第1話『どれみびっくり！ 新しいおジャ魔女』
小学校最後の年を迎える新学期の朝、ＭＡＨＯ堂が突然形を変え、見知らぬ少女が学校でどれみたちを待ち受けていた。少女の正体は何と、大きくなったハナちゃん。どれみたちと一緒に学校へ行きたくて、自分で自分に魔法をかけて学校へやって来たのだという。しかも魔力を使いすぎて、大切な水晶玉を壊してしまったらしい。
第2話『ハナちゃん６年生になる！』
どれみたちは妖精ババから、先々代の女王さまが眠り続ける理由を聞く。想い出の彼方に消えた雑貨を再現し、悲しみを癒してあげようと決意したおジャ魔女たちの悩みは、同じく魔女見習いになったハナちゃんが一緒に学校へ行きたいと言って聞かないことだった。どれみたちは魔法を使い、ハナちゃんを転入させるが…。
第3話『ハナちゃんには負けられない！』
新生ＭＡＨＯ堂のオープンを控えたどれみたちは、魔女の機織師・マジョクロスに機織りを教えてもらいに行くことになった。その日はちょうど、ぽっぷとハナちゃんの魔女見習いの昇級試験日。ノー天気だが計り知れない魔力を持つハナちゃんに対し、ぽっぷはライバル心を燃やす。だが、予想外に難しい試験に悪戦苦闘する。
第4話『ＭＡＨＯ堂がつぶれちゃう!?』
雑貨ショップＭＡＨＯ堂も、いよいよ開店間近。どれみたちはハナちゃんをほったらかしにして、準備に追われている。ところが開店当日、思わぬトラブルが発生。広告塔として頼みの綱にしていたおんぷが、急に仕事が入って来られなくなってしまったのだ。ＭＡＨＯ堂の危機に、ハナちゃんがとんでもない作戦を思いつく。
第5話『素顔のおんぷ』
最近のおんぷはちょっとお疲れ。国際女優を目指すため、忙しい仕事の合間に英会話のレッスンまで始めたらしい。ようやく時間を見つけてＭＡＨＯ堂の手伝いに来たものの、すぐに眠り込んでしまう。それを見たハナちゃんは、かわりに仕事をやってあげようと写真スタジオに向かい、思いのほか魅力的な表情を見せる。
第6話『学級文庫の迷コンビ!?』
ハナちゃんが学級文庫係に立候補。几帳面な山本けいこと一緒に、図書室の仕事をすることになった。規則だルールだと融通のきかないけいこは、陰口を叩かれているのを耳にしてショックを受ける。ハナちゃんは魔法を使って、彼女を本の中の世界へ連れてゆく。そこはがんじがらめのルールに縛られた、おとぎの国だった。
第7話『開いて！ 心のとびら』
先々代の女王さまは、月が姿を変えるたびに周囲の草木まで深い眠りに引き込んでしまう。これを憂いた女王さまは、幸せだった頃の想い出を甦らせてあげるため、先々代の女王さまが孫たちにもらったプレゼントを再現して届けてくれるよう、どれみたちに頼む。一同は魔法を使って過去の世界にタイムスリップし…。
第8話『バレちゃった!? ハナちゃんのひみつ』
横川信子と丸山みほコンビの新作漫画は、「ハナちゃんのひ・み・つ」という題名らしい。もしや、魔女であるという秘密がばれてしまったのではないか？ 何としてでも秘密を守りきるため、おんぷはハナちゃんが絶対に魔法を使わないようみんなで見張ろうと提案。ボディーガードや忍者に変装して、こっそり後をつけ回す。
第9話『はづきのキラキラ星』
重い病気を抱える中山しおりが校庭で倒れた。矢田まさるが保健室へ彼女を運び、入院した病院へも毎日通いつめる。幼なじみのはづきは、まさるがしおりに付きっきりなのが気になって仕方がない。しおりにお見舞いのプレゼントを渡しに行くのも、習い事を理由に断ってしまう。ところがその日、しおりは重態に陥り…。
第10話『修学旅行!! 班長はツラいよ』
楽しみにしていた修学旅行まであとわずか。班決めが終わった途端、ハナちゃんが班長をやりたいと言い出した。ところがハナちゃんは、班長がどんな仕事をするのか全く理解していない。はづきにフォローしてもらって何とか頑張ろうとするが、自由時間の計画をうまくまとめられず、班長失格と言われてショックを受ける。
第11話『奈良！ 運命の再会』
