第1話『サッカーが消えた！？』
雷門イレブンがホーリーロードで優勝してから３か月。サッカーはフィフスセクターの支配から脱し、自由で楽しい姿に戻っていた。そして天馬は、サッカーを教えるために全国を回っていた。しかし、久しぶりに雷門中に戻ってきた彼の前に、サッカー部の面々の姿はなかった。「雷門中にはサッカー部などない。」と告げる雷門中の生徒たち。共にホーリーロードを戦い抜いたはずの神童や三国たちまでが、サッカーのことも天馬のことも覚えていないのだった。愕然とする天馬の前に、ひとりの不思議な少年が現れる。自分の使命を果たすと言うその少年は、天馬の中からサッカーの存在を消去しようと迫る。そんなことはさせないと抵抗する天馬だったが……。
第2話『時を越えた天馬！』
謎の少年・アルファに襲われた天馬。彼を救ったのは、200年後の未来からやってきたという少年・フェイだった。アルファのチーム、「プロトコル・オメガ」とサッカーで勝負することになった天馬とフェイ。スピード、テクニック、すべてにおいて常識を超えた実力に加えて、化身を鎧として纏う『化身アームド』という力を持つアルファたちのプレイに、天馬は驚かされるばかり。前半終了後、不思議な力を身に纏ったフェイと、新たな必殺技を編み出した天馬が対抗するが、アルファに全く歯が立たない。突然、試合を中断して去っていくアルファたち。彼らは何者なのか。残されたフェイは、なぜ雷門中サッカー部が消えてしまったのかを語り始める――。
第3話『よみがえれ！雷門！！』
雷門中サッカー部を、そしてサッカーそのものを消滅させるために活動する『エルドラド』。彼らの暴挙を止めるため、雷門中サッカー部始まりの場所である過去の雷門中――入学したばかりの円堂守の元へとタイムジャンプした天馬とフェイ。そこに、再びアルファたちが姿を現し、円堂からサッカーを奪うために試合を挑んできた。激しくボールをぶつけて天馬たちを痛めつけるアルファ。サッカーは人を傷つけるものじゃないと憤る円堂は、必殺技でアルファのシュートを受け止める。その姿に触発された天馬も力を見せつける。とそこに、天馬がよく知る、ある少年が姿を現す――。
第4話『最後のサッカー』
アルファとの試合を終えて、円堂の雷門中サッカー部設立を守った天馬たちは、歴史が元に戻ったかどうかを確かめるべく雷門中へと戻る。すると、神童をはじめ、他のメンバー達はサッカー部に戻っていたが、剣城の姿だけが見当たらない。それは、試合に協力してくれた剣城の兄・優一の存在があるためだという。剣城京介のいる、本当の雷門中サッカー部を取り戻すため、再び過去へと向かおうとする天馬。その前に、京介ともう一度だけ一緒にサッカーを楽しみたいと願う優一だが、京介は頑なにそれを拒む。そんな京介に、想いを届けようとする天馬――。そして、過去に飛んだ天馬たちの前には、幼い日の優一と京介がサッカーを楽しむ姿があった。そこに再び姿を現したアルファは、天馬たちに戦いを挑む。
第5話『驚愕！サッカー禁止令！！』
歴史の改変をさせないためにも、何があろうと勝利してみせる。弟のため、強く心に誓った優一と共に戦い、剣城がいる本来の雷門中サッカー部を取り戻した天馬たち。しかし、その喜びもつかの間、政府が出した法律で、サッカーが禁止されてしまう。せっかく元に戻ったはずの雷門中サッカー部は廃部に。日本代表が日米親善試合の暴力行為でアメリカ代表の選手たちに大怪我をさせてしまったため、サッカーは危険で野蛮なスポーツだとされてしまったのだ。驚く天馬たち。これもエルドラドのチーム、プロトコル・オメガ2.0が試合に介入して、歴史を変えた結果だった。自分たちの未来――サッカーがプレイできることを勝ち取るため、雷門イレブンはプロトコル・オメガ2.0との戦いを決意する。
第6話『壮絶！プロトコル・オメガ2.0！！』
日米親善試合でアメリカチームに代わりプロトコル・オメガ2.0と戦う雷門イレブン。なぜか化身アームドの使えない天馬は、思うようにプレイできないまま、前半を終えることに。今は化身で対抗するしかない。後半戦に臨んだ雷門イレブンを、激しいラフプレイに責め立てるプロトコル・オメガ2.0は、審判の出したレッドカードを無視して、さらなる暴挙に出る。このままでは、危険で野蛮なスポーツとしてサッカーが禁止される歴史を変えることはできない。思いもむなしく、なす術なく倒されていく雷門イレブン。メンバーチェンジもままならなくなり、ついにはフェイがデュプリを出して穴を埋めるまでに。そしてプロトコル・オメガ2.0は、自分たちの邪魔となるフェイに照準を定める……。
第7話『ゴッドエデンの特訓！』
