『GHOSTIN THE SHELL/攻殻機動隊』で全世界の注目を集めた押井守監督による期待の最新SFアニメ。2032年の日本。世の中は、人とサイボーグ(機械化人間)、そしてロボット(人形)の共存が進んでいた。同時に、テロが各地で続発している。そんな犯罪を取り締まる政府直属の機関・公安九課の刑事バトー。彼は、その体全てが造り物のサイボーグでありながら、純粋な部分としてわずかな“脳”と“素子”の記憶だけを残していた。ある日、暴走した少女型のロクス・ソルス社製愛玩用ロボットが所有者を惨殺する事件が発生。さっそく相棒トグサと共に捜査に乗り出すバトーだったが、その過程で彼の“脳”を攻撃する“謎のハッカー”の妨害に見舞われていく…。