第1話『ライディング･デュエル！アクセラレーション！』
武藤遊戯がいた時代から数十年後の童実野町。そこは貧富の差などから分けられた階級社会ネオ童実野シティへと変貌を遂げていたい。サテライトエリアにいる不動遊星はライバルであり、現在ライディング・デュエルのチャンピンであるジャック・アトラスのいるいるトップスエリアを眺めていた。あの場所に行き、目的を果たすと誓い。遊星の仲間であるラリーが、デュエルデスクの発展系であるＤ・ホイールの部品を手に入れ、遊星のもとにやってくる。受け取る遊星のもとに治安維持局のセキュリティが包囲するのであった。仲間のラリーをかばおうとする遊星はセキュリティにデュエルを挑むのであった。遊星とセキュリティの一人牛尾のライディング・デュエルが始まるのであった。
第2話『パワーインセクトデッキ！蟻地獄の罠』
サテライトの工場で働いていたナーヴやタカやブリッツたちの前にシティから来たという瓜生たちが絡んでくる。一方、遊星はジャックからあるものを取り返すためにＤ・ホイールの整備を行っていた。そんな遊星のところに瓜生に殴られらナーヴたちが戻ってくるのだが、瓜生たちも因縁をつけにくるのであった。そして遊星のＤ・ホイールをかけてデュエルをするようと強要する。遊星と瓜生のデュエル。瓜生はいきなり攻撃力2400の電動刃虫を召喚する。一方、遊星はシールド・ウォリアーを守備表示で召喚するのであった。
第3話『脱出！ニトロ・ウォリアーＶＳゴヨウ・ガーディアン』
ジャックのいるネオ童実野シティの中心部に向かう遊星。ラリーは自分の大切なカード「ワンショット・ブースター」手渡し、応援するのであった。唯一、ネオ童実野シティとサテライトを結んでいるパイプラインを目指して走る遊星の前にまたもや現れるセキュリティの牛尾。牛尾は特殊追跡デッキを用い、強制的にデュエルするのであった。時間内にパイプラインを突破しなければならない遊星に対してあえてスピードワールドの効果がうけられないゲートブロッカーを召喚する牛尾。その壁を突破するために遊星はスピード・ウォリアーを召喚し対抗するのであった・
第4話『運命の対決！立ちはだかるスターダスト・ドラゴン』
パイプラインを突破した遊星の前に立っているジャック。それぞれの思いを胸に遊星のエースカード「スターダスト・ドラゴン」をかけてライディング・デュエルを行うことに。観客のいないデュエル・スタジアムに対峙する遊星とジャック。静寂の中で２台のＤ・ホイールが動きだす。遊星はボルト・ヘッジホックを守備表示で召喚し、対してジャックはマッド・デーモンを召喚し、攻撃をしかける。
第5話『激突するエースドラゴン！スターダストＶＳレッド・デーモンズ』
ジャックは自分のエースモンスターである「レッド・デーモンズ・ドラゴン」を召喚し、さらに遊星のエースモンスターである「スターダスト・ドラゴン」をも召喚するのであった。追い込まれる遊星は反撃の糸口をさぐるべくバトルで破壊されないロードランナーを召喚する。デュエルだけでなく、言葉においても遊星を圧倒するジャックは２体のドラゴンで攻撃する。さらに追い込まれる遊星はトラップカード、『ハルモニアの鏡』を発動するのであった。
第6話『見てくれ！ワシの秘宝デッキ！』
捕らえられた遊星は治安維持局によって頬にマーカーをつけられる。そして収容所へとおくられる遊星。その護送車の中で矢薙という老人に出会うのであった。一方、ジャックはゴドウィンたちが昨晩の戦いを見ており、そしてその戦いの結末がジャックにとって信じられないことであることを知る。収容所についた遊星たちを待ち受けていたのは、氷室という元プロデュエリスト。いきなりデュエルを挑まれるもデッキをもっていない遊星は戦えず、矢薙と氷室がデュエルをすることに。矢薙は秘宝デッキを自慢げに見せながら、デュエルを開始するのであった。先行の矢薙は水晶ドクロを召喚するのだが。
