京都アニメーション制作の大ヒットシリーズ｢CLANNAD(クラナド)｣の第2期！原作はゲームブランド｢Key｣の同名恋愛アドベンチャーゲーム。人と人との｢絆｣をテーマにしたファンタジックかつ感動的なストーリーで人気を博した。アニメ第1期で、さまざまな出来事を経て恋人同士になった朋也と渚。第2期の本作では、2人のその後を軸に、家族や友人との絆を丁寧に描いていく。アニメーション制作は｢AIR｣｢Kanon｣｢けいおん！｣などを手がけ、高いクオリティでファンからの信頼も厚い京都アニメーション。
第1話『夏の終わりのサヨナラ』
2学期が始まった。3年生の朋也たちはそろそろ進路を決めなければいけない時期。しかし、朋也は自分の将来が見えないまま、相変わらず渚の家に居候していて・・・。
第2話『いつわりの愛をさがして』
いまだ進路が決まっていない春原。そんな春原を心配した妹・芽衣は、しばらく古河家に居候することに。朋也は芽衣を安心させようと、春原にある提案をする。
第3話『すれちがう心』
春原の恋人役が早苗に決まり、いよいよデート当日。早苗の正体に気づいていない芽衣。一方、早苗を渚の姉だと信じている春原は・・・。
第4話『あの日と同じ笑顔で』
朋也と芽衣がついた嘘に何も言わない春原。変わってしまった兄に対して、芽衣は｢もう一度サッカーを始めれば、以前の兄に戻ってくれる｣という思いを抱く。
第5話『君のいた季節』
春原は美佐枝のネコを勝手に売ろうとして、美佐枝にお仕置きされてしまう。名前もないそのネコは、いつのころからかいつも美佐枝のそばにいて・・・。
第6話『ずっとあなたのそばに』
いつものように校門で美佐枝を待つ志麻。だが、前日のことがあってか美佐枝は学校を休んでいた。志麻の様子から美佐枝の失恋を知ったサキとユキは・・・。
第7話『彼女の居場所』
資料室の有紀寧のもとを訪れた朋也と渚と春原。いつものように有紀寧のもてなしをうけていると、突然ケガをした男がやってきて・・・。
第8話『勇気ある闘い』
須藤たちのケンカのことで寝不足気味の有紀寧。｢誰かに膝枕をしてもらうと、ぐっすり眠れるというおまじないがある｣ということで、渚は朋也の膝枕を提案する。
第9話『坂道の途中』
三者面談が始まり、本格的に進路を考える時期になった。渚は進学せず、就職を希望している。一方、朋也は、渚から進路について聞かれてもごまかすばかりで・・・。
第10話『始まりの季節』
渚を残し、卒業を迎えた朋也。進学も就職もせず、やることがない朋也に対し、秋生と早苗は古河パンで働かないかと声をかける。一方、渚は、3度目の3年生を迎えていた。
第11話『約束の創立者祭』
仕事を始め、芳野の厳しい指導を受けつつ毎日頑張っている朋也。渚はそんな朋也を心配し、毎日様子を見に来ている。渚がそばにいるということが、朋也を支えていた・・・。
第12話『突然の出来事』
仕事にも慣れてきた朋也。そんな朋也を暖かく見守る渚だが、ひとつだけ気がかりなのは朋也の父親のこと。しかし、朋也は父親の話題を避けようとする。
第13話『卒業』
古河家を訪れ、父親の件を謝る朋也を、早苗は暖かく迎えてくれた。自分を心配し、変わらずに接してくれる早苗の優しさに、朋也はあらためて感謝するのだった。
第14話『新しい家族』
朋也と渚の2人の生活がスタートした。2人は互いに支えあい助け合っていこうと誓う。渚は少しでも役に立ちたいと、仕事を探すと言い出し・・・。
第15話『夏の名残りに』
朋也と渚に訪れたニュースに、秋生と早苗も2人を祝福する。朋也は自分の責任の重さをあらためて実感する。そして、めまぐるしく時間が過ぎ・・・。
第16話『白い闇』
渚には早苗がつきそい、秋生も頻繁に様子を見に来ていた。みんなが渚のために出来る限りのことをしている。朋也も不安な気持ちを隠し、仕事に打ち込んでいた・・・。
第17話『夏時間』
朝起きて仕事にでかけ、食べて寝る。その繰り返しの毎日を送る朋也。仕事に打ち込み、休日には暇をつぶすために金を使っていた。朋也はただ惰性のように生きていた・・・。
第18話『大地の果て』
汐と2人で旅行に行くことになった朋也だが、2人で過ごすのは汐が生まれてから初めてのこと。気まずい空気がただよう中、朋也は列車の中で騒ぐ子供を怒鳴りつけてしまう。
第19話『家路』
旅行を終え、朋也と汐は古河家へと帰ってきた。渚の部屋で、朋也は早苗にそれまでの謝罪と、感謝の気持ちを伝える。そして、朋也と汐は2人で暮らし始めた・・・。
第20話『汐風の戯れ』
周囲の助けを借りながらも、それまでの時間を埋めるように、朋也は汐との時間を大切に過ごす。ある日、汐の担任の先生へ挨拶をするため、2人は幼稚園へ向かうが・・・。
第21話『世界の終わり』
汐が突然熱を出して倒れてしまう。その症状は渚と同じものだった。医者からも原因が分からないと告げられる中、秋生や早苗に助けられ、懸命に看病する朋也だが・・・。
第22話（最終回）『小さな手のひら』
学校へと続く坂道の下。朋也の前にはうつむく少女。彼女は立ち止まったまま、ひとりつぶやく・・・。そんな彼女の様子を、朋也は見つめ続ける・・・。そして・・・。
番外編『一年前の出来事』
高校３年生になった渚は、知り合いが一人もいないクラスになってしまう。秋生に励まされながらも友達を作ろうとするのだがなかなかうまくいかない。一方２年生の杏は、委員長だからとクラスの不良男子２名の面倒を見る羽目になっていた。
総集編『緑の樹の下で』
朋也は幼い汐に語りかける。汐の母・渚と出会った日のことを、そして二人が歩んできた日々のことを…。