サッカー禁止の歴史は変えられず、円堂監督はエルドラドの手に堕ちた。その上、雷門イレブンのサッカーへの想いまで奪われてしまい、孤立してしまう天馬たち。監督や仲間を取り戻すには、自分たちが強くなって、プロトコル・オメガ2.0を倒すしかない。そのためには自分たちの力を高めて、化身アームドを出せる実力を身につける必要がある。雷門中の伝統にのっとって、特訓を始めようとする天馬たち。しかし、サッカー禁止令のため、特訓をする場所すら見つからない。サッカーを嫌いになってしまった仲間たちのことを思い出し、意気消沈してしまう彼らのもとに、ある人物から連絡が入る。そして、彼の口から発せられた意外な言葉に、天馬たちは……。
第8話『極めろ！化身アームド！！』
エルドラドの歴史介入を許すわけにはいかない。円堂監督を救う手助けをすると告げた豪炎寺が天馬たちを導いたのは、かつてフィフスセクターが究極の選手を生み出すために使っていた訓練施設、ゴッドエデンであった。「化身の声を聞く」という言葉を手掛かりに、化身アームドの特訓を始めた天馬たち。なかなかうまく結果を出せない彼らの前に、プロトコル・オメガ2.0のメンバーが再び現れ、勝負を挑んでくる。化身アームドを使えない天馬たちは復讐に燃える彼らに痛めつけられるだけ。まさに勝負が決まろうとしたその時、謎の化身が出現し、天馬たちの姿は掻き消えてしまう。彼らを救った人物は、かつてこの地で戦ったあの人物であった……。
第9話『覇者の聖典を手に入れろ！』
ついに、本当の化身アームドの力を手にした天馬。しかし、サッカー禁止令によって、雷門中学のサッカー棟は取り壊されることになり、サッカーに関わるものが次々と消されていく。封印されてしまった円堂監督を助け出す為には、皆が化身アームドを出来る位の力を手に入れ、プロトコル・オメガ2.0を倒さなくてはならない。その手掛かりは『覇者の聖典』にあるかもしれない。伝説のサッカープレイヤー・マスターＤによって、最強のサッカーチームの秘密が記されたといわれているその聖典を手に入れるため、200年後の未来にタイムジャンプする天馬たち。サッカーへの想いの結晶ともいえる『覇者の聖典』は、厳重なセキュリティに守られた博物館の中に保管されていて……。
第10話『衝撃の再会！円堂大介！！』
200年後の未来から『覇者の聖典』を手に入れた天馬たち。しかし、聖典は暗号で書かれており、これまで誰にも解くことができなかったその内容は、まったく解読できない。書いた本人であるマスターＤに内容を聞こうにも、彼が誰なのかわからないために、探しようもなく頭を抱える天馬たち。そこにやって来た春奈と秋が、驚きの事実を告げる。聖典は円堂監督の祖父、円堂大介のノートにそっくりだったのだ。マスターＤは円堂大介かもしれない。その可能性を信じて、天馬たちは鬼道と共に大介に会いに向かう。
第11話『探し出せ！時空最強イレブン！？』
雷門中とプロトコル・オメガ2.0との戦いを見て、監督になると申し出る円堂大介。「勝利への道は３Ｄ」という彼の言葉に、天馬たちそれぞれはその答えを探しながら戦う。敵の動きをヒントに新たな必殺タクティクスを生み出した雷門イレブン。フィールド全体を使って、バラバラの点を繋ぐ――ボールの行先を悟らせないダイレクトパスで天馬に繋ぎ、シュートを決める。さらに剣城は大介のアドバイスをきっかけに化身アームドを完成させ、逆転に成功する。しかし、本気を出したプロトコル・オメガ2.0は、桁違いのパワーを発揮して雷門を圧倒。敗北を喫した彼らの前で、円堂大介を封印しようとする……。
第12話『来たぞ！信長の町！！』
大介の考えた究極の夢、最強のイレブンを実現するため、時空を超えてメンバーの力を集めることになった天馬たち。まずは、「人を見抜き大局を見抜く、静と動を併せ持つ真実のゲームメーカー」を求めて、織田信長の時代へと向かうことに。尾張の地に降り立った彼らは、目の前に広がる時代劇さながらの風景に興奮を隠せない。さっそく、信長にたどり着くための手掛かりを探し始めるが、なかなか有力な情報は手に入らない。そんな中、天馬と信助は藁と縄で作った玉で遊ぶ太助たちと知り合い、サッカーのような遊びに混ぜてもらう。すっかり仲良くなった天馬たちであったが、子供をさらって他の国に売り飛ばしているという、白鹿組に太助たちがさらわれてしまい……。
第13話『大乱戦！白鹿組！！』
さらわれた太助たちを追って、白鹿組のアジトに向かった天馬たちの前に姿を現したのは、紅菊の姉御――プロトコル・オメガ2.0のベータであった。彼女はスフィアデバイスを使い、白鹿組を操っていたのだ。太助たちを救うには、操られた白鹿組にサッカーで勝たねばならない。太助たちをチームに加えて白鹿組に挑む天馬たち。しかし、初めてのサッカーに戸惑う太助たちはうまくプレイできず、対する白鹿組はベータに与えられた力で激しい攻撃を繰り出してくる。神童の的確な指示によって、太助たちは持ち直すものの、天馬も剣城も白鹿組に化身アームドを塞がれてしまい、なかなかプレイがかみ合わない。白鹿組にリードされたまま前半が終了。あせる天馬たちであったが、木下藤吉郎が妙案を思いつき……。
第14話『潜入！踊り子大作戦！！』
