第1話『英霊召喚』
奇跡を叶える『聖杯』の力を追い求め、七人の魔術師が七人の英霊を召喚し、最後の一人になるまで戦いを繰り広げる究極の決闘劇……聖杯戦争。その聖杯戦争の開幕に先駆けて、各地で参加者たちが選別が始まった。８年前。ドイツにあるアインツベルン家の居城で、ひとりの女子の産声があがった。イリヤスフィールと名付けられた娘を抱く父親・衛宮切嗣もその一人であった。
第2話『偽りの戦端』
アインツベルンの森の中で戯れる切嗣と娘のイリヤスフィール。その微笑ましい様子を城から見つめていたセイバーは、召喚された時から、一度も口をきこうとしない切嗣の人柄を理解できずにいた。また、聖杯戦争の舞台となる冬木市では、7人目の英霊が召喚されようとしていた。
第3話『冬木の地』
遠坂邸に侵入したアサシンはアーチャーの猛攻の前に息絶えた。その事実は、使い魔を通じて各魔術師たちにも知れ渡ることに。また、英霊を失ったアサシンの魔術師・言峰綺礼は、戦いから離脱するため、聖杯戦争の監督を務める聖堂教会に姿を現す。
第4話『魔槍の刃』
倉庫街でランサーと対峙したセイバー。両者間の緊張が高まる中、闘いの火蓋が切って落とされる。英霊同士の戦いを初めて目の当たりにするアイリスフィールは、その壮絶さに圧倒される。一方、両者の戦闘を見張りつつ敵マスターの動きを探る切嗣と舞弥だが…
第5話『凶獣咆吼』
対峙するセイバーとランサーの前に、姿を現したライダー。突如として現れた介入者により、決闘を邪魔だてされたセイバーは憤りを感じていた。そんなことはつゆ知らず、ライダーは闇に紛れ戦いを監視する者たちへ呼びかける。彼らふたりの決闘に惹かれた英霊は、ライダーだけでは無かったのだ。
第6話『謀略の夜』
冬木市山中、月明かりが照らす道路を疾走する車が一台。意気揚揚と運転するのはアイリスフィール。そして、その運転に少々ひきつっているセイバー。そんなドライブ中の二人の前に、突如、怪しい人影が現れる。彼は、ある理由からセイバーに臣下の礼をとろうとするが、セイバーは全く身に覚えが無かった……
第7話『魔境の森』
聖杯戦争は重大な危機に見舞われていた。冬木教会に集まった使い魔たちを前にして璃正は、連続誘拐ならびに殺人事件の下手人である雨生龍之介とそのサーヴァントであるキャスターを討ち取るため、各々の戦闘を一時中断する旨を伝達する。また、殲滅を果たした者には褒章として、過去の聖杯戦争で使い残された令呪が寄贈されるという。
第8話『魔術師殺し』
アインツベルン城の各所で繰り広げられる攻防。魔力を込めた水銀を操るケイネスに対し、銃火器で応戦する切嗣。セイバーはランサーと共闘し、キャスターと彼に召喚された怪魔を殲滅すべく立ち向かう。一方、舞弥と共に城から離れていたアイリは、新手の侵入者の気配を察知していた。
第9話『主と従者』
切嗣たちの拠点で行われた攻防が収束を迎えた。ランサーに救助されたケイネス。目覚めると寝台に寝かされていることに気づいた彼は、許嫁のソラウから、自分の置かれた絶望的状況と、とある提案を聞かされる。一方、切嗣は、キャスター討伐を優先すべきというセイバーの進言を無視し、ケイネスを仕留めるべく、追撃を開始する。
第10話『凛の冒険』
冬木市で起きた連続殺人事件の犯人はいまだ見つからず、毎日のように子供がさらわれつづけていた。そんな中、時臣の娘・凛は、連絡が取れなくなった友人・コトネを捜しにひとりで夜の街へ出かける。商店街で子供を連れた不審な男を見つけた凛は、男の後をつけるが……。
第11話『聖杯問答』
切嗣が留守の折、彼らの拠点にライダーが乗り込んできた。正面から堂々とやってきたライダーに、警戒するセイバー。だがライダーは、王と呼ばれる者同士、一献交えようと申し出る。その場にアーチャーも現れ、王の名を冠する３人の英霊たちは酒を酌み交わしながら己の王道を語る。
第12話『聖杯の招き』
一人冬木市のホテルに潜みながら、各陣営の動向を追い続けていた切嗣。中でも、自分を追っていると思しき綺礼の動機が分からず、切嗣は苛立ちを募らせる。一方、アイリとセイバーは、市内の屋敷に拠点を移していた。日本風の家屋を興味津々で見て回るアイリ。セイバーは、そんなアイリの振る舞いに違和感を覚える。
第13話（第1期 最終回）『禁断の狂宴』
