第1話『恐怖の新学期！謎の鬼の手』
新学期、広の通う童守小学校5年3組に新しい担任が赴任してきた。霊能力教師・鵺野鳴介、“地獄先生ぬ～べ～”だ。自己紹介代わりに寒いギャグを披露するぬ～べ～に、広は失望して猛反発する。サッカー部のレギュラーを目指す彼は、誰にも相談できない悩みを抱えていた。正体不明の妖怪に取り憑かれていたのだ…。
第2話『トイレの花子さんが出たぁ～っ！』
童守小では“トイレの花子さん”の目撃例が頻発していた。除霊してくれと直談判する広と郷子を、ぬ～べ～はただの見間違いだと受け流す。ところが、愛しの律子先生が花子さんを警戒してトイレに行けなくなったと知るや、突如やる気を出すのだった。その晩、ぬ～べ～は宿直室に泊まり込み…。
第3話『うわさ話はやめられない！おしゃべり妖怪・恐怖の五枚舌！』
美樹の得意技といえば、臨場感満点の面白おかしい噂話。特にぬ～べ～のドジ話は、美樹には絶好のニュースソースだ。美樹は裏表のない性格で、悪口を言っても本当に人を傷つけることは絶対にしない。それを知っているみんなは、安心して彼女の話に耳を傾けていた。しかしある日、笑えない噂が学校中に流れ始める。
第4話『使用禁止！？河童の出る鉄棒』
鉄棒の練習中にケガをする生徒が続出。怪しい影を見たと証言する者まで現れた。ぬ～べ～のクラスのまことも、影を目撃した者の一人。放課後、苦手な鉄棒の練習に取り組んでいたまことは、突如として地中から出現した河童に驚き、あわてて逃げ出したというのだ。その話を信じてくれたのは、ぬ～べ～だけだった。
第5話『学校の七不思議・魔の13階段』
旧校舎の屋上に続く階段は、夜だけ13段に増える“魔の13階段”だと噂されていた。冗談まじりに｢13階段は悪い子にしか見えない｣と話すぬ～べ～。クラス一の不良である克也には、その話が冗談には聞こえなかった。そんなある日、ぬ～べ～は実力テストに備えて補習授業を開くことにするが…。
第6話『ぬ～べ～死す！？最強の敵・妖狐玉藻』
美形の教育実習生・玉藻京介。常にエレガントかつ紳士的な彼は、生徒たちの心をがっちりつかむ。そのうえ律子先生までもが夢中とあっては、ぬ～べ～も気が気ではない！？ だが、玉藻には恐るべき正体と目的があった。齢400歳を超えた妖狐である彼は、人化の術を完成させるため、あるものを狙っていた。
第7話『鬼の手vs火輪尾の術』
幻視の術に翻弄されながらも、かろうじて玉藻を退けたぬ～べ～。このとき鬼の手で倒されたはずの玉藻は、わずかに残った妖力を使って、人知れず復活を果たした。そして一方的に休戦を宣言、ぬ～べ～が土壇場で発揮した、予測を遙かに超えた力の謎を探ることに決める。その力の正体が何か、ぬ～べ～自身もわからない。
第8話『UFO襲来！宇宙人童守町に現る』
5年3組の秀一は、実は超常現象マニア。そんな彼が、学習塾の帰りにUFOを目撃した。興奮した彼は再びUFOとコンタクトするため、ぬ～べ～に相談。しかし熱弁をふるったにも関わらず、ぬ～べ～はまともに聞こうとしてくれない。腹を立てた秀一は、ぬ～べ～の除霊道具・霊水晶を勝手に持ち出してしまう。
第9話『5年3組大パニック！巨乳ろくろ首』
ぬ～べ～と律子先生のデート(？)に便乗して、遊園地までついてきた広たち。美樹は心霊コーナーのアトラクションに興味津々。うさんくさい心霊体験の入門書を手に入れた美樹は、その晩から幽体離脱の訓練を始める。やがて眠りについた美樹は、夢の中でクラスメイトの家を訪ねて回るが…。
第10話『悪鬼大暴れ！努力する子はご用心』
努力家の晶が半年分のお小遣いを貯金して、ようやく手に入れたマウンテンバイク。ところがそれは、駐輪中にトラックにめちゃくちゃに押し潰されてしまった。思えば晶ほど、不運な生徒は見当たらない。これまで台無しにされてきた努力の成果を振り返り、すっかり落ち込んでしまう晶。そんな彼に、ぬ～べ～は…。