今川義元のために兵を集めていたという白鹿組。ベータたちは信長と敵対している今川に協力することで、歴史を変えようとしているのかもしれない。何とかして信長に近づくために、ワンダバが考え付いたのは、宴の踊り子に化けて信長に接近するという作戦であった。太助の姉・勝の力を借りて踊りの練習に励む天馬たち。一方、神童は信長のオーラを受け入れるだけの大きな器を体得すべく、ひとり特訓に励んでいた。どうして自分は化身アームドを体得できないのか。思い悩む彼に、勝の優しいひとことが大きなきっかけを与える。「サッカーを好きな気持ち」というヒントを得て再び特訓を再開する神童。ようやく花見の宴に侵入した天馬たちに待ち受けていたものとは――。
第15話『尾張の国の大特訓！』
木下藤吉郎の機転で何とか花見の宴に潜り込んだ天馬たち。踊りではなく、サッカーで信長の気を引くことに成功するものの、ベータの策略で命を狙う曲者にされてしまう。つかまって詮議を受ける天馬たち。自分を暗殺に来たのかと問う信長に、毅然とした態度で自分たちは未来から来たのだと答える神童。と、その時プロトコル・オメガ2.0が今川義元の家臣として姿を現し、蹴鞠＝サッカーの勝負を挑んできた。自分たちが戦いたいと申し出る神童。木下藤吉郎もその指揮を執ることを許される。勝負は７日後、うつけ祭りが行われる日。決意を新たにした天馬たちは、太助たちと共に特訓を開始する――。
第16話『うつけ祭りの決戦！』
織田信長、今川義元の見守る中、ついに始まった蹴鞠戦。信長軍として戦うことに気を引き締める天馬たちに、太助たちも、連携必殺技を完成させて戦いに臨む。しかし力の差は歴然。プロトコル・オメガ2.0の圧倒的な攻撃の前に手も足も出ず、太助たちは不安を感じ、自信を無くしてしまう。ひとり気をはいていた太助も、ベータに軽くあしらわれて手も足も出ない。そんな太助たちをフォローして疲労困憊の天馬たち。チームがうまくかみあわないままに、リードを許したまま前半が終了してしまう。まだまだやれるという天馬の言葉にも、悔しそうにうつむいてしまう太助たち。この局面を打開すべく藤吉郎は驚くべき作戦を打ち出して……。
第17話『夢の天下』
太助たちが一夜城を成功させ、勢いを得た天馬たち。しかしゴーストミキシマックスでパワーアップしたプロトコル・オメガ2.0に、再び逆点を許してしまう。守りを固めて何とか攻撃を防いではいるものの、何度試しても化身アームドを完成できない神童のあせりは募るばかり。どうしても信長の力を得なければならない。そんな想いに熱くなりすぎている神童。そんな彼を、勝てないのはお前のせいだと叱責する信長。お前の本当の役目はなんなのか。そんな彼の言葉に、想いを新たにする神童。そして後半戦、藤吉郎は神童をボールに絡ませない作戦をたてる。「静と動」の意味を理解した時、ついに神童が新たな力を手に入れる。
第18話『みんなが帰ってきた！』
化身アームド、そして信長の力を身に着け、ゲームメーカーとしてひとまわり成長した神童。円堂監督を取り戻すことはできなかったが、プロトコル・オメガ2.0に勝利したことで仲間たちの洗脳は解かれ、元のサッカーが大好きな雷門イレブンの姿を取り戻す。しかし霧野は成長した神童の姿を見て嫉妬にも似た感情を抱き思い悩んでいた。そんな折、天馬たちの前に菜花黄名子という見知らぬ少女が現れる…。一方、時空最強イレブンの次なる力――仲間の勇気を奮い立たせ、鉄壁の守りに変えるカリスマディフェンダーを求め、ふたたび時空を越えることになった天馬たちを、ある不思議な事件が襲う――。
第19話『鎧の少女』
ジャンヌ・ダルクの力を求めてタイムジャンプした天馬たちがたどり着いた先は、中世フランスの戦場だった。敵国のスパイに間違えられそうになりながらも、本物のジャンヌと出会い、彼女と同行することに。疑いが晴れぬまま監視されているうちに、ついついサッカーの練習を始める天馬たち。その姿に興味を覚えたジャンヌに、自分たちは大切なもの＝サッカーを守るためにここに来たのだと告げる。一方、新たにガンマをキャプテンとして雷門イレブンを追っていたプロトコル・オメガ3.0は、ムゲン牢獄を脱獄したザナーク・アバロニクに襲われていた。ガンマたちをあっさりと倒したザナークは、彼らに恐るべき力を与える。
第20話『炎の中のサッカー！』
神のお告げを受けて、長い間、戦争の続くフランスを救うべく立ち上がったジャンヌ・ダルク。敵軍に支配されたオルレアンの街を解放するため、必要となる援軍を求めて、彼女と共にシャルル王子の元へと向かう天馬たち。なんとかシャルル王子と会うことは許されたものの、周囲の目は疑わしそうなまま。その様子に不安を隠せないジャンヌ。天馬たちの励ましを受け、従者として付き従う霧野と共に広間に通された彼女は、目の前の人物が本物のシャルル王子ではないと言い放つ。一方、ジャンヌ達の戻りを待つ間にサッカーを始めた天馬たち。人数が足りないと、通りかかった兵士の男を交えてゲームを始める。なぜか偉そうなその兵士は、すっかりサッカーが気に入った様子で――。
