第1話『帰ってきた魔法少女』
人類と冥獣との戦争、ディストニア戦争終結から3年。大戦の英雄だった大鳥居あすかは魔法少女を退役し、女子高生としての生活を送っていたが、ある日街でテロが発生し……。
第2話『日常と戦友』
再び魔法少女へと変身し、テロリストから友人を守ったあすか。そんな彼女へ、同じマジカル・ファイブだった夢源くるみの情報が入る。彼女は今もなお、戦いを続けていた。
第3話『もっとひどい戦争』
転校してきたくるみを迎え、あすかは友人たちとプールに遊びに行くことに。魔法少女としての戦いの日々から遠ざかり、穏やかな日常に浸るあすかであったが……。
第4話『バベル旅団──交戦開始』
監禁され、アビゲイルたちに拷問を受ける希美。希美が誘拐されたことを知って焦るあすかだが、公安もM班も動けない状態にあった。それを聞いたあすかは……。
第5話『極めて現実的な対処法』
魔術傭兵のコンビを前に苦戦するあすか。一方、くるみの応急処置もあり希美は一命をとりとめる。しかし、希美の負った傷は外傷以上に精神を蝕んでおり……。
第6話『星に願いを』
バベル旅団の情報を追って日本へやって来たミアは、ジュリア、アーロンと共に潜入調査を行う。一方、あすかは近所の七夕祭りでサンディノという気さくな女性に出会う。
第7話『魔法少女特殊戦開発部隊』
M班に加入したあすかの最初の任務は、北海道でのロシアン・マフィアとの戦闘。そこにマジカル・ファイブのタマラが関わっている可能性も示唆され、出動するものの……。
第8話『きっと素敵な魔法少女に』
沖縄で父親から虐待を受ける少女、与那嶺ちさと。ある日、彼女はバベル旅団のギースによって魔法少女となる。そしてあすかたちも時を同じくして、沖縄へ向かっていた。
第9話『地獄の蓋』
6th・ナハ開催が迫る中、トポロジー・ブリッジから現れたのは、妖精国家メリピコのタビラ将軍。しかし、同時に彼女を狙うバベル旅団のギースと冥獣軍団の襲撃が発生し……。
第10話『それぞれの死闘』
冥獣との戦闘に街中で巻き込まれた希美と紗綾子。前線に立って戦うミアとタマラ。そして散っていく多くの兵士たち。残ったあすかとくるみの戦いも今、始まろうとしていた。
第11話『魔法少女たちと美しきこの世界』
くるみVSちさと、あすかVSギースの激しい戦いが続いていた。対魔法少女用の兵器として改造されたギースにあすかが苦戦する中、動いたのは飯塚であった。
第12話（最終回）『もしもこの戦いが終わったら』
6th・ナハでの戦いを終え、あすかは3年前の大戦に向かう魔法少女たちの言葉を思い出していた。「この戦いが終わったら……」魔法少女、あすかの出した答えは……。