第1話『守りたいもの』
薙切薊率いる中枢美食機関（セントラル）との連隊食戟。その1st BOUTは、創真ら反逆者側が勝利！ この勢いでさらなる勝利を制するべく、反逆者側は久我、美作、女木島を投入。一方、中枢美食機関（セントラル）からは、第一席・司、第二席・竜胆、第四席・斎藤が登場！ 実力者同士が火花を散らす2nd BOUTが幕を開ける……！
第2話『ストロボ、輝く』
連隊食戟2nd BOUTは、女木島vs竜胆、美作vs斎藤、久我vs司のカードで進行中！ それぞれ「緑茶」「唐辛子」「まぐろ」というお題で、各々調理を進めていく。そんな中、美作は仲間との連携や進化した「周到なる追跡」を披露！ 打倒・新遠月十傑のため、一丸となる反逆者チーム！ そして両チームともに品が完成！ 審査が始まる…!!
第3話『希望の連帯』
新旧十傑たちがぶつかる2nd BOUT！ 相手の品にわずか届かず敗北してしまった女木島、美作。残る審査は久我VS司！ 試合前、司へ直々に勝負を挑んだ久我が、司との勝負に拘る理由とは…？ 「緑茶」をテーマにどんな料理が作られるのか…!? 2nd BOUT決す！ そして訪れた束の間の休息。創真たちの前に第三席・ももが現れ…？
第4話『勝利をねらえ！』
連隊食戟はいよいよ3rd BOUTに突入！ 対戦カードは創真vs斎藤、タクミvs叡山、そして恵vsもも。創真達３人は、連隊食戟前に個々の技量アップを図るため、名だたるシェフらの指導を受けていた。その中で恵は四宮の指導を受けるも、過去のトラウマから上手く調理ができない。そんな恵の心を奮い立たせたのは……まさかの少女漫画!?
第5話『終わったぜ、お前』
連隊食戟3rd BOUT、恵VSももの勝敗は…!? 一方、「牛肉」をテーマに調理を進めるタクミと叡山。和食の伝統料理「時雨煮」を応用するタクミに対し、叡山は自身の審査を有利に進めるため、とある食材を使用した卑劣な手段に出る！ 絶体絶命の中、タクミが仕掛けた「秘策」とは……？
第6話『一本の刃』
タクミVS叡山の戦いも終わり、3rd BOUTもあと一組を残すのみ！ 創真に対するは、美作の「周到なる追跡」をも凌駕した天才寿司職人・斎藤綜明！ 2人は「バター」という難しいお題に対し、どのような料理で勝負するのか!?
第7話『ふたりの女王』
連隊食戟もいよいよ4th BOUTに突入！ 中枢美食機関側の残るメンバーは、司、竜胆、ももの十傑トップ３。 強敵相手に出方を思案する創真達反逆者連合は、一色、タクミ、えりなで向かい打つことに。えりながついに参戦！そして、えりなVSもも、負けられない戦いの火ぶたが切って落とされる!!
第8話『君の横顔』
ついにスタートした4th BOUTの会場へ現れ、今後の審査は自身が務めると宣言した薙切薊！ 首謀者である人物に審査員を任せられないと、反逆者チームの面々は憤慨するが、何故か敵対しているはずの仙左衛門もこの提案を受け入れている様子を見せ…？ 会場中が混乱する中、タクミが相対する竜胆が料理を完成させる…！
第9話『一席と二席』
1勝1敗となった4th BOUT、一色VS司の食戟は佳境を迎える！ お題はフレンチでは定番の「ウサギ肉」。型破りな調理により、審査員達の度肝を抜くことに成功した一色だが、司の表情には、余裕が感じられ……。一色の超攻撃的和食に対する司の料理とは…!?
第10話『必殺料理の作り方』
遂に連隊食戟最終戦が開幕！ FINAL BOUTの対決方法は、2皿だけのコース料理という難題。各チームのメンバーそれぞれが、前菜とメイン料理を担当して審査員達にサーブするため、チームワークが重要な一戦となる。だが、創真とえりなは言い合ってばかりでどこか険悪な様子…。そんな2人を尻目に司と竜胆の最強コンビは、料理を完成させる――！
第11話『希望の唄』
FINAL BOUTの最中、えりなに食戟を挑んだ創真！ その行動の裏には1つの狙いが……。それは、えりなに食戟を仕掛けることで、彼女自身の必殺料理を引き出すこと！ 創真の主張を受けたえりなは、制限時間が迫るなか新たな調理を始める！ えりなが創り出す必殺料理とは!?
第12話（最終回）『遠月十傑』
連隊食戟FINAL BOUT、決着の時!! 激戦の末に勝利したのは反逆者連合チーム！ 中枢美食機関の敗北を認めた薙切薊は、無言のまま会場を去る。そんな薊に声を掛けたのは、かつて学園で研鑽を積んだ、城一郎と堂島の2人だった……。一方、創真達は、新たな十傑の席次を決めることになり……？