第21話『誓いはこの旗のもとに』
軍の体制が不十分なまま、今しかないとイングランド軍に攻め込むジャンヌ・ダルク。助けに向かった天馬たちの前に、ザナークとプロトコル・オメガ3.0が立ちはだかる。彼らを倒さなければ、援軍はジャンヌのもとにたどり着くことができない。試合を受けて立つ天馬たちだったが、ザナークの力を得たガンマたちの猛攻は凄まじく、雷門イレブンの動きはことごとく先読みされ、封じられてしまう。思うように戦えない天馬たちに、監督となったシャルルは、普通ではありえない無茶苦茶な作戦を命じる。一方、ジャンヌは援軍がたどり着かず、仲間たちが次々と倒れていく中、不安だけを膨らませていた。どうしても自分を信じられない彼女に、霧野は檄を飛ばし――。
第22話『劉備さんは面白い！』
化身アームドは身につけたが、敵はそれ以上に強くなっている。雷門のゴールを守り切らなければと力み過ぎるあまり、逆に本来の自分らしいプレイを出来ずにいる信助に、三国は失敗を恐れずに思い切りやれとアドバイスする。一方、時空最強イレブンを実現するため、今度は三国志の時代へとタイムジャンプすることになった天馬たち。次なる力、「未来をも見通す状況推理能力で敵の急所をつく、正確無比のミッドフィルダー」と、「大国を治める力、強靱な行動力と実行力を持つ、鉄壁のキーパー」のオーラは諸葛孔明と劉玄徳が持つという。三国は、絶対に劉備の力を手に入れて戻ってくるよう信助を激励する。さらに豪炎寺に事情を聞いた雨宮太陽を新たに仲間に加え、雷門イレブンは三国志時代に向かう。
第23話『仰天！孔明の館！！』
劉備と共に孔明の要塞に潜入する天馬たち。その矢先、ザナークのマインドコントロールを受けてしまった関羽と張飛を加えた新たな敵がサッカーバトルを挑んでくる。試合中、ゴールキーパーだったはずの劉備が前線に出てきたことで、さらなるピンチを迎えてしまうも何とか勝利を収める。さらに奥へと進んだ先では、劉備がよく考えずに行動をするせいで、要塞に仕掛けられた罠に足止めを食らう羽目になる。そんな慎重さを欠く彼の行動に怒りを覚える信助。困難の末に罠を突破した天馬たちであったが、その先で待ち構えていたのは、からくり兵馬俑との勝負だった。再びキーパーとして試合に出る劉備であったが、試合中に腕を痛めてしまい信助が試合に出ることに。「迷ったら、飛べ！」劉備の言葉が信助を奮い立たせ、天馬たちはからくり兵馬俑戦に勝利を収めた。
第24話『激襲！ザナーク・ドメイン！！』
劉備の言葉によって、キーパーとして一回り成長した信助。からくり兵馬俑との戦いに勝利をおさめ、ついに一同は孔明と対面する。しかし、助力を求める劉備に対して、孔明はまったく興味のない様子ではぐらかすばかり…そこにザナーク率いるザナーク・ドメインが姿を現し、サッカーの試合を挑んできた。天馬たちは劉備を監督に迎え撃つも、ザナーク・ドメインは雷門イレブンをもてあそぶかのように余裕の態度で試合を進め、強力なシュートで点を奪っていく。何とか立ち向かうメンバーの中で、ひとり力を出し切れないでいる太陽。そこに追い打ちをかけるかのように、劉備の宿敵・曹操とミキシマックスをしたザナークは更なる力を発揮して、天馬たちに襲いかかってきた。
第25話『炸裂！孔明の力！！』
再び体が壊れてしまうことを恐れるがあまり、全力でプレイできずにいた太陽。絶体絶命のピンチの時、突如孔明が出した化身が太陽を包み込む。「この力をどう使うか、それはあなた次第――」孔明とのミキシマックスによって強力な力を得た太陽が鮮やかにシュートを決める。そして、同点で迎えた後半戦。天馬たちは必殺タクティクスでザナーク・ドメインを翻弄するも、化身アームドしたザナークは、破壊的なシュートを放ち、雷門は逆点されてしまう。その桁外れなパワーを前に、立ち向かう勇気を失ってしまった信助。その時、「立て、信助！守りたいものがあるんだろう！」という劉備の声が信助に届く。再び立ち上がった信助は、ついに劉備とのミキシマックスを成功させた。
第26話『坂本龍馬！登場！！』
次なる時空最強イレブン第５の力――海のように広い心で攻守を繋ぐ架け橋となる、スーパートリッキーＭＦと、第６の力――稲妻のように素早く斬り込む速さ、電光石火のスピードストライカーのオーラを持つ坂本龍馬と沖田総司に会うため、天馬たちは幕末時代へとタイムジャンプする。しかし、龍馬と沖田のふたりは対立する間柄。そこで、天馬たちは龍馬を、フェイたちは沖田を探すべく、二手に分かれることに。目的の龍馬を探す天馬たちに突如、まるまると太った男が突っ込んできた。豪快な性格のその男とサッカーによって、彼と次第に仲を深めていく天馬たち。料理屋で共に食事をしていた、その時、新撰組が突入してくる。「逃がさんぞ、坂本龍馬！」と発する新撰組。天馬たちが出会ったその男こそ、探していた坂本龍馬であった。