待ちに待った修学旅行の日。大興奮の一同に対し、どれみはカバンに忍び込んでいたマジョリカたちに昼ご飯やおやつを食べられ意気消沈。あいこたちにお弁当を分けてもらって元気を取り戻すが、いつの間にかももことハナちゃんの姿が見えない。心配して探しに行くと、二人は人間界に来ていたＦＬＡＴ４にナンパされていた。
第12話『京都！ 終わらない夜』
どれみは修学旅行の旅先でも、自称「世界一不幸な美少女」の本領発揮。度重なる不運に落ち込んでいるところに、ＦＬＡＴ４の暁くんが現れて声をかける。これに待ったをかけたのが、こっそりどれみの後をつけていた小竹だった。小竹くんと暁くんはなぜか紙相撲で勝負することになり、暁くんが魔法を使って勝利すると…。
第13話『むつみの引退宣言！』
無敵のプロレス少女・工藤むつみは、憧れているキャンディー伊藤の引退を聞いて大ショック。最近はお兄ちゃんもプロレスの相手になってくれず、クラスの男子に頼んでも断られるばかりなので、彼女もキャンディーと同じように普通の女の子になろうとしていた。どれみたちはむつみのため、練習相手探しに協力する。
第14話『油断大敵！ ７級試験』
魔女見習い７級の試験を受けることになったハナちゃん。渡された課題は、時間がたてば消えてなくなる地図を頼りに、リングを集めて帰ってくるというものだった。ハナちゃんにエナジーを分け与えたどれみたちは、なくなった魔法玉をもらいに行く。肝心のハナちゃんは、試験の途中で会った友達と遊び始めてしまい…。
第15話『お母さんのわからずや！』
はづきとおんぷが家出して、どれみの家に転がり込んできた。勝手に娘のことを決めてしまうお母さんに、二人とも不満を抱いているらしい。翌朝になると、はづきのばあやまで、お嬢さまの意見が正しいと主張して家出してきた。はづきは魔法でばあやに姿を変えて家に戻ると、ばあやの口を借りてお母さんと話し合う。
第16話『消えない虹の作り方』
先々代の女王さまが孫たちに送ったプレゼントの中に、「虹の織物」があった。今のどれみたちには、とてもそんな高度なものを作る技術はない。マジョクロスに頼み込んで織り方を教わり、何とか完成させるものの、完成した品はお世辞にも出来がいいとは言えないものだった。それでも一同は、織物を持って呪いの森へ向かう。
第17話『ひみつ基地を守れ！』
どれみたちはクラスの男子が、大きな荷物を担いで森の奥に消えるのを目撃。魔法を使って後をつけると、そこには廃屋を利用した秘密基地があった。宮前を中心に、内緒で自作飛行機を作っていたのだ。飛行機の名前は、ももこの読んでいた小説のタイトルからつけられたもの。どれみたちも作業に協力することになる。
第18話『恋の行方はワンワンワン』
最近、西澤先生の様子がちょっとおかしい。恋をしているに違いないとみたどれみたちは後をつけ、相手がペットショップ店員の柴田くんであることを突き止める。西澤先生はつい、柴田くんとお互いの飼い犬を連れて出かけると約束。ところが本当は、会いに行く口実をつくるために犬を飼っているふりをしていたのだった。
第19話『お父さんは素直になれない!?』
６年２組の松下あやはお寿司屋さんの娘。大の仲良しである梅野ゆかりの家はお風呂屋さんだ。いつでも広いお風呂に入れてお寿司が食べ放題の二人を、どれみとハナちゃんはうらやましがる。ところが二人は、たまにはお手伝いを休みたいと不満でいっぱい。それならと、おジャ魔女たちが二人の家でお手伝いすることになる。
第20話『ももこの夢さがし』
「将来の夢」というテーマで作文を書くことになった。ももこは興味のあることが多すぎて、自分の夢を一つに決められない。町に出て色々な職業を体験してみることにしたももこは、同じように自分の夢を決めかねているクラスメイトの菊池に出会う。菊池は、好きなことを仕事にできるほど世の中は甘くないと考えていた。
第21話『大好き！ オヤジーデ』
