第1話『ゼロからのスタート』
海堂高校をやめた吾郎は、旧友・小森たちがいる三船高校の野球部に入るつもりだったが、夏の大会予選の三船高校の試合を見て考えを変え、他の高校の編入試験を目指すことにする。そんな吾郎に、母・桃子は「勝手やった自分の学費は、自分でかせぎなさい」と厳しい。そこで編入が決まるまで、吾郎はアルバイトを始めるが…。
第2話『新しい仲間』
通学中に突然、目の前に現れた吾郎から、聖秀高校に入って野球部を作ると聞いた清水は、嬉しさ半分、心配半分。クラスで吾郎に一目ぼれした中村は、「マネージャーになってあげる」と積極的にアタック。吾郎は男子生徒7人を野球部に誘うが、誰も野球に関心がない。そこへ「俺をエースで4番にしろ!」という藤井が現れ…。
第3話『父から子へ』
今シーズン負け続きの吾郎の父・茂野。気晴らしをして朝帰りも多いため、桃子も機嫌が悪い。吾郎は理事長に野球部設立をかけあうが、まず同好会として承認し、正式な部として認めるかは今後の活動次第だという。そのころ藤井は田代たちから、「神奈川には海堂高校があるから、吾郎の計画は不可能だ」と笑いとばされていた。
第4話『無謀な賭け』
野球部の顧問・山田のつてで、強豪・帝仁高校との練習試合が決まった吾郎たち。吾郎のボールは帝仁選手たちの度胆をぬき、バットに当てることもできない。だが、田代が「清水がキャッチャーで公式戦は戦えない」とクレームをつけた。そこで藤井がキャッチャーに名乗り出たが、吾郎の剛速球はどうにも捕れそうにない…。
第5話『俺たちのグラウンド』
清水と藤井のプレーで、同点に追いついた聖秀。そこでまた、田代が清水と口論に。そのとき「もう無理にチームに入ってくれとは頼まない」と言い出す吾郎。「ではなぜ無謀な賭けをしたのか?」と顧問・山田が問うと、吾郎は自分の正直な思いをみんなに告げる。一方、吾郎の剛球を受けていた藤井の手には異変が起きていた…。
第6話『それぞれの選択』
グラウンドを完成させた吾郎たちの前に、突然、臨時コーチとして吾郎の父・茂野と横浜リトル監督・樫本が現れる。樫本が選手たちに有無を言わせずノックを始め、茂野は「やる気がないやつはやめろ」と言い放つ。それを聞いた藤井以外の6人は、グラウンドを去ってしまう。吾郎はそのあまりに無茶なやり方に抗議するが…。
第7話『突然の訪問者』
やる気を試した茂野のテストに、全員合格した聖秀の選手たち。翌年の春までに大会予選を勝ち抜けるチームにするため、茂野と樫本のコーチのもと、猛練習が始まった。そんなある日、グラウンドに見知らぬ少年が現れる。練習を見ていた少年に「草野球以下」だと言われて腹をたてる藤井。さらに少年は、吾郎に勝負を申し出る。
第8話『江頭の陰謀』
顧問・山田が決めてきた練習試合の相手は、あの海堂高校の2軍!試合前、海堂2軍監督・静香から「指揮をとる江頭の企みに気をつけろ」と警告される吾郎。相手ピッチャーは、昨年の海堂1軍エース・榎本の弟だ。1回裏、吾郎はいきなり海堂打線から連打をあびる。内山や藤井のエラーも出て、聖秀は早くもピンチになるが…。
第9話『エース不在』
海堂2軍との練習試合中のクロスプレーで足にケガをした吾郎。医師の診断結果は厳しいもので、全治3か月、夏の大会予選出場は絶望だという。吾郎のお見舞いに現れ、うわべは「お気の毒に」と言う江頭に対し、吾郎は自分の決意をキッパリと宣言する。また、ひとりで病院に向かった中村は、そこであるものを目にする。
第10話『伝染する闘志』
夏の大会予選の組み合わせが決定した。1回戦の対戦相手は強いとはいえない陽花。吾郎を温存しても勝てそうだと喜ぶ聖秀ナイン。そこに吾郎が現れ、一見、完全に回復したような速球を見せるが、顧問の山田は、1回戦の先発は大河にすると告げる。試合当日、くさっている吾郎を藤井たち無理矢理球場へ連れて行くが…。
第11話『手負いのエース』
予選1回戦。やる気のない大河の代打に出た吾郎、「自分をベンチに下げ、あと2回誰が投げるのか?」とふてくされる大河に、自分が投げると言う。負傷中にまともなピッチングができるのか疑う大河に、「できるかできないかじゃない。やるかやらないかのどちらかだ」と断言する吾郎。だが、相手は吾郎の状態を見抜き…。
第12話『三船戦開始!』
陽花戦が終わったあと「これ以上無理を続ければ選手生命は保障できない」と医師から警告された吾郎。顧問・山田が、茂野にも「試合に出さないでほしい」と頼まれたことを伝えると、吾郎は「わかった」と素直に引き下がった。しかし、2回戦の三船高校戦の日の朝、大河が球場に向かう途中、待っていた吾郎が言った言葉は…!
