第1話『世界への門』
フットボールフロンティアの決勝戦から１ヶ月後、ついに少年サッカー日本代表「イナズマジャパン」のメンバーが発表される日となった。フットボールフロンティアスタジアムでは、緊迫の代表選手発表イベント『世界への門』フェスティバルが開催され、スタジアムに集められた代表候補の選手たちは、いまかいまかとその時を待っていた。大歓声が響き渡る中、次々と代表選手が発表される。そこへ新たな仲間として海外での活躍が認められ、招集された選手がいた。「一星充」という名のミッドフィルダー。彼はいったいどんな選手なのか!?
第2話『失われた最終兵器』
アジア予選は日本で行われることが決まった！ 日本のサポーターも大興奮の中、アジア予選の第一試合が始まる。イナズマジャパンの対戦相手は韓国代表の『レッドバイソン』。その名の通り『赤い突撃獣』との異名を持つ彼らは、強力な突破力が売りのチームだった。対するイナズマジャパンはキャプテンの円堂守を中心に、善戦を繰り広げていた。そんな中、明日人や氷浦らは試合を通じて試合前日の晩にキャンプ地の河口湖のほとりで、突然サッカー勝負を挑んできた「無敵ヶ原富士丸」のことを思い出していた。
第3話『刻印を持つ者』
趙金雲の話す「オリオンの使徒」とは一体何者なのか。謎が深まる中、アジア予選第一試合、対韓国代表との試合は後半戦へ。韓国チームのエースのペク・シウは、日本のキーマンが豪炎寺だと判断し狙いを定める。 チーム内に不安が漂う中、趙金雲は豪炎寺に代わりヒロトを投入する。灰崎とヒロトによるツートップとなったイナズマジャパン!! だが、並び立った「ゴッドストライカー」と「フィールドの悪魔」、まさしく神と悪魔であり、両者は相容れない存在のようで……。
第4話『笑う一星』
韓国との試合を通じて、何か違和感を感じたと話す鬼道と豪炎寺。「この大会には何かあると思う」と豪炎寺は言うが……果たしてFFIには何が隠されているのだろうか。一方その頃、明日人を含む5人のメンバーが趙金雲から買い物に行くよう指示されていた。その帰り道、謎に包まれた少年「無敵ヶ原富士丸」と再会する。驚異的な身体能力で日本代表の選手を圧倒する彼に迫る一同だが、果たして暴くことができるのか！？そんな中、氷浦が名探偵として動き出す！！
第5話『トロイの木馬』
アジア予選第２試合、イナズマジャパン対オーストラリア戦。豪炎寺に続き、円堂にまで危険がおよび、一星をさらに疑う鬼道。しかし、決定的な証拠は見つからないまま、前半戦がスタート。ドリブルで切り込んでいく明日人の前にオーストラリアのフォワード、サルとアスが立ちはだかる。フェイントをよけようとした瞬間！ 明日人の足元からボールが消えた!! いったい何が起きたのか!? 一方、イナズマジャパンのベンチには海外から戻ったある人物の姿があった。
第6話『鬼道の反撃』
一星が、日本を負けさせたい何者かが送り込んだ『トロイの木馬』であることに気づいた鬼道。これ以上一星の悪行を放ってはおけないと、試合中に彼を排除することを宣言する。鬼道は灰崎とヒロトに声をかけ、一星を潰しにかかるのだった。しかし、正々堂々とプレイしたい明日人は、3人の様子を見ても何が起こっているのか理解できないでいた。一方、試合が荒れていく中で、オーストラリア側は新たな選手を投入する。いまだオーストラリアのシュートの攻略に苦戦するイナズマジャパンだが、果たして勝機はあるのだろうか。
第7話『仕組まれた罠』
後半戦、鬼道たちによる一星排除が進んでいた。ボロボロになっていく一星の姿を見て、明日人は「こんなのはサッカーじゃない！」と鬼道たちに反論する。一星への疑惑がさらに深まる中、試合は円堂が相手チームの必殺技を止められるかどうかにかかっていた。オーストラリアを追いかける日本は、なんとか攻略の糸口を見つけることができるのだろうか！？ 試合後、ロッカールームでひと時を過ごしていたイナズマジャパンに思いもよらない出来事が起こり、明日人は何が正しいのかわからなくなっていくのだった。