アルバイト先の幼稚園で正式な先生になるため、オヤジーデは採用試験に挑んでいた。ハナちゃんも６級試験に挑戦。魔女のモタが飼っている亀が行方不明になったので、見つけて連れて帰れば合格なのだが、どこにも姿は見当たらない。捜索を続ける二人は、扉を抜けて魔法使い界に入り、辺りに異変が発生していることを知る。
第22話『きみたか、行かないで!!』
ぽっぷの同級生・きみたかが、北海道の学校へ転校することになった。素直に本心を告げられないきみたかは、ついイジワルをしてぽっぷをカンカンに怒らせてしまう。しかしぽっぷが詰め寄ると、きみたかは泣きながら転校したくないと本音を語り始める。きみたかに共感した児童たちは幼稚園に立てこもる騒ぎを起こす。
第23話『七夕なんてやーめた！』
七夕セールの準備で忙しいＭＡＨＯ堂に、ラフな格好の女性が現れた。彼女はなんと、地上に降りてきた織姫さま。いまいちセンスのない恋人の彦星に愛想を尽かし、旧知のババと楽しくやろうと訪ねてきたのだ。このままでは七夕がなくなってしまう！ どれみたちは彼女の破れた羽衣を修復しようと、星の世界を訪ねる。
第24話『愛よ正義よ！ 私たちマジョレンジャー！』
ハナちゃんは近ごろ、人気特撮番組「機動戦隊バトルレンジャー」に夢中。自らもバトルレンジャーになりきると、美空町の平和を守るためにＭＡＨＯ堂を飛び出して行くのだった。どれみたちもハナちゃんに感化され、とうとうおジャ魔女戦隊マジョレンジャーを結成。ところが「バトルレンジャー」は近々終了すると判明し…。
第25話『笑顔をくれる？ なぞのグラス』
ＭＡＨＯ堂にどれみ宛ての小包が届いた。差出人は不明。中身は６つのベネチアングラスで、試しに使ってみると、不思議なことに注いだコーラがレモネード味に変わった。どうやら先々代の女王さまの五女・アンジェラに関する品物らしい。アンジェラのプレゼントについて知るため、どれみたちはマジョクロスを訪ねる。
第26話『キャンプとカレーでアッチッチ!?』
この夏最後の思い出作りにと、どれみたちは自由参加のキャンプにやって来た。一日目が過ぎ、二日目のメインイベントはスタンプラリー。星スタンプをゲットできたら夏休みの宿題をなくすという西澤先生の提案に、どれみは大張り切りだ。ところが、小竹と二人して急斜面から滑り落ちたうえに、迷子になってしまう。
第27話『白いゾウさん、はじめまして！』
魔女界にやって来たどれみたちは、白い子象が発見されたと聞いて興味津々。ハナちゃんが昨晩見た夢にも、白い子象が現れたのだ。ところが子象はひねくれ者らしく、小屋に籠もりきりで出てこようとしない。ハナちゃんは友達をつくってあげようとするが、色が違うというだけの理由で、他の象からいじめられているらしく…。
第28話『おばあちゃんズにはかなわない!?』
夏休みの自由研究に老人ホームのボランティアを選んだはづきは、クラスメイトの小山ゆうこと一緒に「美空ホープ」を訪ねた。手助けをして役に立とうと張り切るが、お年寄りたちはやたらと元気で、二人の出る幕はまるでない。翌日、今度こそお役に立とうと出直してきた二人の後を、心配したどれみたちがつけてくる。
第29話『はなさないで！ つないだ手と手』
今夜は夏祭り。浴衣を着せてもらったハナちゃんは、はしゃぎ過ぎて迷子になってしまう。雑踏の中をさまよっていると１人の少年と出会い、一緒にどれみたちを探すことに。一方のどれみたちも魔女見習いに変身。マジカルステージでハナちゃんたちを探し当てるが、ハナちゃんはなぜか、少年の手を引いて逃げ出してしまう。
第30話『あやしい影!? 魔女界の胸さわぎ』
ゆき先生が夏バテでダウンしてしまった。魔法界でも女王さまが病に臥せり、マジョガエル村のマジョ梅もひどく元気がない。マジョガエル村にお見舞いに行ったどれみたちは、一生懸命にマジョ梅を元気づけようとするが、何をやっても効果がない。彼女が暗く後ろ向きな気持ちになっているのには、何か原因があるらしい。
第31話『パオちゃんはおジャ魔ゾウ!?』
