第1話『メガネの子供たち』
金沢から大黒市へと引っ越してきたヤサコこと小此木優子と妹の京子。ヤサコは謎の電脳生物を追いかける京子と電脳ペットのデンスケとはぐれてしまった。電脳メガネでデンスケを見つけたのはいいが、なんとデンスケはヤサコの目の前で、謎の電脳生物と共に壁の中へと消えてしまった！ ヤサコはたまたま出会った自称コイル探偵局員の女の子・フミエと共にデンスケ捜索を開始する！
第2話『コイル電脳探偵局』
サッチーの攻撃をなんとかかいくぐり、デンスケの救出に成功したヤサコとフミエ。しかしなんとデンスケは謎の電脳ウイルス「イリーガル」に感染していた！戸惑うヤサコを助けたのは、フミエの親玉にしてヤサコの祖母「メガばあ」だった。メガばあは様々な電脳グッズを駆使してデンスケの治療を試みるのだった。一方、謎の少女イサコがデンスケを狙って、手下の電脳生物モジョを差し向けてようとしていた・・・。
第3話『優子と勇子』
大騒動の翌日、ヤサコは転校初日を迎えた。留守の間に、メガばあの応戦も空しく、モジョによってデンスケが誘拐されてしまう！再びデンスケ救出に向かうヤサコとフミエ。モジョの反撃を受けながらも必死の追跡を続ける二人の前にサッチーが立ちはだかる!! 混乱のさなか、一旦は助けたデンスケをイサコに奪われてしまう。果たしてデンスケを無事取り戻せるのか？そして謎の少女イサコの狙いとは一体！？
第4話『大黒市黒客クラブ』
ヤサコに続いて６年３組にやって来た第二の転校生、それはなんと昨日デンスケを誘拐したイサコこと天沢勇子だった。イサコは、ダイチがリーダーの「大黒黒客」へと勧誘されたが、これを冷ややかに断ったことで、ダイチたちに目をつけられてしまう。ヤサコはイサコと友達になろうと話しかけるのだが、イサコはヤサコにひどく冷たい言葉を投げ返す。放課後、ダイチたちはイサコに電脳アイテムで攻撃を仕掛けるのだが…！！
第5話『メタバグ争奪バスツアー』
この街のどこかにメタバグが大量に埋まっているという噂を聞きつけたダイチたち。そんなダイチたちに「在りかを知っている」と近づいて来たのは、なんとイサコだった。メタバグ探索に向かうイサコたちの後をつけるヤサコとフミエ、そしてイリーガルの研究をしているという「生物部」の部長ハラケン。ダイチたちが辿りついた先は、電脳霧がたちこめる「バスの墓場」だった！イサコはダイチたちにバスの床を掘るように命じる。果たしてイサコの目的とは何か！？
第6話『赤いオートマトン』
ヤサコたちのピンチに、襲いかかるサッチーに命令をして停止させたのは、なんとハラケンだった。サッチーはハラケンのペットだったのだ！ハラケンの正体を探ろうとするフミエとヤサコは、まずは生物部らしくサッチーの生態を探ることから始めるのだった。しかしハラケンの行動を知るうち、二人はハラケンの意外な過去を知ることになるのだった…。
第7話『出動！コイル探偵局』
ヤサコとフミエはコイル探偵局メンバーとしてメガばあに緊急招集される。依頼は電脳ペット「マンタ」の捜索だった。一旦は断ろうとするヤサコたちだったが、報酬を聞いて目の色が変わる。その報酬とはメタバグの30倍もの値がつくといわれているキラキラ輝くキラバグだったのだ…！目撃情報を元にヤサコたちは廃工場へと向かうが、そこには偶然、イリーガルを捕まえようと、イサコが様々な罠を張り巡らしていた。イサコの暗号式に足を踏み入れたヤサコは、なんとイサコと一緒に密室に閉じ込められてしまった！
第8話『夏祭り、そして果たし合い』
一学期最後の終業式の日。すっかり黒客を支配下におさめたイサコがダイチたちにある命令を下す。イリーガル探索になにかと邪魔となるフミエたちに果たし合いを申し込み、これに勝利してフミエたちから電脳メガネを取り上げろというものだった。ケンカばかりしているが、実はフミエに片想いだったダイチ。夏祭りの雰囲気に飲まれたせいか、なかなかフミエに果し合いを言い出せない。黒客と恋心に揺れるダイチの男心は、果たしてどんな結論を導き出すのか？
第9話『あっちのミチコさん』