第11話『スクープ！ぬ～べ～が雪女と婚約！？』
童守町に現れた美少女・ゆきめ。彼女はいぶかしむ生徒たちの前で、ぬ～べ～に向かって｢結婚の約束を果たしに来ました！｣と、爆弾発言！ モテないぬ～べ～にも、ようやく春到来か？ と思いきや、ゆきめの正体は妖怪・雪女だった。ゆきめは5年前、ぬ～べ～に命を救われて以来、一途に彼を慕い続けていたのだ。
第12話『恐怖の遠足！鬼門峠の謎』
今日は遠足、郊外の鬼門峠にバスに乗って向かうのだ。何でも鬼門峠は、昔から度の難所として知られている場所で、近年も高圧電線の鉄塔が建てられて以来、交通事故が頻発しているのだという。やがてその不気味な話に引き寄せられたかのように、5年3組のバスを怪奇現象が襲う！
第13話『教室が凶器に変身！？妖刀はたもんばの呪い』
妹の愛美とゲームを買いに来た克也。ところが、小銭分のわずかな金額が足りなかった。妹をがっかりさせたくない一心で、克也は｢はたもん場跡｣から、賽銭をこっそり拝借して事なきを得る。だが、この出来事がきっかけで、克也は恐ろしい妖怪・はたもんばに呪われてしまう。
第14話『郷子が2人！？ドッペルゲンガーの恐怖』
誕生日を迎えた広のために、ひそかにプレゼントを用意していた郷子。学校で面と向かって手渡すのは気恥ずかしいので、放課後｢ある場所｣に呼んで差し出そうとする。ところが鈍感な広は、郷子の想いに気付かず、いつものように口ゲンカを始めてしまう。その時、うっかり転んだ郷子の体に不思議な出来事が起きる。
第15話『ゆきめリターンズ！真夏の冷凍大作戦』
夏真っ盛りだが、金なしヒマなしのぬ～べ～は学校でだらしなく過ごす毎日。そんな彼宛に、見覚えのない冷凍宅配便が届く。箱の中から姿を現したのは、何と故郷に戻ったはずのゆきめだった！古来より雪女は、愛した男性を氷漬けにするのが山のしきたり。しかしぬ～べ～一筋のゆきめには、とうてい従えない掟で…。
第16話『鬼の手使用不能！！旧校舎の怪人』
ぬ～べ～が、もう何日も学校に来ていない。姿が見えなくなったのは、まことに憑依した人面疽の除霊に出かけた翌日からだ。時を同じくして、旧校舎に謎の怪人が現れるという噂が校内に流れ始める。噂を聞いた広たちが旧校舎の資料室に踏み込むと、そこには変わり果てた姿のぬ～べ～がいた…。
第17話『プールサイドのロマンス…第4コースの幽霊』
童守小のプールには、｢不慮の事故で亡くなった水泳部員の幽霊が、対戦相手を求めて出没する｣という噂があった。そんな危険なプールに、郷子が毎晩のように隠れて通っているらしい。実は彼女、5年3組で唯一のカナヅチだったのだ。それを広にからかわれ、ムキになって特訓を続けていたのだが…。
第18話『復活の妖狐・玉藻！校庭に潜む巨大怪魚』
玉藻は相変わらず、ぬ～べ～が生徒を守る時に発揮される無限の霊力の秘密を追い求めていた。再び童守小の教育実習生となった彼は、ぬ～べ～の日常を観察し続ける。冷静そのものの態度に苛立つぬ～べ～だが、玉藻の正体が妖怪だという事実を話しても、他の教職員には信じてもらえるはずもない。そんな折…。
第19話『連続切り裂き魔！最強ペア愛の大追跡！！』
童守町は、連続切り裂き魔の噂で持ちきりになっていた。幸せそうなカップルばかりが標的となり、被害者には獣の爪跡のような切り傷が刻まれるのだ。その頃、ゆきめはスケート場で人気インストラクターとして働きながら、町での生活を満喫していた。しかし、切り裂き魔がそのスケート場にも出現する。
第20話『過去へのタイムスリップ！見たぞぬ～べ～の秘密』
何の変哲もない、宙に浮く巾着袋といった姿の妖怪チャブクロ。邪気のない心でその袋をつかんだ者は、一度だけ自分が望む過去の出来事を修正できるのだ。ある放課後、滅多に見ることのできないチャブクロが、ぬ～べ～の前に現れる。ぬ～べ～にはたった一つだけ、心から悔やんでいる過去があった…。
