第1話『目醒めるもの』
萬天中学に通う六条壬晴は、忍道部同好会へ勧誘される。この話を無視した壬晴だったが、相澤虹一と山背先生の戦闘に遭遇。秘術･森羅万象を狙うこの襲撃をきっかけに、壬晴の“森羅万象”の封印が解かれる。
第2話『雷鳴、来る』
自衛のため忍術を教えようとする帷たちに、無関心な壬晴。そこに、隠の世を見定める任務を負い、隠の世を左右する者の出現を聞きつけてきた清水雷鳴が現れる。雷鳴は弱く無自覚な壬晴に不信感を抱くが…。
第3話『襲撃』
霧が晴れて全容を現す風魔の里と、灰狼衆の襲撃で傷ついた風魔忍たち。その奇妙な傷つき方に嫌な予感を覚える帷。目的である風魔忍の禁術書を奪取し立ち去ろうとしていた雪見に、雷鳴が戦いを挑む。
第4話『任務言渡』
萬天一行は、里に戻った風魔忍の長･風魔小太郎たちに傷の手当を受ける。壬晴たちを守ろうとして重傷を負った帷。壬晴は、敵の冷徹な攻撃や、傷ついた風魔忍たちを思い返し、自分の現状をようやく実感する。
第5話『慾』
重傷の帷を残し、萬天に帰ってきた壬晴たち。風魔の二の舞にならぬようにという帷の言いつけに従い、3人は学校に隠された萬天忍に伝わる忍術書を処分する。その後、学校から帰った壬晴を山背が待ち受けていた。
第6話『選択』
気羅使いの宵風に壬晴が連れ去られた。自分の至らなさを責める帷。その頃、壬晴は宵風と共に町から離れた山中にいた。竹藪に囲まれた廃電車の中で、宵風は“森羅万象”の力で自分の願いを叶えろと壬晴に迫る。
第7話『決する心』
萬天中学校に現れた戸隠の首領･織田八重。彼女が萬天を訪れたのは、帷たちに海外の要人暗殺の仕事を請け負わせるためだった。心を読み取る禁術･飯綱心眼の力を使い、八重は帷たちに揺さぶりを掛ける。
第8話『伝わる心』
フロスティの警護役は雪見と宵風だった。壬晴はあえて雪見たちに捕まり、宵風と密かに禁術書の情報交換を行う。一方、壬晴を人質に取られ、雪見と戦闘に入る帷。だが、その隙にフロスティたちが連れ出され…。
第9話『前奏曲』
清水雷光が家の全員を斬り捨て、出奔してから5年。以来、雷光は灰狼衆の造反者に制裁を加える“分刀”の1人となっていた。日本刀での殺人、彼岸花の話を聞いた雷鳴は、それが自分へのメッセージだと悟る。
第10話『ポルカ 雷鳴と雷光』
清水家の跡地で、ついに対峙した雷鳴と雷光。雷鳴は、清水家を滅ぼし侍の誇りを汚した雷光を切り捨てるべく刀を抜く。一方、“森羅万象”の秘密を帷に問い詰めていた壬晴の前に、予期せぬ人物が現れる。
第11話『カーテンコール』
雷光に敗れ、病院で治療を受ける雷鳴。身体は傷つき、黒我門も奪われ、心は屈辱に震えていた。そんな雷鳴を見守る壬晴たち。その頃、雷光から清水家の真実を聞いた俄雨は、雷鳴を探し出そうと病院を訪ね回るが…。
第12話『意志』
俄雨がいた病院の前で、雷鳴は壬晴に会う。宵風のため“森羅万象”を使う決意をした彼を心配しつつも、雷鳴は引き止められなかった。宵風と合流した壬晴は、飯綱心眼の書を手に入れ、灰狼衆首領･服部に会いに行く。
第13話『眠らない学舎』
他里と交流を断っていた甲賀からの突然の招待に、疑念を抱きつつ応じた雪見たち。甲賀の禁術書･蛇薬を入手するには最高の機会。途中、事故に見舞われた雪見たちを案内すべく学院の生徒･しじまが迎えに来るが…。
