第1話『コンタクト』
テレビリポーターのヒビキは、突如襲来してきた謎の敵と統合軍の戦闘を取材することに。統合軍の攻撃を撮影しようと民間用バルキリーを飛ばすヒビキ。だが、彼が目撃した光景は、次々に撃破される味方の姿だった。
第2話『イシュタル』
謎の少女を大破した敵戦艦から連れ帰ったヒビキ。今まで知ることのなかった地球の文化に触れていくうちに、ヒビキに心を開いた少女は自らをイシュタルと名乗る。ヒビキは彼女にさらに地球の文化を教えようとし…。
第3話『フェスティバル』
マクロスの艦橋で、ヒビキに自分のことを話すイシュタル。そしてイシュタルは、初めて知った地球の歌をもっと知りたいとヒビキに願い出る。そんな彼女をヒビキは月面のムーンフェスティバルへ連れていく。
第4話『マルドゥーク・ディスオーダ』
マルドゥークに捕らえられ、その尖兵として洗脳を施されかけたヒビキは、シルビーによって救出される。そして、ヒビキとシルビーは、イシュタルを救おうと彼女が運び込まれたサーライドにバルキリーIIで突入する。
第5話『ステーション・ブレーク』
イシュタル救出に失敗したヒビキとシルビーは、地球に戻ることに。そして、ヒビキたちはマルドゥーク艦内の映像を人々に公開しようと軍内部の器材で放送を試みるが、保安部隊に取り押さえられてしまう。
第6話（最終回）『シング・アロング』
マルドゥーク軍の圧倒的な火力により壊滅状態に陥った統合軍。そんな局面を打開すべくエクセグラン司令官は、敵の指揮系統の弱点を突くべくマクロスの主砲による敵旗艦へのピンポイント攻撃をシルビーに命じる。