第7話『カードにこめた想い！水晶ドクロＶＳ大牛鬼』
矢薙のカードをけなし、カードを踏みつけた氷室に対して、遊星は矢薙の秘宝デッキでデュエルを挑む。遊星と氷室のデュエル、氷室は攻撃力2000の地獄蜘蛛を召喚する。一方、遊星は水晶ドクロを召喚し、さらに速攻魔法「呪詛（のろい）返しのヒトガタ」発動、ダメージを氷室に与えるのであった。ダメージを食らった氷室は、遊星がデュエルを熟知していることを理解し、本気で攻める。牛鬼をリリースし、大牛鬼を召喚した氷室は遊星に大ダメージを与える。
第8話『満たされぬ魂 シグナーと伝説の竜』
治安維持局によって体を調べられる遊星。その目的は竜の痣の確認であった。そんな遊星の前に治安維持局長官のゴドウィンが現れる。一方、ジャックは赤き竜の伝説について知り、あえてゴドウィンに従い、キングとしてライディング・デュエルを行うことに。ジャックへの挑戦者は炎城骸という以前ジャックに負けたことがある男であった。打倒キングに燃える骸に対してジャックは、、、、
第9話『カードにかける思い 仕組まれたライトニング・デスマッチ』
ゴドウィンから遊星を調べるように言われた収容所所長鷹栖は、遊星の仲間となった氷室や矢薙をあえて痛めつける。そして、遊星を別の部屋に移すのであった。その部屋には青山という人物があり、収容所からの脱出をはかっていた。遊星を誘う青山。が、遊星は氷室と矢薙もともに脱出したいという。そんな遊星たちの前に鷹栖が現れ仲間を罵倒し、遊星を挑発するのであった。自由をかけデュエルをする遊星。が、鷹栖によってすべてのデッキを没収されてしまうのであった。果たして遊星は。。。
第10話『デッキ０（ゼロ） チェーントラップのループを破れ』
収容所の仲間たちが一枚ずつ渡してくれたカードで鷹栖と闘う遊星。卑怯な手を使う鷹栖はダメージをうけると電流が流れるデュエルを行うのだが、自分には電流が流れないようにしており、遊星だけが、ダメージを受けるたびに電流をあびるのであった。さらに鷹栖はポインズ・チェーンにより遊星のデッキ破壊を目論む。
第11話『特殊追跡デッキ再び 取り戻せ仲間との絆』
収容所から解放された遊星は氷室の紹介で雑賀という人物のもとを訪れる。遊星の目的はセキュリティによって奪われたデッキとＤ・ホイールを奪還することであった。雑賀と合流した遊星だったが、雑賀はセキュリティが管理する保管ビルに侵入するのはつかまるようなものだととめる。が、仲間との絆の証であるＤ・ホイールとデッキを奪還しにく遊星。が、そこにはやはり牛尾をはじめとしたセキュリティが待ち構えていた。
第12話『死闘追跡（デッドチェイス）！絆を紡げターボウォリアー』
Ｄ・ホイールとデッキを奪還した遊星だったが、牛尾がまたもや行く手を阻み、ライディング・デュエルを仕掛けられる。追い込まれた遊星を救ったのは雑賀だった。雑賀の導きで難を逃れるが、牛尾の追跡はさらに激しくなる。スピードスペル！ 装備魔法ラピッド・ショット・ウィング発動し、攻撃力をアップさせ、遊星にダイレクト・アタックをしかける牛尾。反撃に出る遊星だったが、牛尾がＤ・ホイールをぶつけてきて、思うように動くことができなかった。
第13話『ダイヤル・オン！うなれディフォーマーデッキ』
Ｄ・ホイールとデッキの奪還に成功した遊星だったが、激しいバトルのすえ、気絶してしまう。遊星を助けたのはトップスエリアに住んでいる双子の龍亞と龍可だった。目覚める遊星に対して質問ぜめの龍亞、慎重な龍可。龍亞は遊星がデュエリストであることを知り、デュエルしてほしいとせがむであった。助けてもらったこともあり、龍亞とデュエルする遊星。龍亞のデッキはディフォーマーデッキ。先行した龍亞はＤ（ディフォーマー）・モバホン』を張り切って召喚し、ディフォーマーのモンスター効果でマグネン・Ｕも特殊召喚するのであった。
