第1話『青い瞳のキャスバル』
宇宙世紀0068年、サイド3、ムンゾ自治共和国。 宇宙に進出した人の革新を説き、地球連邦政府からの完全独立を宣言しようとしたジオン・ズム・ダイクンは、議会檀上で演説中に突如倒れ、帰らぬ人となった。 ダイクンの死後、ザビ家陰謀説を唱えるダイクンの側近ジンバ・ラル。 しかし、サイド3、ムンゾの実権を掌握せんとするデギン・ソド・ザビ率いるザビ家の暗躍は加速していく。 これまで語られる事の無かった動乱の歴史が明らかになる中、ダイクンの遺児であるキャスバルとアルテイシアには、激動の時代を象徴した数奇な運命が待ち受けていた…。
第2話『哀しみのアルテイシア』
宇宙世紀0071年。サイド3、ムンゾ自治共和国を脱出して3年。 ジオン・ズム・ダイクンの遺児であるキャスバルとアルテイシアの兄妹は、ジンバ・ラルと共に地球に逃れ、テアボロ・マス家に身を寄せており、エドワウとセイラという名で平穏に暮らしていた。だが、彼らを追うザビ家の魔の手が、再び迫りつつあるのであった…。 そのころ、サイド3はジオン自治共和国と国名を変え、ザビ家が実権を掌握し、支配体制を固めつつある一方、地球連邦軍に対抗するための新兵器、モビルワーカーの開発に着手していた。
第3話『暁の蜂起』
宇宙世紀0074年。 テキサス・コロニーを離れたエドワウ・マスは身分を偽り、シャア・アズナブルとしてジオン自治共和国国防軍士官学校に入学する。同期となったザビ家の御曹司ガルマと親交を深めるシャア。次第に二人は学生たちからも一目置かれる存在になってゆく。 そして宇宙世紀0077年、ついに学生たちは独立をかけ地球連邦軍治安部隊に対し武装蜂起する。しかしそれはシャアの描く復讐への壮大なシナリオの幕開けでもあった……。
第4話『運命の前夜』
「暁の蜂起」のあと、地球に向かったシャアは、不思議な力を持つ少女、ララァ・スンと出会う。 一方、RX-78開発計画を推進するアムロの父テム・レイは、ジオンのモビルスーツ開発の重要人物、ミノフスキー博士亡命の報を得て、月へ向かう。 その月面のトワイライトゾーンで繰り広げられる人類史上初のモビルスーツの死闘。 そして、時に宇宙世紀0079年——。 地球から最も遠い宇宙都市サイド３はジオン公国を名乗り、地球連邦政府に独立戦争を挑んできた。 人類が総人口の半分を死に至らしめた、動乱の時代が始まろうとしていた——。
第5話『激突 ルウム会戦』
宇宙世紀0079年、人類は宇宙ですら戦場に変えてしまった。世界の人口の半数を死に至らしめたブリティッシュ作戦（コロニー落とし）を実行し、突き進むジオン公国軍。それに対し、劣勢を挽回すべく圧倒的な戦力で挑む地球連邦軍。交錯するザビ家の陰謀、変えがたい運命に翻弄されるセイラ・マス、ジオン軍のパイロットとなってしまったランバ・ラルやハモン、サイド７で平穏に暮らすアムロやフラウの日常生活にも暗い影が訪れようとしていた——。 そして、復讐に駆られたジオン軍のエース、シャア・アズナブルが参加する「ルウム会戦」がついに始まる。
第6話（最終回）『誕生 赤い彗星』
宇宙世紀0079年1月23日、サイド５、ルウムでジオン、地球連邦の雌雄を決する戦いが始まった。圧倒的劣勢に追い込まれたジオンは、秘策である人型兵器「モビルスーツ」で編成した特別強襲大隊を投入し戦況を一気に逆転させ、大勝利を収める。なかでも、ジオン軍のシャア・アズナブルは、赤いモビルスーツ「ザクⅡ」で戦果を上げ少佐に昇進、”赤い彗星”の異名をとる。 ルウム会戦後、地球連邦軍はジオンに反撃すべく”V作戦”を計画。その裏側で、サイド７の少年アムロ・レイは自ら行動し、新兵器「ガンダム」の秘密を探っていた。 一方、地球の南極大陸でのジオン、地球連邦の両軍の高官がそろう早期和平交渉の場でルナツーから世界中にある声明が発信される…。