第1話『プレリュードZZ』
全作『機動戦士Ｚガンダム』と『機動戦士ガンダムＺＺ』を繋ぐプロローグ編。 宇宙世紀の歴史のおさらいや、キャラクター＆メカニックの解説、クワトロ・バジーナとシンタ＆クムによって進行されるモビルスーツクイズなどでシルーズを紹介。 そして『ＺＺ』の第1話ハイライトとして、グリプス戦役で傷付き、サイド１の１バンチ＝シャングリラへ入港しようとするエゥーゴの強襲巡洋艦アーガマの姿が描かれ、主人公ジュドー・アーシタの物語が始まるのだった。
第2話『シャングリラの少年』
グリプス戦役で傷ついたエゥーゴの強襲揚陸艦アーガマは修理と補給の為にサイド１の１番地コロニー＝シャングリラへ寄港していた。 少年ジュドー・アーシタは、妹リィナの学費を稼ぐために仲間たちとジャンク屋で生計を立てていた。ある日、宇宙を浮遊する脱出カプセルを回収し、結果的にティターンズの士官ヤザン・ゲーブルを救出する。ヤザンはジュドーたちにアーガマからＺガンダムを盗み出し、一儲けする事をけしかけられた。 口車に乗って、Ｚガンダムを盗みにアーガマに潜り込むジュドーだったが、そこで会ったのは放心状態で廃人同様となったＺガンダムの元パイロット、カミーユ・ビダンだった。
第3話『エンドラの騎士』
アーガマを追って、シャングリラ・コロニーにジオン残党軍組織アクシズの宇宙巡洋艦エンドラが入港した。アーガマは入国管理事務職員チマッターの手引きでコロニー内に誘導されジャンクの山に身を隠す。エンドラの艦長であるマシュマー・セロは、アーガマを拿捕しようとガルスＪで出撃する。 一方、Ｚガンダムを諦めきれないジュドーはアーガマに侵入し、成り行きからマシュマーのガルスＪに立ち向かうのだった。
第4話『熱血のマシュマー』
ゴットン・ゴーの立案する作戦が許せないマシュマーは騎士道精神を掲げてガルスＪで正面からアーガマに挑む。しかし、またしてもＺガンダムを盗むに来ていたジュドーと対決する事になった。 激戦を繰り広げるＺガンダムとガルスＪ。戦いの中、ゴットンの仕掛けた落とし穴によりＺガンダムはコロニーから宇宙に飛び出してしまう。
第5話『ジュドーの決意』
ジュドーのニュータイプの素養を見込んだブライトは、アーガマでパイロット候補生になることをジュドーに薦める。しかし、ジュドーは軍人になってアーガマに乗ることを拒否。 一方、アーガマ攻撃に手こずるマシュマーに、シャングリラ・コロニー内のジャンク屋ゲモン・バジャックが協力を申し出てた。ゲモンはカスタムメイドのＭＳゲゼで出撃。ファはＺガンダムで出撃するが、ゲモンのゲゼに思わぬ大苦戦。見かねたジュドーはファに代わってＺガンダムを操縦。ゲゼを追い払うのだった。
第6話『ズサの脅威』
ジュドーの仲間ビーチャ・オレーグ、モンド・アガケ、エル・ビアンノ、イーノ・アッバーブは乗組員となってアーガマに留まろうとするが、ジュドーひとりはそれに反対していた。 そんな中、マシュマーはシャングリラ・コロニーを管理している資産家のダマールを買収し、宇宙巡洋艦エンドラをコロニー内に誘導、新型ＭＳズサでアーガマに攻撃を仕掛けてきた。カミーユが入院している病院を守るために、ファは整備中のＭＳメタスで出撃。アストナージも、Ｚガンダムで加勢に出るが、メタスとＺガンダムは、マシュマーのＭＳズサに苦戦を強いられる。
第7話『ガザの嵐』
なんとか宇宙を航行できるまでに修理されたアーガマだったが、アクシズの宇宙巡洋艦エンドラが港に居座っているため出港できない。ドック艦ラビアンローズに合流したいアーガマはシャングリラ・コロニーの港の反対側にある工業用ハッチからの脱出を計画する。しかし、工業用ハッチを管理していたのはゲモンたちジャンク屋で、偵察しにいったジュドーはゲモンに捕らわれてしまう。 その頃、マシュマーは「ガザの嵐隊」をアーガマの攻撃に向かわせる。アーガマはファのＭＳ Ｚガンダムと、トーレスのＭＳメタスで応戦するが苦戦。ラビアンローズからやってきたルー・ルカに救われたジュドーはファと交代しＺガンダムに乗り込み反撃に出る。
