第1話『邂逅の…邪王真眼』
中学卒業と同時に、富樫勇太は「中二病」を卒業した。暗黒時代の自分を知る生徒が一人もいない高校に進学することで、勇太は、順風満帆な高校生活を手に入れようとしていた。しかし、そんな勇太の淡い期待が、入学初日に脆くも崩れ去った。まさか、クラスメイトに現中二病少女がいるなんて!!!!!勇太が一番遠ざけたかった存在「中二病」。現中二病少女、小鳥遊六花との出遭いから、勇太の高校生活がスタートする。
第2話『旋律の…聖調理人(プリーステス)』
とうてい“華々しく”とは言えない高校生活のスタートを切った勇太。現中二病少女との出会いにより、順風満帆な高校生活が台無しになったと思われた。しかし、思わぬ形勢逆転を得た。一色誠の悪巧みによりクラス委員になったのだ!クラスで一番人気の美人、丹生谷森夏と一緒に!小鳥遊六花との最悪な出遭いに隠れていたが、最高の出逢いもあった勇太。スタートは遅れたが、これでリア充への仲間入りなるか?!
第3話『異端なる…双尾娘(ツインテール)』
入学から一カ月が経過。丹生谷との距離を、なかなか縮められずにいる勇太。チアリーディング部に体験入部した丹生谷のチアガール姿を、大勢の“偶然体育館を通りがかった連中”と一緒に、遠巻きに眺めるしかない一方で、六花からは『極東魔術結社』なる部活を一緒に立ち上げようと言い寄られる。なぜこうも中二病ばかりが勇太に引き寄せられてくるのか?そこには新たな中二病少女が現れる。
第4話『痛恨の…闇聖典(マビノギオン)』
『極東魔術結社』にくみんが加わったことにより『極東魔術昼寝結社の夏』となった六花発足の謎の同好会。入部するつもりなど全くなかった勇太だったが、丹生谷の入部につられ入ってしまった。なぜこんな部に、クラスで一番人気の美人、丹生谷森夏が入部を?魔術に興味がある?昼寝に興味が?もしや・・・。いや。まさか!?勇太は様々な憶測を巡らせる。
第5話『束縛の…十字架(ハード・スタディ)』
どうみても健全な活動をしているようには思えない『極東魔術昼寝結社の夏』。とうとう解散の危機に見舞われた。というのも、発起人の六花が数学のテストで見事な最低点を取ってしまったのだ。先生からは、同好会が原因だと言われ、今度の数学の試験で六花が赤点を取ったら同好会は解散させられてしまうことに。
第6話『贖罪の…救世主(イノセント)』
一色誠の元に一通のラブレターが届く。しかし、差出人は不明。勇太に相談するが、差出人に見当もつかない。女の子のことが大好きで、カワイコちゃん選手権なるものを記録している一色ではあるが、差出人不明のラブレターに動揺が治まらない。そんな一色は、ある大きな失態を犯してしまう。動揺に動揺が重なった一色がとった男のケジメとは?!
第7話『追憶の…楽園喪失(パラダイス・ロスト)』
勇太、一色、森夏、くみん、凸守の5人は、六花と連れだって、彼女の実家に遊びに行くことになった。ご両親の世話になり、近くの海で泳ぎ、こんがり肌を焼く。そんな、ありふれた高校生の夏休みになるはずだった。しかし、実家に向かう当の六花の表情が冴えない。いつもと様子の違う六花に気づいた勇太。それはただの勇太の思い過ごしなのだろうか?親元を離れ、姉と二人で暮らしていることに何か理由が隠されているのか?知られざる、六花の過去が明かされる。
第8話『二人だけの…逃避行(エグザイル)』
昔の出来事を受け入れられないでいる六花は、今もなお、拒絶し続けている。現実を見ようとしない六花を心配する十花は、目を背けることなく直視するよう六花に強いる。そのことで、六花は十花から逃げ出すように『極東魔術昼寝結社の夏』の面々を実家に残したまま、一人で自宅に戻ってしまう。あとを追う勇太。そこに待っていたのは、二人だけの長い夜だった。
第9話『混沌の…初恋煩(カオスハート)』
あの夏の夜以来、ぎこちない勇太と六花。学園祭の季節になっても、二人はまともに話しをしていなかった。明らかに、六花の勇太に対する様子がおかしい。邪王真眼といえども、ダークフレイムマスターには屈してしまうのか?六花自身、そう思っていた。しかし、そんな二人の様子を見ていた丹生谷は、早くも何かに気付いたらしい。
第10話『聖母の…弁当箱(パンドラズ・ボックス)』
六花は、勇太に対する思いが変化していることに気がついた。勇太も同様に、六花に対する思いが変化していた。勇太と六花、二人はお互いの気持ちを確かめ合い、ぎこちなくもありながら、それまでとは違った、新しい関係が生まれようとしていた。しかし、その矢先、学園祭当日、勇太は六花に残酷な言葉を告げなければいけなかった。
第11話『片翼の堕天使(フォーリン・エンジェル)』
六花は眼帯を外し、中二病から卒業することを決心した。元中二病である森夏からのアドバイスを手がかりに、六花なりの努力が見える。そんな姿にホッとしつつも、冴えない表情の勇太。凸守は六花を中二病へと戻そうとするがどうにもならない。
第12話(最終回)『終天の契約(エターナル・エンゲージ)』
六花から邪王真眼を受け継いだくみん。勇太は、二代目邪王真眼となったくみんの口から、邪王真眼が生れた理由を聞かされた。そのことで勇太は自分の考えを改めた。徐々に自分の気持ちに気付き始めていた勇太。本当は、六花を中二病から卒業させたかったんじゃない。六花の純粋な心、六花の背負ってきた苦しみ、六花のまっすぐな思い、それらを受け止めようと勇太は全力で六花を追った。
OVA『煌めきの…聖爆誕祭(スラップスティック・ノエル)』
中二病に復帰した六花はこれまでと変わらない生活を送る。歳も押し詰まりクリスマスのパーティーを部室で開こうと先生に交渉するが了承を得られない。代わりに凸守が自宅を会場として提供すると申し出る。当日、豪邸の威容に気おされながらもメンバーはパーティーを始める。その最中に丹生谷は勇太と六花の仲を進展させるべく計らうが、六花はケーキにきかせたブランデーに酔ったままに妄想世界に移行してグダグダとなり、勇太と良い雰囲気になり損ねる。 パーティーが御開きとなった後、勇太は改めて六花を遊覧船に誘う。洋上から街の灯を眺めつつ良い雰囲気になる二人だが、後をついてきたメンバー等に邪魔される。