第8話『イナズマジャパン最大の危機』
次の試合相手は無限の体力『エターナルダンサーズ』とも言われるウズベキスタン。底知れないスタミナが武器のチームだ。彼らに対抗するため、趙金雲監督による特訓がスタート！ そんな中、豪炎寺、鬼道に続き、一星はチームの柱である円堂を排除することを考えていた。罠にはまってしまい試合に出場できなくなった円堂にかわりフィールドに立った西蔭がゴールを守ることとなった。イナズマジャパンに危機が迫る中、ある人物がゆっくりと姿を現す。
第9話『皇帝の帰還』
後半戦、イナズマジャパンのピンチを救うべく、あの男がフィールドに帰ってきた！「戦術の皇帝じゃなくていい、ただサッカーをやっていたい」そのことに気付き、サッカーを諦めないと決意した野坂は新たな必殺技でゴールを決める。彼の存在に危機を感じた刻印の選手たちは、次の狙いを野坂に定めて排除しようとするのだった。そんなウズベキスタンのダーティープレイを打破するため、野坂は事前に風丸に頼んでいた奥の手を試そうとみんなに伝える。それは明日人たちも驚く作戦で…。
第10話『皇帝の逆襲』
必殺タクティクスにより大ダメージを受けたウズベキスタン。イナズマジャパンは「戦術の皇帝」の加入により、チーム全体の力が引き上がった。試合後、大会への疑念が頂点に達していたイナズマジャパンのメンバーに、趙金雲の口から大会の真実が明かされる。それは、FFIの試合には悪い大人の事情が絡んでおり、一星もそれに関わっているというものだった。それを知った灰崎たちは彼をチームから外すよう言うが、円堂がそれを止める。実は、円堂はサッカー記者の紀村から一星の過去を聞かされていたのだ。
第11話『皇帝のシナリオ』
弟・光の命を救うためオリオン財団の指示に従ってきたが、心の限界を感じ始めた一星。そんな中、サウジアラビア戦へ向け、新たな特訓がスタートする。野坂の作戦を知り、一星は次のターゲットを風丸と吹雪に狙いをさだめる。そこへオリオン財団から、光の手術の日取りが決まったと一星に連絡が入った。だが手術を受けるには、ＦＦＩアジア予選で、日本代表を敗退させることが条件…。同時に、イナズマジャパンを潰すための新たな指令が下されるが、それはこれまで以上に危険なものだった。オリオン財団のやり方に反発を覚えながらも、もう失敗は許されないと完全に追い詰められた一星は、実行しなければと葛藤する。
第12話『一星、最後の選択』
吹雪、風丸の退場をものともせず、これまで以上の戦いを見せるイナズマジャパン。ただひとり、一星だけは焦燥感に満ちていた。明日人は「思いっきりサッカーやろうぜ！」と、 自分の気持ちを託したパスを出し、一星にシュートを打たせるが……！ 一方、一星の脳裏では弟・光との幼い頃の思い出がフラッシュバックし、自分が本当にやりたいサッカーがわからなくなっていた。そんな迷い苦しむ一星に対して、野坂が意外な行動に出る。自分自身を裏切り、汚いサッカーを続けるのか。それとも、本当のサッカーを追い求めていくのか、彼自身のシナリオを選ばせるために。それは…。
第13話『ジャパン、新たな輝き』
ハーフタイム中、風丸と吹雪のアクシデントが野坂の計画の一部だったことを知らされる一星。それでも誰かを傷つけようとしたことを悔やむ姿に、野坂や明日人たちが救いの手を差し伸べる。しかし、一星の様子に突如異変が起き始めた。それは、彼にまつわる重大な秘密が関係していた。一星を助ける方法は、彼が背負ってしまった過去を越える「強い思い」、大好きなサッカーに向ける情熱だと趙金雲は語る。それを聞き、円堂や明日人をはじめとするイナズマジャパンが立ち上がった！ 彼らは一星を助けることができるのだろうか！？
第14話『キラキラ☆サッカーボーイ』