第8話『鎮魂の鐘は二度鳴る』
宇宙に放出されたガザの嵐隊が死んだと信じ込んだエンドラの乗員は、アーガマを拿捕することこそ死者への手向けになると固く復讐を誓う。そして、ゲモンはジャンク屋仲間を煽動し、生き延びていたヤザンと共にアーガマを奪う作戦を立てていた。 ゲモンとヤザンの２機のＭＳゲゼに応戦すべく出撃したジュドーのＺガンダムは戦闘を開始する。その頃、ルーとチマッターの行動によって工業用ハッチは開放され、アーガマはシャングリラからの脱出をはかる。しかしエンドラはアーガマがハッチにさしかかるのを待ちかまえていた。
第9話『宇宙のジュドー』
シャングリラ・コロニーを脱出したアーガマは、ルーの案内でドック艦ラビアンローズとの合流地点へ向かうが、水先案内人のはずのルーが迷子になってしまう。 ビーチャとモンドは、アーガマをエンドラに売り渡し一儲けしようと企み、エンドラへ連絡をとろうとする。二人が発信した強力な電波を、受信したマシュマーは、新型ＭＳハンマ・ハンマで出撃した。ジュドーはＺガンダムで出撃するが、ビーム・ライフルのエネルギーパックを忘れ大苦戦。一方、ルーはアクシズの若き士官グレミー・トトに捕えられていた。
第10話『さよならファ』
ファはシャングリラの病院に残してきたカミーユの事も気になり、いっこうに軍規を守らないジュドーたちに苛立つ。 戦果を上げられないエンドラには監視役としてキャラ・スーンが送り込まれていた。マシュマーは戦果を上げるためアーガマを強襲する。 整備途中のビーム・ライフルを持ち、Ｚガンダムで出撃するジュドーはハンマ・ハンマの新型装備の前に手も足も出なかった。ファはメタスでジュドーを援護に向かうが・・・。 一方、アーガマにはゴットンが潜入し、内通者とコンタクトをとろうとしていた。
第11話『始動！ダブル・ゼータ』
潜入が発見され独房に捕まっていたゴットンはシンタとクムを言葉巧みに騙し、独房を抜けだす事に成功。イーノを人質にコア・ファイターでアーガマを脱出する。 ジュドーとルーはＺガンダムで後を追うが、マシュマーのハンマ・ハンマとキャラのＲ・ジャジャを前に苦戦を強いられる。一方、ゴットンの操縦するコア・ファイターは隕石にぶつかり、ゴットンとイーノはコックピットを放り出された。宇宙をさまよっていたイーノはラビアンローズに救助され、コア・トップを受け取りジュドーたちと合流するのだった。
第12話『リィナが消えた』
左遷されたマシュマーに代わって巡洋艦エンドラの新艦長になったキャラがドック艦ラビアンローズへ攻撃を仕掛ける。そして、ラビアンローズに来ていたルーとリィナは、グレミーの乗るガザＤに連れ去られてしまった。 リィナがさらわれたと知ったジュドーはラビアンローズに急行。イーノも頭部を破壊されたＺガンダムにザクの頭へ交換したＺザクで応援に駆けつける。だがキャラとの戦いの最中、ジュドーは意識に広がる宇宙のイメージに圧倒され、戦意を喪失していしまう。
第13話『妹よ！』
ジュドーはネオ・ジオンのグレミーに妹リィナを連れ去られ苛立っていた。ブライトは考えもなくＺＺガンダムで飛び出していきかねないジュドーの監視をビーチャたちに命じた。 しかし、エルの協力によってジュドーはＺＺガンダムでアーガマを脱出、リィナの捜索に向かった。 一方、宇宙巡洋艦エンドラに連れてこられたリィナは、グレミーの指導のもと、一流のレディになるための英才教育を受けていた。しかし、ゴットンはリィナがＺＺガンダムのパイロットの肉親であると知るや、ガザＤに人質としてリィナを乗せ、ジュドーを脅す。進退窮まったジュドーは、なす術が無くＺＺガンダムを損傷させてしまうのだった。
第14話『幻のコロニー(前)』
