第1話『ピカチュウ誕生！』
カントー地方にあるどこかの森に、ひとりぼっちのピチューがいた。 まだ幼いそのピチューは、ある出会いと別れを経験する。 サトシと相棒のピカチュウが旅に出る、その少し前。 アニメ「ポケットモンスター」すべてのはじまりの物語。
第2話『サトシとゴウ、ルギアでゴー！』
オーキド博士とともに、カントー地方のクチバシティに新しくオープンしたサクラギ研究所に向かうサトシとピカチュウ。 その研究所で、クチバの港に伝説のポケモンが現れるとの情報を耳にする。バトルをするため、港へ走るサトシたち。同じ頃、クチバシティ出身の少年・ゴウも伝説のポケモンの正体を確信し、港へ向かっていた…！
第3話『フシギソウってフシギだね？』
カントー地方のクチバシティにあるサクラギ研究所のリサーチフェロー(特別研究員)となったサトシとゴウ。 最初の仕事は、街で謎の大行進をしているフシギソウについて調査すること。 早速、街に出てみると、フシギソウたちはとある場所に向かっていた。 サトシとゴウがフシギダネ、フシギソウ、フシギバナの秘密に迫る！！
第4話『行くぜガラル地方！ヒバニーとの出会い！！』
ガラル地方でポケモンが巨大化する現象があると聞いたサトシとゴウ。 この不思議な現象を調査するため、二人はすぐさま、ガラル地方へ出発した。 たどり着いたガラル地方・シュートシティの美しい街並みと名物のスコーンに夢中になる二人だったが、街でいたずらをする見慣れないポケモンたちと出会って…！？
第5話『カビゴン巨大化！？ダイマックスの謎！！』
ポケモンの巨大化現象を調査するため、ガラル地方へと来ているサトシとゴウ。 のどかな草原が続くワイルドエリアで、ひときわ大きなカビゴンと出会う。 一方、シュートシティで出会ったポケモン・ヒバニーも、ゴウを追ってワイルドエリアへやって来ていた…。
第6話『ポケモン大量ゲットだぜ！ミュウへの道！！』
初めてのポケモン、ヒバニーをゲットしたゴウ。ポケモンゲットに目覚めたゴウは、さらなるゲットを目指し、サトシたちとクチバの森に向かう。はじめは苦戦したものの、キャタピーのゲットを皮切りに、次々とクチバの森のむしポケモンをゲットしていくゴウ。カントー地方のむしポケモンを全種類ゲット出来るのか！？
第7話『激闘のホウエン地方！挑戦バトルフロンティア！！』
ホウエン地方で行われるバトル大会『バトルフロンティア・ビードロカップ』にエントリーしたサトシとゴウ。ポケモンバトル初挑戦のゴウの対戦相手はフエンタウンのホウジ。グラエナを繰り出してきたホウジに対し、ゴウは、タイプの相性が良いストライクで勝負を挑む！一方、連戦連勝の快進撃を見せるサトシ！大一番で繰り出したのは、まさかのあのポケモン！？
第8話『負けるなポッチャマ！シンオウ地方の流氷レース！！』
クチバシティの港で、げっそりとやつれたポッチャマに出会ったサトシとゴウ。研究所に連れ帰ると、ポッチャマのトレーナーのミサキから、行方を探しているという連絡を受ける。なんとポッチャマはシンオウ地方から泳いできたのだと言う。ポッチャマをミサキの元に返すため、サトシとゴウは、シンオウ地方へ向かう！
第9話『あの日の誓い！ジョウト地方のホウオウ伝説！！』
ジョウト地方のエンジュシティで伝説のポケモン・ホウオウの目撃情報が報告された。サトシとゴウがエンジュシティへ向かうと、早速ホウオウらしきポケモンを発見！しかし、それは少年クリオが仕立てた偽物のホウオウだった。クリオは祖父のジエイにどうしてもホウオウ見せてあげたいのだと言う。果たして本物のホウオウは現れるのか…！？
第10話『カイリューの楽園、ハクリューの試練！』
サクラギ博士から「カイリューたちが暮らす島があるらしい」という噂を聞いたサトシとゴウは、その島を探しに出かけることに。道中でゴウが捕まえたジュゴンに乗り、海に出たものの、突然の嵐に遭い、波にさらわれてしまった二人を救う影。とある島の海岸で目を覚ましたサトシたちの前に現れたのは、たくさんのカイリューたちだった！
第11話『コハルとワンパチと、時々、ゲンガー』
サクラギ博士を父に持ちながら、ポケモンに対してクールなコハル。家にいるワンパチはコハルによくなついているものの、「ポケモン博士の娘だから、ポケモン好きで当然だろう」と決めつける周りの声が気になっていた。そんな中、サクラギ研究所に、みんなを困らせる謎のゲンガーが現れて…。