魔女界の白い子象・パオちゃんが、ハナちゃんと離ればなれになるのがイヤでＭＡＨＯ堂にやって来てしまった。ハナちゃんはＭＡＨＯ堂で飼いたいと言うが、こんなに大きな動物は飼えないと、一同は大反対。それならと、ハナちゃんは魔法でパオちゃんを小さくする。ところがパオちゃんは、とんでもない大食漢で…。
第32話『いい子だって悩んでる』
６年２組の伊集院さちこは、誰もが認めるしっかり者の優等生。そんな彼女にも、人知れず悩んでいることがあった。一方のハナちゃんは、だらしないことをどれみたちに叱られて少々うんざり。とうとうＭＡＨＯ堂を飛び出してゆくと、偶然出会ったさちこが憂鬱そうなのを見て、元気にしてあげようと思い立つ。
第33話『迷えるおんぷ』
ハリウッド映画のオーディションを受けたおんぷは、生まれて初めて不合格を言い渡され、無名の新人に役を奪われてしまった。どれみたちには笑顔を見せるが、内心受けたショックは大きい。彼女はマスコミの目をくらますため、魔法で普通の女の子に変身。街に散策に繰り出し、稽古に打ち込むさくやという女優に出会う。
第34話『ババといつまでも』
ババが体調を崩して倒れてしまった。どれみたちが魔法で小さくなって看病したおかげで、夜になると熱も下がって穏やかな眠りにつく。ババは夢を見ていた。先々代の女王さまの孫娘・ローラの夢だ。彼女はかつて猫に化けていたババと仲良しで、先々代の女王さまに作ってもらった猫柄のマフラーを、とても大切にしていた。
第35話『四級試験はのろろろろ～？』
今回ハナちゃんが受ける４級試験は、モタとモタモタの飼っているウサギとカメを相手のレース。第千回の記念競争とあって、魔女界全体が異様な盛り上がりを見せている。ところがいざスタートすると、ウサギとカメの動きは鈍く、レースはハナちゃんの圧勝に終わる。二匹には悲しみを与える黒い雲が取り憑いているらしい。
第36話『自転車でどこまでも』
６年１組の木根ひろこは明朗快活な女の子。テストの点が悪くても、男子にイタズラされても少しも動じない。けれどなぜか、自転車だけは大の苦手。クラスメイトの男子・森川がマウンテンバイクの技に失敗して転倒すると、声をあげて泣き出してしまう。彼女は事故を起こして以来、自転車に乗ることが怖くて仕方ないのだ。
第37話『全滅!? 眠れる魔法使いたち』
久しぶりに魔法使い界に里帰りしたオヤジーデは、国王が眠ったままうなされているのを見つける。報せを受けたどれみたちとＦＬＡＴ４が駆けつけるが、医者に診せても原因はわからない。しばらくすると、オヤジーデやＦＬＡＴ４まで眠りに落ちてしまう。どれみたちは原因を探るため、マジカルステージを使う。
第38話『ついに再婚!? あいこの決意』
あいこは父を説得。離婚して独りで暮らしている母に再婚を申し込ませるべく、大阪に向かった。だが、あつこの父が倒れ、命はとりとめたものの下半身不随になってしまった。あつこは結婚と離婚にまつわる自らの過去を償うため、自分を憎む父の面倒を見ることを決意。あいこと夫に再婚の話はなかったことにしてくれと頼む。
第39話『心をこめて！ 幸せの白いバラ』
先々代の女王さまを覆う茨も、残りは２本。どれみたちは思い出のプレゼントを作ってあげるため、幸せだった頃の思い出をババに訊ねる。ババが思い出したのは、先々代の女王さまの孫娘・イングリットと恋人ショーンの物語だった。二人は結婚を夢見ていたが、先々代の女王さまの息子にあたる父アンリに強く反対されていた。
第40話『どれみと魔女をやめた魔女』
ある日、どれみは不思議な女性に出会った。彼女の名は未来、もう二度と魔法は使わない決めた魔女だった。どれみはガラス細工を教えてもらったお礼に、彼女を連れて美空町を案内して回る。未来はどれみと記念写真を撮ると、魔女の世界を、あまりにも長く生き続けることの本当の意味を、知りたければ一緒に来てと誘う。
第41話『ぽっぷが先に魔女になる!?』
ぽっぷがついに一級試験を受けることになった。合格したら念願だった魔女になれる。張り切るぽっぷだったが、姉のどれみよりも先に魔女になることを指摘され、はたと当惑する。いつも姉の背中を追いかけ、姉のやることなら何でもやってきた自分が、初めて自身の意志で道を決めなければならないことに気付いたのだ…。
