第1~12話
第13話『そして、もう一度 Place』
“ヒト”と変わらぬ姿をしながら“ヒト”の肉を喰らうことでしか生きられない存在、“喰種(グール)”――。喰種から人々を守るために組織された〔CCG〕(喰種対策局)で喰種捜査官として働く佐々木琲世(ささき はいせ)は、もとは“ヒト”でありながら、喰種が持つ特殊な内臓器官“赫包(かくほう)”を移植されたことで“半喰種(はんグール)”となった青年・金木研(カネキ ケン)であった。〔CCG〕が、喰種の一大組織“アオギリの樹”の本拠地が“流島(るしま)”にあることを突き止め、殲滅に乗り出す。激戦が繰り広げられる中、作家の高槻泉(たかつき せん)こと芳村(よしむら)エトは、記者会見を開き、自ら“喰種”であることを公表。以前からエトを追っていたカネキは捜査官として彼女を喰種収容施設“コクリア”へと連行するが、そこでエトから、あることを託される。
第14話『白い闇 VOLT』
コクリアに収容された喰種の少女、笛口雛実(フエグチ ヒナミ)の“処分”が決まった。彼女のことを幼い頃から知る金木は、すべてを失う覚悟でヒナミを救い出す。同じ頃、アオギリの樹の構成員、霧嶋絢都(キリシマ アヤト)と万丈数壱(バンジョー カズイチ)率いる一団もまた、ヒナミを助けようとコクリアを急襲。だがそんなアヤトたちの前に「死神」と呼ばれる〔CCG〕最強の捜査官、有馬貴将(ありま きしょう)が立ちふさがる。援護に現れたアヤトの姉、霧嶋董香(キリシマ トーカ)や叔父の四方蓮示(ヨモ レンジ)の力も及ばず追い詰められていく一同。そこに現れ、有馬に対峙したのは、かつて捜査官時代に彼を師と仰いだ金木だった――。
第15話『クロスゲーム union』
流島の各地で〔CCG〕と“喰種”との死闘が続く中、喰種捜査官・阿原半兵衛(あばら はんべえ)は、敬愛する班長・鈴屋什造(すずや じゅうぞう)に恨みを持つ半喰種、安久黒奈(ヤスヒサ クロナ)と遭遇。高い戦闘力と強靭な肉体を持つクロナに完全に追い詰められていた。そこに現れたのは…?一方、法寺項介(ほうじ こうすけ)と真戸暁(まど あきら)が率いる部隊の前に立ちふさがったのは、アオギリの樹の幹部、タタラだった。法寺との遺恨を晴らすべく、容赦ない攻撃を仕掛けてくるタタラ。そこに突如、“オウル”と呼ばれる元喰種捜査官の半喰種・滝澤政道(タキザワ セイドウ)が割って入り……!?
第16話『遺したもの vive』
殉職したはずの同僚・滝澤と、上司だった亜門鋼太朗(あもん こうたろう)との思いもよらぬ再会を果たしたアキラ。だが今の二人は、“実験体”としてその体に赫包を移植された半喰種だった。驚き混乱するアキラ。そこに瓜江久生(うりえ くき)率いる “クインクス班”が到着した。クインクス班とは〔CCG〕が人工的に造り出した半喰種で組織されたチームであり、法寺・真戸班の援護のため、連携して滝澤たち“喰種”を追い詰めてゆく。一方、金木と有馬の戦いは激闘の末、有馬が捜査官人生で初めての敗北を喫する。有馬は金木にあることを託すが、それは金木がエトから託されたことと同じであった――。
第17話『出会い、とまどい MovE』
流島から逃れた喰種と、有馬の命を受けて金木たちの逃走を手助けした元〔CCG〕の“0番隊”、平子丈(ひらこ たけ)たちが隠れ家に集まった。互いに敵対する立場だった喰種と0番隊は相容れないものがありながら、それぞれが信じるもののために手を組むことにし、“対・人間”の組織“黒山羊(ゴート)”を結成。金木が彼らをまとめるリーダー“隻眼の王(せきがん の おう)”となる。 そして、やはり流島から逃れ、金木たちのもとに身を寄せていたアキラと亜門は、迷い悩んだ末に、自分自身の心に従うことにし……。
第18話『赫赫たる FACE』
最強の捜査官・有馬を失ったばかりか、トップである和修(わしゅう)一族を暗殺され混乱する〔CCG〕。 そんな中、世間を騒がせていた“ピエロ”と呼ばれる喰種の集団が、各区の〔CCG〕支局を同時に襲撃する。これに対し、総議長・和修常吉(わしゅう つねよし)の遺言により新たな局長となった和修分家の旧多二福(ふるた にむら)は、「彼ら喰種が次に狙うのは本局である」と推測。各区の防衛はそのままに、本局を有馬にかわる最強の捜査官、鈴屋什造に守らせる作戦に出る。 各区で戦いが繰り広げられる中、クインクス班を率いる瓜江は、因縁のある喰種、ドナート・ポルポラの姿を目にし……!?