第21話『神との激突！裁きを受けるのは俺だ！！』
釣り好きの克也が見つけた穴場・明神池。そのほとりには何十枚もの、殺生すなわち釣りを禁じる立て札があった。この池は、神獣・麒麟の聖なる水飲み場だったのだ。ある雨の日、克也は池に網を打って魚を捕る男を目撃する。その男は何と、麒麟の下した神罰によって、たちまち命を落としてしまう！
第22話『君のうしろに誰かいる！恐怖の心霊写真』
教室の壁に貼り出された、遠足の記念写真。それを見た広たちは騒然となる。ほとんどの写真に、不気味な影が写り込んでいるのだ。生徒たちは騒ぐが、ぬ～べ～は心霊写真の可能性を否定するだけで取りつく島もない。ところがその日、広たちは相次いで、写真で影に覆われた部分にケガを負ってしまう。
第23話『0時0分0秒の怪！？合わせ鏡の七不思議』
噂好きの美樹が、家庭科室の姿見にまつわる不思議な話を仕入れてきた。深夜0時0分0秒に、この姿見で合わせ鏡を作ってその間に立つと、未来の自分が見えるというのだ。美樹はわざわざ郷子まで付き合わせ、真夜中の校舎に忍び込んで噂の真相を確かめようとする。合わせ鏡を作り、その間に立つと…。
第24話『魔性のDカップ！！愛のカラス伝説』
校庭の片隅にある杉の木には、比翼のカラスと呼ばれるつがいの霊が宿っている。この木下で告白したカップルは、カラスの導きで幸せになるとも言われている。こんな面白い話を聞いて、美樹がじっとしていられるわけがない。近くにいた広を実験台に、ラブラブカップル成立の効果を確かめてみるが…。
第25話『しあわせパニック！涙に消えた座敷わらし』
ある日の街角で、ぬ～べ～は幸運を招く妖怪・座敷わらしと出会った。ぬ～べ～に懐いた座敷わらしは、5年3組に居ついてしまう。それ以来、クラスには信じがたい幸運が次々と舞い込んでくる。しかしぬ～べ～は、自分にももたらされた幸運を拒絶し、座敷わらしに他の場所へ移るよう勧める。
第26話『戦慄の2世誕生！！ママは妖怪､パパは先生！』
町での生活を始めてから、ゆきめの妖力は高まり続ける一方。冬のある晩、ついに彼女の体から溢れ出してしまう。翌朝、ゆきめは｢ゆきべ～｣と名付けた子供を追いかけて右往左往していた。ゆきめに似た髪型と、ぬ～べ～そっくりの立派なまゆ毛。ゆきべ～を見た誰もが、ぬ～べ～とゆきめの間に出来た子と疑わず…。
第27話『コギャルの危険なアルバイト！？霊獣を操る美少女いずな』
繁華街に現れた凄腕の美少女占い師・いずな。占いの結果は百発百中で、霊獣・くだ狐を操るいずなのもとには、彼女を頼る美樹たちが押しかけることに。占いの現場を押さえたぬ～べ～は、いずなの未熟さを見抜き、霊力向上のため修行に励むよう忠告する。ところが、自信過剰のいずなは聞き入れようとしない。
第28話『世にも奇妙なXマス…幸せのケサランパサラン』
クリスマス目前のある日、美樹は白い毛玉のような謎の物体・ケサランパサランを手に入れる。ケサランパサランには、｢おしろいと一緒にすると数が増え、手もとに置けば幸せになれる｣という噂があった。噂の通り、ケサランパサランを手にした美樹は次々と願いごとを叶えていく。ところがある時、事件が起きた。
第29話『妖怪オールスター総登場！呪われた学園祭！！』
長い時間存在し続けた物は、まれにその場所の過去の記憶を宿すことがある。時には街道辻に置かれた石が、昔の情景や人影を映し出すこともあったのだ。今日は童守小学校の学園祭。多くの催しものでにぎわう中、5年3組の生徒たちもおばけ屋敷の準備を進めている。しかし、近所の不良たちが現れ、学園祭を荒らし始める。
第30話『放課後の恐怖！走る二宮金次郎像！！』
童守小では近所の中学校が改築する間、二宮金次郎の銅像を預かることになった。それから1ヶ月後、図書室の整理をしていたまことは、｢秘蔵魔術事典｣という怪しい本の表紙を、うっかり破ってしまう。下校時間を迎え、銅像が安置された中庭に出たまことは、にわかには信じられない光景を目撃する！
