第1話『【睦月】強くならなきゃ』
大和守安定が”とある本丸”から旅立ったあとの大晦日。刀剣男士たちは、人間のように正月を祝うことを計画する。一方、源氏の重宝である『髭切』・『膝丸』が顕現、最古参の加州清光は、主から新刀剣男士のお世話係を命じられ本丸を案内する。そんな中、加州清光・獅子王・蛍丸・明石国行・髭切・膝丸に出陣の命が下り・・”
第2話『【如月】明日もいい日になりますように』
新たに顕現した『数珠丸恒次』は、山伏国広や加州清光らとともに、本丸の裏山へ修行に向かう。一方、一期一振・鯰尾藤四郎たちは財政難な本丸を救うため、大阪城の地下へ埋蔵金を探しに行くことになった。だが、骨喰藤四郎が移転先を誤ってしまい……。
第3話『【弥生】絶対負けね―ッ！』
縁側でのんびりとお茶を飲む三日月宗近と小狐丸。そんな二振りへ近づく怪しい影が……。伊達忠宗に縁のある刀剣『太鼓鐘貞宗』が顕現した。旧知の仲である燭台切光忠・大倶利伽羅との再会を喜ぶ太鼓鐘貞宗。そんななか、鶴丸国永は最近の本丸には驚きが足りないと悩んでいた。
第4話『【卯月】この本丸の仲間だからだ』
織田信長に縁のある刀『不動行光』が顕現。しかし彼は、へし切長谷部と言い合いをしてしまうなど、なかなか本丸に馴染めない……。卯月となり今年も万葉桜の樹が満開になったので、みんなで花見の準備をしていた。そのころ『小烏丸』が顕現し、花見を行うと聞きつけた彼も参加をすることに。
第5話『【皐月】俺だから、できること』
兄である長曽祢虎徹と蜂須賀虎徹に仲良くしてもらいたい浦島虎徹。誉を取った褒美に二振りが作った料理を食べたいと兄たちへお願いする。近侍の山姥切国広が二振りの刀『大典太光世』と『ソハヤノツルキ』を顕現させた。山姥切国広は同じ写しだと言うのに明るいソハヤノツルキのことが気になり後を追う。
第6話『【水無月】これからもよろしく』
ときおり悪夢にうなされている小夜左文字。そんな彼を心配する兄の江雪左文字と宗三左文字は、小夜左文字とともに花壇を作ることに。
第7話『【文月】いざ、大勝負』
新たに『包丁藤四郎』と『物吉貞宗』が顕現した。加州清光は新刀剣男士お世話係として物吉貞宗を案内していると、不思議なことに行く先々で幸運なことが起こり……。とある理由で落ち込んでしまった博多藤四郎。
第8話『【葉月】このことは秘密だからな』
へし切長谷部が遠征に行くことになった。『亀甲貞宗』と『千子村正』はへし切長谷部の不在を聞きつけ、留守中の“主お世話係”の座を得るため、勝負をはじめる。
第9話『【長月】たまにはいいですね…』
本丸で暮らす刀剣男士たちの中でも特に背が高い太郎太刀。そんな彼は、次郎太刀に頼まれたおつまみを買うために万屋へ向かうが……。残暑も厳しい中、陸奥守吉行は道場で鍛練中の加州清光たちを誘い、 暑さを吹き吹き飛ばす“趣向を変えた手合わせ”をしようと言い出す。
第10話『【神無月】ね、大丈夫でしょう』
一期一振と喧嘩をした包丁藤四郎は浦島虎徹たちから気分転換に釣りへと誘われる。しかし心地よい陽気につい眠ってしまい、目を覚ますと知らない場所に着いていて……。大典太光世は自身の霊力で本丸に住む動物たちを怖がらせてしまうと感じ、別部屋で過ごしていた。部屋に食事を運んでいた前田藤四郎は、彼も皆と一緒に暮らしてほしいと悩む。
第11話『【霜月】期待しているよ』
季節は秋から冬へ。そんな中、信濃藤四郎は主の懐のような温かさを求めて、本丸内を探し回る。時間遡行軍が新たに江戸に出現。敵の狙いは恐らく伊達宗村と細川宗孝だと報告が入った。出陣部隊に選ばれたのは伊達家に縁のある刀と細川家に縁のある刀の六振り。歴史改変を阻止するためいざ出陣！
第12話（最終回）『【師走】花丸な日々の物語』
主より、江戸に出陣している刀剣男士たちが危機に陥っていると聞かされたへし切長谷部。加州清光らと、なにか助ける手立てはないかと画策するが……。