第42話『自分で決める！ はづきの道』
はづきは勝手に自分の進路を決めようとする母親に怒り、話し合いをすることに決めた。なぜ自分の考えを押しつけるのか？ 詰め寄るはづきに、母親の麗子は自分の過去を語り始める。彼女はカレン女学院の大学部に在籍していた頃、桜木という恋人がいた。だが、桜木は藤原家の財産めあてに近付いてきただけの男だった。
第43話『１級試験！ 玉木絶体絶命!!』
児童会長として、全校生徒の前で挨拶をする玉木。拍手を受けて優越感に浸るのも束の間、児童会の役職が５年生に引き継がれるという事実を知って落ち込む。その頃、ハナちゃんは一級試験の最中。困っている人を魔法で助けるという課題を与えられ、玉木のもとへ。ところが玉木の落ち込み方は明らかに異常で…。
第44話『急がなきゃ！ 最後の手がかり』
学校に遅刻したどれみたちは、学校にいる全員が悲しみの茨による眠りについているのを発見。慌てて魔法を使って目を覚まさせるが、思い出の品作りを考えていた以上に急がねばならないことを知る。手がかりを探す一同は、魔法らしき呪文で動物と話すロビーという少年の存在を知り、ヒントを得るために会いに行く。
第45話『悲しみのイバラよ、消えて！』
どれみたちは最後のプレゼント、幸せな家族の姿を織り込んだタペストリーの製作に取りかかった。その間にも悲しみの眠りは広がり、ハナちゃんとパオちゃんが吸い取ろうとしても、とても追いつかない。途方に暮れているどれみたちのもとにオヤジーデたちが現れ、助太刀を買って出る。そしてタペストリーは完成する。
第46話『さらば、魔女ガエルの呪い』
先々代の女王さまが、ついに悲しみから解放された。最後の茨が消えたことで、眠りに落ちていた人間界の人々も目をさます。そして先々代女王さまは、どれみたちや魔女たちと協力して、魔女ガエルの呪いを解く。女王さまは次期女王にハナちゃんを推薦。当初からの約束通り、どれみたちを魔女にすると宣言するが…。
第47話『たとえ遠くはなれても』
ももこがニューヨークに帰ることになった。両親は「ももこだけ日本に残ってもいい」と提案してくれたのだが、両親ともどれみたちとも別れて暮らしたくないももこは、自分の選ぶべき道がわからない。おんぷは一足先に、自分の道を決めてしまったようだ。思い悩むももこは、ある夜、夢の中で懐かしい人物と再会する。
第48話『あいこのいちばん幸せな日』
あいこは週に一度、母の働く大阪の老人介護施設へと手伝いに通っていた。入院している祖父・惣一の世話をするためだ。あいこが懸命に尽くしても、惣一はひと言も口を聞こうとしない。だが、どれみたちが心配になって様子を見に来た日、初めてあいこに声をかける。それをきっかけに、あいこは胸の内を惣一に語り始める。
第49話『ずっとずっと、フレンズ』
はづきの作った「フレンズ」という曲を、卒業記念におジャ魔女たちみんなで演奏することになった。そのはづきは、練習にも集中できずに失敗ばかり。実はどれみと同じ中学に通うと宣言しながら、内緒でカレン女学院を受験して合格していたのだ。最後まで迷うはづきは、どれみに本当の気持ちを打ち明ける決心をする。
第50話『さよなら、おジャ魔女』
魔女になるのか普通の人間のままでいるのか、決断を下す日がやって来た。魔女界を訪れたどれみたちに、女王さまはある告白をしてベールを取る。その下に隠されていた素顔は、誰もが驚く思いがけない人物のものだった。どれみたちがみんなで考えた決断に、女王さまは納得。だが、ハナちゃんはショックを受け…。
第51話（最終回）『ありがとう！ また会う日まで』
おジャ魔女たちは卒業式の朝を迎えた。笑顔で家を出るどれみだったが、みんなと別れる悲しみに耐えられなくなり、学校へは向かわず、ＭＡＨＯ堂にこもって扉に鍵を掛けてしまう。卒業なんてしたくない…涙を流すどれみのために、はづきやあいこやおんぷやももこ、そしてハナちゃんが、クラスのみんなが集まってくる。