第1話『桜舞う学園へ』
5つ異世界との門が開き、ゼクスと呼ばれるモノたちが世界に現れて数年。当初は争っていた人類やゼクス達との関係も安定を見せ始める。不治の病に侵されていた少女・各務原あづみは5つある異世界の内のひとつ「青の世界」から病の治療の代償にリゲルと呼ばれるゼクスと共にとある学園への入学を命じられる。あづみとリゲル、出会ったばかりでぎこちない2人は駅で天ノ川衣奈と出会う、彼女もまた学園に入学する生徒の一人だった。そしてその入学当日、学園は新たなる脅威に直面する。
第2話『ドライブシャフト起動（イグニッション）！』
新たなる脅威に晒され破壊される学園、逃げ惑う生徒たち。あづみとリゲルは見知らぬ施設へ逃げ込んだ。偶然訪れたその場所こそ、新たなる脅威と戦うために造られた「ドライブシャフト」と呼ばれる施設。学園長カール・ワイバーンの指示に従い、あづみとリゲルは脅威と戦うために出撃する！同じように施設に避難してきた生徒、東雲纏、鬼神野シュリ、月形由仁、そして天ノ川衣奈とともに――
第3話『Ｅの烙印』
脅威の名は異存在「イネルマ」と名付けられた。そして、富士御崎学園は異存在の襲来を予期した「評議会」が、彼らに対抗するため創設したものであると明かされる。学園に残った30人の新入生で６つのチームが編成されることとなり、あづみは一緒に戦った面々と同じチームに配属された。しかし、思うように連携が取れず、あらかじめ提示された最低ランクよりさらに格下である「Ｅ」の評価を下されてしまう……。失意の中、宿舎に向かった彼女たちを待っていたのは、イラと名乗る教師だった。
第4話『守る者 守られる者』
ランクＥチーム、通称「Ｅ組」を強化するべく、イラの容赦ない指導が始まった。特訓の一環で、あづみとリゲルは鬼神野流剣術の達人であるシュリと模擬戦を行う。リゲルは戦闘に怯えるあづみのために一瞬で決着をつけようとするが、シュリの超絶剣技に思わぬ苦戦を強いられてしまう。“守らなければ”と焦るリゲルは、本来のパフォーマンスを発揮できずにいた。
第5話『オーバーブースト』
熱血教師イラの指導により徐々に力をつけてきたあづみたちＥ組を待っていたのは、他チームとの対抗戦だった。初戦の相手は石動北斗率いるランクＤチーム。 実力差は大きくないはずであったが、過去のトラウマを刺激された纏が暴走してしまう。限界を超えた力で、敵味方構わず無差別に攻撃を繰り出した結果は――。 ひとり落ち込む纏に、衣奈がそっと寄り添うのだった。
第6話『はたらかないゼクス』
「働きたくない」をモットーとする由仁は、過酷な特訓の日々に耐えかねていた。 深夜、意を決して脱走を図るが……Ｅ組メンバーの中で唯一、嬉々としてイラの特訓を受けていたシュリに見つかってしまう。しかし、シュリもまた深夜の外出を画策していたのだ。その目的は、怪しげな武者修行を完遂するため。 なしくずし的に同行させられた由仁は、未だ姿を見せないシュリのパートナーゼクスの真相を知ることとなる。
第7話『蒼天への誓い』
学園の期末考査は生徒同士の模擬戦によって行われる。入学時の模擬戦でＥ判定となったあづみたちは、この模擬戦でランクを上げることが出来なければ退学処分となる。相手は新入生最強のランクＡチーム。いままさに勝負が始まろうとしたその時。新たなイネルマが襲来！ ランクＡチームの助力を得られない閉鎖空間に閉じ込められたあづみたちは、窮地を脱することができるのか!?
第8話『なつやすみっ！』
期末考査は最悪の結果に終わったものの、イネルマ戦の功績を認められ、退学を免れたあづみたちはひと時の休息を迎える。由仁の月形家が所有する別荘でＥ組メンバーと楽しく過ごしたあづみは、ふと、あることに気付いた。最初は偶然から組まれた、ちぐはぐなチームだった。でも、いまは確かな絆を感じる。そんなささやかな幸せを噛み締めた。
第9話『さよならは言わないよ？』
ランクＡチームを超える学園最強の存在がある。それは……生徒会。特に、戦闘を受け持つ「執行役員」の５人は見た目こそちびっ子ぞろいだが、実力は折り紙付きだ。そんな彼女たちが、学園を去るとの報せ。ランクＡチームのリーダーである烏丸精華は“清々した”“これで自分たちが学園最強”と冷たく言い放つが、あづみはそんな言葉の中に寂しさを感じ取っていた。
第10話『異存在（イネルマ）と神域（デュナミス）』
学園はさらなるイネルマの襲来に備え、着々と準備を進めている。一方、あづみはリゲルとのイグニッション・オーバーブーストができなくなってしまった理由を考えていた。あづみかリゲルのどちらかが意識的に、または無意識に相手を拒絶しているかもしれないと悩むあづみに、衣奈は優しく微笑み、アドバイスを送る。そして、イラは語り始めた。イネルマの後ろにいるであろう真の敵について――
第11話『イツワリノイノチ』
第3のイネルマを万全の体制で迎え撃った学園。しかしそれは、衣奈とネフライトの手引きにより、神（デュナミス）が仕組んだ罠だった。瞬く間にランクＡ～Ｄチームが地上へ墜とされ、残すは衣奈を失い無力化した最弱のランクＥチーム「Ｅ組」のみ。衣奈を「生徒」ではなく「敵」として切り捨てる学園の判断に絶望するあづみたちだったが、衣奈の中に自分たちを想う心を感じ取り、学園の命令に背く決意をするのだった。
第12話（最終回）『コード リユニオン』
強い絆でイグニッション・オーバーブーストを成功させ、ついに衣奈を取り戻したあづみたちは、月を喰らい成長するイネルマとその背後にいる神（デュナミス）へ戦いを挑む。 あづみの、リゲルの、Ｅ組渾身の一撃が、イネルマに突き刺さる……！