第1話『悪とは何か――弱さから生ずるすべてのものだ。』
進学率・就職率１００％と言われる進学校・東京都高度育成高等学校に入学した綾小路清隆。しかし彼が所属する１年Ｄクラスは、進学校とは思えないような問題児ばかりだった。さらに学校は、生徒に現金と同価値のポイントを月１０万円分も与え、授業に関しては私語・居眠り・サボタージュをも黙認する放任主義。自堕落な生活を送る生徒たちだったが、違和感を抱く者もいた——他人との交流を徹底的に避け、孤独を貫く美少女・堀北鈴音だ。彼女は、生徒に大金が与えられているはずなのに、校内に『お金を持たない者への救済』が多く用意されていることに気づく。やがて１ヶ月後、綾小路、堀北、Ｄクラスの面々は学校のシステムの真実を知る……。
第2話『才能を隠すのにも卓越した才能がいる。』
ＡからＤの各クラスは生徒の能力によって分けられ、Ｄクラスは『不良品』と呼ばれる生徒が集まる落ちこぼれクラスだった。彼らは入学後１ヶ月間の自堕落な生活のため、学校からの評価を徹底的に落とし、毎月もらえるはずの１０万円分のポイントをすべて帳消しにされる。極貧生活を強いられ、さらに今後試験で赤点を取れば即退学という厳しいルールを告げられ、大騒ぎに陥るＤクラス。そんな中、自分がＤクラス配属であることに納得できない堀北は、ＤクラスをＡクラスへ昇格させることを目指す。成り行きから彼女を手伝うことになる綾小路。最初の課題は、間もなく行われる中間試験を、赤点者を一切出さずに乗り切ることだった。
第3話『人間は取引をする唯一の動物である。骨を交換する犬はいない』
学校側の予想に反し、高得点を叩き出して中間試験を終えたＤクラス。その裏には、堀北たちの必死の努力、そして綾小路の暗躍があった。しかし成績面を最も不安視された須藤が、たった１点及ばず赤点となってしまう。彼の退学は決定したかに思われたが、既に終わった試験結果を覆すため、綾小路が最後の一手を打つ。
第4話『他人が真実を隠蔽することに対して、我々は怒るべきでない。なぜなら、我々も自身から真実を隠蔽するのであるから。』
須藤がＣクラスの生徒に対し、暴行事件を起こした。後日、生徒会立ち会いの下で審議が行われ、結果次第でＤクラスはポイントを剥奪されてしまう。須藤の正当防衛を裏付ける証拠探しに奔走する中、綾小路はＢクラスのリーダー・一之瀬と協力関係を結ぶ。また、事件の裏でＣクラスの統率者・龍園が暗躍していて……？
第5話『地獄、それは他人である。』
暴行事件の目撃者と思われる少女・佐倉。彼女だけが須藤の正当防衛を裏付けられるが、佐倉はなぜか審議で証言することを拒否する。結局、佐倉の協力を取り付けることができないまま、審議当日を迎える綾小路たち。答弁は、実際に怪我人を出しているＣクラス側の有利に進み、Ｄクラスは追い込まれていく。
第6話『嘘には二種類ある。過去に関する事実上の嘘と未来に関する権利上の嘘である。』
佐倉の証言により、暴行事件の審議は五分に持ち込まれた。次回の審議をさらに優勢へと傾けるため、方法を探すことになる綾小路と堀北。折りふし、佐倉の周囲に怪しい男の影がチラつく。佐倉愛里のもう一つの顔＝グラビアアイドル『雫』の熱狂的なファンが、ストーカーと化して校内に入り込んでいたのだ……！
第7話『無知な友人ほど危険なものはない。賢い敵のほうがよっぽどましだ。』
夏休みに入っても、孤独を貫く少女・堀北は、誰とも会わず読書と勉強だけの日々を送っていた。そんなある日、綾小路から「男女合同でプールに行こう」と誘われる。普段であれば断るのだが、『とある事情』により誘いに乗る堀北。一方その頃、Ｄクラスの池を中心とした男子たちは、何やら怪しい計画を立てていた。
第8話『汝等ここに入るもの、一切の望みを捨てよ。』
１年生夏休みの学校行事として行われる南の島でのバカンス。島へ向かう超豪華客船内では、レストランの料理も各種レジャー施設も無料で堪能できる。気を緩めて楽しむＤクラスの生徒たちだが、Ａクラスの統率者である葛城と坂柳、Ｃクラスの独裁者・龍園に反発する伊吹など、不穏な動きを見せる者がいた……。
第9話『人間は自由の刑に処されている。』
南の島へのバカンスは、実は学校の特別試験だった。生徒たちは１週間、決められたルール下で無人島生活を行うことになる。この試験の成績次第で、Ａ〜Ｄの各クラスが保有するクラスポイントは大きく増減してしまう。しかしＤクラスは、慣れない無人島生活に困惑し、行動方針も決まらず険悪な空気が漂い出す。
第10話『裏切者の中で最も危険なる裏切者は何かといえば、すべての人間が己れ自身の内部にかくしているところのものである。』
特別試験２日目。やっと一致団結し、協力して無人島生活を続けるＤクラス。そして綾小路と堀北は、他クラスの調査に乗り出す。高い団結力を活かして生活するＢクラス、秘密主義のＡクラスなど、他クラスも一筋縄ではいかない。そんな中、龍園率いるＣクラスは特別試験そのものを否定し、ポイントを浪費して豪遊していた。
第11話『しかし、概して人々が運命と呼ぶものは、大半が自分の愚行にすぎない。』
下着盗難事件が発生してＤクラスの団結が崩れる中、堀北はリーダーのキーカードを盗まれてしまう。犯人はいったい誰なのか、それさえも分からないうちに、今度はＤクラスのベースキャンプ内で放火騒動が起こる。クラスが混乱を極める中、キャンプの中から一人の少女の姿が消えていた……。
第12話（最終回）『天才とは、狂気よりも1階層分だけ上に住んでいる者のことである。』
伊吹にキーカードを盗まれ、さらに体調が悪化して倒れた堀北。綾小路は、拒む彼女を無理矢理にリタイアさせる。リーダーを知られ、２名のリタイアを出し、そしてバラバラになってしまったＤクラスの生徒たち。彼らの試験結果は惨憺たるものとなるはずだったが……発表された各クラスの最終ポイントは意外なものだった。