第27話『幕末の剣士！沖田総司！！』
天馬たちが出会った男は、なんとアノ坂本龍馬本人であった！自分たちが未来から来たことを告げて、サッカーを守るために力を貸してほしいと打ち明ける天馬たちに対して、龍馬はそのことを承諾する。一方、フェイたちが探す沖田総司の前にザナークが現れる。己の命を引き換えにしてでも、坂本龍馬を討つことに執心している沖田を利用して、雷門イレブンとの戦いに決着をつけようとしていたのだ。ザナークに力を与えられた沖田は龍馬のもとへと向かう。それを追うフェイたち。そして、ついに龍馬と沖田が出会ってしまい、戦いの火蓋が切って落とされた――。
第28話『サッカー対決！坂本VS沖田！！』
幕府を守る使命を果たすため、命を懸けて坂本龍馬を討つと誓う沖田総司。一方の坂本龍馬は、将軍・徳川慶喜と直談判するため、二条城へ赴くも門前払いを受ける。日本を世界に誇れる国にするためなら何でもすると思いつつ、なかなかうまく事が運ばず悩む坂本龍馬の元に、幕府から書状が届く。特別に将軍への謁見が許可されたのだ！罠かもしれない状況を前に、会って話さなければ始まらないと覚悟を決めた坂本龍馬は、フェイの閃いた作戦に従って、二条城に乗り込む。鎖国をやめて平等な世の中を作り、外国に負けない強い日本をつくる。しかしそんな坂本龍馬の話を鼻で笑う慶喜たち。そこにザナークが現れ、新選組と坂本龍馬たちの間で、大政奉還をかけたサッカー勝負を申し込んできた！そこには凄まじい執念を見せる沖田も参加しており――。
第29話『時代をつくる男たち』
ザナークたちの猛攻になすすべのない天馬たち。前半が終了し、病が再発した沖田はザナークに見放され試合から離脱。そんな状況でも、幕府を守ることが日本を守ることにはならないと訴える坂本龍馬と剣城の説得は沖田には届かない。後半戦が始まっても戦況が厳しいままの雷門。しかし、沖田に兄・優一の姿を重ねていた剣城は、どんなにボロボロにされてもサッカーを守るために立ち上がる。剣城の大切なものを守りたい、という強い想いを感じた沖田は、ついに残り少ない命を懸けるべきものを見つける。沖田とミキシマックスを果たした剣城のシュートで盛り返す雷門。しかし再びザナークの暴走が始まってしまった！意を決した錦は、ザナークの前に立ちはだかり――。
第30話『円堂守伝説！』
坂本龍馬や沖田総司と別れを告げ、幕末時代から現代に帰ってきた天馬たち。雷門中サッカー棟では天馬とフェイがデュプリ相手に猛特訓中！そんな中、テンションの上がったワンダバの「サッカーやろうぜ！」の一言が天馬の心に突き刺さる。それはいつだって天馬を励ましてくれる、円堂守の口癖だ。円堂監督とサッカーを取り戻すため始まった、時空最強イレブンを集める旅。いろんな時代にタイムジャンプし、次々に立ちはだかる敵との激戦を乗り越え、ミキシマックスを成功させてきたことを思い返す天馬とフェイ。練習を終えて帰っていると、サスケの散歩をしている秋と遭遇。それぞれにたくさんの思い出が詰まった河川敷のグラウンドで、今こそ語られる円堂守伝説とは―――。
第31話『恐竜時代へＧＯ！』
ザナークを倒したにも関わらず、円堂監督もサッカーも取り戻せなかった――。残された道はただ一つ、未来に行ってエルドラドを倒すしかない。しかしエルドラドにはザナーク・ドメインをも上回る最強チーム、パーフェクト・カスケイドがいることを知った天馬たちは、時空最強イレブンを集める旅を続行。第七のカ・自由自在に空間を生かすフライング・ディフェンダーと、第八の力・太古の力を宿したダイナミック・ミッドフィルダーの力を手に入れるため、恐竜たちの生きた太古の時代へとタイムジャンプする。が、着いた先でいきなり絶体絶命のピンチ！一方、行方不明のザナークを巡って混乱するエルドラドでは、パーフェクト・カスケイドの監督、サカマキがある企みを巡らせていた――。
第32話『見たか！恐竜の王！！』
恐竜と暮らすトーブという少年に出会い、彼の案内で獣の谷のボス・ロックスターに会いに行くことになった天馬たち。住処の洞窟にたどり着いた彼らは、パーフェクト・カスケイドによって洗脳されたロックスターに襲われる。トーブと天馬たちでなんとかロックスターを正気に戻すことに成功したのも束の間、宿敵デスホーンが襲ってきた！我が子を守るため立ち上がるロックスター。激しい戦いに決着を着けたロックスターはそのまま息を引き取った…。子供のビッグを託されたトーブは、天馬たちのように自分もサッカーで強くなることを宣言。天馬たちとサッカーの練習に励む。一方、母を失った哀しみに泣くビッグ。そんなビッグに、フェイは同じく親のいなかった自分の過去を語り始め――。
第33話『獣の谷の大決戦』
