第1話『消滅』
ある日、ひとつの都市が消滅した――。唯一生還した少女ユキは、謎の組織に囚われ固く心を閉ざしていた。そんなユキを救い出したのは、一匹狼の運び屋タクヤ。ふたりはユキの父親からのメッセージを頼りに、消滅都市へと向かうことになる。しかし行く手には、想像だにしなかった困難が立ちはだかるのだった。
第2話『犠牲』
消滅都市を目指す途上、謎の少年からの襲撃を受け重傷を負ったタクヤ。このままロストを目指すのは危険だと判断し、封鎖地区からの一時撤退を決める。そんなふたりに、敵組織の幹部スズナの追っ手が迫る。かつての仲間だったユミコやコウタの協力を得ながらも、組織の操るタマシイを前に、絶体絶命の危機に陥ってしまう。
第3話『記憶』
タクヤとユキは、救援に駆け付けたギークとともに封鎖地区からの脱出を図るが、そんな折、消滅に巻き込まれたアイドル、SPR5のユアが突如目の前に現れる。消滅による時空の歪みから過去へ飛ばされたと推測するギークだが、ユキは何やら引っかかっている様子で――。元の世界に戻るにはどうすればよいのか・・・。
第4話『疑惑』
ユキの弟、ソウマとの悲劇的な再会によりユキの精神は暴走、セカンドロストを引き起こしてしまう。どうにか助け出されるも、タクヤは意識不明の重体、ユキはエイジの邸宅にしばらく身を隠すことになる。消沈するユキの前に、亡き父の意志を継ぐ刑事リョウコが現れる。敵組織の陰謀を暴いていくリョウコ、そして明かされる、ロストに関する驚くべき秘密とは！？
第5話『情愛』
生き別れの兄ツバサを捜し続ける奇術師ヨシアキは、兄が追っていたアーティファクトを手に入れれば再会できるのではと考える。一方ユキは、弟ソウマの暴走を食い止めるためアーティファクトを手に入れようとする。利害が一致したタクヤとユキはヨシアキとの共闘を決意。そんな彼らの前に、ロスト以降姿を消していたツバサが現れ……。
第6話『訣別』
ソウマに操られ、激しい攻撃を仕掛けてくる怪盗団Xの団長ツバサに対し、戸惑うばかりの弟ヨシアキ。タクヤとユキ、そして怪盗団は団結してツバサに立ち向かう。しかし我を失ったツバサの猛攻は凄まじく、まるで歯が立たない。絶体絶命のさなか、ヨシアキが取った行動とは！？アーティファクトを巡る三つ巴の攻防は果たして……？
第7話『後悔』
昏睡状態のソウマを、ユキはエイジの邸宅で看護することに。一方タクヤは、かつて潜入調査をしていた児童養護学園が敵組織に関係していると知り、学園出身者であるヨシアキ、リョウコの仇を取るため立ち上がった同僚ユウジ、探偵ケイゴらと共に、荒れ果てた学園跡地に向かう。そこでタクヤは、消滅に巻き込まれたはずのヒナコ先生や子供たちの姿を目の当たりにし、自らの後悔と向き合うことになるのだった。
第8話『選択』
養護学園はラクーナケミカルと繋がりがあり、子供たちは人体実験の材料にされていた。その物証を得たタクヤは、仲間たちと団結して敵組織に立ち向かうことを決意。真正面からぶつかっても勝ち目がないと考え、メディアを通じて敵組織の秘密を暴く作戦を決行する。一方、敵組織のリーダー・タイヨウには、恐るべき計画があった。タクヤたちは作戦は成功させ、タイヨウを追い詰めることができるのか・・・？
第9話『運命』
ユキが生まれる以前、若き日の父ダイチの物語。ダイチはある目的のため、タイヨウ、ツキとともに別の並行世界からやって来た。組織を牛耳り、人体実験を繰り返すタイヨウとツキ。並行世界を繋ぐポータルを完成させようと研究に没頭するダイチ。そんな彼は、ある日ミフユという女性と出会い、自らの使命への葛藤を深めていく。やがてタイヨウとの軋轢は決定的になり……。
第10話『決断』
ソウマを自らの手で葬ってしまったユキと、そんなユキを見守るタクヤ。エイジとキキョウはふたりの身を案じ、あることを打ち明ける。ロストには人体に影響を及ぼす波動性物質が充満しており、生きて帰った人間はいない、と……。互いを思うあまり、進むことも退くことも出来なくなったタクヤとユキ。二人が下した決断とは？
第11話『信頼』
互いの決意を確かめ合ったタクヤとユキは、いよいよロストへ向かう。波動性物質の影響を受けてもふたりが記憶を保ち続けられるよう、ギークたちは外部から支援する方法を模索する。一方のタイヨウもまた、ダイチがロスト内部で存在し続けていると確信し、決着をつけるべく自らロストへ。ロストの最奥で、ふたりは何を見るのか……。
第12話（最終回）『未来』
互いを認識し合うことで、なんとか意思を保つタクヤとユキ。最深部でロストの拡張を食い止めていた父ダイチと対峙するタイヨウ。ダイチがユキに送ったメッセージの真意とは？ ロストに巻き込まれた無数の人たちのため、今を生きる全ての人たちのためにユキが下した決断とは？ そしてタクヤとユキの旅路の結末は・・・。