第1話『Encounters in Wytearp』
陽気な賞金稼ぎの青年ファバロはかつて自分が原因で元貴族から賞金稼ぎに身を落としてしまったカイザルに狙われていた。カイザルを煙に巻きながら、いつものように賞金のかかった荒くれ者退治に向かう。時を同じく空から一人の少女が落ちてきた。少女の名はアーミラ。謎の少女アーミラは酒場で危険な魔の都市「ヘルヘイム」への近道を知ると豪語していたファバロを見つけ、道案内を頼むが…。ファバロ、カイザル、アーミラの不思議な旅が始まる。
第2話『Escape from Livian』
悪魔の尻尾が生えてしまったファバロ。それは、ヘルヘイムへの近道を教えてもらう代わりにとアーミラがした口づけ、つまりは契約の魔法のせいだった。近道を教えれば、その魔法を解くと言うアーミラ。近道など知らないファバロはアーミラの隙を狙って元の体を取り戻そうとするのだが……。
第3話『Fog of Nebelville』
ネブルビルにやってきたファバロとアーミラ。アーミラはファバロに、たったひとりで聖域から神の鍵を奪ったことを話す。一方、霧の森で行き倒れたカイザル。目覚めた部屋の中には、リタという名のひとりの少女がいた。
第4話『Reunion at Ysmenport』
バッカスの「ヘルヘイムに行く船がある」という言葉を頼りに、ファバロはアーミラと共にセレファレス号に乗り込む。その船の船長をしていたのは、ファバロの父親の友人、アモンであった。一方カイザルは、リタと共にファバロを追うのだが……。
第5話『Rescue in Sword Valley』
アーミラと、彼女をかばったカイザルは、堕天使アザゼルに捕まってしまう。誰の命令で神の鍵を奪ったのか、アーミラを詰問するアザゼル。かばおうとするカイザルにアザゼルは、アーミラがしでかしたことを教えてやるという。一方、ファバロとリタは二人を取り戻しにアザゼルの城に向かうのだが……。
第6話『Anatae, Part 1: Legendary Saint』
アザゼルの城から逃れたファバロたち。しかし、ジャンヌ・ダルク率いる騎士団に捕えられてしまう。シャリオス王の前に引きずり出された彼らは、死罪になるかと思われたが……。
第7話『Anatae, Part 2: The Storm Rages』
軟禁されたアーミラとともに、アナティ城に留まることになったファバロとカイザル。そこへアザゼル、パズズたち魔属の大群が神の鍵を奪いに襲撃してくる。ジャンヌたち騎士団が戦闘態勢に入る一方、アーミラは空腹を訴えて城の食糧を貪っていた。
第8話『Anatae, Part 3: Beyond The Storm』
アザゼルはファバロたちによって倒された。その頃、アーミラは夢を見ていた。とある人物から、特別な存在だと告げられるアーミラ。一方ファバロとカイザルは、ジャンヌの計らいで騎士の称号を与えられるのだが――。
第9話『Decision in the Wailing Woods』
ファバロとアーミラはアナティを後にし、ブロドシアへと向かっていた。一方カイザルはラヴァレイから、アーミラを追いかけ導くようにと頼まれる。その頃アナティでは、ジャンヌがシャリオス王によって魔女の汚名を着せられ、捕えられていた。
第10話『Helheim, Land of Lies』
シャリオス王の手により、ジャンヌは魔女として火あぶりの刑に処されようとしていた。それを止めようとする民衆は、容赦なく騎士に切り捨てられる。罪なき民が傷つくことに涙するジャンヌ。一方、ファバロ、カイザル、アーミラは、アーミラの母親を探してブロドシアへと向かっていた。そこへ激しい地割れが起き――。
第11話『All Roads Lead to Abos』
マルチネの手によりファバロはダークファバロと化し、神魔の鍵と融合したアーミラは、ベルゼビュートの手中に落ちてしまう。一方、リタとバッカス、アザゼルを乗せた馬車は、バハムートの眠る聖地エイボスへと向かっていた。
第12話(最終回)『Rage of Bahamut』
神魔の鍵と融合したアーミラを取り込み、バハムートが復活の咆哮をあげる。世界が破滅へと向かう中、不敵な笑みを浮かべるもの、運命に抗おうとするもの、様々な想いが交錯する。そんな彼らの想いをよそに、ひとつの終わりが訪れようとしていた。
Short story #1
本作「神撃のバハムート GENESIS」から次回作「神撃のバハムート VIRGIN SOUL」の間を紡ぐ10分間の完全オリジナルのショートムービー第1弾。
Short story #2
本作「神撃のバハムート GENESIS」から次回作「神撃のバハムート VIRGIN SOUL」の間を紡ぐ10分間の完全オリジナルのショートムービー第2弾。