第13話『白熱!三船戦』
三船戦、4回裏。三船高校は積極的に攻撃に出て、セーフティバントにヒットエンドラン、小森の犠牲フライで手堅く1点を先取する。さらに山根の一打を浴び、大河はまた集中力が切れてしまう。5回表の聖秀の攻撃。先頭バッターの宮崎が粘った末、フォアボールで出塁。ツーアウト1、2塁になったところで打席には大河が…。
第14話『意地vs意地』
三船戦、6回裏、ノーアウトで2塁に小森。次の山根は意表をつくプッシュバント。さらに2塁へ向かった山根を見て、後を追いかけた藤井は山根をタッチアウトにとる。得意げな藤井、だが次の瞬間、ぼう然となる…。致命的な4点目を取られた聖秀は、8回表の上位打線に望みをかける。ツーアウト3塁で打席は藤井が立つが…。
第15話『フルスイング!』
三船戦、8回裏。ツーアウト満塁でバッターは4番・小森。絶体絶命のピンチで大河に代わり登板した吾郎の投げる球は、ケガの影響などみじんも感じさせなかった!あせる小森はわずかな可能性にかけてバントをするが、それを見た吾郎が小森にかけたことばとは? そして勝負の結末は!?
第16話『意外な再会』
3回戦でノーヒットノーランを達成した吾郎。その試合を見た横浜ブルーオーシャンズのスカウト・桂木は、球団の会議で吾郎のドラフト指名を提案するが、他のスカウトは吾郎の実父・茂治の事故死を理由に消極的。落ち込む桂木に、先輩スカウト・米田がアドバイスをする。そのころ綾音はあることを知るため、寿也のもとへ…。
第17話『投手戦!』
久里山戦で吾郎が書いたメンバー表は―1番吾郎、2番田代!?その吾郎と試合前に会った香取は、海堂の実技試験は「吾郎にではなく寿也に負けたのだ」と言い放つ。1回表、先頭打者・吾郎の打席。高速スライダーを狙っていると見抜いた唐沢は、抜いた球で打ち取った…つもりだったが、打球はフェンスギリギリまでのびて…。
第18話『ラストスパート!』
久里山戦終盤。投手戦の均衡が崩れ、7回裏の唐沢のツーランでついにリードされた聖秀。9回表ツーアウト、最後のバッター・山本はバントを試みるがポップフライとなり、パーフェクト達成か!?実は、山本は自打球を手に当ててしまい、ベンチに残った大河が代打となる。ところが、大河は、香取からあっさりとヒットを打ち…。
第19話『王者への挑戦』
いよいよ海堂戦間近。ハードな練習を強いる田代に反発する藤井だが、田代の「俺たちにできることをして、少しでも吾郎を助けてやりたい」という気持ちを聞き、練習を始める。一方、医師から通常の練習を禁止された吾郎は、足に負担をかけない調整法があると聞き、プールに出かけるが、そこで遊びに来ていた清水と出会う…。
第20話『隙なし!マニュアル野球』
ついに始まった海堂との決戦。1回表、海堂の先発・市原を甘く見て、三振する吾郎。田代が打った内野への打球も、ショート・泉が華麗な守備でアウトに。吾郎は、「自分たちの1年間が吾郎の1年間に負けるはずがないという、絶対的な自信がある」という寿也の言葉の意味を理解する。しかし、あくまでマイペースの吾郎は…。
第21話『寿也の秘策』
海堂の先発・市原の調子を乱そうとした大河だが、海堂の方が一枚上手だった。試合は0対1で海堂リードのまま、3回裏、草野が初ヒットで出塁する。またまたあっさり盗塁されてしまいワンアウト3塁。前回のバウンド投球はすでに読まれている。そこで吾郎と田代が取った作戦とは…?
第22話『真っ向勝負』
雨でリズムを崩した海堂・市原から、1点を返した聖秀。反撃は1点止まりだったが、市原に「これ以上失点したら即、降板だ」と告げる江頭。だが5回表、この日3安打目のヒットで大河が出塁。阿久津がブルペンに行くのを見て、焦る市原。それを知った寿也は、3番・吾郎を歩かせて田代との勝負を選ぶが…。
第23話『ギリギリの戦い』
抜け球を狙っていた寿也だが、田代に言ったひとことが吾郎の隠れた力を引き出した。抜け球を投げなくなった吾郎に、さすがの海堂打線も沈黙。一方の聖秀もナックルボールに手が出ず、試合は同点のまま投手戦の様相に。だが、7回裏、聖秀側の守備が乱れ、ノーアウト満塁のピンチ。バッター・渡嘉敷に出されたサインは…。
第24話『策謀の結末』
海堂高校を相手に、ついに1点リードした聖秀。そして海堂は、眉村を登板させる。打席に立つ吾郎は、眉村との勝負に燃えるが…。9回裏、聖秀の勝利まであと3人。追いつめられた海堂は、江頭が選手たちを責め、バント作戦の徹底を命じるが、寿也はその指示に逆らう。そんな寿也に、江藤は野球部からの除名を宣告する。
第25話『傷だらけのエース』
延長に入った海堂戦。だが、審判が「吾郎の足の状態によっては、登板を認めない」と告げる。控え選手のいない聖秀にとって、それは棄権を意味する。吾郎の姿を見かねて棄権しようという田代に、「海堂を倒すために自分がやってきたわがままの責任を、まだ果たしていない」と言う吾郎。それを聞いた山田監督は…。
第26話(最終回)『夢の舞台へ』
激闘12回、打倒海堂という吾郎の大きな挑戦は終わった。海堂高校は夏の甲子園で順当に優勝する。それをテレビで見ていた吾郎を、田代が夏祭りに誘い出す。藤井たち聖秀ナイン、そして清水といっしょに祭りを楽しむ吾郎。清水に進路をどうするか聞かれた吾郎は「足を治して、来年プロテストを受ける」と告げる…。