アーガマの艦長のブライトは、ラビアンローズの艦長代理エマリー・オンスと接触し作戦を立てる。アクシズの宇宙巡洋艦エンドラの追撃を振り切るために、アーガマを暗礁空域にある古い型のコロニーであるムーン・ムーンに寄港させるのだ。 ムーン・ムーンは初期のコロニー開発時代に建設された古いコロニーで、機械文明を否定する「ヒカリ族」が住んでいた。 アーガマを追撃しムーン・ムーンに入港してきたエンドラのゴットンは、偶然キャラがジュドーたちと鉢合わせになり一緒にいるのを目撃して、人質に取られたものと勘違いしてしまう。ゴットンはリィナを人質にキャラの返還を要求。ジュドーはヒカリ族の少女ラサラに助けられながらＭＳ ＺＺガンダムでゴットンのＭＳ Ｒ・ジャジャに立ち向かう。Ｒ・ジャジャを撃退したジュドーは、ヒカリ族にコロニーを救った救世主として祭り上げられそうになる。
第15話『幻のコロニー(後)』
ラサラの双子の姉サラサは、自分たちの宗教である「光の教え」を布教するためにアーガマの乗っ取りを計画する。 そこにつけ込んだゴットンはサラサと神官ロオルに取り入ってムーン・ムーンの支配を企む。アーガマからはブライトとエマリーが捕らえられてしまった。ジュドーはラサラの助けで神殿内に潜入。一方、ダブルビーム・ライフルのコクピットから消え、行方不明となっていたビーチャとモンドは、エンドラにひろわれ、下働きとして働かされていた。ラサラに一目ぼれしたモンドは、古いＭＳキャトルを修理してジュドーたちに協力する。 ジュドーはリィナを取り戻すためＺＺガンダムでエンドラに立ち向かい撃沈、司令官であるキャラを捕虜にするが、戦闘中にリィナは再びグレミーによって連れ去られてしまうのだった。
第16話『アーガマの白兵戦』
アーガマはドック艦ラビアンローズで改修を受け、新武装ハイメガ粒子砲を装備した。 一方、一度沈没し小惑星衛星アクシズへと回航される宇宙巡洋艦ミンドラに乗り移ったグレミーは、アクシズへ向かう途中で、アーガマの補給に向かうランチを発見し捕獲する。 ランチに乗っていたエゥーゴのミリィとメッチャーの２人を利用して、ゴットンはアーガマを乗っ取る作戦に出た。ゴットンは部下たちをランチに潜ませ、アーガマへの潜入に成功する。艦内で激しい白兵戦が繰り広げたものの、敗北したゴットンはエマリーを人質に逃走しようとした。ジュドーの活躍でエマリーを救出するが、ジュドーはノーマルスーツで逃げる生身の兵士に動揺し、それを撃つことはできないのだった。
第17話『奪回！コア・トップ』
ランチでやってきたメッチャーは、ブライトにエゥーゴからの指令を携えていた。それはアーガマ一隻で小惑星衛星アクシズを破壊せよという無謀な内容だった。 アーガマがハイメガ粒子砲のテストを行おうとした時、捕虜になっていたキャラがシンタを人質に取りコア・トップで脱走した。ジュドーはキャラを追跡するが、そこへ廃棄コロニーでチャンスをうかがっていたゴットンの新型ＭＳガ・ゾウム隊が現れる。 ルーやエルたちの援護でＭＳガ・ゾウムはキャラを救出し退却するが、ジュドーたちは突如現れた黒いＭＳ「キュベレイ」のファンネルに翻弄される。ブライトは援護のハイメガ粒子砲を発射するが、キュベレイＭｋ−IIはそれを難なくかわすのだった。
第18話『ハマーンの黒い影』
ジュドーは妹リィナの救出のため、コア・ファイターに乗り、ひとり小惑星基地アクシズへと潜入する。そこで出会ったのは、ジュドーに対して無邪気にお兄ちゃんと呼びかけるエルピー・プルという少女だった。 彼女の案内で宮殿へ向かったジュドーは、そこで思いがけずアクシズの最高指導者ハマーン・カーンと出会う。ハマーンはジュドーのニュータイプとしての潜在能力の高さに驚き、ジュドーはハマーンから邪悪な意識を感じとる。 一方、ビーチャとモンドはアクシズでの待遇の悪さに新型ＭＳバウを奪って脱走しようとする。ビーチャとモンドが引き起こした騒動によってジュドーは宮殿から脱出するが、その際、プルこそがキュベレイＭｋ−IIのパイロットであることを知る。
第19話『プルとアクシズと』