ついに黒客とフミエたちの果たしあいの日がやって来た！ 生物部の合宿、深夜の学校で肝試しを行い、負けた方はメガネを捨てなければならないのだ！ダイチやヤサコたちは競い合って校舎内のあちこちに電脳トラップを仕掛けていく。そこへ現れたのは学校を調査すべく、サッチーと一緒に潜入してきたオバちゃんだった。すべては学校内に逃げ込んだイリーガルを捕まえようとするイサコの陽動作戦だった！
第10話『カンナの日記』
なんとヤサコの目の前でキラバグを体に吸収し、イサコはサッチーを倒してしまった！「残りも私が手に入れる」と、オバちゃんに宣戦布告をするのだった…。イサコによって黒客から追放されてしまったダイチはデンパと共に「元祖黒客」を旗揚げする。一方、ヤサコとフミエはハラケンに協力して、ハラケンが手に入れた道順を辿る事に！！そこで、ヤサコは遠い昔の記憶を思い出す。それは「４４２３」と名乗る謎の少年との想い出だった…。
第11話『沈没！大黒市』
イリーガルを捕まえて、メタバグを稼いでやる！ ダイチが苦難の末に見つけたのは、小さな金魚のイリーガルだった。がっぽりメタバグを稼ぐため、ダイチは金魚を育てることにした。ところが、金魚はひたすら巨大化を続け、ついにダイチの家から飛び出してしまった！！ 巨大化した金魚は街をどんどん水浸しにしていく。事態を収拾するため、結集するヤサコたちコイル探偵局メンバー！果たして、ヤサコたちは街を救うことができるのか！？
第12話『ダイチ、発毛ス』
懲りないダイチはイリーガル捕獲を企むが、いっこうに見つかる気配がない。そんなある日、ダイチが電話で「ボッサボサ」という謎の言葉を残して姿を消してしまう。心配するヤサコたちの前に現れたダイチの顔には電脳ヒゲがびっしりと生えていた。しかもヒゲは、強い感染力を持っていて、男女の区別もお構いなしに、ヤサコたちにも次々と伝染、一同は大パニックに陥ってしまう !! このピンチにメガばあが作ったのは、なぜか翻訳機。ダメもとでヒゲたちの声を翻訳してみると…。
第13話『最後の首長竜』
カンナの日記を手がかりに、古い空間を見つけたヤサコとハラケン。そこは電脳霧が立ち込めるグラウンドだった。そこでヤサコたちはイリーガルのクビナガ竜を飼うデンパに出会う。皆には内緒にしておいて欲しいというデンパだったが、グラウンドで新しいビルの建設工事が始まることが判明！！ このままではクビナガ竜の命が危ないと、別の古い空間を探して移動させることに。果たして、デンパたちは無事にクビナガ竜を助けることが出来るのだろうか！？
第14話『いきものの記録』
電脳猫ミゼットを使って、姉のフミエの行動を記録するアキラ。なんとミゼットは見た映像や聴いた音声を記録できるのだった。自分への虐待（？）の映像を、いざというときの証拠のために残していたアキラに思わぬ落とし穴が待っていた！！ 一方、大黒市で起きた出来事を調べているという青年・猫目と出会うハラケン。イリーガルの研究について相談をもちかけたハラケンだったが、猫目から返ってきたのは意外な言葉だった…。
第15話『駅向こうの少年』
デパートからの帰り道に、ヤサコは道に迷ってしまう。しかも、なぜかイサコと間違えられて、「キラバグを出せ！」と、見知らぬ少年たちに追われるハメに！ そんなヤサコを助けてくれたのは、タケルと名乗る少年だった。タケルと仲良くなり、駅まで送ってもらうヤサコ。だが、そこは幼い頃に来た覚えのある道だった。昔の記憶を辿りながら、ヤサコは夢で見た階段鳥居を探しはじめる。ヤサコの過去には一体何があったのだろうか！？
第16話『イサコの病室』
夏休みも終わりに近づいたある日、ヤサコは病院までギックリ腰のメガばあを迎えに行く羽目に。そこでヤサコが見かけたのは、病院内で盗み撮りを行うアキラの姿だった！アキラを問い詰めるヤサコだったが、映像の中にイサコの秘密を見つけ驚く。そこでヤサコが見たものとは一体？！ 一方、図書館でメガネの事件を調べていたハラケンとフミエは、ある新聞記事を発見するのだが…。
第17話『最後の夏休み』
