第1話『告白』
伊藤誠は入学式の時に出会った桂言葉に密かに想いを寄せていた。毎日同じ電車の中で見かける言葉の姿を、携帯電話の待ち受け画面にする誠。恋のおまじないなんてくだらないと思っていた誠だったが、同じクラスで隣の席の西園寺世界に待ち受け画面をみられてしまい…。
第2話『二人の距離』
言葉と付き合う事になった誠は、言葉を初めてデートに誘うが、言葉は暴走気味の誠に戸惑い気味…。翌日、デートの事を聞いた世界は誠の暴走っぷりにあきれるが、二人の為に持っていた映画のチケットを渡す。
第3話『すれ違う想い』
誠と付き合い始めた言葉だが、二人の気持ちはうまくかみ合わない。悩みを抱える言葉に、気持ちが空回りしている誠。誠は電車の中で落ち込んでいる言葉を抱き締めるが拒絶されてしまう…。そんな電車の中での行動を、誠と同じクラスの光に目撃されてしまい…。
第4話『無垢』
言葉との仲を進展したい誠。誰もいない学校の屋上で誠は言葉に迫るが、心の準備のできていない言葉は誠の行為を拒んでしまう。誠との付き合い方を世界に相談する言葉。そして、言葉とうまくいかずいらつく誠を見かねた世界は、誠にある提案を持ちかける。
第5話『波紋』
言葉から誘われたプールでのデートだったが、なりゆきで世界や光達と6人で行くことになってしまう。世界との特訓の事が頭から離れない誠を他所に、言葉は誠の恋人として積極的に誠に接する。言葉の気持ちとは裏腹に、誠は世界へ自分の思いをぶつけるが…。
第6話『明かされた関係』
世界と一線を越えてしまった誠。表向きには言葉と付きあう事を続けるが、世界との関係は加速していく。世界も言葉に悪いと思いつつ、誠を拒めなくなっていく。次第に誠は言葉を避けるようになり、言葉からの電話も拒否するようになってしまう…。
第7話『前夜祭』
言葉を避けるようになる誠。そして世界との関係は加速していく…。誠と世界の関係に気付いた刹那は、世界の為に言葉を誠から遠ざけようとし、誠の携帯電話を取り上げ言葉からの電話を着信拒否にしてしまう…。
第8話『学祭』
誠との関係を言葉に伝えられずにいた世界だったが、学園祭も迫ったある夜、誠のマンションの前で言葉と鉢合わせしてしまう。言葉からきついコトバをぶつけられた世界は、ふさぎこんで学校を休んでしまう。そして、それぞれの思いを他所に、学園祭が始まる。
第9話『後夜祭』
誠に後夜祭のフォークダンスを一緒に踊ると約束させた世界。だが誠は、言葉とも踊る約束をしていたのだが…。一方の言葉はクラスの出し物の受付から離れられず、誠に何度もメールを送るも一向に返答がなく…。
第10話『心と体』
学園祭最後のフォークダンスで楽しそうに踊っている誠と世界。そんな二人を見てしまった言葉だが、頑なに自分は誠の恋人だと主張する。フランスへの旅立ちを控えた刹那は、世界を誠に託そうと奔走するのだが…。
第11話『みんなの誠』
クリスマスも近くなってきた頃。誠は箍が外れたかの様に、手当たり次第に異性との関係を重ねていた。言葉は我を忘れてしまい、世界は突然の刹那の転校と誠の浮気のショックで引きこもってしまう。だがそんなある日、世界の体にある異変が…。
第12話（最終回）『スクールデイズ』
世界から逃げ出すように街を彷徨っていた誠は、クリスマスツリーの下で言葉と再会し、聖夜を共に過ごす。誠の家に向かう二人を偶然目撃した世界は、事実を確かめるかの様に誠の家に押しかけるが…。
OVA『Valentine Days』
年明けの山間の温泉宿。そこで、誠・世界・言葉・刹那・乙女・光・七海・泰介・心は、年内とは異なる穏やかな時間を過ごしていた。その後日、ファミレス「ラディッシュ榊野町店」で世界・刹那・乙女・光・七海の間に、桂家で言葉と心の間に、バレンタインデーの話がそれぞれ持ち上がる。 そして2月14日。夕暮れの榊野学園で、乙女を皮切りに誠争奪戦の火蓋が切られた。世界や言葉も加わった危険な様相に、誠は泰介への告白を準備していた光を弾き飛ばす勢いで3人から逃げ始めるが、大人の色気を醸した水着姿の踊子や自らをリボンで包んだ心の参戦も災いし、校舎屋上へ追いつめられる。まもなく、世界・言葉・乙女の危険なチョコレートを一度に食べさせられて力尽きた誠を余所に、女性陣5人はホワイトデーに期待しながら去っていった。満身創痍となった誠は教室へ逃げ延びるが、刹那から純真な想いを込められた小さなチョコレートをもらえたことに喜んだのも束の間、彼の前には自身より巨大なチョコレートが置かれる。それは、同性愛に目覚めた泰介からのものだった。
OVA『School Days OVAスペシャル 〜マジカルハート☆こころちゃん〜』
世界、光、七海、そして心の4人は普段、露出度の高い制服で知られるラディッシュ榊野町店のウェイトレスである。しかし、榊野町店の正体は政府では対応不可な事件に対応するべく組織された民営の匿名防衛サービスであり、店長かつ司令の踊子に率いられるウェイトレス達4人の正体はスーパーコンピュータで選ばれたラディッシュ機動部隊の一員として、普段の制服よりさらに恥ずかしいデザインのパワードスーツを身に纏い、時給750円+危険手当で出動する身であった。 ある日、ドクターSとその部下の田中が散布したゾンビガスによって、榊野ヒルズ商店街の一般市民達がエロエロゾンビと化す。出動したラディッシュ機動部隊は、エロエロゾンビに追いつめられていた乙女や彼女の取り巻き達を救出しようとして窮地に陥るが、そこへ現れたマジカルハートによって救われる。しかし、ドクターSは田中を切ないんだー田中号へ巨大化させ、マジカルハートを圧倒する。そこへさらに現れたマジカルワードはマジカルハートと共に巨大なマヨちゃんへ合体すると、超必殺技「鮮血の結末」で切ないんだー田中号を撃破する。形勢逆転を重く見たドクターSは捨てゼリフを残し、撤退していくのだった。