妹リィナを助けたい一心のジュドーは、ＭＳ ＺＺガンダムを手土産にアクシズへ投降してしまう。 独房に監禁されたものの、ジュドーはプルの手助けで脱走し、ようやくリィナに会うことができた。だが、リィナばかりを気にするジュドーに、プルが嫉妬し腹を立てて、リィナを人質に取る。リィナを連れたプルはＭＳキュベレイＭｋ−IIに乗り、小惑星基地アクシズ内の街で暴れる。ジュドーはプルに必死の説得を試みる。 一方、ＳＦＳ メガライダーに乗ったルーとエルの、ＺガンダムとガンダムＭｋ−IIがアクシズへの侵入に成功。ジュドーを助けて脱出し、そのどさくさにまぎれてビーチャとモンドもアーガマに帰還する。
第20話『泣き虫セシリア(前)』
月のグラナダ基地に入港し補給中のアーガマに、エゥーゴの実力者ウォン・リーが現れた。ウォンはブライトに、地球に降下したハマーンの部隊の追跡を命じる。 そんな中、アーガマのクルー、トーレスはミリィと入ったグラナダのピザ屋で幼なじみのセシリアと再会する。だが、セシリアはゴットンからアーガマの目的地を調べるように命じられたスパイだった。 ビーチャとモンドは街で偶然見かけたゴットン隊のネル、クレイユの話を盗み聞きし、ゴットンの艦が隠れている宇宙港を突き止めた。ジュドーとビーチャたちはゴットンの艦を叩きに出撃する。
第21話『泣き虫セシリア(後)』
中古の輸送船を買い占めたゴットンは、それを次々と月面都市グラナダの宇宙港へ落とし、強襲巡洋艦アーガマをいぶり出す作戦に出た。キャラはその混乱に乗じてアーガマからＭＳガンダムＭｋ−IIで脱走。 正体がばれたセシリアはスパイ容疑で死刑になると思い込み、ゴットンから移民船のチケットと金塊を受け取ると、家族と共にグラナダから脱出しようとする。しかし、ゴットンから渡された金塊は、じつは時限爆弾だった。 セシリアはトーレスに嘘をついたことを悔いて、シャトルとグラナダを守るために時限爆弾ごとＭＳガ・ゾウムにしがみついた。命を投げ出して皆を救おうとしたセシリアを、なんとか助けようとＭＳ ＺＺガンダムで戦うジュドーだったが、善戦むなしく彼女はガ・ゾウムもろとも宇宙に散っていった。
第22話『ジュドー、出撃！！』
月面都市グラナダを出港したアーガマに、地球へ向かうネオ・ジオン艦隊の旗艦サダラーンへ攻撃命令が下った。ジュドーは妹のリィナもネオ・ジオンの艦隊に居るとにらみ、独断で出撃してしまう。 だが、ＭＳ ＺＺガンダムにはビーチャの悪巧みで爆弾が取り付けられていた。ジュドーを失敗させ、ビーチャはＺＺガンダムのパイロットの座を奪うつもりなのだ。 ジュドーの接近を感じたハマーンは、彼を旗艦サダラーンへと誘導する。ジュドーに対し手を組まないかと持ちかけるハマーン。しかし、ジュドーはそれを拒否し、ビーチャの爆弾でハッチを破り脱出。そこでネオ・ジオンの歴戦の戦士であるラカン・ダカランのＭＳドライセンの攻撃を受け苦戦するが、エルとルーの援護で撃退に成功する。
第23話『燃える地球』
ブライトは再びアーガマでネオ・ジオン艦隊に肉薄する。ジュドーはリィナを救出するチャンスにかけ、ネオ・ジオン艦隊の地球降下作戦を阻止すべくＭＳ Ｚガンダムで出撃した。 だが、そこへプルの乗るＭＳキュベレイＭｋ−IIが出現。グレミーによって精神操作されたプルは、ジュドーを敵だと思いこまされていた。ジュドーは必死にプルを目覚めさせようとするが、直接向き合ってもプルはジュドーに銃を向けてくる。 やがてＺガンダムとキュベレイＭｋ−IIは大気圏に突入。キュベレイＭｋ−IIの肩を破壊しつつも、ジュドーはＺガンダムでプルのキュベレイＭｋ−IIをかばいつつ大気圏突入に成功。一方、ハマーンはアーガマの攻撃をかわし、ネオ・ジオンの艦隊は地球への降下を開始した。
第24話『南海に咲く兄妹愛』
アフリカ上空に降下したアーガマは激しい嵐とＭＳカプールの攻撃に苦しめられる。だが、地元の漁師の案内で安全な入江にしばし停泊することができた。 一方、ジュドーは妹リィナがいると思われるダカールへ向かうために漁船に乗りこみ、タマンという少年とその妹アヌと出会う。実はタマンは金欲しさにネオ・ジオンの手先として働いており、アヌはその危険な仕事をやめさせたがっていた。 タマンがＭＳカプールでアーガマ攻撃に出撃したと知ったジュドーはＺＺガンダムで彼を連れ戻しにいく。ジュドーはＭＳザク・マリナーの攻撃からアーガマを守りぬき、タマンにネオ・ジオンへの協力と、戦争で一儲けする考えを止めさせた。
