第1話『ようこそハイスクール』
中学の吹奏楽コンクールでの麗奈の言葉が忘れられないまま、久美子は北宇治高校に進学した。クラスメイトの葉月と緑輝に誘われ吹奏楽部の見学に行くと、そこへ麗奈がやって来て――。
第2話『よろしくユーフォニアム』
吹奏楽部に入部した久美子たち。個性的な先輩・あすかに振り回されながらも、自分の担当楽器が無事に決まる。そこへ新しい顧問の滝もやって来て、これから楽しい部活が始まるかと思ったが！？
第3話『はじめてアンサンブル』
合奏に向けて、パート練習をしている北高吹奏楽部。しかし、途中で帰る者や、練習をせずに遊ぶ先輩など……真面目に取り組んでいるようには見えない。そんな吹奏楽部に滝が驚くべき条件を突きつける。
第4話『うたうよソルフェージュ』
滝の厳しい指導に泣き出す生徒もでるなか、サンライズフェスティバルへの出場をかけて久美子たちは練習に取り組んでいた。部活の帰り道、久美子と秀一が滝について話していると麗奈がやって来て……。
第5話『ただいまフェスティバル』
サンフェスへの出場が決まり、マーチングの練習を始める吹奏楽部。新しい衣装も配られ、積極的に練習に取り組もうとする部の雰囲気は以前と明らかに違っていた……。そして、ついにサンフェス当日を迎える。
第6話『きらきらチューバ』
今年からコンクールメンバーがオーディションで選ばれることになり、1年生たちにもコンクール出場のチャンスが！上手くなりたいと練習を頑張る葉月をあの手この手で応援する低音パートだったが……？
第7話『なきむしサクソフォン』
オーディション、そしてコンクールに向けて部員たちも練習に熱が入る。そんな時、上手く吹けない葵に滝は｢いつまでに吹けるようになるのか｣と問いかける。滝の問いかけに葵は……。吹奏楽部に衝撃が走る。
第8話『おまつりトライアングル』
部員たちの間では、お祭りに誰と行くのかが話題になっていた。葉月はとある人を誘おうとするが、その人は別の人を誘っていて……。そして、久美子は何故かあの人とお祭りに行くことになって……！？
第9話『おねがいオーディション』
コンクールメンバーを決めるオーディションの日がやって来た。3年生も1年生も関係なく審査される場で、部員たちは自分の力を発揮しなければならない。そして、コンクールに出場できるメンバーが発表される。
第10話『まっすぐトランペット』
オーディションで滝が麗奈を贔屓したのでは……と部員たちの間で噂が広がっていた。それにともなって、部の雰囲気は悪くなり、滝と麗奈への不信感は強まるばかり。不満を持つ部員たちに、滝はとある提案をする。
第11話『おかえりオーディション』
滝の提案によって部内の雰囲気は改善されて部員たちも練習にも集中するようになり、麗奈も孤立することはなくなった。安心した久美子だったが、ある日、優子と麗奈が話しているのを見かける。
第12話『わたしのユーフォニアム』
コンクールまであと少し。そんな時期に合奏でいきなり違うパートのフレーズを吹くよう言われた久美子。しかし、難しくてなかなか上手く吹くことができない。休憩もせずに練習する久美子は……。
第13話（最終回）『さよならコンクール』
コンクールの舞台で演奏できる時間は“たった”12分間。それは一瞬のようで、でも永遠のようで……。吹奏楽部員たちはその12分のために青春のすべてをかけて練習してきた。北宇治高校吹奏楽部の演奏が始まる。
OVA『かけだすモナカ』
オーディションに落ちた部員10名は「チームもなか」として、 コンクールメンバーを支えることになった。 メンバーを支えつつ、自分たちでも演奏技術を磨き、 そしてコンクール直前にはメンバーのためにもなか型のお守りを作ったり……。 コンクールには出られない彼女たちであったが、それぞれがやるべきことをしていた。 そして、コンクール当日。会場に出発しようとしたもなかメンバーに衝撃的な連絡が――！！ これはチームもなかの熱い夏の物語。