第14話『現れるフォークロア破壊をもたらす「黒薔薇の魔女』
双子の龍亞と龍可に迷惑がかかると考えた遊星は雑賀のもとに向かった。そこで氷室と矢薙たちと再会する。再会を喜んでいた矢先、突然ジャックが現れ、スターダスト・ドラゴンのカードを受け取り、フォーチュンカップで俺と戦えというのであった。カードを受け取った遊星は。。。。
第15話『デュエル・オブ・フォーチュンカップ開幕 大空襲！！ジャイアントボマー・エアレイド』
ついに開催される「デュエル・オブ・フォーチュンカップ」。デュエルキングである「ジャック・アトラス」への挑戦権をかけて。第一試合は龍可ＶＳボマー。ところが龍可は出場せずに龍亞が変わりに出場することに。張り切る龍亞はＤ・フォーマー モバホンを召喚し、Ｄ・フォーマーデッキの力を見せつけようとする。一方、ボマーは。。。
第16話『魔女再来、破滅の竜「ブラック・ローズ・ドラゴン』
「デュエル・オブ・フォーチュンカップ」の次の対戦は謎の少女「十六夜アキ」ＶＳジル。心正しき鉄血の騎士であるジルはアキがダイモンエリアで恐れられている「仮面の少女」としるや、容赦なく攻撃をしかけてくるのであった。ジルの攻撃を平然と受け止めたアキはシンクロ召喚によって「ブラック・ローズ・ドラゴン」を呼び出すのであった。
第17話『炎のリベンジャー スピード・キング☆スカル・フレイム』
遊星が「デュエル・オブ・フォーチュンカップ」に登場。対戦相手は死羅という謎の男。ところがなんと、対戦相手は打倒キングに燃える炎城ムクロだった。ムクロは対キング用に組んだスピードアクセルデッキで遊星に挑み、「デス・アクセル」を発動させる。受けてたつ遊星は・・・・。
第18話『古の森 精霊世界への誘い』
主催者レクス・ゴドウィンはある人物がシグナーかどうかを確かめるために敗者復活戦を行う。指名された龍可は強制的にデュエルをすることに。対戦者はデュエルカウンセラーのフランク教授。龍可は妖精デッキを使って戦うが、フランクは龍可の深層心理を探るようなデュエルを展開し、過去の出来事に迫り追い込んでいく。
第19話『汚染される精霊世界 悪なる意志 超魔神イド』
龍可をデュエルモンスターズの精霊世界に行かせることで、シグナーとして覚醒させようとするフランク教授。フランクの深層心理をついたデュエルは、龍可を精霊世界に誘い精霊の声を聞くことになる。それは精霊世界に起こっている衝撃の事実だった。
第20話『譲れない想い 我が使命は故郷と共に』
準決勝、第一試合は「遊星ＶＳボマー」に決まった。遊星とボマーはそれぞれの信念を持ち、激しいデュエルを繰り広げる。そして、ボマーは「ジャイアント・ボマー・エアレイド」を使い遊星に挑む。ボマーは遊星をギリギリのところまで追いつめる。果たして、２人の戦いの行方は・・・。
第21話『復讐のボマー 悲しみのトラップ チャリオット・パイル』
＜遊星ＶＳボマー後編＞それぞれの故郷をかけたライディング・デュエル。ボマーはジャイアントボマー・エアレイドを召喚し、モンスター効果で遊星を追い込む。遊星はボマーの戦略を読み、伏せカードをセットして、反撃のチャンスをうかがう。遊星の戦略を読んだボマーは遊星にダイレクトアタックを行い一気に勝負にでるのだが。。。。
第22話『暴かれる過去 デュエルプロファイラーVS黒バラの魔女』
準決勝の2回戦は十六夜アキVSプロファイラー来宮。来宮はアキの十六年間の記録をもとに十六夜アキをいたぶる作戦にでる。デュエルすることで破壊を行ってしまう力を忌みきらうアキは幼いころからの出来事を読み上げる来宮に対して冷静に対処しようとするのだが。
第23話『決勝戦、仮面の奥に隠された心』