第31話『誰にも言えない目玉の恐怖！！天才バイオリニストの大罪』
上級生の篠崎愛は、財閥令嬢にして天才的なバイオリニストでもある優等生。周りの生徒たちが近寄りがたさを感じるほどの、正真正銘のお嬢さまだ。そのために友達が出来ないことを、彼女はいつも悩んでいた。そんな愛に、まことは屈託なく話しかける。まことの優しさに、愛は初めて友情を実感するが…。
第32話『そして誰もいなくなる！図書室の赤い怪少女！！』
童守小の図書室には、｢赤い服を着た読書好きの少女の霊が、人知れず本を読んでいる｣という噂がある。ある日のこと、図書室の整理が行われ、破損した蔵書の処分が決定する。その中には法子が大好きだった｢世界のおとぎ話｣も含まれていた。本の処分が決まって以来、図書室の霊が校内をさまよい始める。
第33話『しょうけらが窓からのぞく！リツコ先生最大の危機！！』
3組のサッカー部員・風間が、下校の途中、屋根の上に怪しい影を目撃。影に狙われるようになった彼は、急に体調を崩して入院してしまう。同じサッカー部の広から相談を受けたぬ～べ～は、風間を見舞いに病院へ。普段の頼りないぬ～べ～しか知らない律子先生は、二人がなぜぬ～べ～を頼りにするのかわからない。
第34話『今明かされる禁断の過去！鬼の手誕生の秘密！！』
鬼の手が突如として暴走を始めた。このままでは制御不能になった鬼の力で、ぬ～べ～は人の心を失ってしまう。ぬ～べ～の思わぬピンチに、広と郷子は玉藻を頼る。かけがえのないライバルを救うべく、玉藻は協力することに。ぬ～べ～の霊力を遙かに上回る地獄の悪鬼・覇鬼。その力を封じ込めたのには秘密があった…。
第35話『ダイダラボッチは私の虜！美樹ちゃんのドリームタウン！！』
美樹は、新築のマンションの陰で枯れかけた花を見かけた。花を植え替えた美樹は、マンションに向かって｢どこかに行ってしまえばいいのに｣と口走る。すると翌日、そのマンションが何と道路の反対側に建っていた！ クラスのみんなはまるで信じてくれないが、美樹は粘り強く調査して真相を突き止める。
第36話『真夜中の○秘レッスン！音楽室の危険な誘惑！！』
郷子と美樹は親友同士だが、一度ケンカを始めると簡単には収まらないこともある。今日も二人のケンカは、ささいなきっかけから一気にエスカレート。そのあげく郷子は、一週間でピアノを弾けるようになってみせると美樹に宣言してしまう。郷子は練習しようと、今は使われていない第2音楽室に忍び込むが…。
第37話『20年前の忘れ物！？血に染まった予言ノート！！』
クラス一、忘れ物の多いまこと。その回数たるや、｢忘れ物ノート｣をわずか一週間で使い切ってしまうほど。そんなまことが、古いノートを拾った。ノートには、まことが忘れそうなものが何故か前もって記されていた。このノートを使うようになってから、まことの忘れ物癖はピタリと治まる。だが…。
第38話『エッ！ライバルが初デート？ゆきめの熱くて長い一日！！』
ぬ～べ～の前から消えた後、再び童守町から戻ってきた座敷わらし。ある日ゆきめは、ささいな誤解から座敷わらしの怒りを買ってしまう。そのせいで彼女は、座敷わらしの招く不運、ぬ～べ～と律子先生の急接近という事態に直面することに。親密さを深めていく二人に、ゆきめは嫉妬の炎を燃やす。
第39話『死の底からの復讐！出るか？鬼と妖狐の合体奥義！！』
今日は童守小の健康診断。生徒を診察するのは、幻術で童守小の校医となった玉藻だった。いぶかしむぬ～べ～に、玉藻は町を襲う妖獣から皆を救いに来たのだと告げる。妖獣の正体は、人間に捨てられて死んだ小動物の怨念から生じた強大な妖怪。その核となっているのは、秀一が誤って下水に流してしまった亀だった…。
第40話『セーラー服が燃えちゃう！隠しきれない､いずなのハート！！』