イサコの秘密を知って動揺するヤサコ。ハラケンにもそれを伝えるヤサコだったが、どこか思い詰めた様子のハラケンの姿に不安を覚える。だが何事もないように振る舞うハラケン。一方、ガチャギリ・ナメッチを従えイリーガルを追うイサコに、奥の手を繰り出し決戦を挑むオバちゃん！ついに追い詰められるイサコ、しかしそのイサコの前に意外な人物が現れるのだった…！
第18話『異界への扉』
壮絶なバトルの末に、ついにキラバグを集め終わったイサコ！！イサコが暗号式で出現させたのは、謎の電脳空間「通路」だった。虚ろな目で「通路」の中に足を踏み入れようとするハラケンだったが…。ハラケンに歩み寄ろうとするヤサコは、カンナをめぐる心の傷の前にただ立ち尽くす事しか出来ない。落ち込むヤサコを心配し一緒に家に泊まるフミエ。しかし、その二人に不気味な電脳霧が迫りつつあった。
第19話『黒い訪問者』
突如停電したヤサコの家。湧き上がる電脳霧から現れたのは「通路」と謎のイリーガル「ヌル」であった！京子を襲い、その電脳体を連れ去ってしまうヌル！！闇の中を追い詰められるヤサコとフミエであったが、間一髪メガばあの結界に救われる。メガばあの助言を得て、なんとか京子救出を試みる二人だが…？！果たして、ヤサコたちは京子を無事に助け出すことができるのか！？
第20話『カンナとヤサコ』
次々と出現するヌルに囲まれたヤサコたち！ 間一髪で救出したのは、バイクで駆け付けたオバちゃんとメガばあだった。一方、再び通路へと向かったハラケンの身にも危険が迫まる！ ハラケンの後を追うヤサコとオバちゃんだったが、そこでオバちゃんは自らの過去を語るのだった…。そしてハラケン救出のため、ヤサコが取った思いがけない行動とは！？
第21話『黒いオートマトン』
今日から新学期。学校は新しい駅ビルに移転し、第一小と合併することに。タケルとの再会に喜ぶも、目覚めないハラケンの事が気がかりなヤサコだった。一方、何故か第一小の生徒たちから執拗な嫌がらせを受けはじめるイサコ。更に、学校で流れる悪い噂に、次第に追い詰められていく…。
第22話『最後のコイル』
新型サッチーに追い詰められたイサコ。助けに来たヤサコに案内され小此木家に避難するが、そこで京子にデンスケの治療を頼まれるのだった。デンスケを調べていくうちに、イサコはデンスケに“ある秘密”が隠されていることに気づく！しかし、その直後に小此木家に新型サッチーが侵入してくるのだった！！
第23話『かなえられた願い』
大規模なフォーマットが繰り広げられる中、京子とデンスケを守るために逃げ回るダイチたち！そして危険な状態に陥りながら、逃げ惑うヤサコとイサコ！そんな中、幼い頃の記憶が蘇ってきたイサコの元に、猫目からの電話が掛かる。それは、デンスケを助けるためには、ある場所にデンスケを連れて来いというものだった…。 そこでヤサコとイサコを待ち受けるものとは一体！？
第24話『メガネを捨てる子供たち』
昨夜の事件で気を失い、病院で目覚めたヤサコ。イサコの噂はすぐに広まり、子供たちは親にメガネを取り上げられてしまうのだった…。現実を受け入れられず、自問自答を繰り返すヤサコ。“いま、本当にここにあるものって何？”一方、イサコを助けるため都市伝説を調べ直していたオバちゃんが気づいた事実とは一体！？
第25話『金沢市はざま交差点』
イサコを助けるために、金沢に向かったヤサコ。都市伝説に出てくるはざま交差点の手がかりを求めて、元クラスメイトのマユミに会うのだった。アッチの空間に侵入するヤサコだったが、その行動を阻むかのように新型サッチー２．０が来襲、さらに猫目の魔手が迫る！胸の痛みを強く信じて、イサコを捜すヤサコの目の前に現れた光景とは一体！？
第26話（最終回）『ヤサコとイサコ』
遂に明らかになった４４２３の謎。ヤサコもまた隠された過去の記憶を呼び戻す。４４２３と出逢ったあの時、いったい何が起きたのか！？その記憶を辿りながら、次々と明らかになる謎の数々…。アッチとは何か？都市伝説の少女ミチコさんの正体とは？猫目の目的とは？そして、ヤサコはイサコを救出することができるのか！？すべてが終わったとき、二人が迎える結末とは…！？