第1話『これがシャドバだ！！』
天青学園に通う少年、竜ヶ崎ヒイロ。 世間で大流行中のデジタルカードゲーム『Shadowverse（シャドウバース）』、 通称・シャドバをプレイしたいヒイロだったが、祖父であるシゲフミにスマホを買ってもらえないでいた。 ある日の朝、いつものように登校しようとしたヒイロは、自分を呼ぶ謎の声を聞く。 その声に導かれ、自宅の蔵に入るヒイロ。蔵の中には、真新しいスマホが置かれていた……。
第2話『ヒイロの決意』
静まり返った夜の公園で、ヒイロは夜那月ルシアと出会う。 ルシアもシャドバが好きなのだろうと思ったヒイロは、ルシアにバトルを挑む。 ヒイロの挑戦を快諾するルシア。その瞳は、刃のように鋭く細められていた……。
第3話『超天才の策略』
天青学園でのバトルで、連戦連勝を重ねるヒイロ。 そこに現れたのは、ヒイロの1年後輩である伊集院カイだった。 カイはヒイロの友達である進藤カズキを圧倒した後、ヒイロに挑戦状をたたきつける。 果たしてヒイロはカイに勝つことが出来るのだろうか……。 「超天才の策略、お見せしますよ」
第4話『特別なもの』
ヒイロの友達、天宮ミモリ。 ミモリは自分が『普通』なことにコンプレックスを抱えていた。 ミモリの憧れは、国民的アイドルの黒羽アリス。 黒羽アリスのポスターをぼぉーっと眺めていたミモリの前に、謎の少女が現れる。 少女は「アタシに勝ったら黒羽アリスに会わせてあげる」と、ミモリにバトルを申し込んでくるのだった……。
第5話『激闘！ヒイロVSカズキ！』
いつものごとく、シャドバスタジアムでバトルをしようとするヒイロ。 すると、入り口の大型ビジョンには「本日 店舗大会！参加者募集中！」の文字があった！ 初めての大会にワクワクしつつ、参加を決めるヒイロ。 すると、そこに遅れてカズキもやってくる。 いつもは友達、今日はライバル。2人のバトルが今、始まる……！
第6話『強さの理由』
勉強、スポーツ、そしてシャドバ。どれをとっても隙がない少年、夜那月ルシア。 誰もが羨む才能を持つルシアだったが、彼にとって必要なのものは羨望の眼差しではなく、強さだけ。 自らを追い込み、ストイックに生きるルシア。 そんな彼の前に、プロプレイヤーである牙倉セイヤが現れる……。
第7話『目指せ！マスターランク！』
全国大会に出場するため、ヒイロはマスターランクを目指す。 バトルに勝ち続けるヒイロだったが、あと一歩のところで届かない。 そんな時、ヒイロの前にグランドマスターランクの男――レオン・オーランシュが現れる。 「私に勝てば、君はマスターランクだ」 マスターランクの座をかけて、ヒイロの挑戦が始まる！
第8話『決勝トーナメント始まるッ！』
見事、全国大会への出場を決めたヒイロ。 厳しい予選を潜り抜けた先に待っていたのは、強者のみが集う決勝トーナメントだった！ 第1回戦の相手として現れたのは、フードを被った謎の少女。 「Ecila」と名乗る彼女の正体とは……。
第9話『開幕！華麗なるウィッチショー！』
1回戦に勝利し、2回戦へと駒を進めるヒイロ。 相手となるのは、プロプレイヤーである牙倉セイヤ！ 物腰柔らかなセイヤだったが、その瞳の奥には熱い炎が渦巻いている。 ルシアとのバトルでは見せなかった「本気のセイヤ」にヒイロは勝つことが出来るのだろうか……？
第10話『マウラの呪縛！』
全国大会もいよいよ、大詰め！ 準決勝に辿り着いたヒイロは、謎めいた少年・マウラと出会う。 怪しげな微笑みと共に、トリッキーなカードを繰り出してくるマウラ。 ルシアとの決勝戦まであと一歩。絶対に負けられないバトルが始まる！
第11話『ヒイロvsルシア』
数々の熱いバトルを経て、ついに決勝戦が幕を開ける。 かつての借りを返すため、ヒイロは再びルシアと相対する。 交差する2人の視線、ぶつかりあう2人の想い。 しかしバトルの中で、ヒイロとルシアの決定的な違いが明らかになる。 「ヒイロ。僕にとって、シャドバは――」
第12話『勝利は誰の手に』
ヒイロとルシア、すれ違う2人、重なり合わない2人。 それでもシャドバという繋がりを信じて、ヒイロは全力でバトルを続ける。 決勝戦の先にヒイロが目にするものは、戦いの終わりか、それとも――。
第13話『開幕！シャドウグランプリ！』
全国大会に出場したヒイロたちを待っていたのは、ジェネシスカンパニーによる新たな大会・「シャドウグランプリ」だった！ 世界中から集まる強豪プレイヤーたちの存在に、ヒイロは胸を躍らせる。 そして今、新たなバトルの幕が上がる――。