月刊ワールドサッカーの取材を受けることになった明日人、野坂、灰崎の３人。インタビューを通して3人の一面を掘り下げたいと意気込む記者の紀村からは「今だから言える！ 印象に残った○○ベスト３」という質問される。しかし、その内容は予想だにしないものだった。最初にインタビューを受けた灰崎に与えられた質問は『印象に残ったクマゾウベスト３』。サッカーとは関係のない質問に戸惑う灰崎。明日人や野坂にも同様の質問が続くのだった。一筋縄ではいかないこの取材を明日人たちはどう切り抜けるのだろうか…！？
第15話『趙金雲の弟子』
中国戦間近に、李子文がのっぴきならない家庭の事情で代表キャンプから離れることに。そんな彼に氷浦は「再起不能にしてやるんじゃなかったっけ？」と意味深な言葉を発する。驚くイナズマジャパンを前に、謎めいていた李子文の正体、さらには彼の過去も明らかとなる。6年前、彼は路地裏で生活していたところを趙金雲と出会い、最初は反抗するもののサッカーとまっすぐに向き合って生きることの素晴らしさを学び、どこまでも着いていくと誓った。２人の本当の目的は、「サッカーを開放すること」だったのだ―
第16話『俺はチームの中に』
これまでとは打って変わって何事にも一生懸命で張り切る様子を見せていた一星だが、そんな彼の姿を岩戸は「ハリキリすぎだと思わないでゴス？」と心配していた。明日人はある日、一星を連れて河童がいるかもしれないという「甲羅谷大滝」へ行くことに。最初は自由奔放な明日人に押され気味の一星だったが、次第に笑顔になってゆく。しかし甲羅谷大滝に着いたところで天候が悪化してしまい、明日人と一星は帰ることができなくなってしまった。果たして２人は、無事みんなのもとに戻ることができるのか！？
第17話『驚愕のトリプルキーパー』
ついに始まる中国との決勝戦。趙金雲監督が急病のため、久遠コーチが監督代理を務めることに。一方、中国ベンチには見覚えのある仮面をかぶったある人物がコーチとして身を置いていた。チョウ・キントウンと名乗る彼は「中国代表があなたたちを踏み台にして世界に行きますよ」と挑発し、イナズマジャパンは闘志に火が付くのであった。そして試合開始！最初から勢いに乗る中国代表は、すぐさま円堂の風神雷神ゴーストの弱点をつく。そこで久遠監督代理は、ふたりの選手を交代するという賭けに出る。初めはうまく噛み合わなかったが……！？
第18話『剛陣、フィールドに立つ』
新必殺技で相手のゴールを止めることができるようになったものの、試合は、中国が先制したまま膠着状態が続いていた。日本代表はゴールを奪うことができずにいたのだ。しかし、後半に入ってジャパンベンチに動きが！ついに秘密兵器、剛陣が投入される…！突然の交代に驚くイナズマジャパン。そして、出番を心待ちにしていた剛陣の気合いは半端なかった。実は剛陣は自分に足りないものを補うために、なんと富士山に登って特訓をしていたのだ。そこでは新たな出会いもあり…。成長した剛陣がつかんだものとは一体…！？
第19話『目指せ、大舞台！』
中国との運命の決勝戦は残り10分。全員で日本ゴールに迫る中国イレブンに対し、ゴールを守る円堂は全力で攻撃をしのいでいた。ゴールを目指そうとするも、中国イレブンが次々と立ちはだかり、見慣れないプレイに惑わされるイナズマジャパン。中華の星になることを改めて誓ったリ・ハオたちに、日本は全力で抑え込まれるのだった。試合時間も残り５分と少なくなったそのとき、一星から「情報収集完了です」との声が。野坂と一星による逆転の秘策が、ついにここでくり出される！？両者限界を超えてぶつかり合った末、本戦の切符を手にするのは果たしてどちらなのか！
第20話『新たなる旅立ちの宴』
中国戦を終え、再びチームに戻ってきた趙金雲と李子文。驚くイナズマジャパンのメンバーの前に、さらに豪炎寺と鬼道も姿を現す。2人の登場に喜ぶイナズマジャパンだったが、一星はひとり思い詰めた顔をしていた。過去に鬼道を罠にかけたことを思い出す彼に対して、鬼道がとった行動とは…。そして、一同は世界サッカー協会が用意した壮行会に招待されることに。ドレスアップしたイナズマジャパンがパーティーを楽しむ中、FFI世界大会の組み合わせが発表される。初戦の対戦国はスペインだと告げられ、意気込む円堂たちの前に現れたのはスペイン代表のクラリオとオリオン財団の新条琢磨だった。