デュエルキングのジャック・アトラスとの対戦者を決める最終戦。遊星ＶＳ十六夜アキ。遊星は前の試合で、アキのデュエルは拒絶と怒りだけではない別の感情があると感じていた。その真意を確かめるべく、決戦に向かう遊星。一方、アキは忌むべき印である竜の痣を持つ遊星を倒し、自分を保護するアルカディア・ムーブメントの理想をこの世に知らしめるために戦うと告げるのであった。
第24話『ヴィクテム・サンクチュアリ 破壊を包む星となれ！スターダスト・ドラゴン』
＜遊星ＶＳアキ 後編＞十六夜のもうひとつの感情が「破壊を楽しむ」ということを知る遊星。アキの破壊行為を防ごうとジャンク・ウォリアーを召喚し、反撃にでるのだが、十六夜はそのジャンク・ウォリアーをモンスター効果でコピーし、ブラック・ローズ・ドラゴンを召喚する。ブラック・ローズ・ドラゴンに対抗するために遊星はついにスターダスト・ドラゴンを呼び出す。対峙する2体のドラゴンは、、、
第25話『フォーチュンカップ ファイナル！孤高のキング ジャック・アトラス』
十六夜アキとの戦いに勝利した遊星。だが、デュエルスタジアムは壊滅的な被害にあい、大会が続行できる状態ではなかった。遊星は大会中止を進言するためにゴドウィンのもとに向かう。そこで遊星を待っていたのはジャックだった。ジャックはゴドウィンがこの大会を開催した真の目的を告げる。
第26話『シグナーたちの運命！赤き竜が導く未来！』
＜遊星ＶＳジャック 後編＞ジャックはレッド・デーモンズ・ドラゴンを召喚し、遊星のジャンク・ウォリアーを破壊する。追い込まれた遊星はハイバー・シンクロンを使ってシンクロ召喚を行い、スターダスト・ドラゴンを召喚。対峙する２体のドラゴン。遊星の攻撃をかわしたジャックがレッド・デーモンズ・ドラゴンでスターダストドラゴンを攻撃したとき、再び赤い竜が出現し、デュエルスタジアムを包み込むのであった。
第27話『光なき世界 ダークシンクロ 氷結のフィッツジェラルド！』
ジャックをやぶり、ニューキングとなった遊星。殺到する取材陣から逃れるために矢薙たちと地下通路からスタジアムを脱出する。ニューキングの取材に失敗した新聞記者カーリーは、ゴドウィンへの取材を試みるが煙に巻かれてしまう。何も情報を得ることができずにいたカーリーは、ジャックのいる病院を目指すのであった。雑賀のアジトに身を潜める遊星の前に突如、謎の痣を持つ男が現れる。一方、サテライトにおいても。。。。
第28話『すべてを呑みこむ闇 不滅のダークシグナー』
謎の蜘蛛の痣のある男とデュエルする遊星。蜘蛛の痣をもつ男はダーク・チューナーを召喚し、ダークシンクロを行う。そして、氷結のフィッツジェラルドを召喚し遊星に遅いかかるのであった。魔法・罠カードを発動できない遊星は、一方的に攻撃され追い込まれる。このデュエルに偶然遭遇した新聞記者カーリーは、スクープをゲットできるチャンスが到来したと喜ぶのだが。
第29話『迫りくる脅威！ダークシグナー牛尾！？』
ゴドウィンのもとに向かった遊星。一方、カーリーは「ロード・オブ・ザ・キング」の完成披露試写会の会場に向かうのであった。そこでカーリーはジャックがサテライト出身であるということを聞き、その事実を確かめるためにジャックのいる病院へ向かう。ジャックは病院で療養していたが、そのジャックのもとに、、、、
第30話『わが名はクロウ！飛べブラック・バード』
クロウはセキュリティ保管庫からカードを盗んで逃走し、追跡してくるセキュリティと強制的にライディング・デュエルを行う。セキュリティが防御を固めるのに対し、クロウはブラックフェザーシリーズのモンスターを召喚する。一方、遊星はゴドウィンからダークシグナーに関する新たな真実を聞かされる。
第31話『故郷と仲間 再会のタッグ・ライディング！』
