曲』
設楽家で起こった一連の死亡事件。一見事故に見えるが、コナンは巧みに仕組まれた殺人事件だと推理。しかも2年前死亡した詠美と、昨年死亡した降人から続く連続殺人事件だと…。コナンはいつものように小五郎に麻酔針を発射し、関係者を集めさせた。そこでコナンはストラディバリウスを小五郎に弾かせようとする。
第388話『薩摩に酔う小五郎(前編)』
小五郎に連れられて鹿児島にきたコナンと蘭は、幻の焼酎”高隈”を造っている蔵元・高隈酒造を訪れた。迎えてくれたのは当主の白石覚志と妻の扶美子だ。翌日、扶美子の案内で鹿児島観光をしたコナンたちは専務の辰村慎介の家を訪れる。だが、家の中は血で染まり、同じく真っ赤な血がついたブロンズ象が転がっていた…。
第389話『薩摩に酔う小五郎(後編)』
蔵元・高隈酒造を訪れたコナンたち。翌日、専務の辰村慎介の家を訪れると、居間で血痕のついた置物を発見。その2日後、辰村の遺体が他殺死体で見つかる。コナンはなぜ犯人が辰村を殺した後、わざわざ家の中から運び出したのか。また、どうして2日たってから、遺体を発見させたのか。この2つの謎に推理をめぐらす。
第390話『本庁の刑事恋物語6(前編)』
目暮警部は松本管理官から、鳥取県警からの要請で全国を中心に荒し回っている窃盗団の合同捜査に誰かを派遣してくれと頼まれる。そこで松本管理官が高木を推薦。高木刑事もこれを聞き、ぼう然となる。佐藤刑事と別れたくないからだ。まもなく高層マンションの23階で男性の刺殺死体が発見されたとの通報を受ける。
第391話『本庁の刑事恋物語6(後編)』
高層マンションの23階で会社員の仲本広俊が刺殺された。コナンたちが目撃した不審な男は、被害者の同僚・加藤彰だと判明。しかし、加藤は千葉刑事のマンションに居候しており、犯行時刻に千葉と一緒にテレビを観ていたという。しかし、寝室、台所、そして玄関の掛け時計を見たコナンは、やはり犯人は加藤だと確信する。
第392話『謎めく身長差20cm』
コナンは町工場で捜査中の高木刑事と遭遇。どうやら殺人事件のようで、被害者はこの工場の社長、北村勝五郎。被疑者と目される人物はすでに逮捕されていた。しかし、ひとつ問題があった。北村の胸に刺さっていたナイフの角度は斜め下。北村より20cmも背が高い被疑者・南田の犯行ではあり得ないのだ。
第393話『誘拐・・・らしい事件』
金属加工会社の経営者の堂本正三郎が誘拐された。彼は腎臓に疾患があり、6時間ごとに薬を投与しなければ命にかかわるという。しかも犯人は事故死したことを知る。正三郎が最後に薬を投与したのは朝の9時。すぐ容態が急変するわけではないが、8時間以上間をあけると絶望的だという。タイムリミットまであと1時間30分。
第394話『奇抜な屋敷の大冒険(封印編)』
コナンは少年探偵団と哀、阿笠博士とキャンプにやってきた。テント脇でコナンと阿笠が黒の組織のボスのメールアドレスを分析していると、薪を拾っていた歩美たちが現れ、森の辺りで文字が刻んである四角い石の箱を見つけたという。早速、皆で石の箱を見つけた場所へ行ってみると、そこには朽ち果てた屋敷が建っていた。
第395話『奇抜な屋敷の大冒険(絡繰編)』
阿笠博士が警察を呼んで戻るまで、からくり屋敷で宝探しをすることになったコナンたち。コナンは灯籠の暗号を解読しようとするが、元太は我慢できずに屋敷内へ入り、罠に引っ掛かってしまう。そんな元太を救う人物がいた。トレジャーハンターの須藤雲造だ。コナンたちは警戒しつつも仕掛けに詳しい須藤と行動を共にする。
第396話『奇抜な屋敷の大冒険(解決編)』
文字の刻まれた勾玉、石鏡を手に入れたコナンたちと須藤雲造、推沙利奈、千住りえ。三種の神器の残り1つ、草薙の剣を見つければ宝の場所がわかると推理し、地下から脱出を図る。そんな折、哀は絞殺され沼に沈められた玉井照尚の手帳が乾いて読めるようになった事に気付く。手帳を読むと玉井は相棒に殺された事が判明する。