第21話『大海への想いを馳せて』
ＦＦＩ開催地ロシアへの出発までの２日間、イナズマジャパンのメンバーは全員渡航準備のため、一度それぞれの学校に戻ることとなった。明日人たちも久しぶりに雷門中に戻り、懐かしいメンバーと再会。さらに、コーチの亀田からサプライズとして家族とのパーティーが用意されていた。皆が楽しそうにしている中、その様子を少し寂しげに見ていた明日人は、一人トキオサンシャインタワーへ行き、亡き母からの手紙や、どこかで生きているはずの父親に思いを巡らせる。すると、明日人の前に一人の人物が現れるのだった…。
第22話『ビバ！世界上空！』
いよいよＦＦＩが開催されるロシアに旅立つイナズマジャパン。初めての飛行機に喜ぶ明日人や氷浦、震えるヒロトを心配するタツヤなど……メンバーは機内での時間を思い思いに過ごしていた。そしてロシアに到着！空港では、偶然にも対戦国であるスペイン代表、アメリカ代表と一堂に会し、なんとアメリカ代表には、過去に円堂たちと共に雷門で戦っていた一之瀬や土門の姿もあった。円堂たちが再会を喜ぶ中、さらにロシア代表が現れる。オリオン財団の本拠地であるロシアのチームに警戒するイナズマジャパンだったが、ロシアのキャプテンであるフロイから衝撃の一言が…。
第23話『世界の壁』
カザニ国際空港に到着したイナズマジャパンは、送迎のバスを待っていた。その間、明日人は円堂から、旧雷門中が国家友好親善試合としてスペインのチーム「バルセロナ・オーブ」と戦った時の話を聞くことに。豪炎寺のファイアトルネードが止められ、円堂さえ一歩も動けずゴールを奪われて、試合終了まで翻弄され続けたという壮絶な試合の様子が語られるのだった。そして、試合後に現れた少年サッカー協会の轟伝次郎は、旧雷門のイレブンに、サッカー強化委員として全国に飛び、日本全体のレベルを押し上げてほしいと使命を託す。世界への挑戦は、ここから始まった。
第24話『ロシアを歩こう』
ガイドのスコーリオを加え、カザニの街を観光することになったイナズマジャパン。ロシアの街並みに驚きと興奮が冷めやらず、各々が世界大会の前のひとときを楽しんでした。そんな中、ひとり上の空の様子で離れた場所にいた一星の元に、ロシア代表のキャプテンであり、昔からの友人のフロイが現れる。オリオンを背いたことを知っていたフロイに身構える一星だったが、彼の口から出てきたのは意外な言葉だった。そしてその夜、いよいよスペイン戦に向けた特訓を始めようとしたところで、趙金雲監督から新たな仲間が加わることを告げられる。その人物とは一体…？
第25話『立ちはだかる巨神』
ついに、浅からぬ因縁を持つスペインとの試合が始まった。試合開始から全力で挑んでくるスペイン代表は、開始早々クラリオの強烈なシュートを放つ！過去に、クラリオのシュートを全く止められなかった円堂は、この時を待っていたと応戦するのだった。実は、「ダイヤモンドレイ」に対抗する必殺技の特訓をしていたという…。果たして、円堂は特訓の成果を出し、クラリオを止めることができるのか！？一方、灰崎とアツヤ、明日人もゴールを決めるべく攻め込んでいた。しかし、スペインの守りは堅く、ゴールが奪えない状況が続く。そんな時、突破口を開くため、ある人物が動きを見せるのだった。
第26話『ジェネラルの煌き』
スペイン代表がリードしたまま、試合は後半戦へ。フィジカルが強く、ディフェンスを避けて通るような動きをしないスペイン代表に対し、イナズマジャパンは新戦法を実行する。しかし、スペインも負けてはいない。クラリオの必殺技がさらなる進化を遂げて日本ゴールを襲う。試合は、どちらも譲らず接戦が続いていた。一方、守りが堅いスペイン代表のキーパー、アロンソ。吹雪兄弟のシュートで1点を奪い返したものの、日本は中々次につなげるシュートを決めることができていなかった。日本が勝利を得るためには、キーパー攻略が最大の課題となるが…。