クロウと再会した遊星。再会を喜ぶ二人は、ラリーたちのもとに急ぐのであった。一方、ジャックは一人街に飛び出してしまう。ラリーたちのもとに着いた遊星とクロウだが、そこにセキュリティがクロウを追って再びやって来る。遊星とクロウはタッグを組み、セキュリティとライディングデュエルを展開する。
第32話『自由の象徴 ダイダロスブリッジ』
クロウのアジトであるダイダロスブリッジで落ち合う遊星・クロウ・そしてラリーたち。クロウは子供たちにダイダロスブリッジの伝説の男の話をしてあげる。一方、街ではナスカの地上絵が消滅するという不可解な事件が起こっていた。遊星はダークシグナーのもとに向かうべく、サテライトの奥地であるＢ．Ａ．Ｄエリアを目指すのであった。
第33話『復讐の劫火！ かつての友 鬼柳京介』
ダークシグナーと対峙する遊星。そのダークシグナーとはかつての仲間「鬼柳京介」だった。サテライトに突如現れた炎の地上絵。その地上絵がライディング・デュエルの舞台となり、遊星と鬼柳はデュエルを始めるのであった。
第34話『ダークシンクロ！いでよワンハンドレッド・アイ・ドラゴン』
遊星ＶＳ鬼柳。シグナーとダークシグナーの命を賭けた戦い。かつて遊星・ジャック・クロウ・鬼柳はサテライト統一を目指したチームの仲間だった。だが、鬼柳はダークシグナーとなり遊星の前に現れる。そして、鬼柳はエースモンスターである「ワンハンドレッド・アイ・ドラゴン」を召喚し、コンボを炸裂させ、遊星を追い詰めるのであった。
第35話『戦慄！ 地縛神コカパク・アプ』
遊星ＶＳ鬼柳。遊星は鬼柳の「ワンハンドレッド・アイ・ドラゴン」のコンボを攻略すべく、スターダスト・ドラゴンを召喚し、必殺コンボを炸裂させる。だが、余裕の笑みの鬼柳は、あるカードをかざすのであった。そのカードとは、、、、、
第36話『勇気と力をドッキング！シンクロ召喚！パワー・ツール・ドラゴン』
鬼柳との戦いに負傷した遊星は、マーサのいるホームへと運ばれる。一方、龍亞はシグナーたちは協力しあってダークシグナーと戦うべきだと主張し、アキのいるアルカディアムーブメントのもとに向かうのであった。そしてアキの保護者であるディヴァインに事情を説明する龍亞だったが、、、
第37話『潜入！アルカディアムーブメント 私のターンなんだから！』
ジャックがゴドウィンの所に戻ってしまい、カーリーはジャックとの関係が切れないように必死になって、ジャックに関わる情報収集に励むのであった。そして、十六夜アキがいるアルカディア・ムーブメントについて調べていた時、美人モデルのミスティに関する資料を発見してしまう。ミスティのもとを訪ねたカーリーは衝撃の事実を知ることに。。.
第38話『蘇りし魂 燃えさかる新たなジオグリフ』
アルカディア・ムーブメントを訪れたカーリーは、様々な秘密を知ってしまいディヴァインとデュエルを行うことに。彼のサイコ・パワーによりビルから転落するカーリー。その時、激震が走りハチドリの地上絵がアルカディア・ムーブメントのビルを中心に出現する。そして、ダークシグナーとして蘇ったカーリーは再びディヴァインのもとに現れ、決闘を挑むのであった。
第39話『降臨！２体の地縛神』
アキのもとに訪れたのはダークシグナーとなったミスティだった。アキと命をかけたデュエルを展開するダークシグナーのミスティ。アキはブラック・ローズ・ドラゴンを召喚し、それに対抗するミスティは地縛神コカライアを召喚する。そしてミスティは、アキへ復讐の理由を告げるのであった。
第40話『戻れない過去 閉ざされた心の扉』
病院に担ぎ込まれた十六夜アキ。意識不明のアキを心配し両親が病院に駆けつけるがアキの意識は全く戻らない。ジャックの進言でアキの父親は遊星をサテライトから連れて来る。そして、遊星がアキのもとに行くと竜の痣が光り、アキは意識を取り戻すのだが。
第41話『悲しみ故の憎悪！ 受け止めろスターダスト・ドラゴン』