第25話『ロンメルの顔』
アーガマは地球の反地球連邦組織「カラバ」と行動を共にし、ダカールを挟み撃ちにするためにガンダムチームは別動隊として活動を開始した。ジュドーたちガンダムチームは砂漠地帯からダカールを目指すのだ。だが、そこにはザビ家の再興を願って８年も待ちつづけた旧ジオン公国軍残党、ロンメル部隊が待ち受けていた。 ロンメル部隊は旧式ながら、砂漠における地の利を生かし、ＭＳディザートザク、ＭＳドワッジでガンダムチームを苦しめる。しかし、ジュドーたちが子供だと知ったロンメル中佐は時代から取り残されたことを痛感。ザビ家再興の夢と共にガンダムチームに破れ去った。
第26話『マサイの心』
不足してきた水を探しに出たジュドーは、不時着したところをマサイという土地の女性に救われる。 彼女の案内によりガンダムチームはオアシスのある小さな村にたどり着くが、村人は水を分けてくれようとしない。じつはマサイの亡くなった恋人タグは旧ジオン兵であり、一年戦争の恨みにより彼女は村人から白い目で見られていたのだ。マサイは村人に恋人だったタグとＭＳの強さを見せつけるために、ＭＳゲルググでガンダムチームに戦いを挑んでくる。この日のために訓練を積んできたマサイだったが、やはりＭＳ ＺＺガンダムに立ち向かえるものではなかった。ジュドーのＺＺガンダムに破れ、マサイはその心の傷を癒されること無く孤独な生活に戻っていく……。
第27話『リィナの血(前)』
ハマーンはネオ・ジオン軍の力を誇示するため、地球連邦政府の首都ダカールで大パレードを敢行した。迎賓館のパーティーには連邦政府の要人を多く招き、ミネバ・ザビがザビ家の後継者として立った事を印象付ける。そしてグレミーに伴われたリィナは社交界デビューを果たすが、会う大人たちの日和見主義に嫌悪 感をもよおす。 一方、ジュドーたちガンダムチームは夜を待ってダカールに奇襲を仕掛け、混乱に乗じてリィナを救出しようとする。だが、ハマーンに見つかり撃たれたジュドーをかばいリィナが銃弾を受けてしまうのだった。
第28話『リィナの血(後)』
ジュドーはリィナを連れてダカールからコア・ベースで脱出するが、撃墜されてしまい海を漂う。プルは２人を発見するものの、嫉妬に駆られ、リィナがいてはジュドーが戦いに集中できないと兄妹を引き離しにかかる。ジュドーはプルの孤独な心を感じ取り、皆で兄妹になればいいと説得。プルの気持ちはようやく落ち着くのだった。 一方、ハマーンがグレミーに送ったオウギュストのＭＳドライセン部隊も加わり、ダカールではガンダムチームが苦戦していた。ジュドーはＺＺガンダムで救援に駆け付け、アーガマはネオ・ジオンの旗艦サダラーンにハイメガ砲を発射する。 ネオ・ジオン軍はダカールから撤退するが、被弾したＭＳドワッジは傷ついたリィナのいる小屋に墜落していく・・・。
第29話『ルーの逃亡』
アーガマとカラバの合流を阻止したいハマーンは、グレミーとオウギュストにカラバの拠点、エルゴレアを攻撃させる。ジュドーはリィナを失った悲しみで自分の内殻に閉じこもってしまうが、プルに激励されて出撃していく。戦闘中にビーチャはグレミーの気持ちを利用し、ルーのコア・ファイターを盾にする。その結果ルーとグレミーは砂漠へ投げ出されてしまうのだった。 ネオ・ジオンの空襲で破壊されたエルゴレアの街を見たジュドーは、理不尽に死んでいった人々と破壊された街を見て、もう一度戦う決意を固めた。
第30話『青の部隊(前)』
ルーは戦闘中に自分を盾にしたビーチャを許せずアーガマに戻ってこない。自由貿易の街ガルダーヤに迷い込んだルーは芸術家気取りの男ジェネと知り合う。 一方、グレミーはヨーロッパ人から街の奪還を目指すアフリカ解放戦線の青の部隊に救われ、隊長ディドーの命令で地下街に潜入する。そこでルーとグレミーは鉢合わせし、グレミーとジェネはルーをめぐって殴り合いを始める。その頃、ジュドー達はルーを探しに出た砂漠で、青いＭＳゲルググに乗った青の部隊の兵士ディドーや部下のエロの攻撃を受けていた。ガンダムチームはこれを退け、ジュドーはルーを探しにガルダーヤに入っていく。
