第1話『コロンブスの卵』
横浜にあるカフェノーウェアのテーブルを事務所として間借りし、コンビ探偵“ハマトラ”として活動するナイスとムラサキ。ふたりは、日々持ち込まれる様々な事件の解決のために奔走していた。そんななか、彼らのもとに、誘拐事件の犯人確保、金庫護衛のふたつの依頼が舞い込むのだが……。
第2話『愛しきクソヤロウ』
ある日ハマトラ探偵事務所に横浜羽高校の生徒セオとその幼馴染レイが訪れた。恩師である部活の顧問が行方不明になっており、彼の居所を探して欲しいという依頼を受け、ナイスとムラサキは高校内での潜入捜査を開始する。しかし、セオにはある秘密があった……。
第3話『持つ者、持たざる者』
ハマトラ探偵事務所に、青少年保護健全平等組合の理事である、伊藤が訪れた。伊藤はハマトラに、一般人には秘匿されているはずのファクルタース学園の調査を依頼する。一方、ミニマムホルダー連続猟奇殺人事件を追っていたアートは、青少年保護健全平等組合の交際記録を辿り、ある人物と接触する……。
第4話『彷徨うトーテムポール』
ミニマムホルダー連続猟奇殺人事件犯人逮捕のため、アートはドイツから、ハニーとスリーを呼び寄せる。日本に帰国したハニーとスリーは、空港で｢マイティ・スクリプト｣が入ったカバンを取り違えられてしまう。手元に残ったカバンに入っていたのは、トーテムポールだった……。
第5話『汗と筋肉とアタシ』
商店街でくじ引きを引いたはじめとコネコは、なんと1等の温泉施設一泊宿泊券を引き当てる。ハニーを誘い、温泉施設に出かけていく女子3人。連れて行ったもらえなかったハマトラコンビと便利屋コンビには、それぞれ仕事の依頼が舞い込むのだが……？
第6話『預言者の苦悩』
バースデイとレシオの高校時代からの友人である、イラストレーターのチユウが誘拐された。チユウのマネージャーである梨平から事件解決の依頼を受けたバースデイとレシオは、｢チユウは犯人に心当たりがあったらしい｣という情報から、チユウの友人であるミスティに会いにいくのだが……。
第7話『黒いコスモス』
ミニマム能力者収容所から、何者かが特S機密の保存ミニマム標本体頭部を持ち出した。あらかじめ許可を取った警察関係者以外は入れない施設の中から、一体どのように標本は持ち出されたのか？アートはナイスの協力を拒否し、１人、捜査を進めるが……。
第8話『ゴーヤは血に濡れて』
ハマトラ探偵事務所に、厚生省に勤める柊修二から、沖縄で「イデアル」を精製している男を連行してほしいという依頼が寄せられる。横浜羽高校の生徒と教育実習生に扮し、沖縄に向かうナイスとムラサキ。そこで２人は横浜羽高校対地元高校との抗争（？）に巻き込まれる……。
第9話『美少女と野獣』
沖縄土産を手に警察署を訪れるナイス。しかしアートは手が離せないと、ナイスに会おうとしない。一方、ミニマムホルダー連続猟奇殺人の捜査チームの編成を大きく変えるということで、ハニーとスリーにもアートから待機が言い渡される。そんな中スリーについて、とある依頼がハマトラに持ち込まれ……。
第10話『弱者の行進』
突如、後発ミニマムホルダーが暴れ出し、混乱を極める横浜。一般の人々も、ミニマムの存在を知るところとなる。そんな中、刑務所から抜け出してきた、アウトサイダーの貴弘が、ナイスたちの前に現れる。貴弘は、ハマトラに、元の体に戻る方法を探して欲しいと依頼するが……。
第11話『勝者の敗走』
ついにモラルにたどり着いたナイスは、ノーウェアでモラルから全ての真相を聞き出す。一方はじめ、貴弘のダイエットを手伝っていたムラサキは、突如現れた後発ミニマムホルダーの集団と戦っていた。必死に戦うムラサキの姿に、貴弘は強くなりたいと願う……。
第12話（最終回）『覚悟(エゴ)』
暴動を起こすミニマムホルダーや、ミニマムの力を手に求める人々で横浜の街は混沌としていた。すべての元凶であるモラルを止めるため、ナイス、ムラサキはモラルと対峙する。また、貴弘の姿に感銘を受けたハニー、スリー、レシオ、バースデイも、それぞれ横浜の街を守るために動き出す。