第1話『フェイズ４９』
インターハイ2日目もゴールまで残り4㎞。先頭を走るのは、箱根学園と京都伏見、そして坂道の活躍によりチーム全員が合流を果たした総北高校。3校の先頭争いが繰り広げられる中、追い込まれた御堂筋は“フェイズ49”を発動。箱根学園のアシスト、荒北に迫る！激動のロードレース後半戦、優勝を賭けた戦いが遂に始まる！
第2話『エースたち』
2日目のゴール直前。3校の先頭争いが続く中、エースアシストの今泉は、勝負のクランク後でエースを切り離すタイミングを狙っていた。しかし、御堂筋がクランク前で予想外のアタックを賭け、ゴール前は一気に御堂筋の独走状態に！役目を果たせず悔やむ今泉だが、金城はチームの想いを背負い、全力で追走を開始する！
第3話『翔』
クランク前で予想外の単独アタックをかけ、ゴール直前で独走状態となった御堂筋。しかし、金城と福富もチームの想いを背負い、己の限界を越えて御堂筋を追走。それを受け、御堂筋の走りは更に加速！全てを捨て、勝利だけを求める御堂筋の姿に、金城と福富も尋常ではない気迫を感じていた。
第4話『覚悟』
2日目の勝者は、箱根学園の福富だった。金城が敗れる結果にも飄々とした態度の巻島と田所に納得のいかない今泉と鳴子。しかし、今は耐えて、悔しさをバネに明日を走れと巻島に言われ、覚悟を決める。各校が士気を高めている中、金城、田所、巻島の3人は、自分たちが1年だった頃を思い出していた…。
第5話『薬局までの３㎞』
インターハイ2日目の夜。レースに敗れた御堂筋は｢明日のレースには出ない｣と石垣たちに告げ、一人宿舎を後にする。ところが、自転車で京都に帰ろうとする御堂筋の前に、同じく自転車で薬局に向かう途中の坂道が現れる。御堂筋は坂道を無視するが、坂道はずっと気になっていた事を聞くため、御堂筋を追いかける。
第6話『モってる男』
最終日に突入したインターハイ。スタート前、各校の緊張は最高潮に高まり、坂道たちも気合いを入れる。しかし、そんな空気を切り裂き、広島呉南の待宮が現れる。福富や金城に絡み、自分の運の良さを説く待宮に、動揺する坂道たち。そんな中、行方をくらましていた御堂筋も現れ、遂に3日目がスタートする！
第7話『迫る、集団』
遂に始まったインターハイ3日目。先にスタートしたエースに追いつく為、共に走る〝協調〟体勢に入った総北と箱根学園。一方、広島呉南の待宮も、後方集団を束ね〝協調〟を始めていた。奈良三里や熊本台一を次々と呑み込み、40人以上の大集団となった待宮たちは、驚異的なスピードで先頭集団を捉えようとしていた…！
第8話『アラキタ』
待宮率いる後方集団に飲み込まれてしまった坂道。当の広島呉南は早々に集団を切り捨て、溜めていた足で先頭を狙う。集団をあざ笑うかの様に去って行く待宮たちに、絶望する選手たち。そんな中、坂道は総北に追いつくため、回りの選手に〝協調〟をお願いする。断られ続ける坂道の前に、箱根学園の荒北が現れて…。
第9話『呉の闘犬』
坂道の必死の申し込みにより、“協調”を受け入れた荒北。そこへ真波も加わり、異色の3人での追走は、野獣と化した荒北の引きにより、遂に待宮たちを捉えた。そんな荒北に、広島呉南の井尾谷は“20m引き離しレース”を提案。待宮は隠していた己の闘争本能を全開に暴走する！
第10話『その先の領域』
｢ハコガクを潰す！｣と、箱根学園への恨みを爆発させる待宮は、荒北へ強烈な頭突きを繰り出し暴走する。荒北はそんな待宮を、過去のやり場の無い気持ちで荒れていた自分と重ね合せ、｢ソックリなんだよ、昔の俺に｣と語りかける。荒北は、野球を諦め、福富に出会うまでの、過去の自分を思い出していた…。
第11話『サバイバル』
過去の自分に捕われず、前だけを見続けてきた荒北は、待宮たちに圧倒的な実力の差を見せつけ、先頭集団に合流する。総北、箱根学園共に6人全員が揃い、インターハイ3日目は、遂にラストステージへ突入！ゴールに向けてチームの士気が高まる中、坂道は今までとは違う緊張感に押し潰されそうになっていた。
第12話『泉田の誇り』
自らを犠牲にしてチームを引いた荒北の意思を継ぎ、なおも加速する箱根学園。その姿を見た坂道は、これがチーム全員で走れる最後の瞬間である事を悟り、勝利の為に全力を出し切る決意をする。そんな坂道に今泉と鳴子も触発され、箱根学園に追いつく為、チームを引き始めるが…。
第13話『激走、山中湖』
泉田の加速により、総北に差をつけ独走する箱根学園。金城たちは、その差が決定的な距離になる前に、1年に代わりチームを引き始める。そんな3年の実力を前に、ただ見守る事しかできない自分たちの無力さを感じる今泉と鳴子。だが、坂道はそんな先輩たちの背中を見つめ、何かを感じ取ろうとしていた。
第14話『最後の作戦』
3年の追い上げにより、一度は箱根学園に並んだ総北だが、新開の加速により再び離されてしまう。だが、田所が最後の全力引きでチームを運び、遂に箱根学園を捉える。そして、コースはラストステージである山岳区間へと突入。ゴールに向けて動き出すその瞬間、2日目のレースでひざを痛めていた金城に異変が…。