遊星ＶＳアキ。アキはブラック・ローズ・ドラゴンを召喚し、装備魔法「憎悪の棘」を発動させ、遊星のライフとスターダスト・ドラゴンの攻撃力を削る。遊星は痛みに耐え、アキに「帰る場所はある」と訴え続けるが、アキの力はますます増していく。
第42話『集結！赤き竜の戦士たち！』
ゴドウィンの屋敷に集まる遊星、ジャック、アキ、龍可、龍亞。ゴドウィンはシグナーである彼らに「シグナーとしての宿命が一人一人の運命を結びつけ、導いている」と語りかけるのであった。そして、遊星とジャックがスターダスト・ドラゴンをかけて戦ったのは赤き龍によって導かれたと・・・。
第43話『それぞれの決意 心から信じられるもの』
ゴドウィンとの会談後、かつての仲間だった鬼柳がダークシグナーになったことを思い悩む遊星。一方、サテライトではクロウがダークシグナーを倒すために最深部に進入しようとしていた。そこでクロウはイェーガーと遭遇する。イェーガーの企みを確認する為にデュエルへと突入するのであった。
第44話『神風を巻き起こせ！ブラックフェザー・アームズ・ウィング』
クロウＶＳイェーガー。イェーガーはシンクロ召喚封じを行い、さらにジェスター・コンフィのモンスター効果で相手モンスターの召喚を無効にする。追い込まれたクロウは、速攻魔法リロードを行うことでカードを2枚ドローし、不敵な笑みを浮かべカードを一枚伏せるのであった。
第45話『対決！蜘蛛の痣をもつ男』
牛尾が運転するヘリでサテライトに向かう遊星、ジャック、アキ、龍亞、龍可、深影。マーサのもとにたどり着き再会を喜ぶ。しかし、クロウとラリーたち4人が行方不明であることを聞き緊迫するシグナーたち。一方、牛尾は深影のことが気になってしょうがなく、深影のもとに向かう。そんな彼らのもとに怪しい影が落雷とともに現れるのであった。
第46話『１７年前の真実 隠されたダークシグナーの罠』
ダークシグナーのボスである「ルドガー」と対決する遊星。遊星とルドガーが戦う地上絵の中にマーサハウスの子供が入ってきてしまい、遊星は子供達を救い出そうとするが、ついにルドガーは地縛神を召喚してしまう。子供達の魂を地縛神に吸収されそうになった時、ジャックが現れなんとか子供達を救出するのだが、、、
第47話『猿の地上絵の痣をもつ男 』
マーサとラリーがダークシグナーの犠牲になり悲しむ遊星たち。だが、ダークシグナーを倒せば彼らは蘇るのではないかという希望を胸に、遊星たちは決戦の地に向かう。その時、ダークシグナーは旧モーメントを制御している4つの制御装置にそれぞれが待ち受けていた。そして、龍亞と龍可はエンシェント・フェアリー・ドラゴンのカードをもつディマクのもとに向かう。その道中で、龍可は。。。。
第48話『マイナスワールド 白き獅子レグルスを探せ』
精霊の世界に迷い込んだ龍可。そこはすべてのものが、反対に動く世界だった。エンシェント・フェアリー・ドラゴンが教えてくれたしもべであるレグルスを探す為に街をさまよっていると、精霊を捕獲している兵士に出会い追われることに。一方、龍亞は龍可の代わりにダークシグナーであるディマクと命をかけたデュエルを行っていた。相手の戦略を考え、何とか凌ぎきる龍亞だったが。
第49話『マイナスをつかさどる王 猿魔王ゼーマン』
やっとレグルスに会うことができた龍可。だが、レグルスの足には「カースド・ニードル」がついており、龍可の言葉の意味を反対に受け取り、襲い掛かってくるのであった。一方、ディマクと戦う龍亞はエースモンスターであるパワー・ツール・ドラゴンを召喚し、パワー・ツール・ドラゴンの効果を使い、何とかディマクの攻撃を防ぐのだが。。。。
第50話『マイナスの呪い 捕らわれたエンシェント・フェアリー・ドラゴン』
