第345話『黒の組織と真っ向勝負 満月の夜の二元ミステリー』
ある日、小五郎のもとに殺人予告をほのめかした”季節外れのハロウィンパーティー”への招待状が届く。自分への挑戦状と受け取った小五郎は早速、園子と2人だけで会場に向かった。いっぽう、新一の家にも同じ招待状が届いていた。しかも新一とコナンが同一人物であることに差出人は気づいているようなのだ。
第346話『お尻のマークを探せ(前編)』
雨の中、学校から帰る途中の歩美は雨ガッパの男と激突してしまう。その男は慌てて何かを拾うと逃げ去ってしまった。なんとその男は女性を刺し、逃げる途中の通り魔だったのだ。歩美は顔を見ることはできなかったが、通り魔の持ち物と思われる数字の”5″に似たマークが手に残っていた。そして元太の尻にも同じマークが…。
第347話『お尻のマークを探せ(後編)』
まもなく”5″に似たマークは車のエンブレムだと判明。歩美の前で通り魔が落としたのは血のついた車のキーだったのだ。警察の手配により、アリバイがなくマスターキーをなくした3台の車の持ち主が米花警察署に集まった。歩美は車の中からスモークガラス越しに容疑者たちを見るが、通り魔かどうか確認することはできず…。
第348話『愛と幽霊と地球遺産(前編)』
コナンと少年探偵団は小五郎と蘭に連れられ、鬼沢郷という小さな村に観光に来ていた。ここでは、半年ほど前から子供の幽霊を見たという噂が広まっていた。コナンは元太たちに誘われ、幽霊を確かめるために散歩に出かけた。そのとき、歩美は近くの路地に同じ年くらいの少女が立っているのを見つけ、ついていってしまう。
第349話『愛と幽霊と地球遺産(後編)』
鬼沢郷という集落へ来ていたコナンたちは、その日の夜、殺傷事件に遭遇。暴力団風の男・川治が重要参考人として警察に連行されていった。だが、コナンは川治が犯人だとはどうしても思えない。そこで永倉の家が10日前に家ごと場所を移動させたと聞いたコナンは、以前に永倉の家が建っていた廃屋から、ある物を見つけ…。
第350話『(前編)』
遅い朝食を取りに喫茶店、ポアロにやってきたコナンと小五郎。そこで、ウエイトレスの梓に客が忘れていった携帯電話の持ち主を捜してほしいと頼まれる。そこへ警視庁交通課の婦警、由美が現れ、携帯の持ち主はすでに交通事故で死んでいたことが発覚する。しかも、男の身元は不明で手掛かりは暗号を残した携帯電話だけ…。
第351話『(後編)』
喫茶店ポアロで携帯電話の持ち主捜しを頼まれた小五郎。コナンは携帯に入っていたメモリーの数字の暗号を解き、さらに、携帯を忘れた男は、わざと携帯を忘れ、電話をかけてきた男に携帯を渡そうとしていたのかもしれないと推理。だが、携帯を忘れた男は場所を間違えてしまったのだ。喫茶店ポアロと間違えた店というのは…。
第352話『フィッシング大会の悲劇(前編)』
園子の誘いでバス釣り大会に参加することになったコナンと少年探偵団は、優勝候補の鮎川沙織・鱒渕拓也と知り合いになる。その日の夜、フリーライターの船木敏彦と鱒渕が大きな声で何か言い争いをしていた現場に偶然遭遇したコナンは、慌ててその場を離れる。しかし、次の日その湖で殺人事件に遭遇。船木が殺されたのだ。
第353話『フィッシング大会の悲劇(後編)』
警察は昨夜、船木と言い争っていたという鱒渕を事情聴取する。いっぽう、船木の遺体があった場所を調べにきたコナンは、光彦が湖上で拾ったあるものを見て、犯人と殺害方法にたどりつく。バス釣り大会で優勝した鱒渕、準優勝した沙織。拍手に迎えられ2人が壇上に上がると、コナンは園子を眠らせ推理ショーを始める。
第354話『小さな依頼者(前編)』
自分を捨てた母親を捜してほしいという人気子役、絹川和輝の依頼で、熱海の旅館を訪れたコナン、蘭、小五郎。まもなく、フリーライターの鴨下保比呂の絞殺死体が客室の浴槽で発見される。鴨下はなぜか和輝が母親を捜していることを知っていた。しかも鴨下の携帯電話には、犯人とみられる顔のない女性の写真が映っていた。