第27話『明日人！勝利に向かって走れ！』
何が起こったのかわからない程、一瞬でゴールを決めたスペイン代表。予想外の出来事にイナズマジャパンのメンバーは戸惑いを隠せずにいた。スペインは日本の弱点に気づき、そこを突くプレイで対抗してきたのだ。野坂と一星がこのままではまずいと対策を考えていたその時、円堂が野坂と明日人に声をかける。「日本の切り札を使おう」と2人に言う円堂だったが、それは誰も予想できないものだった。ヒートアップしていく両者の戦い。激闘の末、勝利するのはスペインか日本か―――。
第28話『一之瀬、クーデターに沈む』
次のアメリカ戦に向けて、特訓を始めたイナズマイレブン。夕食までの時間がフリータイムとなり、明日人と円堂たちはアメリカ代表の視察へ行くことに。キャンプ地でアメリカ代表『スターユニコーン』の選手である一之瀬と土門と再会した円堂たちは、互いの実力を知るためにミニゲームを行い、ひと時を楽しんでいた。しかし、そこへ突然、軍隊のような一団が現れる。『ネイビー・インベーダー』と名乗る彼らは、突如一之瀬らに勝負を挑むのだった。彼らの思惑は一体何なのか？そして、勝負の行方はどうなるのか…？
第29話『アフロディ降臨』
明日人の前に、行方不明だった父親が現れた。突然のことに戸惑いつつも、明日人は父の話に耳を傾けるのだった。一方その頃、イナズマジャパンキャンプでは緊急ミーティングが開かれ、円堂たちがアメリカ代表のキャンプで目にしてきたことが語られていた。凄惨な試合と一之瀬たちと姿を思い出し、拳を握り締める円堂。緊張と不安にかられるメンバーだったが、そこへ趙金雲から追加メンバーが紹介される。神々しい光をまとい現れたのは、世宇子中のアフロディ！登場早々、「このチームの弱点は、君たちフォワードにある」とヒロトらフォワード陣を挑発するアフロディがとった行動とは…。
第30話『神の目』
試合開始前、父・真人と会っていた明日人は、母の言ったとおりサッカーを続けることで父に会えた喜びを胸に、いつも以上に気合を入れて試合に臨んでいた。そして、アメリカ代表との試合がついに始まる！対戦相手となるアメリカ代表『ネイビー・インベーダー』は、突然の代表メンバー総入れ替えにもかかわらず、これまでの代表に匹敵するほどの実力だった。序盤からアメリカにリードされる日本だったが、追加メンバーとなったアフロディが活躍し、試合の流れを変える。その様子を見たアメリカのバハート監督は「オペレーションZ」の発動を命じるのだった…。
第31話『GGG線上のアリア』
アメリカ代表が作り出す地雷原の正体に気づいた野坂とアフロディ。混戦が続く中、アフロディの行動によってその正体が明らかとなる。一方、アメリカ代表は日本を潰すため、次の作戦に移る。それは、シューズに仕込んだワイヤーを使って妨害するといったさらに卑劣な手段だった。卑劣なプレイに怒りを隠せないタツヤや灰崎。その様子を見て、明日人は父から聞いたオリオン財団の話を思い出し、ひとり浮かない顔をしていた。またしてもピンチに追い込まれるイナズマジャパン。この状況を打破するため、アフロディは、ヒロト、岩戸とともにある秘策を実行する。それは、驚きの場所で特訓された必殺技だった。
第32話『甦れ！ フェニックス』
一之瀬、土門、マークが『ネイビー・インベーダー』の一員として試合に参加することになった。しかし、コブラを含むオリオンの使徒たちは、一之瀬たちに敵意をあらわにしていた。さらに、バハートという指揮系統を失い、うまく試合を運ぶことができなくなっていたアメリカ代表。その様子を見た一之瀬は、自分に向けられた敵意を利用するプレイで「フィールドの魔術師」としての力を発揮するのだった。一之瀬たちが加わったことで、白熱する試合。入り乱れるように、ボールを奪い合う光景に、「父ちゃん……！ 俺がやりたいサッカーは、これなんだ……！」と、明日人はひとり目を輝かせるが……。