精霊世界で、レグルスと共に猿魔王ゼーマンのもとに向かった龍可。龍可達は知恵を絞り、なんとか猿魔王ゼーマンのもとからエンシェント・フェアリー・ドラゴンを解放しようとする。一方、同時刻の現実世界では、龍亞はディマクが召喚した猿魔王ゼーマンの攻撃を凌ぎディマクを倒すがその時、ディマクはついに地縛神クシルを召喚してしまう。
第51話『転生せよ！ 限界突破のライディング・デュエル』
ダークシグナーであるディマクを倒した龍可は無事エンシェント・フェアリー・ドラゴンの解放に成功するのであった。一方、生死不明だったクロウはＢＡＤ付近で無事生きていたが、クロウが世話をしていた村の子供たちはみんな姿を消していた。そして、ダークシグナーに対して怒り心頭のクロウはダイダロスブリッジから見える巨人の塔を目指すのであった。
第52話『カードが紡ぐ想いの果てに』
クロウＶＳダークシグナー・ボマー。二人の戦いを止めにきた遊星。だが、遊星に対してクロウはこの復讐の闘いを続けさせてくれと懇願する。その理由とは幼きころ、孤独なクロウに文字の読み書きや戦略などを教えてくれたのはデュエルモンスターズのカードであり、またこのカードが友達を増やしてくれたと。そんなつらい思いは子供たちにさせたくないという思いから子供たちに接してきたクロウ。その子供たちを消したダークシグナーは許せないと。
第53話『吹きすさべ嵐 ブラックフェザー孤高のシルバー・ウィンド』
ダークシグナー・ボマーはダークシンクロモンスター「ダーク・フラット・トップ」を召喚させ、ジャイアント・ボマー・エアレイドを復活させるのであった。追い込まれるクロウだったが、トラップカード「ブラック・フェザー・バックフラッシュ」でモンスターを全破壊するのであった。だが、ついにボマーは地縛神「チャク・チャルア」を召喚する。
第54話『ラストデュエル！チームサティスファクション』
遊星と鬼柳の決着をつける戦いがはじまる。鬼柳は前回同様にハンドレスコンボを狙ってインフェルニティと名のつくモンスターで攻撃してくる。一方、鬼柳を救うために戦うと決意した遊星。チーム・サティスファクションに起こった忌まわしい事件が二人を戦いに導いているのであれば、必ず鬼柳を救えると信じて遊星は戦うのであった。
第55話『仲間達の想い、救世竜セイヴァー・ドラゴン』
遊星はチームサティスファクション時代の誤解を解き、鬼柳を救おうと必死に戦うが、鬼柳はそんな遊星をあざ笑うかのように地縛神コカパク・アプを召喚するのであった。スターダストドラゴンで対抗する遊星。一進一退の攻防を繰り広げる遊星と鬼柳だったが、、、、
第56話『１７年前の誓い モーメントが導く運命』
鬼柳を倒した遊星は、ダークシグナーのボスであるルドガーがいる旧モーメントへ向かうのであった。ルドガーと対峙した遊星。ルドガーは遊星の父親である不動博士との決着をつけるといい旧モーメントエネルギーが吹き出る場所で戦いを挑んでくるのであった。
第57話『心の闇 残された最後の希望』
遊星ＶＳルドガー戦の後編。ルドガーは地縛神ウルを召喚し、遊星を追い込む。ライフを削られ追い詰められていく遊星に、ルドガーは冥土の土産にと、遊星の父・不動博士とルドガーの間で起こった旧モーメントをめぐる悲劇を語るのであった。
第58話『その先にある運命！地獄の覇者ダークキング』
対峙するジャックとカーリー。カーリーの真意を確かめたいジャックに対して、運命に従い、命をかけて闘えと迫るカーリー。ついに二人のデュエルが始まる。しかしジャックは、モンスターも召喚せずカードを伏せる事なくターンを終了するのであった。
第59話『孤高の光 セイヴァー・デモン・ドラゴン』
ダークシグナーの呪縛から解放したいと願うジャックは、トラップカードの効果の選択をカーリーに託す。その思いが通じ、正気をとりもどしたかに見えたカーリーだったが、地縛神の邪悪な力により、闘いは続く。ジャックは意を決して、レッド・デーモンズ・ドラゴンを召喚する。
