第1話『マヤの予言』
1999年7の月、空から恐怖の大王が舞い降りる――。長野県松代にある、私立ヴァルトシュタイン学院。通称「オカルト学院」。霊や妖怪、UMA（未確認動物）など、あらゆるオカルト分野を専門的に学べることで有名な学校だ。ある日、神代（くましろ）マヤという美少女が学院にやってくる。彼女は、学長のひとり娘。父親の葬儀に出席するにも関わらず、真っ白なワンピースにハイヒールという姿だ。葬儀の途中、学長が生徒に残したメッセージが流れはじめる。すると突然、棺のフタが勢いよく開き、死霊に取りつかれた学長がマヤたちに襲いかかってきた…！
第2話『文明の到来』
1999年7月、テレビはノストラダムスの予言や、スプーン曲げ少年・ブンメー君の話題で持ちきりだ。オカルト嫌いを主張するマヤは、オカルト学院の廃校を目論み、父・純一郎の後を引き継いで学長の座に着く。そこへ、新任教師として現われたのは、突如、空から舞い降りた怪しい男・内田文明。彼は、未来の地球を護るために過去へ来たタイムエージェントだった！！
第3話『美（うま）し風、吹きぬけて』
オカルト学院のまわりで、神隠しが起こる。天狗の仕業だと聞きつけたマヤは、「ノストラダムスの鍵」につながるかもしれないと文明をけしかける。二人の目的は、ノストラダムスの鍵を探して予言を食い止めること。しかし、文明はいまいち身が入らない。昔は良かった――スプーン曲げ少年ともてはやされた当時の自分をテレビで見て、ぽつりとつぶやく。そんな文明に、定食屋の看板娘・美風がにっこりと微笑んで…。
第4話『文明の崩壊』
マヤとこずえが神隠しにあった。松代の町総出で捜索が始まり、スマイルとJKはダウジングで、文明は美風と共にマヤたちの行方を追う。文明たちは、目撃情報をもとに皆神山を調査する。そこは日本のピラミッドと呼ばれる、いわく付きのパワースポットだ。山の中腹にある横穴の神社へ入ると、さらに奥深くへと続く謎の洞窟が出現して…！？
第5話『夏のこずえ』
皆神山の一件で、文明を見限ったマヤ。マヤは一人でも予言を止めてみせると決意し、文明はその冷たい態度に戸惑う。一方、こずえは、今日も今日とてオカルト街道まっしぐら。錆びないスプーンに心霊写真、ツチノコ、宇宙人、ポルターガイスト！？ いつか私も見てみたい――学院でただ一人、オカルト現象を目にしたことがないこずえは心に誓う。そして、臨死体験の実験モニターに立候補して…！？
第6話『文明の道程』
臨死体験の授業以来、こずえの様子がおかしい。マヤと亜美は色々なオカルトネタを出して見せるが、こずえは無反応。最後の手段で、文明にスプーン曲げを披露させるが、やはり効果は無い。マヤと亜美は、死後の世界へ元のこずえを取り戻しに行こうと決意する。スマイルやJKにも協力してもらい、夜の学院に潜入開始！！
第7話『マヤの亜美～ゴ！』
亜美の父・茂と再会するマヤ。茂は昔のように怖い話をするが、マヤの反応は薄い。以前は楽しそうに聞いていたのに――オカルト嫌いになってしまったマヤを心配する茂。翌日、マヤとこずえは亜美の家に遊びに行く。亜美が取り出したのは、小学校の文集。当時の作文を読まれ、赤面するマヤ。そこへ、松代郊外でミステリーサークルが発見されたというニュースが飛び込んで…！？
第8話『まんま亜美～ヤ！』
マヤと亜美が仲違い。二人は学院にいる間ずっと目を合わせず、そっぽを向き合う。放課後、マヤは文明と共にキャトルミューティレーションの現場へ調査に出かける。牧場では、何頭もの牛が全身の血を抜かれて死んでいた。マヤは亜美に呼び出され、皆神神社の境内へ駆けつける。亜美と対峙するマヤ。二人が口を開いたその時、こずえの悲鳴が聞こえてきて…！？
第9話『雪のあかり』
マヤのクラスで、降霊術の授業が行われる。純一郎の霊を降ろすはずが、実際に現われたのは、幼い少女・あかり。おうちに帰りたい――しくしくと泣くあかりを見て、マヤたちは彼女の家を探してあげることにする。文明も協力すると言い出すが、美風との約束が入ってしまう。美風にデレデレの文明。何となく面白くないマヤ。マヤたちはあかりを連れて町へ繰り出すが…。
第10話『暖炉のあかり』
マヤたちは、あかりの父親・岡本健吾をつき止める。あかりのことを聞こうとするが、岡本は「帰れ」の一点張りで取りつく島もない。その帰り、マヤは一人、生家を訪れる。もうすぐ取り壊されてしまう家を見つめ、寂しげな表情を浮かべるマヤ。翌日、文明に呼び出されて行くと、彼は珍しく真剣な顔をして、マヤに告げた。「お前のことを、もっと知りたい――」
第11話『マヤの死』
ノストラダムスの鍵の調査のため、マヤと文明は松代市外へ出る。対となる二つの面がそろうとき、皆神山が消滅するという言い伝えのある土偶の面――その一つと思われる土面が、長野市街で発掘されたのだ。調査の一方、マヤはソフトクリームや土産物にはしゃいだりと楽しげだが、文明は一人、表情が暗い。脳裏に浮かぶのは、ある人物に告げられた言葉――神代マヤこそが、魔界の扉を開ける全ての鍵。文明は、ついに意を決して…！？
第12話『千の風、美の尋（と）めゆき』
純一郎を手にかけ、マヤの命を狙い、そして今、魔界の扉を開かんとする人物が姿を現わす。しかし文明は為す術無く、身動き一つ出来ない。解き放たれるモスマンやチュパカブラ。「魔女を殺せ」と声を荒げる町の人々。町の上空では、魔術の閃光が激しくぶつかり合う。亜美たちはマヤの魂を降霊しようと奮闘するが、その前に意外な人物が現われて…！？
第13話（最終回）『マヤの文明』
1999年7の月、空から恐怖の大王が舞い降りる――。ノストラダムスの予言を巡る戦いが終わり、学院は平和を取り戻した。使命を果たした文明は、退職の挨拶をした後、2012年の未来へ帰ることを決める。そこへ、市内のホテルに宿泊している彼の母から連絡が入る。終業式で、ブンメー君の講演会が開かれるというのだ。しかし当時、学院へ来た覚えは無い――疑問に思った文明は未来に通信を入れ、恐るべき真実を明かされる…。