第1話『たたかいのはじまり』
エイルシュタットの公女フィーネは、軍事大国ゲルマニアによる侵略を未然に防ぐため、2人の護衛とともに身分を隠して列車に乗り、隣国ヴェストリアでの秘密会談へと向かっていた。しかし、車内で臨検を行なっていたゲルマニアの憲兵に素性がばれて追い詰められてしまう。
第2話『傷痕と、銃声と』
ゲルマニアの親衛隊に捕らえられたフィーネは、謎のカプセルを積んだ輸送機に乗せられて首都ノイエベルリンへ移送される。しかし、その途中、カプセルの中で眠らされていたイゼッタがフィーネの声に反応して覚醒。魔法の力で輸送機を破壊すると、フィーネも救い出した。二人は対戦車ライフルに乗って空を飛びながら、久々の再会を喜ぶが……。
第3話『天翔る剣』
敗走中のエイルシュタット軍と合流したイゼッタとフィーネ。廃墟となった館で束の間の休息は取れたものの戦況は厳しく、フィーネはイゼッタを安全な土地へと逃がそうとする。しかし、イゼッタはそれを拒否。逃げるどころか、｢ひめさまの国｣を守るためにゲルマニア軍と戦うつもりだった。フィーネは感謝しながらも、イゼッタを止めるのだが……。
第4話『魔女の秘密』
フィーネに止められたにもかかわらず、ケネンベルク要塞へと向かったイゼッタは、たった一人でゲルマニアの戦闘機や戦車を次々に撃破。エイルシュタット軍の兵士たちの士気も上がり、ゲルマニア軍を撤退させることができた。しかし、首都ランツブルックの宮殿で勝利の報を聞いた大公ルドルフ3世は、その直後に息を引き取ってしまい……。
第5話『いつわりの奇跡』
イゼッタの魔法の弱点を隠しつつ、ゲルマニアに対する抑止力とするため、フィーネの大公即位式で、イゼッタの力を世界中に喧伝することとなった。即位式の直前になっても、イゼッタを戦いへ巻き込むことには迷いもあったフィーネだが、イゼッタの思いを聞き、｢みんなが明日を選べる国｣を作るために力を尽くすと誓う。そして、2人は即位式の会場へ……。
第6話『穏やかな日々に…』
即位式の後も、魔法の力でゲルマニア軍を撃破していく「白き魔女の末裔」イゼッタの存在は、ますます注目を集めていた。イゼッタの魔法が使えないヴェアル峠にゲルマニア軍が侵攻してきた時も、ジークの策とビアンカら近衛の活躍で撃退に成功する。しかし、エイルシュタット軍の若き兵士ヨナスは、偶然、イゼッタの魔法の秘密を知ってしまい……。
第7話『ソグネフィヨルド海戦』
ヴェアル峠に侵攻してきたゲルマニア軍を退けた事で、首都ランツブルックも束の間の平穏を取り戻した。町の人々と触れあったイゼッタは、「ひめさまの国」を守りたいという思いをさらに強くする。そんな中、ブリタニアでは同盟国首脳による会議が開かれる事に。フィーネは、同盟国らの大陸への出兵を促すため、イゼッタとともにブリタニアへ出発する。
第8話『残酷なおとぎばなし』
ブリタニア軍との共同作戦で、ゲルマニアの新兵器である空母ドラッヘンフェルスを沈めたイゼッタ。しかし、ベルクマンは、その戦いの中でイゼッタの重大な弱点に関する確信を深め、新たな作戦を始めようとしていた。部下のリッケルトは、その作戦のために必要な、白き魔女の伝説の真実を探るため、エイルシュタット領内へと潜入する。
第9話『ゼルン回廊、燃ゆ』
リッケルトは、スパイのローレンツとともに、エイルシュタット旧王城の地下で魔女の秘密の部屋を発見。レイラインの地図を撮影し、謎の光る石も手に入れるが、調査に来たビアンカらと戦闘になり、リッケルトは胸を打たれて谷底へ。ローレンツも射殺される。しかし、ローレンツが持っていた魔女の秘密は、もう一人のスパイの手に……。
第10話『魔女の鉄槌』
ゼルン回廊へと進軍してきたゲルマニア軍を迎え撃つイゼッタの前に、科学の力で甦った伝説の白き魔女ゾフィーが立ちはだかる。イゼッタは、フィーネとの約束を果たすため、ゾフィーと戦うが、魔力が充満していたはずの場所で魔法が使えず、囚われの身に。そして、イゼッタの敗北から2時間後。エイルシュタットの首都ランツブルックは陥落した。
第11話『フィーネ』
陥落した首都ランツブルックから逃れ、アルプス山中の隠し砦跡に籠もったフィーネたち。イゼッタは、一人では立ち上がる事さえできない身体になっても、フィーネのために戦おうとしていた。その悲痛な姿を見たジークは、妖しく光る石のかけらをイゼッタへと託す。
第12話（最終回）『イゼッタ』
魔石の力により、魔力の無い場所でも魔法が使えるようになったイゼッタは、多くの人々に見送られながら、ゾフィーとの最後の戦いへと向かう。一方、フィーネもこの戦いを終わらせるため、ゲルマニアがヴェストリアで開く極秘首脳会議に潜入しようとしていた。