第1話『グリフォン復活』
世界各地から続々と大物レイバー関係者が結集したある晩、東京湾に正体不明の黒いレイバーが出現した。迎え撃つべく出動した第一小隊と最新鋭機AVゼロ・ピースメイカーの面々は目を疑った。彼らの前に現れたのは、かつて“イングラム”との死闘の末、バビロンの城門に沈んだはずの“タイプJ9-グリフォン”だったのだ!!
第2話『逆襲のシャフト!』
ピースメイカー墜つ!“グリフォン”の圧倒的な力の前に第一小隊は撤退を余儀なくされた。重苦しい惨敗ムードが漂う中、しかし、第二小隊だけは高揚感とも言うべき雰囲気に包まれていた。それぞれの胸によぎる確信的な対決の予感――。野明も、太田も、香貫花までも…。そして大晦日の晩。雪の降りつもる東京湾舞浜に、“グリフォン”の漆黒の機体がついにその姿を現した!!
第3話『史上最大の決戦』
東京湾から上陸した“グリフォン”は首都高速湾岸線上を移動し始めた。しかも、進行方向は舞浜方面。その先には大晦日の終夜営業でにぎわう東京最大の遊園地がある。舞浜への被害を防ぐため、その手前、旧江戸川にかかる舞浜大橋上で、“グリフォン”を待ち受ける野明たち一号機と二号機。状況は特車二課の有利かに見えたのだが…。
第4話『GAME OVER』
一号機バッテリー切れ!絶体絶命かと思われたその時、割って入る一台のレイバーキャリア。香貫花の三号機だ!香貫花が時間を稼いでいる間に、素早くバッテリーを交換し、戦闘に復帰する野明の一号機。だがその直後、グリフォンの外部スピーカーから漏れた操縦者の声は、野明も知っているあの少年の声だった――。そして戦いの裏でジリジリと狭まる事件への捜査の環。事件の決着はいかに!?全てのドラマがついに終結!
第5話『災厄の日』
いかに元気一杯の野明とはいえ、コンディションの悪いことも――。この日野明はあまりの歯痛で眠れずに朝を迎え、食事もとれずに苦しんでいた。氷も薬も遊馬の気遣いも空しく、歯痛は悪化するばかりで、野明の頬はもうパンパン。そんな時、盗難レイバーの暴走事件が発生、急拠出動した特車二課だったが・・・・・・。
第6話『視聴率90%』
二十年間続いた長寿番組｢お母さんとごいっしょ｣の最終回。マスコット・クマ五郎のぬいぐるみ俳優が、司会のお姉さんと体操のお兄さんを人質にとり、爆発物を仕掛けてスタジオ内にたてこもった!!イングラム得意のちからワザは使えない。頼みの綱は、小隊きっての知性派お姉さん“おタケさん”こと熊耳巡査ただひとりっ!
第7話『黒い三連星』
近頃、頻発する爆弾テロ、その被害は全て東京湾開発事業・バビロンプロジェクトの関連企業に集中していた。そんな折、特車二課でもドラム缶風呂のガス漏れによる爆発さわぎが・・・。唯一の風呂を失い、銭湯へと行軍するはめになった、後藤以下第二小隊面々。途中、倒れている刑事を助けた彼らは、その先の銭湯に連続爆破犯人が逃げ込んだことを知る・・・。
第8話『火の七日間』
最近ぶったるみきった整備班の生活態度に、二課の主、整備班長・榊さんの怒り爆発!発足はじまって以来の大粛正が開始された!!エッチ本、エッチビデオの類は全て焼かれ、整備班のプライバシーも管理された。結果、闇取引が横行し、対する風紀委員の弾圧もそのきわみに達した。そしてついに整備班は血で血を洗う内乱状態に陥るに至ったのである!?これは特車二課を震撼させ、光輝ある整備班に唯一の汚点を残した歴史的事件の全記録である。
第9話『VS(バーサス)』
グリフォンとの戦いが一段落し、特車二課第2小隊の面々は温泉宿へと慰安旅行にやってきた。ひと風呂浴びて、さっそく宴会へと突入したが、なぜか険悪ムードの香貫花と熊耳。野明と遊馬ら周囲の気遣いを尻目に、二人の冷戦はエスカレートするばかり。その毒気にあてられてか、宴会はやがて意味不明の世界へ・・・。人気を二分する二人の戦い。果たして勝利はどちらの手に・・・?
第10話『その名はアムネジア』
近未来のサイバーな夢にうなされる太田。ひろみを撃ち殺し、シゲを撃ち殺し、遊馬も、進士も撃ち殺して、夢から醒めたとき、そこには彼の想像を絶した惨劇のあとが待っていた。記憶を失い、自らを殺人者と思いこみ街をさまよう太田。そのとき、彼の心によぎっていたものは?太田の意外な側面を描く、押井 守脚本作品第三弾!
第11話『雨の日に来たゴマ』
ある雨の降る日、野明は特車二課デッキ前に捨てられた仔猫を見つける。今にも死んでしまいそうなこの仔猫を助けるために、周囲に秘密で飼い始める野明、遊馬、ひろみたち。手厚い世話の甲斐あってすっかり元気を取り戻す仔猫。しかしそうなると他の隊員たちに隠しておけるはずもなく・・・・・・。
第12話『二人の軽井沢』
台風直下の軽井沢。二人きりの男女を乗せて、一台の車がひた走る。今夜のうちに東京へ戻らなければならないふたりだったが・・・・・・。土砂降りは、ますますひどく、道もなく、夜はふける。そして行き過ぎる、ホテルのあかり・・・・・・。果たして二人は無事、東京に帰りつくことが出来るのだろうか?
第13話『ダンジョン再び』
覚えているだろうか?二課デッキの地下に網の目のように広がる下水道、その奥深くから這い出した巨大な白いワニを。今では湾岸の水族館で静かな余生を送るそのワニが、ある日、推定二億円といわれる大真珠を産み落とした。それは、あの呪われし迷宮の扉を再び開く恐ろしい事件の前兆であった・・・・・・。
第14話『雪のロンド』
ある日、遊馬のもとに届いた一通の同窓会通知。その当日、そこには彼がかつて想いを寄せていた少女・加嶋由紀江の成長した姿もあった。遊馬の胸によみがえるかすかな痛み。そして、ふたりはごく自然に逢うようになるのだったが・・・・。それは、はかない初恋の想い出とまぼろしが交差する青春の墓標――。
第15話『星から来た女』
1999年、すでに人類は地球防衛組織｢CLAT｣を結成していた。その基地は、とある埋立地の地下深く秘密裏に作られ、冷静沈着なゴトウ隊長のもと日夜敢然と異星人の来襲に備えていた・・・。TV放送時、異色の番外編として話題をさらった第44話｢CLATよ永遠に｣の続編ついに登場!行け、野明!進め、CLAT!迫り来る侵略宇宙人の総攻撃を迎え撃て!!
第16話（最終回）『第二小隊異状なし』
2000年も暮れかかる年の瀬。野明は自室の大掃除の最中、どうしても見つからないものがあることに気付く。探し物ついでに二課棟に顔を出すと、そこには非番のはずの面々が・・・・・・。そんな中、思い立ったように野明を墓参りに連れ出す遊馬――。激しい勤務の中でいつの間にか成長した隊員たちの姿をとらえるビデオシリーズ最終話!