第1話『帰ってきた…』
プロ野球選手の父・茂野の移籍で、三船町へと帰ってきた吾郎。三船東中学校へ転校早々、野球部の不良部員・牟田、及川から至近距離でノックを受けていた友人・小森を助ける。また一緒に野球ができると再会を喜ぶ小森に、吾郎はなぜか「サッカー部に入る」と告げる。吾郎は野球をあきらめてしまったのか!?
第2話『夢はひとつ!』
不良たちがいなくなった野球部だが、以前の野球部員たちが全く戻ってこない。山根たちが邪魔をしていることに気づく小森。さらに、チームメイトの大林まで、牟田、及川におどされてしまう。助けを求める大林に、吾郎は「野球が好きなら簡単にあきらめるな」と言う。小森と大林は勇気を出し、新入部員の勧誘を始めるが…。
第3話『野球部 始動!』
吾郎が右肩を壊した後の努力を聞き、自分ももう一度がんばってみようと野球部に戻った山根。メンバーが足りないため牟田と及川も加わり、新生・三船東中野球部がスタート!最初はいやいや練習をしていた牟田、及川も、少しずつ、野球の楽しさを知り始める。1週間後の朝、ランニング中に偶然、吾郎は清水と出会い…。
第4話『ライバル再会』
チーム全員のがんばりで、三船西中との交流試合に勝った三船東中野球部。吾郎も正式に加わり、夏の大会に向けて練習の日々がはじまる…。そんな中、清水の提案で練習試合の申し込みに行った友ノ浦中で、吾郎は「忙しいから」とすげなく断られたことに怒り、友ノ浦中野球部のキャプテンに「勝負しろ!」と詰め寄る。
第5話『寿也の過去』
夏の地区大会1回戦。吾郎が試合に遅れたため、対戦相手に先制された三船東中。そこへ現れた吾郎は、超スローボールで相手バッターを打ち取る。小森はスローボールが特訓の成果だと見抜くが、山根は練習を勝手に休んだ吾郎を「チームワークがない」と責める。だが、吾郎は、チームワークは「なれ合いではない」と言い返す。
第6話『スカウトの陰謀』
地区大会2回戦。対戦相手の青武館中は、クリーンナップの3人がシニアリーグの試合をかけ持ちし、三船東との試合に遅れて来るが、楽勝と思った試合が4回までパーフェクトに抑えられていることに驚く。青武館の3人を見に来た海堂高校のスカウト・大貫は、吾郎の投球にほれ込み、海堂の特待生に選びたいと告げるが…。
第7話『強敵!友ノ浦』
寿也から「試合で負けた方が海堂高校をあきらめる」と、賭けをもちかけられた吾郎。三船東と友ノ浦との決戦が始まった。初回、3番を敬遠してあえて寿也と勝負し、打ち取る吾郎。逆に寿也は、吾郎を敬遠すると見せかけ、無理に打ってきた吾郎を凡打に抑える。互いにヒートアップする2人。試合は予想もつかぬ展開に…。
第8話『何のために…』
吾郎が無心でホームランを打ったことにショックを受けた寿也は動揺し、山根にも連続ホームランを打たれてしまう。友ノ浦ナインは寿也につなぐため、ランナーをためるチームプレイに徹する。それを見た寿也は、自分が海堂への進学や吾郎との勝負にこだわるあまり、純粋に野球を楽しむ気持ちを忘れていたと気づく。
第9話『熱闘の果てに』
友ノ浦中の2番手ピッチャーは、なんと寿也!予想以上の速球を投げる寿也に、なすすべのない三船東のバッター・宮本。「何もしないで負けるのは無しだ」という吾郎のはげましを受けた宮本は、ラストボールで思い切りバットを振りぬき、それが意外な結果をもたらす。逆に追いつめられた寿也は、吾郎との直接対決を選ぶが…。
第10話『新たなる決意』
海堂付属中のエース・眉村の圧倒的な実力の前に完敗した吾郎は、海堂高校を受験して、野球部へ入る決意をする。「2人で海堂を乗っ取ろうぜ」と、吾郎は寿也にも海堂を受験するよう誘うが、祖父母に学費の負担をかけたくない寿也はかたくなに拒絶する。だが、寿也の本音を知った祖父母の口からは意外な言葉が…。
第11話『海堂への狭き門』
ついに海堂高校の入学実技試験が始まった!張り切る吾郎、冷静な寿也、今ひとつ自信のない小森、三者三様だ。1次、2次テストをなんとかクリアした3人が臨む3次テストは、1対1のハンドボールPK戦。吾郎の対戦相手は多岐川。1次での吾郎とのいさかいを根に持つ多岐川は、ライバル心むき出しで挑んでくるが…。
第12話『海堂への切符』
実技試験の最終テストは、5人1組による4チームのトーナメント戦。寿也と同じAチームになり喜ぶ吾郎だが、無名の軟式出身だと他のメンバーに見くびられ、外野を守ることに。対戦相手Dチームの新見は、Aチームのピッチャーの元チームメイト。相手の弱点を知り抜いた新見の作戦に翻弄され、Aチームは先制されてしまう。
第13話『また・な…』
吾郎と寿也は、ともに海堂高校の実技試験を通過した。だが、海堂へ入学するためには、このあと学科試験に合格しなければならない。寿也の助けを借りるものの、慣れない勉強に苦しみ、くじけそうになる吾郎。試験当日、トラブルで遅刻してしまった吾郎は、すっかり意気消沈。午後の面接に最後の望みをかけるが…。
