第1話『波乱のサイクリング ～男の子のないしょ～』
美空小学校の一学期も今日で終わり。放課後になると、小竹がＭＡＨＯ堂にクッキーを買いに来る。どうやら自転車に乗って、ないしょの冒険旅行に出かけるつもりらしい。いつものように大ゲンカをしたどれみだが、小竹の計画は気になるようだ。魔女見習いに変身し、あいことはづきを連れてこっそりついてゆくのだが…。
第2話『Ｎ.ＹのＭＡＨＯ堂 ～ももこのないしょ～』
ももことおんぷは、ニューヨークにやって来た。友達のベスやサチコに会うのが、ももこは今から楽しみで仕方がない。マジョモンローはもういないけれど、初めて出会った公園のベンチも昔のまま。ちょうどその公園で撮影をしていたおんぷと一緒に、ももこは想い出のたくさんつまったニューヨークのＭＡＨＯ堂を訪ねる。
第3話『泳いでナンボ！ ～あいこのないしょ～』
夏休みの登校日には水泳大会が開かれる。クラス対抗リレーのアンカーに選ばれたのは、スポーツなら何でも来いのあいこ。今日もＭＡＨＯ堂の仕事を早めに終えて、市民プールに特訓に出かける。ところが、あいこには友達にないしょにしていることがあった。何と、水泳だけは大の苦手で、全く泳げなかったのだ！
第4話『ノンスタンダード ～おんぷのないしょ～』
おんぷの様子がヘンだ。学校生活もＭＡＨＯ堂もアイドルの仕事も、いつも通りうまくいっているのに、何かが違うという違和感が拭えない。自分は本当に、今のままでいいのだろうか？ 小さな頃から努力に努力を重ね、ついに大きな夢を両手につかんだおんぷ。この先何を頑張ればいいのか、わからなくなってしまったのだ。
第5話『涙を知るひと ～ぽっぷとハナのないしょ～』
どれみの妹・春風ぽっぷは、小学１年生とは思えないほどしっかり者。だが、時々は赤ん坊のハナちゃんのことが、うらやましくなることもある。赤ちゃんだったらみんなに可愛がってもらえるし、思いきり甘えられもする。「私もハナちゃんになりたいなあ」と、ぽっぷが呟いた瞬間、ハナちゃんの髪飾りが点滅し…。
第6話『金平糖の思い出 ～ばあやのないしょ～』
バレエ教室に通い始めたはづきは踊りに夢中。早くステキなダンスを見せられるようになりたいが、そう簡単に上達はしないもの。一生懸命に練習する姿を見たばあやが、コツを教えてくれることになった。『金平糖の踊り』という曲を口ずさみ、ステップを踏むばあやには、バレエにまつわる思い出があるようで…。
第7話『タイヤキダイスキ！ ～親子のないしょ～』
ＭＡＨＯ堂にめずらしいお客さんがやって来た。５年２組の吉田くんだ。吉田くんの家は、行列のできる有名タイヤキ店。お父さんとケンカをして、お前がタイヤキを焼くなんて10年早いと言われた吉田くんは、何とかして見返してやりたいと意気込んでいる。そのために協力してくれるよう、どれみたちに頼みに来たのだ。
第8話『リコーダー事件！ ～優等生のないしょ～』
おんぷは見てしまった、5年2組きっての優等生・宮本くんが、間接キスをするために、伊集院さちこのリコーダーに口をつけようとしているところを！ あわてた宮本くんが床に落としたせいで、リコーダーにはヒビが入ってしまう。それを拾い上げたところを目撃されたおんぷが、リコーダーを割った犯人だと疑われ…。
第9話『バッチグー野球部 ～魔女たちのないしょ～』
美空小の野球部員は、５年２組の高木くんと平松部長の２人だけ。一度でいいから試合がしてみたいが、人が集まらないことにはどうにもならない。そこで立ち上がったのが、ベースボール大好きのももこ。さっそくＭＡＨＯ堂の仲間たちをグラウンドに集めたところ、教頭先生が対戦相手をさがしてくれることになるが…。
第10話『結婚の約束 ～幼なじみのないしょ～』
アンリマーこと有馬健一は、とっても変なヤツ。はるばる大阪から美空小にやって来たかと思うと、突然あいこを抱きしめる。何と、フィアンセとして迎えに来たというのだ！ アンリマーは、あいこが大阪にいた時の幼なじみ。おジャ魔女たちはマジカルステージで、二人が本当に婚約したかどうか調べてみることにする。
第11話『バレンタインディ ～はづきのないしょ～』
はづきの誕生日・2月14日は、恋する女の子にとって大切なバレンタインディ。はづきと矢田くん、お互いに好意を抱いているはずなのに、どういうわけか二人とも浮かない顔をしている。はづきは去年もチョコレートを渡してないし、矢田くんも誰からも受け取らなかった。二人のバレンタインディに、何かあったのだろうか？
第12話『７人目の魔女見習い ～のんちゃんのないしょ～』
秋、どれみは新しい友だちに出会った。名前はのぞみ、みんなからは「のんちゃん」と呼ばれている女の子だ。のんちゃんは退院したら、本物の魔女に弟子入りしようと思っていた。特技はトランプの神経衰弱。まるで本当の魔法を使ってるみたいに強いのんちゃんと、どれみはトランプで魔女の修行を始めることになる。
第13話（最終回）『時をかけるお雛さま ～どれみのないしょ～』
ある春の朝、どこからともなくやって来た不思議な女の子が、春風家を探していた。その春風家では、ひな人形を早く出せと、どれみとぽっぷが大さわぎ。不思議な女の子は、なぜかどれみのことに興味しんしん。後をつけて行くが、隠れていた木の上から落ちてしまう。その時つぶやいたのが、どれみと全く同じ口癖だった…。