第15話『鳴子！真骨頂！』
自らの膝の不調により、オーダーの変更を言い渡す金城。坂道たちは、そんな金城の想いを受け、前方の箱根学園を目指し山を駆け上がる。やがて総北はスプリンターの鳴子がチームを引き始める。インハイ前、田所のアドバイスにより、こっそりと登りの練習していた鳴子。修得した必殺技で観客を沸かせ、登りで真骨頂を見せる！
第16話『エース今泉！』
山岳区間をスプリンターである鳴子の全力引きにより、箱根学園を捉えた総北だが、体力を限界まで使い果たした鳴子は、コース脇に自転車ごと倒れ込んでしまう。ゴールまで残り15㎞、鳴子の意思を継いだ今泉は、自らを総北のエースと宣言し、箱根学園のエース・福富に挑む！
第17話『箱根学園ゼッケン６番』
エースの意識とチームを背負う覚悟から、覚醒を果たした今泉は、箱根学園のエース福富を力でねじ伏せにかかる！しかし、後方から、沈んだと思われた京都伏見の御堂筋が現れ、先頭を狙い加速する。エースを守る為、いよいよ箱根学園のゼッケン6番・真波がその実力を見せる！
第18話『一歩一歩』
ゴールまで残り10㎞。後方から追い上げ、一気に先頭を狙う御堂筋を抑えるべく、飛び出した真波。お互い一歩も譲らない闘いを繰り広げる中、真波は御堂筋に、まだ〝とっておき〟があると言い、風に乗って更に加速する。その頃、巻島に想いを託された坂道は、一人、必死にケイデンスを上げ、二人を追っていた。
第19話『坂道の役割』
チームの為に強くなる決意を秘め、懸命にペダルを回す坂道は、遂に前方の御堂筋と真波を捉える。御堂筋の持ちかけた｢エースまで早く辿りついたものを、ゴールまで追い抜かない｣という勝負に坂道も加わり、三つ巴の攻防戦が行われる中、坂道はコースアウトしながらも、なんとか二人に食らいつき…。
第20話『今泉ｖｓ御堂筋』
真波、御堂筋との勝負を経て、先頭に追いついた坂道。今泉と合流を果たし、お互いがゴールを目指す意思を確認する。そこへ、後方から上がって来た御堂筋がすかさずアタックを仕掛ける！しかし、戦略を読んだ今泉が一瞬で抑え、先頭へは行かせないと宣言。今泉と御堂筋、因縁のバトルが開戦する！
第21話『９１番』
ゴールまで残り４㎞。何度もアタックを繰り出す御堂筋と、それを抑える今泉。二人の先頭争いが加速する中、コースは富士あざみライン唯一の大下り区間へと突入！落車のリスクを背負いながら、1ミリでも先へ進む為スピードを上げる今泉と御堂筋。ギリギリのバトルで下りを制するのは…。
第22話『真波と坂道』
御堂筋との死闘でフレームにヒビが入った今泉を、後ろからアタックで一気に抜き去っていく真波。フレームの状態から追走は難しいと判断した今泉は、坂道に総北の魂を託す。チームの想いを積んで、驚異的なケイデンスで真波を追いかける坂道だが、ギアを上げて独走する真波に引き離されてしまう。
第23話『約束の道』
先頭は坂道と真波の2名に絞られた。今泉から総北全員の想いを託された坂道は、ゴールを目指し、ただ真っ直ぐに突き進む。一方、真波も頂上を目指し、逸る心と共にギアを１段ずつ上げていく。ゴールまで残り１㎞、ギアを最終10段目まで上げ、圧倒的な強さを見せる真波に、必死に追いつこうとする坂道だが…。
第24話（最終回）『ＷＩＮＮＥＲ』
託された総北のジャージを届ける為に、ペダルを回し続ける坂道。真波も最後の力を振り絞り、山頂を目指す。ゴール目前、二人は総合優勝の座を手にする為、全力のラストスプリントでゴールへと飛び込む…！坂道ｖｓ真波、長かった真夏のインターハイが遂に決着を迎える！
総集編『弱虫ペダル Re:ROAD』
総北高校入学を機に自転車ロードレースと出会い、その世界に足を踏み入れたオタク少年・小野田坂道。今泉俊輔や鳴子章吉らチームメイトとしのぎを削り成長した彼は、総北自転車競技部の全国大会＜インターハイ＞メンバーに選ばれる。栄光を求める全国の強豪が一堂に揃う、過酷なレースがスタートを切った。己の誇りのために走る者。ライバルを超えるために走る者。”勝利”だけを欲しすべてを削って走る者。過去の復讐に燃える者。そしてチームのために想いを積んで走る者ーー。インターハイ総合優勝のゴールラインに最初にたどり着くのは、どの選手、どのチームかーー。
スピンオフ『弱虫ペダル SPARE BIKE』
「弱虫ペダル」本編の連載開始時に3年生だったキャラクターたちの知られざる過去のドラマを描く、渡辺航自らが手掛ける大人気シリーズ「弱虫ペダル SPARE BIKE」。チームを引っ張る、頼れる存在の3年生たち。しかし彼らにも、そのポジションに上り詰めるまでの軌跡があった。この度、多くのファンの声に答える形で、初めてアニメーションとして走り出す！今回映像化されるのは、総北高校の巻島裕介と箱根学園の東堂尽八の2編。作中屈指の2大クライマーである彼らの過去とは…!?