第14話『夢を見る島』
海堂高校に合格し、晴れて野球部員となった吾郎と寿也。新入部員たちはみな、小さな島にある野球部の養成所へ行くことに。島で待っていたのは、監督・周防とコーチ・乾の2人だった。彼らは吾郎たちに、この島が「なぜ夢島”と呼ばれるのか」、その理由を語る。そして、厳しいトレーニングが始まる…。
第15話『ピッチャーの条件』
夢島に来て3か月。吾郎をはじめ、選手たちはみなたくましく成長していた。そんな彼らに、今後のポジションを決める適性テストを行うと告げる周防監督と乾コーチ。最初はピッチャーの試験だ。投手志望者が、バッターの乾に簡単に打たれる中、三振を取った吾郎。だが周防は、吾郎に「ピッチャー失格」を告げる。
第16話『天然野球小僧』
外野手の練習をしながら、寿也の協力で密かにピッチャーの訓練も続けてきた吾郎。ついに、夢島を出て二軍に合流できるかを決める修了検定の日が訪れた。検定は紅白戦。相変わらず自由奔放にプレーする吾郎。マニュアル通りの野球を求める周防監督の評価は、当然低い。そこへ突然、海堂を辞めたはずの大貫が現れ…。
第17話『つかの間の夏休み』
修了検定に合格するため、周防監督から「相手チームの9人をパーフェクトに抑える」という条件を課された吾郎。しかし、この数ヵ月の吾郎の成長は周囲の想像を超えていた。140kmを超える速球を、バッターは誰も打つことができない。最後のバッター・寿也も三振に取り、吾郎は見事に結果を出し、夢島を出るが…。
第18話『不愉快な野球』
1年生の特待生チームと歓迎試合をする吾郎たち。だが、二軍監督・静香が指名した夢島組の先発ピッチャーは、丸山。やむなくベンチで観戦する吾郎。1回表、特待生チームは三者凡退。その裏、夢島組は、連打で3点を先制。特待生の実力を買いかぶり過ぎたかと思う吾郎。だが、4番の寿也の打席で、真相が明らかに…。
第19話『特待生の実力』
夢島組みんなの期待を受けて、マウンドに上がった吾郎。ここまで止まらぬ勢いで連打していた特待生チームだが、吾郎のストレートに連続三振!3回裏、今度は夢島組の反撃が始まった。寿也が満塁ホームランを打ち、ピッチャー・渡嘉敷から4点を奪う。そこへ3人の特待生、眉村、市原、阿久津が遅れてやって来た…。
第20話『吾郎vsマニュアル野球』
阿久津の決め球・ナックルボール攻略のため、寿也はファールで粘りナックルを連投させる作戦にでた。思わず甘く入った阿久津のナックルを場外へ運ぶ寿也。 阿久津は監督から退部を言い渡される。吾郎は、マニュアルを無視して勝負にこだわった阿久津をかばい、「この試合で失点したら、自分も海堂を辞める」と宣言する。
第21話『君と一緒に』
特待生チームをノーヒットに抑えてきた吾郎。1点差のまま9回裏、夢島組の最後の攻撃も2アウトランナーなし。「みんなよくやったよ」と言う国分に、「みんな必死なのに、お気楽にまとめるな」と怒る吾郎。その国分が最後の代打に指名される。吾郎に「僕だってこの試合勝ちたいさ!」と告げてから国分は打席に立つが…。
第22話『海堂の秘密』
吾郎に退部を勧める二軍監督・静香。その言葉の裏には、20年前のある事件があった。海堂でマニュアル野球が絶対の掟となった、その重い理由を知った寿也は、マニュアルに従うしかないかもしれないと考える。だが吾郎は、「ますますマニュアル野球に負けるわけにはいかなくなった」と、寿也に決意を告げる。
第23話『江頭の思惑』
吾郎を追いかけて高校に到着した静香たちに、チーフマネージャー・江頭は、吾郎の退部取り消しを告げる。江頭は、悲劇のスラッガー・本田茂治を父に持ち、自らも右肩の故障から復活した吾郎を甲子園のスターに育て、海堂高校イメージアップの広告塔に使おうと考えていたのだ。江頭の思惑を知った寿也は、苦悩する。
第24話『一軍への挑戦』
吾郎・高校2年生の春、桃子が女の子を無事出産。吾郎は父・茂野とキャッチボールをしながら、自分の決意を告げる。そして6月、ついに一軍との壮行試合の日がやってきた。試合直前、寿也は静香に「この試合には出たくない」と願い出る。理由を聞く静香に、「この試合には関わり合いになりたくないのだ」と寿也は言うが…。
第25話『自分の足で』
一軍との壮行試合。6回までパーフェクトピッチングを続ける吾郎だが、徐々に球速が落ちてきた。その裏の吾郎の打席。センターが打球をエラーし、3塁をねらった吾郎は、カバーしたレフトの送球でアウトになる。海堂らしくない守備の乱れを見て、吾郎のスタミナを奪う意図を感じる静香たち。そして迎えた7回表…。
第26話（最終回）『あばよ!』
寿也のホームランで同点に追いつく吾郎たち二軍チーム。一軍のピッチャーはエース・榎本に交代。だが次の8回表、渡嘉敷や大場たち特待生が守備につくことを拒否する。吾郎の勝手な勝負にこれ以上つきあえないというのだ。静香が命令しても聞かない特待生たちに代わり、夢島組の三宅たちが名乗り出てそれぞれ守備につく。