第1話『フォスフォフィライト』
宝石たちの中で最年少のフォスフォフィライトは、硬度三半とひときわ脆く、靭性も弱くて戦闘に向かない。また、他の仕事の適性もない。そのくせ口だけは一丁前という、まさに正真正銘の落ちこぼれだった。そんなフォスに、三百歳を目前にしてやっと「博物誌編纂」という初めての仕事が与えられる。
第2話『ダイヤモンド』
博物誌編纂のため聞き込みをしているフォスは、最近ダイヤモンドが新しい戦い方をしていると耳にする。ダイヤに会いに行ったフォスだったが話の途中で月人に襲われてしまう。その時ダイヤとフォスの危機に駆けつけてきたのは…。
第3話『メタモルフォス』
月人が落としていった巨大カタツムリに吸収されてしまったフォス。フォスを救おうと戦うボルツとダイヤは苦戦を強いられるが、ダイヤの機転によって巨大カタツムリを退ける。しかしどこにもフォスの姿が見つからなかった。
第4話『魂・肉・骨』
ダイヤとシンシャの活躍によって再生したフォスはナメクジと会話ができるようになっていた。またもやシンシャに助けられたフォスは、シンシャに何をしてあげられるか悩んでいた。そんな中ナメクジはフォスを海へと誘うのだが…。
第5話『帰還』
海へ出たフォスはウェントリコススによって月人に引き渡されそうになっていた。ウェントリコススもまた弟のアクレアツスを人質に取られ、月人に脅されていたのであった。フォスを引き渡したウェントリコススであったが、月人は更なる要求を突き付ける。
第6話『初陣』
海から戻り足が速くなり、月人と戦いたいと申し出たフォスは、アメシストの戦闘補佐をすることになった。そして補佐について3日目、ついに月人との初陣に臨む。
第7話『冬眠』
季節は冬に変わり、宝石たちは冬眠に備えていた。そんな中フォスだけは冬眠をせず、冬担当の宝石と一緒に行動することになった。冬の仕事をこなすフォスであったが、ある日突然流氷に話しかけられる。
第8話『アンタークチサイト』
両腕を失ってしまったフォスは緒の浜で腕の代わりを探すことに。良い素材が見つかなかったが仕方なく金をはめてみたが、腕から外れなくなったどころかフォスが合金に飲み込まれてしまう。そんな中月人の襲来を受けてしまう。
第9話『春』
アンタークが連れ去られてから一冬越して、他の宝石たちも冬眠から目覚め始めていた。すっかり戦闘にも慣れたフォスは、あんなに憧れた「戦い」が今は危険な作業になっていることを悟り始めていた。
第10話『しろ』
フォスはボルツとペアを組み行動を共にすることになった。そんな中現れた犬の姿の新型月人に遭遇する。勝てる見込みがないと撤退し、金剛先生の元へおびき寄せる作戦をとったが、出払っているはずの校内にダイヤが残っていた。
第11話『秘密』
新型月人との戦闘を繰り広げる宝石たちであったが、攻撃をしても分裂を繰り返す相手に苦戦を強いられていた。そこに現れた金剛先生は新型月人に対して思わぬ反応を示す。
第12話（最終回）『新しい仕事』
新型月人との戦闘からフォスは金剛先生と月人の関係に疑問を抱き始めていた。そんな中久しぶりに眠りから覚めたパパラチアに相談を持ちかける。そしてフォスはある決意を固めていた。