第31話『青の部隊(後)』
ガンダムチームから隊を守って死んだ青の部隊の隊長ディドーは、グレミーをネオ・ジオンの士官と見込んで、自分が死んだらと青の部隊を託す。ジュドーたちはルーを探してガルダーヤの街をさまよっていたが、そこへアフリカ解放戦線の指揮官ガデブ・ヤシンと共同戦線を張ったオウギュストの部隊が襲って来る。 オウギュストは解放戦線を利用し、ガルダーヤをネオ・ジオンの基地にしようとたくらんでいたのだ。エロは自分たちの理念を裏切って、ネオ・ジオンの名のもとに街を破壊しようとするガデブが許せず、単身立ち向かっていくが、グレミーの仲介の元、共にガンダムチームへ戦いを挑む。ジュドーはビーチャ、モンドの援護でディドーの部隊を撃破。エロも戦死する。グレミーはディドーの無念を晴らす誓いを立てるのだった。
第32話『塩の湖を越えて』
アーガマとの合流地点に向かうガンダムチームはメルリル湖という塩湖に出た。しばしの休息を取るジュドーたちだったが、そこに、またもオウギュストの部隊が襲い来る。オウギュストはグレミーが温存しているニュータイプ部隊の存在を知り、ハマーンを裏切り、グレミーに服従を誓うようになっていた。オウギュストはジュドーたちを威嚇しただけでその場を去り、ダブリンへ進みつつあるアーガマへと向かっていった。ジュドーたちガンダムチームはアーガマの援護に急行するが、エルに気のあるビーチャは、彼女がジュドーの活躍を喜ぶのが気に入らず、ジュドーからＺＺガンダムを奪いＭＳドライセンを迎え撃つ。しかし慣れない機体では思うように戦えず苦戦してしまう。ジュドーはＭＳ百式で出撃し、ドライセンを撃墜するのだった。
第33話『ダブリンの午後』
アーガマは地球連邦政府の高官を訪ねるためにダブリンへと向かう。だが、そこへ、宇宙からＭＳバウと大型ＭＳサイコ・ガンダムＭｋ−IIをグレミーの戦艦サンドラへ輸送中のアリアス・モマが襲ってきた。プルの活躍でアーガマはこの危機を脱しダブリンに到着。しかし、地球連邦政府の高官たちはブライトを歓迎せず、ハマーンとの和平交渉のためにはアーガマの武装解除さえ行うという。ブライトの後をつけて話を聞いてしまったジュドーは怒り、高官に殴りかかってブライトとともに監禁されてしまう。アリアスはアーガマをおびき寄せるためにダブリンへの空襲を開始し、２人が監禁された屋敷も炎に包まれてしまう。
第34話『カミーユの声』
燃えさかる屋敷に監禁されたジュドーとブライトを助けたのは、ダブリンの病院で働いていたファ・ユイリィだった。アーガマに戻ったファはシンタ、クムと再会、ダブリンの病院で看病していたカミーユが行方不明になったことを話す。 ガンダムチームは手分けしてカミーユを探し始めるが、その隙を突くようにグレミーの戦艦サンドラがアーガマに接近してきた。プルはこの危機を乗りきるために無断で出撃するが、サンドラに搭載されたサイコ・ガンダムＭｋ−IIから発っせられる波動に惑わされる。ジュドーはプルの危機を伝えるカミーユの声を感じ、ＺＺガンダムで救出に向かう。戦艦サンドラは駆けつけたＺＺガンダムのハイメガキャノンの威力に後退していく。
第35話『落ちてきた空』
行方不明だったカミーユは発見され、アーガマに収容される。そこへカラバのハヤト・コバヤシがハマーンが企むダブリンへのコロニー落としの情報をブライトに伝えに来た。カミーユとファは途中グラスゴーで降ろされ、アーガマはコロニー落下地点のダブリンへと救助のために急ぎ戻る。だが、ハヤトの艦アウドムラと共に市民の救助活動を急ぐ彼らの前に、ラカン・ダカランのＭＳ部隊が立ちはだかった。ダブリンからの脱出道をふさぎ、難民船にまで攻撃するラカンの残忍さに怒るジュドーだったが、ラカンのＭＳザクIIIに苦戦。ハヤトはジュドーの危機を救うため、ドダイ改でザクIIIに突撃して戦死を遂げた。乱戦の中コロニーはついにダブリンへ落下し、グラスゴーにいたカミーユは多くの人の苦しみを感じとるのだった。
