第1話『大切な場所』
長門有希はちょっと内気な普通の女の子。キョンに自分の想いを伝えるため文芸部でクリスマスパーティを企画するのだが…。
第2話『もろびとこぞりて』
文芸部の部室で無事にクリスマスパーティを開催できた有希。念願のターキーを食べてみんなが盛り上がる中、一人部室を抜け出してしまう…。
第3話『涼宮ハルヒ!!』
クリスマスの翌日、有希とキョンの前に現れた涼宮ハルヒと名乗る謎の少女。大胆不敵な彼女に翻弄されてしまう二人なのであった…。
第4話『Be my Valentine』
バレンタインデーが近づきウキウキして落ち着かない面々。放課後、部活を休みにして有希は涼子と一緒に手作りチョコを作っていた。一方のキョンはハルヒに連れ出され…。
第5話『彼女の憂鬱』
部室でハルヒがキョンにチョコを渡しているのを目撃してしまった有希は、その場から走り去ってしまう。慌ててあとを追いかける涼子とハルヒなのだが…。
第6話『Over the Obento』
桜が舞う季節。進級してクラスが一緒になった有希、キョン、涼子の三人。ある昼下がり、部室で二人きりになった有希とキョンはひょんなことからお弁当を…。
第7話『ねがいごと』
ゴールデンウィークにハルヒの提案で温泉へ合宿に行くことになった文芸部の一同。出発前に電車の座席を決めるくじ引きに緊張する有希だった…。
第8話『涼宮ハルヒの謀』
旅館に到着した文芸部一行は、温泉、卓球、カラオケと大いに盛り上がり、美味しい料理に舌鼓を打つ。そして深夜、お見合い風呂の仕掛けにドキドキする有希とキョンは…。
第9話『その手を…』
真夜中のトランプ大会でひとしきり盛り上がり、疲れて眠ってしまうハルヒと涼子。遅れて遊びに来た鶴屋さんの勧めで、有希とキョンは丘の上の展望台に星を観に行くことに…。
第10話『サムデイ イン ザ レイン』
ある雨の日、下校中に交通事故に遭いかけた有希。軽いすり傷だけで済んだのだが、何か様子がおかしい。不審に思った涼子は…。
第11話『長門有希ちゃんの消失Ⅰ』
有希は事故がきっかけで別の人格に入れ替わってしまった。涼子とキョンは有希をいつもと変わらぬよう温かく見守ることにするのだが…。
第12話『長門有希ちゃんの消失Ⅱ』
テスト勉強のため、キョンは有希と約束していた図書館に行くことになった。本に囲まれて嬉しい有希だが、自分の感情の変化に悩み始める…。
第13話『長門有希ちゃんの消失Ⅲ』
眠りから覚めるたびに今の有希は、曖昧だった前の有希の記憶がはっきりとしてきていた。今の有希は自分が失われてしまう前に残りの時間を大切に過ごそうと決意する…。
第14話『彼女の戸惑い』
梅雨が明け、無事にテストも終わり、文芸部にはいつもの日常と騒がしいハルヒも戻ってきた。そのハルヒが突然、七夕を盛大にやると言い出して…。
第15話『彼の迷い』
いつも通りハルヒが中心となり、文芸部の夏休みの活動計画が持ち上がり、まずは海水浴に行くことになった。女子の水着姿も眩しく、海で大はしゃぎをする面々だった…。
第16話（最終回）『花火』
夏休みも終盤にさしかかり、散々遊び倒した文芸部一同。有希への想いがモヤモヤしたままのキョンは夏祭りの最中に…。