第19話『紲 proof』
CCGが新造のクインクス部隊“オッガイ”を新たな戦力として投入することになった。彼らの活躍と、新局長、旧多の手腕により窮地に立たされる喰種たち。少しでも多くの喰種を救おうと、黒山羊のメンバーとともに戦う金木だがすべてを救えるわけもない。 そんな中、“喫茶 :re”で束の間の休息をとる金木は、一緒にいたトーカから突然告白され動揺。そこに金木のCCG時代の部下、六月透(むつき とおる)が現れた。金木に恋心を抱く六月は、どんな手を使っても金木を連れ戻そうと激しい攻撃を繰り出すが、金木とトーカはそんな六月を振り切って逃げ出し――。
第20話『めざめた子 incarnation』
局長、旧多の下、喰種だけでなく、彼らと接点のある民間人に対しても厳しい罰則を加えるなどの強硬手段に出たCCG。これにクインクス班の米林才子(よねばやし さいこ)らCCG内にも反発する者が現れるが、旧多は喰種排除の手を緩めようとしない。瓜江とベテラン捜査官の黒磐巌(くろいわ いわお)は、旧多の暴走を止めるため査問にかけることを決めるが、そんな彼らの前に現れたのは!?そしてついに、多くの喰種が身を隠す黒山羊のアジトが見つかり、CCGによる大掛かりな掃討作戦が始まった――!!
第21話『心覚え Morse』
大切なものを守るため、立ちふさがる什造やオッガイたちと戦う金木だが、思った以上に大きなダメージを受けてしまう。動くこともできず追い詰められた金木はある行動に出るが……!?そして―― “東京”に、巨大なバケモノ“竜(りゅう)”が誕生する!竜の誕生によって街は破壊され多くの犠牲が出る中、これまで謎の人物“スケアクロウ”として成り行きを見守っていた金木の親友、永近英良(ながちか ひでよし)が、金木と金木の大切なものを守るため動き出す!
第22話『悲劇の果て call』
什造たちとの戦いの途中で記憶が途絶えた金木が目覚めたのは、不思議な空間だった――。 金木はそこで、自らが数奇な運命を辿るきっかけを作った喰種、神代利世(カミシロ リゼ)と再会する。リゼは金木を「人殺し」と呼びあざ笑うが、そんなリゼに対し金木は自分自身の決意を話す。一方、“核”となっていた金木を救出したことにより、原形をとどめることができず崩壊してゆく竜。だが、竜から産み出された不気味な“落とし児(おとしご)”たちが振りまく“毒”により、あちこちで恐るべき現象が起こり始める。
第23話『邂逅 ACT』
竜とその落とし児の脅威に対抗するため協力し合う喰種とCCGだが、落とし児たちによる被害は広がり続けていた。 これに対処するため、喰種の研究者、西野貴未(にしの きみ)らが毒性の高い卵管の場所を特定。“落とし児の毒”に耐性のある金木が調査に向かうことになり、護衛にアヤトがつく。 そんな中、喰種とCCGが共同戦線を張る作戦本部を和修家側近の武装集団、“V(ヴィー)”が襲撃。黒山羊の月山習(ツキヤマ シュウ)、西尾錦(ニシオ ニシキ)らがCCGと協力し応戦するが、Vと手を組む喰種集団ピエロが“秘密兵器”を投入し、さらなる激闘が繰り広げられることになる。一方、アヤトとともに卵管の調査に向かった金木は、ついに首謀者、旧多と対峙する――。
第24話(最終回)
共同戦線を張る喰種とCCGが、Vと激しい攻防を繰り広げていた頃、卵管のある地下では金木と旧多の戦いが始まった。 和修分家に産まれた者たちの中でも恵まれた才能を持つ旧多は手強く、金木は苦戦を強いられる。 傷だらけになりながら、互いの思いをぶつけ合い、熾烈な戦いを続ける金木と旧多。「あのとき リゼに 出逢う事がなければ――」それは、果たして“悲劇”だったのか……? その先にある未来とは?