第1話『星矢』
突如として不思議な力を発現した星矢。彼の前に現れた謎の男、城戸光政は、星矢が希望の闘士、聖闘士(セイント)として悪と戦う運命だと告げる。
第2話『コスモを燃やせ』
修行を経てペガサスの聖衣(クロス)を手にする星矢。アテナを守る真の聖闘士となるため、星矢は銀河戦争(ギャラクシアンウォーズ)への参加を迫られる。
第3話『ドラゴン登場』
キグナス氷河は聖域(サンクチュアリ)の予言を信じ、城戸沙織を亡き者にしようとする。星矢は、最大のライバルであるドラゴン紫龍との戦いに挑む。
第4話『星雲鎖 (ネビュラチェーン)』
戦いを好まないアンドロメダ瞬はユニコーン邪武に対し、星雲鎖(ネビュラチェーン)で防御を固める。野望に燃えるグラードは、部隊を出動させる。
第5話『暗黒聖闘士』
フェニックス一輝から黄金聖衣(ゴールドクロス)を取り戻そうとする星矢。だが、グラードが生み出した暗黒聖闘士(ブラックセイント)が、行く手を阻む。
第6話（パート1 最終回）『蘇る不死鳥 (フェニックス)』
一輝の強大な力は、強い憎しみによって築き上げられたものだった。青銅聖闘士たちが力を合わせなくては、一輝から黄金聖衣を奪還することはできない。
第7話『白銀聖闘士』
噴火から生き延びた星矢の前に現れた聖域(サンクチュアリ)からの刺客、白銀聖闘士(シルバーセイント)。その中には、星矢の師である魔鈴の姿があった。
第8話『岐路』
アテナを守るよう星矢に指示する魔鈴。アテナの身を案じる彼女に、猟犬星座(ハウンド)のアステリオンと白鯨星座(ホエール)のモーゼスが襲いかかる。
第9話『戦え アテナのために!』
星矢は仲間たちと再会を果たし、沙織のもとへ。だが、青銅聖闘士(ブロンズセイント)たちは、烏座(クロウ)のジャミアンから襲撃を受けてしまう。
第10話『挑戦』
相手を石化するメデューサの盾を持つ白銀聖闘士、ペルセウス座のアルゴル。沙織を守るため、ある青銅聖闘士は自らを犠牲にしてこの強敵に立ち向かう。
第11話『予言』
グラードは暗黒聖闘士(ブラックセイント)を総動員し、神々との戦いを宣言。グラードの配下に連れ去られた沙織を救うべく、星矢たちは敵地に飛び込む。
第12話（パート2 最終回）『終焉と始まり』
改良型の暗黒聖闘士と激しい戦いを繰り広げる星矢と仲間たち。間一髪のところで戦いを制したかに思えたが、グラードは恐るべき最終兵器を解き放つ。