第1話『Welcome to GBN』
チャンピオン、クジョウ・キョウヤのガンプラバトルを目にして、自分もGBNの世界に飛び込む決心を固めたミカミ・リクと、親友のヒダカ・ユキオ。ダイバーのリクとユッキーとして初めて歩く電脳仮想空間（ディメンション）には想像以上の光景が広がり、驚きの連続がおさまらない。だが、そんな2人を物陰から見つめる1人のダイバーがいた。
第2話『百鬼オーガ』
初めてのGBN体験を振り返るリクとユキオ。そんな彼らの前にサッカー部への勧誘を狙うモモカが現れるが、GBNへの歩みは止められない。再び電脳仮想空間（ディメンション）にダイブしてサラと再会した2人は、ガンプラバトルではなくキーアイテムの収集を目的とするコレクトミッションをプレイする。
第3話『守る者』
ガンプラフォーストーナメントの激闘を目の当たりにして、改めてチャンピオンへの強い憧れを再確認したリク。ユキオと共に、それぞれが用意した新たな武器を試そうとする。そんな2人に感化されたモモカは、ついにGBNの参加を決意。ディメンションにダイブした3人は、キョウヤと名乗る青年ダイバーから連戦ミッションの協力を求められた。
第4話『霊山の虎狼』
GBNの世界を守りたいと語ったクジョウ・キョウヤに、ダイバーとしてのスケールの違いを思い知ったリク。少しでもチャンピオンに近づくためには、何をすれば良いのか悩む。そんな彼に知り合いのダイバーを紹介するマギー。リクが進むべき道を学ぶため、ユッキー、そして正式アカウントを取得したモモの3人は、中華風の世界が広がるエスタニア・エリアへとダイブする。
第5話『聖地・ペリシア』
リク達の次の目的地は世界中のビルダーが集い、許可なくガンプラの乗り入れが禁止されている中立地帯のペリシア・エリア。見渡す限りの大砂漠をダイバー姿で歩く3人だったが、行けども行けども蜃気楼が浮かぶ変わらない風景に、やがて途方に暮れてしまう。そこに現れた1台のジープ。乗っていたのはアヤメと名乗る女性ダイバーだった。
第6話『過去と未来』
フォースを立ち上げる決意を固めたリク達。結成することで自分達だけのスタイルや強さを見つけたいと意気込む彼らだが、新たなメンバーの人選に苦労する。上を目指すなら上級者をスカウトするべきだとアドバイスするシャフリヤールが指したガンプラは、モモがレンタルしていた素晴らしい出来のカプルだった。
第7話『フォース戦』
ついに新フォース・ビルドダイバーズを結成したリクは、そのデビューにフォース限定の団体戦、フォースバトルを選ぶ。一週間後のバトルに向け、ガンプラをパワーアップさせるためにコーイチのアドバイスを受けつつ準備を順調に進めていくメンバー達。しかし、予想外の問題が発覚してしまう。
第8話『フェス！』
デビュー戦で鮮烈な印象を残したビルドダイバーズには、他のフォースから対戦の申し込みが殺到していた。勢いに乗り、次のバトルの相手を決めようとするメンバー達。そこに現れたマギーは、フォースでできることはバトルの他にもあるのだと彼らに伝える。
第9話『オーガ再び』
ビルドダイバーズはバトル内容がランダムで決まるバトランダムミッションに参加することを決める。その相手とはリクが初めて勝利したドージ、そして初めての敗北を味わったオーガが所属するフォース・百鬼。今まで経験を積んで得た力をオーガにぶつけ、自身の成長を確かめたいリクが期待に胸を高鳴らせる一方で、ドージはリベンジに心を燃やしていた。
第10話『有志連合』
非公式ツールのブレイクデカール、それを扱うマスダイバー達の脅威は留まることなく、ロンメルのフォースですらその力を進化させた彼らに敗北してしまう。チャンピオンのクジョウ・キョウヤはGBNを守るために、ある重要人物との接触を図る。
第11話『アヤメの涙』
チャンピオン率いる有志連合とマスダイバーによる戦いが苛烈を極めていく中で、リクの前に突然立ちはだかったアヤメはビルドダイバーズに加入した本当の理由を語り始める。それは、彼女の過去と深く関係していた。
第12話『光る翼』