第33話『消えた明日人』
イナズマジャパンへ手紙を残し、父親の元に向かった明日人はオリオンの練習施設を訪れていた。そこで、オリオンの使徒が限界のギリギリまで特訓をしている様子を目の当たりにした明日人。そんな明日人の前に、ロシア代表の候補選手、マリクが現れる。あることから一緒にサッカーをプレイすることになった2人は、試合を通して心を通わせるのだった。父やマリクと関わっていく中で、オリオンにも存在の意味があることを知った明日人。そんな明日人に対し、マリクはある提案を持ちかける…。一方、日本代表が大事な時にタイミングよく父親が現れたことにイナズマジャパンの一同は不審に感じていた。
第34話『衝撃の追加メンバー』
趙金雲から、明日人は戻りが遅くなるため、次の試合には出られないことが告げられる。そんな中、新たな追加メンバーが招集される。ひとりは雷門にいたころとは打って変わって、垢抜けた姿になった海腹のりか。そして、もうひとりは小僧丸サスケだった。特に小僧丸はこれまでとは全く違う姿をしており、ふたりの変わりっぷりにイナズマジャパンは衝撃を受ける。一方で、数を増していくゴールキーパーに砂木沼は動揺を隠せずにいた……。早速新たなメンバーを交え、ミニゲームをすることになった一同。山に籠って特訓をしていたという小僧丸のプレイに注目が集まるが……。
第35話『華麗なフロイ』
ついにオリオン財団の本拠地であるロシア代表との試合が始まる。イナズマジャパンが警戒心を強める中、一星もフロイの動きを気にしていた。ところが、フロイをはじめロシア代表のプレイはいたってクリーンなものだった。それどころか圧倒的な実力を有するフロイの強烈なシュートに開始早々イナズマジャパンは押されてしまう。しかし、そんな状況の中でも、ゴールを守るのりかはある迷いから用意していた新しい必殺技を出せずにいた。のりかの様子を気にする円堂。それに対し西蔭は、のりかが悩んでいる理由は円堂の必殺技に関係があるかもしれないと言うのであった。
第36話『孤独なフロイ』
イナズマジャパンとの熱い戦いに、フロイは今までに感じたことのない興奮を覚えていた。そんな姿を見て、一星は彼がオリオンには染まらず、自分のよく知るフロイのままであることに安堵する。幼い頃、実力があるがゆえに適当に手を抜く選手であったフロイを変えたのは、唯一本気でぶつかってきた一星の存在だった。一星との記憶を思い返しながら、フロイはメンバーであるユーリと共に気持ちのよいサッカーができる喜びをかみしめていた。ところが、試合中VIP席にフロイの兄であるベルナルドが現れたことで、事態は一変するのだった……。
第37話『黒いバンダナの戦士』
中心選手であったフロイとヴィクトールが抜け、ロシア代表に新たな選手が追加される。マリクともうひとりはアースという一切情報のない正体不明の選手。試合が再開し、アースのプレイを見ていた灰崎はそのプレイスタイルにどこか明日人を重ねていた。まさか、アースが明日人なんてことはないか？と冗談交じりに話す剛陣であったが、試合中に彼が繰り出す必殺技に一同は驚愕する。それは、明日人が得意とする「イナビカリ・ダッシュ」だった。その後も、次々と明日人を彷彿とさせるアースの言動にイナズマジャパンは動揺を隠せず……。
第38話『オリオンの真実』
ロシア代表との試合翌日、それまで消息をつかめずにいた明日人がジャパンキャンプへ戻ってくる。心配するメンバーへ明日人は留守にしていた間の出来事を語るのだった。イナズマジャパンがロシア代表との試合を終え、意気消沈していた頃、明日人はある人物の部屋で目を覚ましていた。自分の置かれている状況に戸惑う明日人にその人物は順を追って説明するのであった。その中で明かされるオリオン財団の光と陰。本来のオリオン財団の姿を知った明日人であったが、それでもオリオン財団のやり方は認められないと訴え…。一方、明日人がイナズマジャパンに説明をしている間、一星とフロイはふたりで会っていた。フロイは父親との幼少期の思い出を語りながら、オリオン財団の真実と向き合おうとしていた。