第397話『辛く苦く甘い汁』
コナンと小五郎は、散歩中に警官の木下と和菓子屋「夕月」の相川悦子、検死官の辻村が揉み合う場面に遭遇し、3人から事情を聞く事に。話によると、2時間前の午前9時、悦子はマンションの105号室から出てくる怪しい男を目撃。通報を受けた木下らが部屋に入ると女性の遺体を発見したという。女性は自殺と思われたが…。
第398話『奇妙な一家の依頼(前編)』
「家族連れで」という条件付きの仕事依頼を受けた小五郎は、コナンと蘭とともに依頼人の家へ向かう。依頼人の狩谷伴子は携帯電話を探してほしいと依頼。その後、伴子に携帯が見つかったといわれ調査は終了するが…。帰り道、阿笠博士の家に立ち寄ったコナンは、伴子の遺体が発見されたというニュースを目にする。
第399話『奇妙な一家の依頼(後編)』
小五郎の依頼人、狩谷伴子が殺害され、コナン、目暮警部らは狩谷家の人に話を聞き、犯人は伴子の携帯のロックを解除した人物と推理する。1万通りの暗証番号を試せるのは部屋にこもる大策、滋英、嗣貴と考える。それぞれに動機があると判断した目暮たちは、3人に犯行時刻となる午後7時半のアリバイを再度確認する。
第400話『疑惑を持った蘭』
最近、蘭はコナンの正体は新一だと疑っている。動かぬ証拠を得るため、蘭はコナンが落とした携帯電話のロックを解除しようと、1万通りある暗証番号を順番に入力するも途中で諦める。その後、外で車のクラクションが鳴り、蘭は車を確認。「46-49」(ヨロシク)という車のナンバーを見て蘭は半年前の事を思い出す…。
第401話『宝石強盗現行犯(前編)』
下校中、宝石店に入る高木刑事を見かけたコナンらは、そこで強盗犯に遭遇。男は宝石を入れたバッグを持って逃亡。しかし高木らにビル屋上へ追い詰められた男はフェンスを越え、トラックの屋根に落下する。コナンは男が飛び降りたこと、ヘルメットを被っていたのに頭から大量の血が流れたことなど、不可解な点に疑問を抱く。
第402話『宝石強盗現行犯(後編)』
佐藤刑事らは後村が飛び降り自殺したと考え、署に戻ろうとする。高木は自分が刑事という事や子供も事件に関わっている事を事前に知っていた猫田を宝石強盗犯と疑い始める。猫田は動揺するが、自分が犯人なら飛び降りた後、どこに消えたのかと反論。コナンはロープを使い、犯人が投身後に消えたトリックを暴く…。
第403話『不思議な天使の館(前編)』
少年探偵団に隣のクラスの松中ユリコが協力を依頼する。聞くと、曾祖父で荒ぶる牛と畏れられた相場師、伊勢川剛三が亡くなる前に秘書の時計に遺言を残したという。それは謎を解いた者に宝を与えるというもの。謎解きの猶予は24時間。相続権の高い者から挑戦でき、ユリコに17番目の挑戦者として順番が回ってきたらしい。
第404話『不思議な天使の館(後編)』
少年探偵団と灰原は、ユリコの曾祖父、伊勢川剛三が残した財宝を見つけるため、「天使の館」へ。秘書兼遺言執行人の時計から聞いた剛三の言葉をヒントに一行は謎解きを進める。そしてコナンは北の天使の塔で黒水晶を発見。次の手掛かりは南の天使の塔にあると推理する。一行は南の天使の塔の扉を開ける方法を思案するが…。
第405話『救急車を呼びに行った男』
午前5時、ジョギング中の広松広は頭から血を流して倒れている男性を発見し、119番通報する。しかし救急車が遅い為、広松は消防署へ迎えに行く。しばらく後、現場で桜田警部補が姿を消した第一発見者を捜していると、救急車に乗って広松が現れる。桜田は被害者が即死の状態にもかかわらず救急車を呼んだ広松を疑うが…。
第406話『コナン平次の推理マジック(仕掛編)』