第36話『重力下のプルツー』
ダブリンはコロニー落下の直撃で壊滅した。カミーユ同様に、多くの人々の死を感じたジュドーは、カミーユから怒りこそ戦う理由だという思念を受けて、ラカンのザクIIIを撃ち破る。一方、ガンダムチームはダブリンの壊滅から避難民を満載して脱出したものの、ブリッジを破壊されて迷走するアウドムラを発見、決死の活躍によりアウドムラを救出した。そんななかグレミーはアーガマ打倒の切り札として強化人間のプルツーをサイコ・ガンダムＭｋ−IIで出撃させる。プルツーの覚醒を感じたプルは、アーガマのハイメガ粒子砲をサイコ・ガンダムＭｋ−IIに合わせるが失敗。怪我を負いながらもキュベレイで追撃する。しかし、プルと同等か、それ以上の能力と、邪悪な心を兼ね備えたプルツーにプルは苦戦を強いられる。
第37話『ネェル・アーガマ』
ダブリンへのコロニー落としが成功したハマーンは宇宙の制圧を急いだ。その情報を得たジュドーたちも、ノルウェーにあるカラバの宇宙基地からシャトルで宇宙へと向かう。サイド４の暗礁空域でラビアンローズと接触したジュドーたちは、新たに乗りこむ機動巡洋艦ネェル・アーガマと対面。しかし、エゥーゴ上層部の指令を伝えに来たメッチャーは、ジュドーたち子供は不要と退艦命令を出す。そこへ強化人間に調整されたマシュマーが、宇宙巡洋艦エンドラIIを率いて威嚇攻撃を仕掛けて来た。ジュドーたちは混乱に乗じてネェル・アーガマを発進させるが、シンタとクムが戦闘中に宇宙空間に投げ出され、ブライトはランチで救出に向かう。
第38話『鉄壁、ジャムル・フィン』
シンタとクムの救出に成功したブライトは、ネェル・アーガマへの補給物資を搭載するため月面都市グラナダに降下し、ネェル・アーガマをジュドーたちに託す。だが、エマリーがラビアンローズから打ち上げた不用意な信号弾が、ネオ・ジオンのＭＡジャムル・フィン部隊、３人組のスリーディーに発見されてしまう。 一方、サイド３の防衛にあたるシュツルムディアス部隊のサトウ隊長は、マシュマーの指揮に対し旧ジオン軍の魂を受け継ぐのは我々であると反発する。再び発見されたネェルアーガマに攻撃を仕掛けるジャムル・フィン部隊とシュツルムディアス部隊。混戦の中、マシュマーの監視役であるイリアは、ネオ・ジオンにとって障害になるとサトウ隊長を暗殺するのだった。
第39話『サラサ再臨』
ネェル・アーガマは正式にネオ・ジオン討伐の命を受けた。任務達成のためエンドラIIの追撃を振り切ってサイド３へ急ぐネェル・アーガマは、ザク部隊に襲われている民間船とヒカリ族の乗る旧式船を救出する。民間船はネオ・ジオンに抵抗してサイド３から逃げてきたものだったが、避難民のなかには変装したハマーンとネオ・ジオン兵たちが潜入していた。ハマーンの目的はジュドーを説得し、自分の傘下にすることであった。サラサはそんなハマーンに邪悪な気配を感じとる。ネオ・ジオン兵がＭＳガ・ゾウムと共に船に隠れていたことを検査で見落としていたモンドは責任を感じて出撃するのだった。
第40話『タイガーバウムの夢』
助けた民間人を降ろすために、ネェル・アーガマはサイド３の24バンチコロニー、タイガーバウムに入港する。タイガーバウムは実力者スタンパが支配するコロニーで、ルー、エルをはじめとした女性たちは彼の屋敷にあるハーレムへさらわれてしまう。ジュドーはネェル・アーガマを盗もうとした少年ルナンたちと知り合い、スタンパが高い税金で人々を苦しめている事を教えられる。ルナンたちの協力でジュドーとイーノは女装してスタンパの屋敷に侵入し、ＭＳを奪いルーたちを救出する。
第41話『ラサラの命』
ハマーンを改心させようとサラサとラサラは、モンドを護衛にして再びタイガーバウムに戻っていった。そこへズゴックに乗ったスタンパが襲ってくる。 ハマーンに取り入ろうと考えたスタンパは、ネェル・アーガマを捕獲するとハマーンに約束していたのだった。後を追ってきたジュドーはルナンたちの協力で港のクレーンをスタンパのズゴックにぶつけて海に叩き落す。だが、この戦闘によってモンドの目前でラサラは命を落とすのだった。