第355話『小さな依頼者(後編)』
犯人と思われる女性の写真には、右の胸にホクロが映っていた。アリバイのない従業員は仲居の三枝朝香、別所登志子、草野美津の3人。だが、3人とも胸にホクロはなかった。コナンは、部屋にあった和輝が出演している映画のビデオをセットし、タイムカウンターから殺人のトリックを解明するが、まだホクロの謎がつかめない。
第356話『怪盗キッドの驚異空中歩行』
鈴木財閥の相談役、鈴木次郎吉が怪盗キッドに挑戦状を叩きつけた。「怪盗キッドに告ぐ。貴殿が所望するビッグジュエル『大海の奇跡』を潮留に在する我が大博物館の屋上に設置した。手中に収めたくば、取りにこられたし」という見出しを新聞の一面を使って載せたのだ。なんとメールで怪盗キッドから返事が届く。
第357話『恋人は春のまぼろし』
蘭とコナンが商店街で買い物をしていると、そこで偶然、会社帰りの西村佐知子と出会う。彼女は以前、蘭が生徒手帳を落としたとき拾って届けてくれた女性だ。ところがその翌日、蘭が佐知子のマンションの前で事件現場に遭遇。被害者の遺体が警察車両に乗せられる寸前、一瞬めくれあがったシートの下には佐知子の顔があった。
第358話『本庁の刑事恋物語5(前編)』
トロピカルマリンランドでデートをする佐藤刑事と高木刑事。高木刑事はバッグに指輪を忍ばせ、佐藤刑事に告白するつもりでいた。そんな中、2人は偶然にもコナンたち少年探偵団と会う。デートが台無しになり、うなだれていた高木刑事は思い切って彼女に指輪入りのバッグを渡した。しかし、バッグの中に入っていたのは…。
第359話『本庁の刑事恋物語5(後編)』
マリンランドでのデートが麻薬取引捜査に一変してしまった。すでに時計も5時半を回っている中、ついにコナンたちは運び屋を発見。佐藤刑事は高木刑事にコナンたちを任せ、麻薬密売人・矢倉麻吉を捕まえようと近付く。すると、矢倉は素早く拳銃を抜き、佐藤刑事に銃口を向けた。そして、一発の銃声が響きわたり…。
第360話『不思議な春のかぶと虫』
見せたいものがあるという元太に誘われコナン、歩美、光彦はペットショップを訪れた。しかし、店のシャッターは閉まっている。そこへ二宮という若い男性が現れ、シャッターを上げて中へ入っていった。後に続いて入っていくコナンたちの前に、カブトムシが一匹はい出してくる。その部屋でコナンたちは男の遺体を発見する。
第361話『帝丹高校学校怪談(前編)』
蘭に頼まれ帝丹高校の幽霊騒動をコナンたちが調査していると、中庭に突如として2年前に死んだ保坂英彰の机が現れる。しかも、机の上には恨みのメモが置いてあり、ぬかるんだ地面には机を運んだ人間の足跡がない。すると突然、聞き耳を立てていた美術部員の物部雅生が保坂の呪いだ!と叫び、恐怖に打ち震えていた…。
第362話『帝丹高校学校怪談(後編)』
蘭に頼まれ帝丹高校の幽霊騒動をコナンたちが調査していると、中庭に突如として2年前に死んだ保坂英彰の机が現れる。出口から校門までの校庭には誰の足跡もないことから、幽霊騒ぎの犯人は、まだ学校にいることが予想された。ついに犯人を特定したコナンは、麻酔銃で園子を眠らせると、犯人の使ったトリックを暴き出す。
第363話『都会のカラス』
市営団地の構内で老女の遺体が発見された。「市役所に連絡済み」の紙が貼られた大型冷蔵庫の下に片手を突っ込んだ姿勢のまま死んでいたのだ。傍らには砕けた鉢植えがひとつ。上空ではカラスたちが不気味に飛び交っていた。 警察は、家の窓に置いてあった鉢植えが、カラスのいたずらにより落ちてきたというのだが…。
第364話『シンクロにシティ事件(前編)』
小五郎が依頼を受け、尾行していた人見松一郎が南里薫という女性を襲おうとして、逃げる途中、米花のホテルから墜落死した。その同時刻、松一郎の双子の弟、竹彦も自宅のマンションで遺体となって発見された。竹彦は物取り目的の犯人によって殺されたと警察は判断するが、コナンはあまりの偶然に作為的なものを感じ…。