第39話『アルテミスの矢』
オリオン財団の真実を知った明日人は、「俺たちのサッカーでオリオンの選手たちの目を覚ましたい！」とイナズマジャパンに訴えかける。明日人の想いに共感した一同は、その目的に向け一致団結するのだった。そんな中、イナズマジャパンのもとに新たな追加メンバーが現れる！その人物の登場に、灰崎はどこか嬉しそうな様子で…。新メンバーも加わったところで、オリオンの息がかかっていないチームと言われているフランス代表との試合に胸を躍らせる明日人たち。ところが試合直前、まさかの自体がフランス代表を襲っていたことが判明！オリオン財団の関与を感じ取った明日人たちは、真相を確かめるためにフランス代表の選手たちがいる場所への潜入作戦を試みることに。その作戦とは！？
第40話『兄と弟』
フランス代表の一件を追求すべく、兄・ベルナルドの元へ向かうフロイ。そんなフロイをひとりで行かせるわけにはいかないと、一星も同行することに。その道中、フロイはベルナルドとの思い出を語るのであった。サッカーだけでなく、何でも上手くやってのける完璧な兄を、フロイは心から尊敬していた。そんな憧れの兄に追いつきたい一心で、ひたすらボールを蹴り続けていたのだった。父親の手伝いで忙しくしていたベルナルドであったが、その合間でも練習にくじけそうになっていたフロイを励ましてくれる姿に尊敬の念はさらに強まっていったのだと言う。そんなベルナルドが、どうして今のように変わってしまったのかという一星の問いにフロイは顔を曇らせる。ベルナルドを変えたのは、ある人物の死がきっかけであった…。
第41話『アツい奴らが来た』
いよいよ、優勝候補のひとつであるブラジル代表との試合が始まる。全員がオリオンの使徒で、ベルナルド直属のチームであるブラジル代表。何を仕掛けてくるか分からないと身構えるイナズマジャパンであったが、ブラジルの選手たちはリズムにのって挨拶をしてくるほど陽気なチームだった。試合が始まると、サンバのリズムで攻め込んでくるブラジル代表の高度なテクニックにイナズマジャパンは翻弄されてしまう…！その一方で、明日人はブラジル代表のプレイから『気持ちのいいサッカー』を感じていた。明日人の心からサッカーを楽しむ気持ちが、次第にイナズマジャパンの心に火を付ける。なんとか、突破口を見つけ出したいイナズマジャパンは、ある策を試みることに…！
第42話『小さな空の下』
ベルナルドから受けた「日本を潰せ」という指示に従い、オリオンのやり方で戦うことを決めたブラジル代表。攻めあがるブラジル代表に対抗する明日人だが、相手選手に接近した瞬間、力が抜けたようにその場に倒れこんでしまう！その後も、次々に突然倒れてしまうイナズマジャパン。何が起こっているのか分からず混乱する一同だが、明日人は恐れることなく何度も立ち向かっていくのだった。そんな明日人のまっすぐな姿を見て、ブラジル代表の選手たちは迷いが生じ始める。それでもベルナルドの指示に従おうとする彼ら。その理由は彼らとベルナルドが出会った過去が関係していた。
第43話『あのサッカーをやろう』
水神矢の提案により、ブラジル代表への報復とも思えるプレイを仕掛けていくイナズマジャパン。しかし、そのプレイには水神矢の意図があるようで…。一方、イナズマジャパンのプレイに驚きを隠せないブラジル代表は対抗するため、さらなる反則プレイを仕掛けようとする。しかし、キャプテンのアルトゥールはあることに気づくのだった。それをきっかけに自分たちの戦い方に疑問を抱き始めるブラジル代表の選手たち。信頼するベルナルドと自分たちが抱き始めた感情との間で葛藤する彼らが下した決断とは…！？
第44話『魔女の軍団』