通学途中、いずなの制服が突然燃え上がった！ 怪奇現象として知られる人体自然発火だ。燃えたのは衣服だけで、いずなは幸いにも無傷。だが、発火の回数は日を追って増えてゆくばかり。相談を受けたぬ～べ～は、｢思春期特有の心理的ストレスが原因だろう｣と判断する。いずなには、人知れず悩んでいることがあったのだ。
第41話『トモダチニナリタイ…謎の同級生､戦慄の正体！！』
近頃、童守小には“真夜中の優等生”が出没するという噂が流れていた。放課後、人知れず花瓶の水を取り替えたり、飼育小屋を清掃する生徒がいるようなのだ。ある日、忘れ物を学校に取り戻った広と郷子は、噂の優等生を目撃してしまう。それを知ったぬ～べ～は、夜の理科室に生徒たちを集めて特別教室を開く。
第42話『母ちゃんは4歳児！？嵐を呼ぶ前世の記憶！！』
ぬ～べ～や郷子と歩いていた広は、幼稚園児に呼び止められる。その園児・れいこは、広の顔を見るなり｢お前の母ちゃんだよ！｣と話しかけてきたのだ。広の母しか知らないことを、次々と言い当てるれいこ。しかも彼女の肩には、幼い頃の広をかばってできた火傷の傷痕が、アザになって浮かび上がっていた…。
第43話『ゆきめ死す！！愛は雪の結晶と消えて…』
吹雪舞う雪山から、童守町へ向かって走る怪しい影。その正体は、山の神からの使者・ヤマオロシだった。その頃ゆきめは、強力な恋のライバルとなる律子先生の出現に、焦りと一抹の不安を感じていた。自分がどれだけ真剣にぬ～べ～を想っていても、所詮は妖怪と人間、壁を乗り越えることは出来ないのではないかと…。
第44話『子どもは見ちゃダメ！！禁断の怪談・百物語』
百物語と呼ばれる怪談の集いがある。深夜に人を集めて百本のロウソクを灯し、怪談を一つ話す度に一本のロウソクを消す。百話目でローソクを全部消した時、本物の妖怪が出現すると言い伝えられているのだ。こんな酔狂な集まりを、童守小の教室で、しかもぬ～べ～が率先して行うと言い始めた。
第45話『夢？幻？復活のゆきめ恋人よ､なぜ俺の命を狙う！！』
ぬ～べ～たちは、広のおじが暮らす山奥の旅館へハイキングにやって来た。ところが山の禁漁区から銃声が響いた途端、季節はずれの雪が降り始める。森で氷漬けにされた密猟者を発見し、胸騒ぎを覚えるぬ～べ～たち。その森の奥深くには、妖力を失い、命を落としたはずのゆきめの姿があった…。
第46話『狙われたヒロインたち！ドキドキおふろパニック！！』
童守町では最近、風呂に一日で大量のアカがつくという怪事件が起きていた。銭湯・童守湯の呪いだとはしゃぐ美樹。それに対し、まことは腹を立てる。幼い頃から童守湯に通っていたまことには、銭湯の悪口が許せなかったのだ。一方、その童守湯には、凶悪な地上屋の二人が頻繁に通っていて…。
第47話『最強！最大！最後の敵その名は…貧乏神！！』
放課後の体育倉庫で、ぬ～べ～は人知れず戦っていた。相手は封印の呪文をものともせず、嘲笑うかのようにぬ～べ～に憑依している。最大の敵、その名は貧乏神。取り憑かれてから一週間、ぬ～べ～の貧乏は日に日に深刻になってゆく。広たちは、不幸を恐れて外出を渋るぬ～べ～を連れ出すが…。
第48話（最終回）『夢をいつまでも！！大好きな僕らのぬ～べ～！』
ある朝、郷子が母親の声で目を覚ますと、ぬ～べ～のクラスにいた頃から15年の月日が過ぎていた。鏡に映る大人になった自分の姿に、とまどう郷子。職場に出かけてからも、郷子は違和感を拭いきれない。学校を卒業した記憶は確かにあるのだが、まるで借り物の記憶のように、少しも実感がないのだ…。
第49話（SP）『完全保存版！！地獄先生ぬ～べ～超百科』
1年3ヶ月にわたる放送の集大成として、ぬ～べ～クラスがおくる特別編。司会進行は広と郷子、ゲストにはゆきめや律子先生や玉藻など、おなじみの面々が登場。｢鬼の手の秘密｣｢妖怪大集合｣をはじめとするコーナーで、作品の魅力を解説する。(※本エピソードはTVシリーズのダイジェスト編です)