ついに天馬たちの前に姿を現したパーフェクト・カスケイド。圧倒的なその力の前に、雷門はなすすべなく惨敗を喫する。マインドコントロールされそうになったところを辛くも逃れたものの、敗戦のショックを隠しきれない天馬たち。そんな時、チームのムードを変えたのはトーブだった。もっと強くなって奴らを倒すと気合十分のトーブに励まされるように、第七、第八の力を手に入れる特訓を始めることに。恐竜たちを相手に、激しい特訓が繰り広げられる！応援するビッグに、一層発奮するトーブ。黄名子も暁ノ巫女アマテラスの発動に成功し、着実に力を伸ばしていく天馬たち。しかしそんな彼らをあざ笑うかのように、雷門壊滅の指令を得たレイ・ルクが、再び姿を現す――。
第34話『さよならと吼える声』
パーフェクト・カスケイドとのリベンジマッチに全員ミキシマックスで挑む天馬たちだったが、化身・プラズマシャドウを発動し更なる力を見せるパーフェクト･カスケイドを前に戦況は厳しく押される一方。さらに、サカマキに洗脳された恐竜たちが試合に乱入、思うようにプレイできない。そんな中、フェイになぜ全力で戦わないのかと問う黄名子。突然のことに動揺するフェイ。とその時、デスホーンがフェイに向かって突進してきた！今にも踏みつぶされんとしたその時なんとビッグが現れ、デスホーンを吹っ飛ばす！孤独を乗り越えたビッグの勇ましい姿に、勇気を与えられるフェイ。そしてついにフェイの本当の力が目覚めたとき、化身・光速闘士ロビンが姿を現した――。
第35話『伝説へのジャンプ！』
チームのプレイを導く神童や太陽の姿に、自分がキャプテンであることに自信を失いかける天馬。そんな中、次々と現れる強力な敵に対抗すべく、第九の力・野獣の獰猛さと賢者の頭脳を持つ、ファンタジックリベロと、第十の力・絶対的な勇気と揺るぎない実行力で、大地をも味方にするキングオブMFを探しに行くことに。ダイスケが選んだのは、なんと絵本の登場人物であるアーサー王とマスタードラゴンだった。空想の物語へのタイムジャンプに不安を感じながらもアーサー王と円卓の騎士の世界を目指すが、途中、イナズマＴＭキャラバンがコントロール不能に！なすすべもなく、雷門イレブンはワームホールに吸い込まれていってしまう……。見慣れない土地で目を覚ました天馬は、なんと見習い騎士となっていて――。
第36話『集え！円卓の騎士！！』
円卓の騎士団に入団するため見習い騎士としてアーサー王の城を目指す天馬とフェイ。そこにはなんと、、バラバラになってしまった雷門イレブンが、神童率いる円卓の騎士団となって待ち構えていた！さらに驚くべきことに、迎えた入団テストの種目は、なんとサッカー！どうやら、新たなパラレルワールドができあがる前にタイムジャンプしてしまったため、物語の中に組み込まれてしまったようだ。普段は共に戦っている雷門イレブンとの本気の勝負。フェイやデュプリたちは自分の指示通りに動いてくれるのに、プレイがなかなか噛み合わず焦る天馬。そんな時、ワンダバの一言が天馬の迷いを断ち切った！入団テストを終えたのもつかの間、急に空が曇り始め、激しい雷と共に、マスタードラゴンが姿を現す――。
第37話『アーサー王とマスタードラゴン』
賢者の知恵を持つマスタードラゴンが突如としてアーサー王の城を襲った！さらわれそうになった葵をかばった黄名子はドラゴンに囚われ、嘆きの洞窟に連れ去られてしまう。黄名子を助けるべく、アーサー王と共に嘆きの洞窟を目指す天馬たち。無数の蛇の群れ、燃え盛る炎――彼らの前に立ちふさがるように襲ってくる数々の試練を、まったく恐れることなく前に向かって進むアーサー王の姿に、天馬の悩みはさらに深くなっていく。リーダーとして皆を引っ張っていく力のない自分が、キャプテンでいてもいいのか……。そして、ついに嘆きの洞窟にたどり着いた一行の前には、鳥かごの中に囚われた黄名子が！襲い来るマスタードラゴンと黒い騎士を前に、エクスカリバーが導く未来とは――。
第38話『恐怖のハイパーダイブモード！』
マスタードラゴンを洗脳していた黒い騎士の正体は、パーフェクト・カスケイドのレイ・ルクだった。ハイパーダイブモードを発動した彼らを前に、メンバーたちはなす術もなく先取点を許してしまい、そのことがさらに天馬を追い詰める。チームのプレイを導けていない自分にはリーダーの資質がない、やはりキャプテンは務まらないのだと言う天馬に、アーサー王は、答えはフィールドにあると告げる。後半に入り、全員が化身アームドで迫ってくるパーフェクト・カスケイド。負けじとひとり無茶なプレイをする黄名子は、敵のブロック技を直に受け、激しくダメージを負ってしまう！誰もが息を飲んだその時、湖に沈んだはずのマスタードラゴンが、再び姿を現して……。
第39話『結束！雷門とエルドラド！！』
アーサー王に別れを告げた天馬たちは、突然まばゆい光に包まれ、見知らぬ場所へと送りこまれてしまう。三国たち他の雷門イレブンも集まったそこに現れたのは、エルドラドの議長、トウドウだった。彼は天馬たちに、エルドラドに協力し、未来の世界を脅かしているセカンドステージ・チルドレンと戦うよう告げる。サッカーを消そうとしていたのも全ては未来の世界を守るためだったのだという説明に、信じられない面持ちで言葉を失うメンバーたち。しかし天馬は、サッカーが未来において人を傷つけたり戦争の種になったりするのは許せないと、協力を決意する。来たるべき対戦に備え、プロトコル・オメガの選手たちとの混成チームを組むことになるが――。