ついに準決勝を迎えるイナズマジャパン。対するは、「ガーディアンズオブクイーン」ことイタリア代表。彼らはオリオン財団と深い関係にある魔女と呼ばれる人物直属のチームだった。試合を勝ち進むためには、「ラストリゾート」の完成が必須だと言う趙金雲。「ラストリゾート」を完成させるため、特訓を重ねる明日人、灰崎、野坂だが完成には及ばないまま試合当日を迎えてしまう。一方、フィールドに現れたイタリア代表の選手たちは手足に謎の黒いサポーターをつけており…。
第45話『毒リンゴの方程式』
試合が進む中、突然激痛を訴え倒れこむイタリア代表の選手。その様子を見たイナズマジャパンは、イタリア代表の選手たちの体に異変が起きていることに気付く。苦しむイタリア代表の姿に危機感を覚えた明日人は、彼らへ危険なプレイをやめるよう必死に呼び掛けるのだった。しかし、明日人がイタリア代表との正々堂々とした試合を望む一方、イリーナの指示により試合はさらなる事態を迎えることに。そして、ついに怒りが頂点に達した明日人は、イナズマジャパンも驚くまさかの提案をするのだった！それは、これまでの明日人からは考えられないようなもので…。
第46話『吠えろ！ラストリゾート』
苦戦を強いられるイタリア代表との戦い。イナズマジャパンのプレイを研究し尽くしているイタリア代表を迎え撃つには「ラストリゾート」を超える「ラストリゾート」を放つしかないと豪炎寺は言う。それは、明日人、灰崎、野坂の3人による「ラストリゾート」の完成を意味していた。その話を聞いていた小僧丸はどこか悔しさを感じており…。一方、3人の「ラストリゾート」に何か足りないものを感じていた一星は、その理由が何なのか考えを巡らせていた。果たして明日人たちは「ラストリゾート」を完成させることができるのか？そして、イタリア代表との戦いの行方は！？
第47話『最終決戦の日 それは始まった』
決勝に駒を進めたイナズマジャパン。試合前日の夜、決勝に向けてそれぞれ思いを語り合う。生まれ変わったロシア代表を率いるフロイは、明日人たちとお互いに正々堂々勝負をしようと約束をかわしていた。気持ちが高まるなか、ついにキックオフ！いつも以上に生き生きとしたプレーを見せるイナズマジャパン、そしてロシア代表。そんな中、突然ロシア代表は人が変わったように卑劣な猛攻撃を始める！どこか虚ろな表情で過激なプレーを行うフロイたち。彼らの異様なプレーの原因に気づいた一星は、ある提案をするのだった。一方その頃、新条と吹雪はオリオンの不正の証拠を掴むためオリオン財団に潜入していたが…。
第48話『世界よ その手をつなげ』
決勝戦のさなか、突如鳴り響く警報に戸惑う明日人たち。出入口を封鎖され、闇に包まれたスタジアムに選手たちと観客は閉じ込められてしまう。何が起こっているのか分からない中、スタジアムの中央に現れたのはホログラムで投影されたイリーナの姿だった！ホログラムを通して、イリーナは自身の真の目的を語り始める。そこで明かされるフロイとベルナルドも知らなかった彼女の過去。そして、イリーナが追い求める「パーフェクトワールド」とは…？計画を押し進めようとするイリーナを止めるため、世界の命運はイナズマジャパン含めその場にいた各国の代表選手たちに委ねられることに。真実をかけた聖戦が今、はじまる！
第49話（最終回）『フィールドの向こうに明日が来る』
圧倒的な力でチョウキンウンズを追い込むシャドウ・オブ・オリオン。そんな中、結成されたばかりのチームでありながら、チョウキンウンズの選手たちの間には信頼関係が生まれていた。「サッカー」というものが本来どんなものであるかをそれぞれ再認識する明日人たち。負けるつもりのない、どこまでも食い下がる明日人のプレーに、シャドウ・オブ・オリオンのキャプテン、ユリカは苛立ちを覚え始める。それでも強い思いで訴えを続ける明日人の声は彼女に届くのか…！？世界と仲間を信じようとするフロイ、そして一星、野坂、灰崎、明日人たちがそれぞれの思いを胸にボールを繋いでいく！果たして勝利を勝ち取るのは…！？