第42話『コア３の少女(前)』
ハマーンはネェル・アーガマ制圧にグレミーを出撃させた。一方、ジュドーたちはハマーンのいるサイド３とドッキングする予定の、鉱山衛星キケロに潜入。反ネオ・ジオン派の労働者を味方につけるべく内部工作を開始した。だが、そこへ強化人間に調整されたキャラ・スーンが現れた。ジュドーに対しては親しく振る舞うキャラに、反ネオ・ジオン派の労働者からはキャラと旧知の間柄と誤解されたジュドーは取引の材料にされる目的で捕らえられてしまう。労働者の指導者ロイの娘ルチーナの協力を得て脱出するが、プルツーが目の前に立ちはだかるのだった。
第43話『コア３の少女(後)』
強化人間となったキャラによってハマーン側に囚われてしまったエルとルーを助けるために、ジュドーとビーチャ、モンドが救出作戦を開始する。ビーチャとモンドが陽動に出て、その隙にジュドーは、サイド３のコロニーのひとつ「コア３」に潜入し、プルツーに助けられていたルチーナの案内でエルとルーを救い出した。しかし、時を同じくネオ・ジオンの実権を握ろうとするグレミーの反乱軍が蜂起した。ハマーンの暗殺を命じられ、赤いキュベレイＭｋ−IIで猛攻を仕掛けるプルツーだが、ジュドーに対するとプルの思念に惑わされてコントロールを失ってしまう。乱戦の中、イーノの機転でネェル・アーガマのハイメガ粒子砲がコア３とキケロを分断し、反ネオ・ジオン派は鉱山衛星キケロからネオ・ジオン兵を追い出すことに成功するのだった。
第44話『エマリー散華』
ハマーン対グレミーの戦いの混乱に乗じて、ジュドーはミネバ・ザビを人質にとる作戦を立てた。その作戦は成功するかに見えたが、グレミーを抹殺することに全力を注ぎ込みたいハマーンは、ミネバの命さえ犠牲にしても良いと言い切る。それを本気と取ったジュドーは、とりあえずグレミーを倒すためハマーンに協力する形となった。しかしその頃、プルツーが大型ＭＳクィン・マンサでネェル・アーガマに攻撃を仕掛けて来た。ラビアンローズの艦長代理エマリーは、ラビアンローズから他のクルーを退艦させ、ネェル・アーガマの盾になり、ラビアンローズとともに宇宙に散った。
第45話『アクシズの戦闘』
アクシズを制圧したハマーンとグレミーの最終決戦が始まった。真のネオ・ジオン建設のためにハマーンの首をとれ、と兵たちを煽動するグレミー。激しい戦闘がそこここで繰り広げられる。キャラのＭＳゲーマルク対ラカンのＭＳドーベン・ウルフ、マシュマーのＭＳザクIII改対プルツーの大型ＭＳクィン・マンサが激突。強化人間となったマシュマーはプルツーを追い詰めるほどの戦いぶりを見せるが、スペース・ウルフ隊の前に倒れた。マシュマーの死を知ったキャラは、ＭＳゲーマルクにギーレン兄弟のＭＳガズアル、ＭＳガズエルを従えて奮戦する。激しくなる戦闘の中、グレミーは温存していたＭＳ量産型キュベレイだけ構成されるニュータイプ部隊をついに出撃させた。
第46話『バイブレーション』
ニュータイプ部隊の猛攻の前に共同戦線を張るキャラとジュドーだったが苦戦を強いられる。グレミーはアクシズに連結されていたジオンの象徴、隕石コロニーのモウサを切り離して、ハマーンの艦隊に激突させる作戦を開始する。しかし、ハマーンの応戦でモウサは軌道をそれる。次にグレミーはアクシズの軌道をコア３に向けさせた。アクシズはコア３と接触し、ハマーンはついに、その拠点を失ってしまう。ネェル・アーガマも加わった三つ巴の戦いの中、ジュドーはラカンのＭＳドーベン・ウルフを撃墜。そのままアクシズに潜入し、プルツーやグレミーと最後の対決を迎える。
第47話（最終回）『戦士、再び……』
ＭＳゲーマルクで善戦したキャラだったがニュータイプ部隊との激闘によって戦死。ネェル・アーガマは隕石コロニーモウサをコア３に激突させ、ハマーン艦隊の壊滅に成功する。ジュドーはハマーンと最後の決着をつけるべく、単身ＺＺガンダムでハマーンのキュベレイへ向かっていく。