第365話『シンクロにシティ事件(後編)』
小五郎が依頼を受け、尾行していた人見松一郎が、米花のホテルから墜落死した。その同時刻、松一郎の双子の弟、竹彦も自宅で何者かに殺害された。あまりの偶然に作為的なものを感じるコナン。いっぽう、事件にもう一人、タニザキという男がからんでいると知ったコナンは、今までの経過を振り返るうち、ついに真相に気づく。
第366話『丸見え埠頭の惨劇(前編)』
防波堤釣りにきたコナンたち少年探偵団は、釣り船で白根桐子、金谷峯人、江尻太志と知り合う。防波堤に到着すると、船を操縦する井田巌は3時間後に迎えにくると言って戻っていった。 昼過ぎになって釣り船が迎えにきたとき、江尻の竿に当たりがあり、海の中に引き込まれていく。慌てて井田が江尻の側に駆け寄ると…。
第367話『丸見え埠頭の惨劇(後編)』
防波堤釣りにきたコナンたち少年探偵団は、そこで3人の釣り客と知り合う。だが、そのうちの1人、江尻が倒れてしまい病院に運ばれる。まもなく、病院の阿笠博士から連絡が入る。江尻の左手首に引っかかれた傷跡のようなものがあり、さらに服の袖口にノリのようなものがついていたと聞いたコナンは犯人の手口に気づき…。
第368話『魔女の棲むお菓子の家』
コナンと蘭は園子に連れられ”お菓子の家フェアー”へやってきた。目当ては前田剛、藤野泰男、森本友美ら”お菓子の鉄人3人組”がいる洋菓子店『エクリール』。コナンは偶然、森本と店長の橋垣幸子が言い争っているのを聞いてしまう。午後の部に入ったとき、厨房で頭部を強打された橋垣の遺体が発見される。
第369話『ツイてる男のサスペンス』
商店街の福引会場で三等のデジカメを当てている男性がいた。米花中央病院の医師、大和田誠だ。しかしその後、大和田の当選はインチキだったということが分かった。まもなく、大和田の家の庭から小判が出てきたり、1億円を拾ったという噂話が街中に広まり始める。コナンたちはついに噂を広めている女性を発見するのだが…。
第370話『逃げ回るゲームソフト』
人気ゲームソフト『ギャドリン2』の発売が迫っていた。 発売元であるシャイニング社の社長の道場が最終チェックのため、『ギャドリン2』のディスクをゲーム機の中に入れると、そこには一昨日の社長室の様子が映し出されていた。何とギャドリンのシナリオは小林という男が学生時代に書いたもので盗作だったというのだ。
第371話『物言わぬ航路(前編)』
プロ野球チーム・ジャガーズの守護神、能勢利三とスポーツタレントの本山正治と対談することになった小五郎はコナンと蘭を連れて沖縄を訪れた。しばらくして本山の乗る飛行機が到着し、車で移動するコナンたち。すると、行く手の路上に倒れている人影を見つける。コナンが人影に駆け寄り抱き抱えると、何と能勢選手だった。
第372話『物言わぬ航路(後編)』
テレビの企画で訪れた沖縄でプロ野球選手の能勢利三が刺殺された。コナンは一緒に車に乗っていたスポーツタレントの本山を疑うが、彼には完璧なアリバイがあった。ところが、なぜか蘭のバッグからテニスボール缶を盗み出そうとする本山。いっぽう、コナンは蘭の持っていた時刻表からついに本山のアリバイトリックを解く。
第373話『猛毒蜘蛛の罠』
コナンたち少年探偵団は、廃屋の庭に怪しい3人の人影を発見する。彼らは生物雑誌に載せる”毒蜘蛛”特集のための撮影をしていたのだ。しばらくして次に取材する大学教授の新野豊に会うため、クモマニアの浦崎が電話をかけると、電話口から新野の悲鳴が聞こえてきた。クロゴケグモに刺されてしまったというのだ。
第374話『星と煙草の暗号(前編)』
天体観測をするため山奥のペンションにやってきたコナンたち少年探偵団は、そこで1年前に失踪した河埜麻雄から招待状をもらったという野之宮悦子、御上平八、二川肇と出合う。間もなく、近くの丘へ星を見にいったコナンたちは白骨化した遺体を発見。コナンは遺体の周りに石灰がまいてあったことから殺人事件だと断定する。