第40話『壮絶開幕！ 最終決戦ラグナロク』
セカンドステージ・チルドレンに囲まれるエルドラド本部。攻撃を受けて崩れ去るビルから、なんとか逃げ出した天馬たち。そこには以前、彼らの前に現れた謎の少年、ＳＡＲＵの姿があった。自分こそがセカンドステージ・チルドレンを束ねるフェーダの皇帝だという彼は、世界を変える最終決戦・ラグナロクの開幕を高らかに宣言する。決戦の舞台として、超能力でがれきから作り上げられる美しいラグナロクスタジアム。その強大な力を見せつけられ、愕然とする天馬たち。さらにフェイは原因不明の頭痛で倒れてしまい、雷門イレブンとプロトコル・オメガの選手たちはチームとしてまとまる気配すらない。不安を抱えたまま、ラグナロク第一試合が始まる――。
第41話『フェイの目醒め』
ラグナロク第1試合。フェーダ側のチーム・ザンには、なんとザナークの姿があった。ミキシマックスも化身アームドも通用しない相手を前に苦戦を強いられるエルドラドチーム01。そんな中、キャプテンの剣城が、ザンの激しいラフプレーにより怪我を負ってしまう。立っているのがやっとの剣城をチーム全員でカバーし、壮絶な攻防戦を繰り広げるエルドラドチーム01であったがついに先取点を取られてしまう。ザンの汚いやり方にザナークが反発し、仲間割れをするものの、その勢いは止まらず、次々とゴールが奪われていく。そんなピンチの中、突如としてプレイを止めてしまったフェイ。次の瞬間、エルドラドチームのゴールに向けて猛然とドリブルをはじめ、強烈なシュートを放った――。
第42話『11人目の時空最強！』
5対1で初戦を落としたエルドラドチーム。しかし、諦めずに奪った１点は、天馬たちの心に勝利への布石を刻み付ける。一方、勝利したものの納得できないザナークはフェーダを、記憶を取り戻したフェイは天馬たちの下を離れる。あとのない第2試合の相手は、チーム・ギル。高い戦術を備えたチームとの戦いを前にザナークが姿を現し、エルドラドで共に戦うという。彼こそ時空最強イレブン最後のひとり――熱風と雷鳴の力で全てを貫くオールラウンドプレイヤーとなりうる可能性を持つという大介の言葉に、チームの一員としたものの、その勝手なプレイでチームはバラバラ。アルファ達プロトコル・オメガのメンバーもキャプテン・神童の指示に従わず、チームは連携の取れないまま、苦戦を強いられていく――。
第43話『メカ円堂登場！』
ピンチの続くエルドラドチーム02に現れた助っ人は、なんと円堂守のデータをもとに作られたアンドロイド、メカ円堂だった！しかし、３点リードを許したまま前半を終えてもいまだにチームはバラバラのまま。ザナークはひとりで暴走し、アルファたちも神童の指示通りに動かず、攻撃は空回りする。いらだつ神童だったが、監督のサカマキに告げられた謎の数値をきっかけに、神のタクトを新たなステージへと進化させ、アルファたちを見違えるような連携へと導く！生まれ変わったような戦いぶりで、瞬く間に同点に追いついたエルドラドチーム02。そのままの勢いで逆点かと思われたその時、チーム・ギルのギリスとメイアの猛烈なシュートが、メカ円堂を襲う――。
第44話『フェイが敵！？』
サッカーの命運をかけたラグナロク第3試合を迎えた朝。天馬の隣には、共に戦ってきたはずのフェイの姿はなかった。彼の目を覚まさせ、また一緒にサッカーを楽しむことができるのだろうか。不安に駆られる天馬を、ふたりの絆を信じている、フェイも仲間の想いに気づくはずだと励ます黄名子……。そして迎えた最終戦のグラウンドで、天馬率いるエルドラドチーム03を待ち受けていたのはなんと、敵チーム・ガルのキャプテンとして姿を現したフェイだった。自分たちを認めない者たちに復讐する。そんな言葉を冷たく告げるフェイを前に愕然とし、動揺を隠せない天馬。無情にもキックオフの笛は鳴り、運命の第3試合の幕が上がった――。
第45話『グレートマックスなオレ！』
あんなにもサッカーを楽しんでいたフェイとは思えない危険なプレイと冷徹な言葉の数々に手も足も出ず、追い込まれる天馬たち。チーム・ガルの一方的な攻撃のうちに、２点のリードを許したまま前半が終了。意気消沈する天馬たちの前に、なんと、ザナークが姿を現した！鍛錬を重ね、ついに巨大台風『クララジェーン』とミキシマックスし、時空最強イレブン最後のひとりに相応しい存在として戻ってきたのだと言う。自信にあふれたザナークを加えて始まった後半戦。チーム・ガルの猛攻を止めたザナークは、その強さの片鱗を見せつける。ザナークによって勢いづくエルドラドチーム03が、徐々にチーム・ガルと互角の攻防戦を繰り広げる中、天馬の声はフェイに届くのか――。