第14話『夜の底』
雪見たちとはぐれた壬晴と宵風は地下室に逃げ込む。すばるやカタリナを相手に、宵風は気羅で応戦。それを見たしじまは宵風に向かっていく。しじまの鉤爪と宵風の体術の死闘が続くが、次第に宵風が押され始め…。
第15話『別れの朝』
アルヤ学院の地下書庫で“森羅万象”の文字を浮き上がらせた壬晴。一方、地下書庫への扉を開けた雪見たちは、壬晴が放つ圧倒的な気を感じる。立ち尽くす雪見たちをよそに、帷は一人、壬晴に近づこうとするが…。
第16話『遠来の客』
壬晴が甲賀の禁術書を預かったことで、灰狼衆は四つ目の禁術書を手にした。残るは帷が保管する円月輪の書のみ。服部は、萬天で帷から禁術書を手に入れるよう、雪見に命じる。禁術書をめぐる戦いが、萬天で始まる。
第17話『決壊の時』
最後の術･円月輪をめぐる戦いが始まった。服部の命を受けて萬天を訪れた雪見は、帷の行方を問うべく雷鳴と虹一の元に訪れる。雷鳴は、帷の行方を知っているふりをして、雪見を連れ回そうとするが…。
第18話『呼ぶ声』
壬晴は、宵風を連れて和穂がいる診療所に戻ってきた。眠り続ける宵風。壬晴は和穂に“森羅万象”をはぎとる研究が進んでいるかどうか、探りを入れる。一方、別の部屋では俄雨に付き添う雷光の姿があった。
第19話『死神の横顔』
雷光と俄雨に気羅を撃ち、姿を消した宵風が壬晴と帰ってきた。すると、雷光の刀に倒れて以来意識不明だった俄雨が目を覚ます。翌日、帷を捜し出すための会議が雪見の部屋で開かれ、一同が集まる。
第20話『戸隠へ』
和穂の情報で、壬晴と宵風は飯綱心眼の術者･織田八重の元を訪れる。宵風のために“森羅万象”を使いこなしたいと話す壬晴。その変化に驚いた八重は、壬晴のために飯綱心眼の封印を解くことを決める。
第21話『野望』
造反者として鬣に捕まり、灰狼衆の本拠に連行された壬晴、宵風、八重。宵風は身体の自由と意識を奪われ、壬晴は監禁される。飯綱心眼を使えば“森羅万象”と接触できる八重は、服部の尋問を受けていた。
第22話『混沌』
俄雨と雷光に助けられ、灰狼衆から脱出した壬晴と宵風。衰弱した宵風は壬晴に1人で逃げるよう言うが、壬晴は一緒でなければ動かないと言い切る。一方、服部の前に、2人を逃がした責任を負うために雷光が現れる。
第23話『発動』
連れ戻された壬晴と宵風に、服部は宵風と出会い、宵風が気羅を身につけるに至った経緯を語り出す。その頃、雷鳴たちが壬晴たちのいる寺に向かっていた。そして使命を見出した雷光が、白我聞を手に一季の前に現れる。
第24話『円月輪』
壬晴と宵風のいる座敷牢に飛び込んだ雷鳴と俄雨。驚きの光景を目にした2人は、怒りに任せて服部に立ち向かうが相手にならない。服部は愕然とする壬晴を責め、義務を果たせと語る。追い詰められた壬晴はついに…。
第25話『二人』
ついに服部を気羅で殺してしまった宵風。そのショックで錯乱した宵風は、自分に気羅を打ち込もうとする。その宵風のそばでは、“森羅万象”が壬晴を取り込み、より完全な発動を遂げようとしていた。
第26話（最終回）『心 紡いで』
帷たちのおかげで、壬晴は姿を消した宵風と再会を果たす。海辺にたたずむ教会で、壬晴は宵風に何を語るのか。壬晴と宵風、彼らをめぐる多くの人々、そして“森羅万象”。それぞれの物語がクライマックスを迎える。