コナンは蘭、平次、和葉と一緒に「星河童吾超奇術ショー」を観に行く。閉演後、楽屋にマジシャンの範田力、姫宮展子が現れる。星河、範田、姫宮は10年前に姿を消した謎のマジシャン、Mr.正影の弟子で、姫宮は誰が正統な後継者かをはっきりさせようと言い出す。そして、範田に誘われてコナンらも正影の家へ行くことに。
第407話『コナン平次の推理マジック(館編)』
星河、蘭、和葉は2階の廊下で姫宮の遺体を発見。星河は正影の部屋から警察に電話を入れ、コナンはその部屋の窓が開いている事に気付く。そして遺体の横の資料倉庫が何者かに荒らされていた。資料庫には正影のネタ帳、正影ノートがあるという。犯人はネタ帳を盗んだ後、姿を見られたため姫宮を殺害した、と平次は推理する。
第408話『コナン平次の推理マジック(解決編)』
コナンと平次は、若い頃の範田、星河、姫宮が一緒に写る写真を見て、何かに気付く。この後、蘭と和葉は停電の前と後で花瓶の影が違っていた事を思い出す。そして目暮は千葉刑事に聞き込み捜査の指示を出す。その直後、コナンと平次は窓ガラスに映った自分たちの顔を見てハッとした表情になり、しばらく窓ガラスを見つめる。
第409話『同時進行舞台と誘拐(前編)』
伊東玉之助が座長を務める旅芝居の一座の公演に出演することになったコナンと少年探偵団。稽古中にかぐや姫役を演じる片岡れんげの父親、片岡半四郎が現れ、れんげを連れ帰ってしまう。公演初日を迎え、れんげを迎えに片岡邸へ。そこには目暮警部や小五郎らが待機していた。昨夜かられんげの消息がつかめないという。
第410話『同時進行舞台と誘拐(後編)』
コナンは、れんげの誘拐が狂言と気付くが監禁場所に姿はない。れんげは本当に誘拐されてしまったのだ。舞台のクライマックスまでに主役のれんげを見つけ出そうとするコナンらと玉之助。玉之助は、狂言を手伝った人物が本物の誘拐犯になったと推理し、コナンも同意する。そしてコナンは窓から外を眺め、ある事に気付く…。
第411話『神社鳥居ビックリ暗号(前編)』
コナン、少年探偵団、哀は阿笠博士と森へ昆虫採集に出掛ける。阿笠はお宝を用意していると言って「マルムシニテント」という暗号が書かれた紙を取り出す。コナンが暗号を解こうと考え込んでいると、コナンの携帯に蘭から連絡が入り、同じホテルに宿泊する見山という男性が殺害され、自分たちも襲われたと助けを求めてくる。
第412話『神社鳥居ビックリ暗号(後編)』
コナンは歩美の言葉からヒントを得て、阿笠の暗号を解読。その後、ついに元太らは自分たちの力で暗号の答えに辿り着き、早速、お宝のある神社の鳥居へ向かう。阿笠は暗号を考えた時の状況を回想。阿笠の話を聞いていたコナンは、見山の宿泊した部屋に残された暗号の本当の意味に気付き、蘭の携帯に連絡を入れるが…。
第413話『完全半分犯罪の謎』
小五郎は自らの体験を「名探偵マグレ」の脚本家3人に話す事になり、コナンと共に日売テレビへ。そこで脚本家の八神譲二が毒殺されてしまう。コーヒーを入れた新人脚本家の香田杜夫が八神を憎んでいたことから、警察は香田に疑いの眼を向ける。コナンは香田が八神に毒入りコーヒーを選ばせたトリックを解こうとするが…。
第414話『青い鳥を追う探偵団』
コナン、少年探偵団、灰原はC組の紺野由香の家へインコを見に行く事に。だが、誰もいないはずの自宅から由香の母親の友人、坂口慎也が出てくる。由香は、インコが小さくなっている上、何も言葉を発さないという。坂口が薬品の研究をしていると聞き、歩美、元太、光彦は3人で真相を解明しようと研究所を訪れるが…。
第415話『仏滅に出る悪霊(事件編)』