第46話『支援者Ｘの正体！』
スーパーザナークの活躍もあり、天馬を筆頭にチーム全体の士気があがっているエルドラドチーム03は、チーム・ガルを相手に互角の戦いを繰り広げ、とうとう同点に追いついた。どちらも負けられない試合で、追加点を争う両チーム。そんな中、ひたむきに訴え続ける天馬の言葉を受けて、想いを振り切るのに苦しげな様子のフェイに、ＳＡＲＵの冷たい視線が突き刺さる。本当に自分たちの仲間になったのか、確かめたい――そんなＳＡＲＵの言葉に、決意を固めるフェイ。次の瞬間、フェイの放った強力な念動波が天馬たちを襲った！激しい頭痛に苦しみ、次々と倒れてゆくエルドラドチーム03は絶体絶命の危機。誰もがその非道な行為に息を呑んだその時、フェイを止めたのはなんとあの人物だった――。
第47話『集結！時空最強イレブン！！』
引き分けに終わったラグナロク最終戦。決着をつけるため、延長戦が決定された！そんな中、支援者Ｘからフェイにまつわる衝撃の事実が告白される。なんと支援者Ｘは彼の父親、アスレイ・ルーンであり、さらに、黄名子はフェイの母親だというのだ。両親に捨てられたのだと思い込んで生きてきたフェイは、自分がずっと見守られてきたことを知る。そして、天馬の「フェイの帰る場所はここにある」という言葉を受け、フェーダを抜けて天馬たちのもとに帰ってくることを決意。ここに時空最強イレブンが勢揃いした！さらには天馬たちが待ちわびたあの人も…！！時を超え、吹き抜ける暴風『クロノストーム』として、サッカーと人類の未来をかけた最終決戦に臨む天馬たちを待ち受けるものとは――。
第48話『ＳＡＲＵの力！』
フェイとアルノ博士の協力により、とうとう円堂守をクロノストーンから元の姿に戻すことに成功し、いっそう気合の入る天馬たちは、円堂を監督に迎え、ＳＡＲＵが率いるザ・ラグーンとの最終決戦の舞台に立つ！必ず勝利して、ＳＡＲＵたちにもサッカーの素晴らしさをわかってもらいたい……そんな想いを胸に、試合開始直後からクロノストームは全員ミキシトランスで試合に臨む。序盤、戦いは拮抗しているかに見えたが、ＳＡＲＵが天馬からボールを奪ったのを皮切りに、それまでとは思えないスピードで一気に攻め上がったザ・ラグーンは次々に得点を決めてゆく。手も足も出ない状況で劣勢を強いられるクロノストーム。自分たちの未来を勝ち取る――そんなＳＡＲＵの言葉と圧倒的な力を前に、愕然となる天馬たちで――。
第49話『猛攻！セカンドステージ・チルドレン！！』
ＳＡＲＵたちザ・ラグーンの驚異的な力の前に圧倒されるクロノストーム。劣勢に立たされながらも絶対に勝利をつかもうと強い気持ちで挑み続ける天馬たちは、フェイとザナークのふたりを攻撃の起点に反撃を試みるもなかなか突破はかなわない。緊迫する戦いの中、更なる恐怖が天馬たちを襲う！突如としてＳＡＲＵの姿形が豹変し、禍々しく凶暴な獣人になったのだ！一同はＳＡＲＵの猛攻の前になす術もなく吹き飛ばされてゆく。そのまま追加点を許し、前半が終了。圧倒的な強さを前に焦りを隠せない天馬たちに、特別な力を持たない、弱くて古い存在は排除されるべきだと追い打ちを掛けるＳＡＲＵ。勝たなくてはいけない試合なのにと悔しげな天馬たちに円堂が投げかけたのは意外な言葉だった――。
第50話『最後のタイムジャンプ！』
俺たちのサッカーを見せるんだ――全員が思いを新たにピッチへと向かってゆくクロノストーム。とうとうＳＡＲＵのシュートを止め、必殺タクティクス・グランドラスターで１点を返した！力こそが自分たちセカンドステージ・チルドレンを繋いでいるというＳＡＲＵに、真っ向から向かっていく天馬。一緒になって喜んだり悲しんだり…そうしていくうちに本当の仲間になるんだ――。全ての力を解放したザ・ラグーンの猛攻に、クロノストームは力を合わせてぶつかってゆく。今なら11人で時空最強のチームになれる！心をひとつにしたクロノストームは必殺技“最強イレブン波動”を完成させ、ついに同点に追いつく。双方ともに限界を迎えた激戦の中で、最後の賭けに出た天馬たちは全員がザ・ラグーンのゴールを目指し駆け上がる――！
第51話（最終回）『サッカーが帰ってきた！』
200年後の未来で、ＳＡＲＵたちセカンドステージ・チルドレンとの戦いに勝利した天馬たち。最後のタイムジャンプでフェイたちはそれぞれがいるべき時代へと戻ってゆき、雷門イレブンも現代へと帰ってくる。そこにはサッカー禁止令が解除され、皆が笑顔でサッカーを楽しむ世界が待っていた。秋との再会を果たし、長い戦いの日々を振り返る天馬たち。フェイとの出会いに始まった、サッカーを取り戻すための旅。それは同時にフェイの戦いでもあった。そして、さまざまな時代、さまざまな世界で巡り合った人たちとの数え切れないほどの思い出。どんな時も、相手と心を繋ぐことができたのはサッカーが言葉になってくれたから――イナズマイレブンGO クロノ・ストーン感動の最終回、ここに完結！