第375話『星と煙草の暗号(後編)』
天体観測をするため山奥のペンションにやってきたコナンたちは、そこで1年前に失踪した河埜麻雄の白骨化した遺体を発見する。近くにはダイイング・メッセージとなる6本のタバコが残されていた。その後、河埜から招待状が届きペンションに来ていた二川の遺体が発見される。しかも、手に7本のタバコを握っていた…。
第376話『タイムリミットは15時!』
阿笠博士に連れられてキャンプにやってきたコナン、蘭と少年探偵団。しかし、サングラスで顔を隠した男が蘭の眠るテントの中に侵入し、蘭を連れ去ってしまう。その頃、近くの山道で崖から転落した事故車が発見され、蘭を誘拐した犯人であることが判明。だが、車の中に蘭の姿はない。しかも男の持っていた携帯電話には…。
第377話『桃太郎謎解きツアー(前編)』
倉敷・吉備路をめぐる歴史の勉強を兼ねた週末旅行に来ていたコナンたち少年探偵団は、倉敷川沿いに観光していると、桃の形をしたケースを見つける。中には暗号が書かれた紙が入っていた。鬼ケ島のお宝が見つかるかもしれない…と盛り上がる元太、光彦、歩美たち。あきれるコナンを尻目に元太たちは宝探しを開始した。
第378話『桃太郎謎解きツアー(後編)』
コナンたち少年探偵団は、暗号に書かれた場所を探すうち、女性の他殺死体を発見する。地面に残されたダイイング・メッセージからコナンは、犯人は被害者と一緒にいた4人の中の一人だと推理する。だが、それを特定するためには残りの2つの暗号を解き、埋められたタイムカプセルを掘り返さなくてはならない…。
第379話『秘湯雪闇振袖事件(前編)』
雪が降り積もる琴屋旅館へ静養にきたコナン、蘭、小五郎。すると恋愛小説家の明智恵理が取材の打ち合わせをしていた。取材対象者はシンガーソングライターの深津はるみ、ファッションモデルの柴崎明日香、新進油絵画家の安西絵麻の3人だ。しかしその夜、コナンたちは胸を一突きされた明日香と絵麻の他殺死体を発見し…。
第380話『秘湯雪闇振袖事件(後編)』
コナンたちが静養にきた琴屋旅館でモデルの柴崎明日香と油絵画家の安西絵麻が相次いで殺された。しかも現場は村に伝わる振袖般若の伝説とそっくりであった。2つの殺人とも密室で行われたが、警察はその謎を解くことはできない。そんな中、ソリ大会の模様が映っているテレビを何気なく見たコナンは、ある推理に思い至る。
第381話『どっちの推理ショー(前編)』
コナンが探偵事務所へ行くと、そこに平次と和葉が待っていた。2人はコナンたちを”甲子園”と”宝塚”、どちらへ誘うかでもめてしまう。そこで小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負で決着をつけることに。被害者は辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁。現場にはダイイング・メッセージと思われる積み木が残されていた。
第382話『どっちの推理ショー(後編)』
平次と和葉は、小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負をすることになった。コナンと平次はお互いに、殺された辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁の部屋で違和感を感じると明かすが、なぜそう思うのか、まだはっきりとしない。いっぽう、和葉が平次のヒントを基にして、ついにダイイング・メッセージの謎を解く。
第383話『甲子園の奇跡!見えない悪魔に負けず嫌い』
甲子園に高校野球決勝戦を見に来た平次とコナンたち。試合が始まると足下で携帯電話が鳴った。電話に出ると、楽しいゲームをしないかと男の声がささやく。男は「3回、6回、9回が終了した時点で、この球場のどこかに置いた電話を鳴らす」という。そのとき電話を取らなければ、誰かを道連れにして自分が死ぬというのだ。