第12話『ダイマックスバトル！ 最強王者ダンデ！！』
サクラギ博士から、世界最強のポケモントレーナーを決める大会『ポケモンワールドチャンピオンシップス』決勝戦のチケットをもらったサトシとゴウ。この一戦を見届けるため、スタジアムのあるガラル地方に向かった！注目の決勝戦のカードはカントー地方の四天王杯を制したワタルと、ガラル地方で無敗記録を伸ばし続けるスーパースター・ダンデ。無敗の男・ダンデの実力とは！？
第13話『サトシ対ダンデ！最強への道！！』
世界最強のトレーナーを決める大会『ポケモンワールドチャンピオンシップス』を観戦するためにガラル地方に来ているサトシとゴウ。ワタルとダンデによる決勝戦の興奮が冷めやらないスタジアムで、突如、カジリガメがダイマックスしてしまった！巨大なカジリガメに立ち向かうサトシとゴウ。そんな時、サトシのピカチュウを赤い光が包み込み…！？
第14話『初イッシュ地方！遺跡でレイドバトル！！』
イッシュ地方リゾートデザートで発見された「巨神の遺跡」。その謎を解き明かすため、サトシとゴウは調査に乗り出した！砂漠を越え、なんとかたどり着いた遺跡。その中で待ち受けていたのはトラップの数々！これは「巨神に近づくな」というメッセージなのか！？ 果たして2人は、無事に遺跡の謎を解き明かすことが出来るのか！？
第15話『雪の日、カラカラのホネはどこ？』
サクラギ研究所のシステムトラブルで、久々に両親と祖母の待つ家に帰ることになったゴウ。久々に再会出来ると喜んだのもつかの間、両親は急な仕事で帰りが遅くなってしまうという。いつものことだからと諦め顔のゴウだが・・・。そして、家の近所の公園でマンキーに襲われているカラカラを見かけ、ヒバニーといっしょに助けに入ったものの、カラカラが大切にしているホネを持っていかれてしまった。ゴウとポケモンたちは協力してホネを探してあげることに！
第16話『呪われたサトシ…！』
最近、サクラギ研究所では物が壊れたり、部屋が荒らされたりと不思議な現象が起こっていた。その犯人は、なんと以前研究所に現れたゲンガー。サトシとゴウは今度こそとゲットに燃えていた。そんな中、階段から落ちそうになったり、間違えて花瓶の水を飲みそうになったり、サトシの様子が突然おかしくなってしまった！もしかして・・・ゲンガーの呪い、なのか・・・！？
第17話『ヒバニー、炎のキック！明日に向かって！！』
サクラギパークでバトルの練習をしているサトシとゴウ。そこへヒヒダルマがやってきて、ヒバニーに、ほのおタイプのわざを出してみろと挑発する。ヒバニーは『ひのこ』をくり出すが、うまくできず、ヒヒダルマに馬鹿にされてしまう。悔しくて何度も練習するヒバニー。一方『ひのこ』が出せなくても今できるわざでバトルすればいいと考えるゴウ。二人の想いはすれ違い、いつしかケンカになってしまう。
第18話『サトシ参戦！ポケモンワールドチャンピオンシップス！！』
ダンデとのバトルを目指して『ポケモンワールドチャンピオンシップス』への挑戦を決めたサトシ。記念すべき初戦の相手はクチバジムのジムリーダー・マチスから留守を預かる、でんきタイプの使い手ジムリーダー代理のビスケス。2対2のポケモンバトル。まずはビスケスのライチュウVSサトシのピカチュウ。果たして勝負の行方は！？
第19話『ワタシはメタモン！』
女優・ムサシを売り込むため、映画の撮影所にやってきたロケット団。そこにはうまく変身出来ず監督に怒られスランプに陥っているメタモンがいた。撮影所から逃げ出したメタモンはいつの間にかムサシのバックに紛れ込み、ロケット団のアジトへ。女優としてメタモンを鍛えなおすと宣言するムサシ。その頃、サトシとゴウはいなくなったメタモンを探していた！
第20話『夢へ向かってゴー！サトシとゴウ！！』
サクラギ研究所で開催される『ポケモンオリエンテーリング』でリーダー役をつとめることになったサトシとゴウ。参加者の子どもたちと一緒に、ポケモンバトルや、ポケモンゲットの楽しさに触れた二人は、改めてそれぞれの見果てぬ『夢』を再確認する。そこにまさかのルギアが現れて・・・！？