ライダーを連れて町に出たウェイバー。書店に入った彼は、ライダーの一生が書かれた伝記を手に取り、ライダーが東のはてをめざした理由を知る。一方、徹底的に破壊された工房に戻っていたキャスターと龍之介。龍之介との会話から新たな啓示を得たキャスターは、狂気に駆られるまま、ある魔術を行使しようとしていた。
第14話『未遠川血戦』
キャスターが召喚した巨大な海魔。新たな魔力源を得る前に排除しなければ、聖杯戦争の破綻どころか、冬木の、世界の危機となってしまう。ライダーの呼びかけによって、共闘することになったセイバー、ランサーら三人の英霊たち。しかし、無限再生を繰り返す不死の怪物を前に、セイバー達は苦戦を強いられる。
第15話『黄金の輝き』
キャスターが召喚した悪しき海魔と戦う英霊たち。その裏でもう一人、命を懸ける男がいた。間桐雁夜は遠坂葵や間桐桜の悲しみを生み出す原因になった｢魔術｣そのものに対する憎悪を遠坂時臣にぶつける。目の前の敵と対峙し、己が信念を貫くとき、それぞれの戦いに見えるものは……。
第16話『栄誉の果て』
キャスター討伐の褒賞として令呪を得ることに成功したケイネス。これにより、再び聖杯戦争への復帰が叶う―そう思ったのもつかの間、何者かによってソラウを人質にとられた事を知り、激しくランサーを罵倒する。主ケイネスに忠誠を誓い、騎士道を貫こうとすればするほど深まる溝にランサーは絶望する。
第17話『第八の契約』
徐々に脱落者が増え、大きく進展する聖杯戦争。頂点を極める緊張感は、残る者たちそれぞれの胸中を改めて見直させる。そして、家族への遺言を残す者…。秘密裏に接触を謀る者…。その中で、セイバーたちも、意外な人物からの申し出を受けることになる。それぞれの思惑は、聖杯戦争を更に佳境へと推し進める。
第18話『遠い記憶』
南国の小さな島に暮らす少年、ケリィ。家に閉じ込って不思議な研究をしている父、そしてその助手であり大好きな女の子シャーレイ。シャーレイは少年に聞いた。｢ケリィはさ、どんな大人になりたいの?｣これは少年ケリィこと、衛宮切嗣の原点の物語である。
第19話『正義の在処』
切嗣が選んだ『正義』は、まるで天秤のように代わりに大切なものを奪っていった。島を出てナタリアのもとで｢狩人｣として生きていく事を決めた衛宮切嗣は、様々な戦いの中に身を投じることになる。戦いの中で『正義』の残酷さに気が付きながらも、切嗣はまたナタリアと共に新たな戦いに向かう。
第20話『暗殺者の帰還』
佳境に近づく聖杯戦争。その影響は、聖杯の守り手であるアイリスフィールの身体に影響を及ぼしつつあった。アイリスフィールのもとを立ち去る切嗣は、かつて久宇舞弥と共に戦場に立っていた時の様な非情な表情へと戻る。一方、キャスターとの戦いで大幅に魔力を消費したライダーのため、ウェイバーはある場所へ向かう。
第21話『双輪の騎士』
アイリスフィールを必ず連れ戻す、と舞弥と最期の約束を交わしたセイバー。アイリスフィールを連れ去ったというライダーを追い、決死の表情でV-MAXを走らせる。一方、切嗣はこの状況に疑問を抱き、別の角度からアイリを追う。そこで、ある真相を知る。
第22話『この世全ての悪（アンリマユ）』
未だ、アイリスフィールの消息がつかめず、憔悴しきった表情で冬木市を探し回るセイバー。しかし切嗣はセイバーに見向きもしない。一方、戦う意義を得た綺礼は、切嗣を待ち受ける。第四次聖杯戦争の最後の一日が幕を開けようとしている。そんな気配を感じ取ったウェイバーもまた、決意を固める。
第23話『最果ての海』
綺礼が上げた狼煙を合図に、覚悟を決めた者たちが続々と集まる。ウェイバーと共に戦場に駆け付けたライダーの前には、アーチャーが立ちはだかる。英雄王と征服王。王者の戦いの火ぶたが切られた。時同じくして、セイバーもまた宿命の対決に挑むことになる。
第24話『最後の令呪』
バーカーサーの正体、そして己に向けられる憎しみを知ったセイバーは絶望に打ちひしがれる。戦意を喪失し、怨念に濡れた漆黒の剣を、ただ受け止めることしかできない。一方、綺礼と切嗣はついに正面から対峙する。たがいに一歩も譲らず、苛烈に生死を競いあう。
第25話（第2期 最終回）『Fate/Zero』
始まり(ゼロ)に至る物語、第四次聖杯戦争、終焉へ――