マスダイバーの黒幕、シバ・ツカサとついに相対したリクとサラ。シバの全身からほとばしるGBNへの強烈な憎悪にひるまず、2人は対話を行おうとする。一方、主戦場である資源衛星付近の宇宙空間では、ブレイクデカールの力によってさらなる力を得た巨大モビルアーマーが起動していた。
第13話『デュエル‐決闘‐』
マスダイバーとの戦いは終結し、有志連合の活躍によってGBNからブレイクデカールの存在は根絶した。AVALONのフォースネストで行われた祝勝会で互いの健闘を称え合うダイバー。しかし、そこにリク達ビルドダイバーズの姿はなかった。
第14話『新しい力』
実機バトル「GPデュエル（GPD）」でシバと死闘を繰り広げた結果、リクのダブルオーダイバーエースも大きなダメージを受けた。GBNとは違い、大切な相棒が現実で傷ついてしまったリクを心配したコウイチは、彼を元気づけようとする。しかし、彼の反応は意外なものだった。
第15話『ロータス・チャレンジ』
一定時間内に難攻不落のロータス要塞を攻略しなければならない、まさに難攻不落のクリエイトミッション「ロータスチャレンジ」。チャンピオンフォース・AVALONですら手を焼く難関を、ガンダムダブルオースカイを得たリク達のビルドダイバーズが果敢に挑戦する。
第16話『再会、友よ』
難関ミッションのロータスチャレンジをクリアし、GBN世界の賞金をゲットしたビルドダイバーズ。リク達メンバーがそれぞれ夢のある使い道を考える中で、モモはとんでもなくスケールの大きな提案を出してくる。
第17話『共同戦線』
ビルドダイバーズの新たなフォースネストを存分に満喫するメンバー達。有名フォースにも引けを取らない充実したこの環境は、ダイバーとして大きくレベルアップしたリクのおかげだと称えるユッキー。しかし彼の胸中には、同時に芽生える想いもあった。
第18話『男の意地』
GBNのタイムアタックミッションでトップテン入りを果たすほど、ダイバーとして成長したリク。ビルドダイバーズの仲間や先輩ダイバー達が祝福する中、フォース・虎武龍のタイガーウルフは、かつて修行を付けたリクを弟子ではなく、もはや1人のライバルとして認めていた。
第19話『ナデシコアスロン』
レイドバトルのプレイベント、女性限定ナデシコアスロンの開催が近づく。優勝すればガールズダイバー募集キャンペーンのイメージガールに採用されるということもあり、色めき立つ女性ダイバー陣。それはGBNの外にいるナナミの耳にも届いていた。
第20話『真実』
ナデシコアスロンをきっかけに、ビルドダイバーズの新メンバーとして加入することとなったナミ。兄を巻き込んだガンプラバトルのデビュー計画を既に進めていたナミだったが、よりGBNを楽しむためリク達にあるお願いをする。
第21話『君の想い』
サラが電子生命体「EL（エル）ダイバー」であり、その存在がバグの発生原因であることを公式発表したGBN運営は、同時に彼女の捜索を開始する。一方、リク達ビルドダイバーズも居なくなったサラを探し続けていた。
第22話『誓う心』
全ダイバーに向けたGBNの臨時放送で、クジョウ・キョウヤの傍にサラが並んでいたことに驚くビルドダイバーズのメンバー達。今までとは別人のような厳しい表情を見せるキョウヤ、そして自ら仲間の元を去ったサラの真意を確かめるため、リクはキョウヤに連絡を取ろうとする。
第23話『宿命の二人』
サラを取り戻すため、フォースバトルを提案したビルドダイバーズ。GBN世界を守るため、その挑戦を受けたクジョウ・キョウヤ率いる有志連合。それぞれが抱く想いをかけた決戦の火ぶたが切って落とされた。
第24話『決戦』
第二次有志連合戦も佳境に突入し、遂にリクとクジョウ・キョウヤが相まみえる。目標としていたチャンピオンとかつて交わした約束を思いだし、迷いを見せるリク。しかし、キョウヤはあくまで1人のダイバーとしてリクに厳しい言葉をかける。
第25話（最終回）『ガンダムビルドダイバーズ』
レイドボスがバグの影響によって凶暴化し、各地に変異体が出現。極東ベースのロビータワーに取り付いた変異体は急速にメインシステムへの浸食を行い、このままではＧＢＮ世界が崩壊してしまう。リクや仲間達、そして全ダイバーの力を結集したレイドバトルが幕を開ける。