小五郎は国友家の執事、赤塚賢造から悪霊の呪いを解いて欲しいと依頼され、コナン、蘭と屋敷へ。謎のカードが届いた後、何度か奇妙な事があり、全て4日に起きているという。夜、コナンらはこれまで起きた5つの事件について話し合い、4日は全て仏滅だった事に気付く。しかも明日の10月4日は仏滅だった。
第416話『仏滅に出る悪霊(疑惑編)』
13年前、国友淳大の船が沈む海難事故で、屋敷で働く全員が家族を亡くしていた事が明らかになる。犯人に怯える淳大は4日が終わるまで誰にも会わないと部屋に籠ってしまう。その直後に淳大の苦しむ声が聞こえる。部屋の中には左手を伸ばしたまま息絶えている淳大の姿。足元には薬の瓶と薬を踏み潰した後が残っていた。
第417話『仏滅に出る悪霊(解決編)』
13年前の9月26日に関口が働く会社の社長が失踪した事が明らかに。それを機に関口は社長の後釜に入ったという。そして、その3日後の29日に淳大の船が沈んだ事実に驚く一同。捜査が一段落すると、蘭はペアルックのパジャマを購入した事をコナンに告げる。蘭の言葉にコナンはハッとした表情になり犯人の目星をつける。
第418話『米花町グルニエの家』
コナンらは歩美が見つけたかわいい新築の家を見に行った。2日後、家が売れた事を聞かされ、再び家に足を運ぶと、おばあさんが家にあがるように促す。夜、コナンが小五郎、蘭と共に事務所の3階で夕食をとる様子を望遠カメラで撮影する人物がいた。それはグルニエ(屋根裏部屋)の家に住むおばあさんとおじいさんだった…。
第419話『八岐大蛇の剣(前編)』
小五郎、コナン、蘭は出雲大社を参拝中に旅館の娘、江角栄子と知り合う。栄子は自分に縁談話があると告白し、相手は鰐淵耕司という男性で、好きではないが、断れない事情があるという。翌日、小五郎らがパトカーの後を追うと、八雲滝の脇には、背中に短刀の突き刺さった男性の遺体が転がっていた。被害者は、鰐淵だった。
第420話『八岐大蛇の剣(後編)』
警察は鰐淵を殺害した容疑者として、石飛一也、藤江竹彦、江角栄子、福間良介の4人をリストアップ。犯人は石飛と藤江の2人に絞られた。コナンは栄子に石飛か藤江に会ったか訊ねると、数日前に藤江が旅館に来た事を思い出す。だが、藤江には松江城にいたアリバイがあった。そして、コナンは芳名簿を見てある事に気付き…。
第421話『イチョウ色の初恋(前編)』
コナンら少年探偵団は、阿笠博士の自宅で子供が書いた葉書を見つける。それは阿笠が40年前に女の子からもらった手紙だった。葉書には10年後の11月24日、思い出の場所で会おうという内容が書かれていた。会えなかった時は10年毎に、その場所で待っているという。そして、偶然にも今日は40年後の約束の日だった。
第422話『イチョウ色の初恋(後編)』
阿笠博士の初恋の女性を探すため葉書に書かれた暗号に挑む。皆が2人の再会を諦めかけた時、阿笠は40年前のある事を思い出す。コナンは彼女が動物を飼っていたかと訊ねる。阿笠は小さい頃に犬を飼っていたが、噛まれてからは何も飼っていないと説明。それを聞いたコナンは暗号を解読し、思い出の場所を確信する。
第423話『探偵団と青虫4兄弟』
コナンらはパトカーが集まっていると聞き、現場へ向かう。犯行時刻に現場を通りかかったタクシー運転手は、犯人らしき男の前で尻餅をついた少年に気を取られ、男の顔を覚えていなかった。その少年は白い野球帽を被っていたという。歩美らは、隣のクラスの三井圭一のことを教えるが、圭一は犯人を見ていないと全面否定する。
第424話『ピエロからの写真メール』
小五郎はコナンを連れて貸衣装の店へ行くと、モデルの中村洋子たちが仮装して出てきた。この時、洋子にパーティを主催する編集者、梅田香からメールが届く。しかし、梅田の部屋で事件が起きていた。その後、梅田の宝石を持った白川が確保される。だが、白川は殺害を否認。そして、コナンはキッチンの不可解な点に気付き…。