第60話『サッド・ストーリー～悲しみの記憶～』
アキＶＳミスティ 『蜥蜴の塔』に向かうアキ。待ち受けていたミスティはアキに過去の悲劇を語りはじめる。一方、アキを追っていた遊星は、セキュリティを名乗る男と遭遇する。
第61話『真実の果てに』
十六夜アキをマインドコントロールし、ミスティとデュエルを行わせるディヴァイン。遊星は阻止すべく、ディヴァインと対峙する。その戦いの中、遊星はある真実を気付くのであった。その真実とは。。。
第62話『最後の戦い！２つの神をもつ男』
サテライトにある旧モーメントから「冥界の王」が出現し、シティを目指して動きだす。一方、遊星たちは『赤き龍』の導きにより、レクス・ゴドウィンのもとに向かうのであった。「シグナーとダークシグナー」の二つの力を得たレクスは「冥界の王」を迎える儀式としてシグナーを生贄にするライディング・デュエルを行うと宣言する。ついに遊星・ジャック・クロウＶＳレクスの３対1のデュエルが始まるのであった。
第63話『最強の地縛神！ウィラコチャラスカ！』
遊星・ジャック・クロウVSレクス。遊星たちは、攻撃をチェーンさせ、三人の力を合わせて攻める。レクスは太陽龍インティと月影龍クイラを巧みに使い、攻撃をかわすのであった。ついに地縛神ウィラコチャ・ラスカを召喚したレクスは。。。。
第64話『オレたちの未来へ！』
レクスが召喚した地縛神ウィラコチャ・ラスカの攻撃で、ジャックまでもが戦線を離脱することに。二人の思いを引き継いだ遊星はレクスと真っ向勝負を挑むが、地縛神の効果によりライフを「1」にされてしまう。勝利への希望捨てず戦う遊星は。。。。
第65話『新たなる脅威』
ゴドウィンとの戦いから半年後、シティとサテライトは一つになり、復興作業が進んでいた。遊星たちは１年後に行われる「ワールド・ライディング・デュエル・グランプリ」を目指し、マシンの開発をしていた。平和な日常を楽しむ遊星たちの所に、謎のD・ホイーラー「ゴースト」が出没し、次々とD・ホイールを破壊していると噂が舞い込む。捜査の協力を仰ぐ深影と牛尾に対して遊星たちは。。。。
第66話『進化の証 シンクロモンスター』
謎のD・ホイーラー「ゴースト」の正体を突き止めるためにライディング・デュエルを行う遊星。５体の合体モンスター「機皇帝ワイゼル」を召喚し、攻撃をしかけてくるゴーストに対して、スターダスト・ドラゴンで対抗するのだが。。。。。
第67話『デュエルアカデミアの伝統！アンティーク・ギアゴーレム』
龍亞と龍可はデュエルアカデミアの小等部に通っている。そんな彼らのクラスに危機が迫っていた。成績の低い龍亞たちのクラスを閉鎖し、クラスメイトたちを退学させると教頭が宣言したのである。一方、遊星の前に謎の男が現れ、修理の依頼をするのであった。その依頼内容とは。。。
第68話『老人の記憶 くず鉄ファミリーデッキ』
久しぶりに旧サテライトエリアに向かう遊星・ジャック・クロウ。マーサとの再会を喜んでいたが、ある頑固な老人「鉄蔵」の話を聞く。鉄蔵は遊星たちを家に近づけないように様々なトラップを仕掛ける。その理由とは。。。。
第69話『脅威！ローントークン地獄』
１年後に開催される『ワールド・ライディング・デュエル・グランプリ』を目指し地道に働く遊星とクロウ。ジャックは働かずに余裕な態度をとってた為、怒ったクロウはまじめ働く少年「マルコ」を見習えと攻め立てる。奮起したジャックは働き始めるのだが。。。。
第70話『神隠しの森 スリーピービューティー』
龍亞・龍可・天兵は探検遊びをしにある森に来ていた。その森は「神隠し」が起こると噂されている森で、龍可は謎の声を聞き行方不明になってしまう。必死に龍可を探す龍亞。天兵から事情を聞いた遊星も森に向かい龍可を探すのであった。森をさ迷っていた龍可はある少年に出会う。その少年とは。。。
第71話『捕らわれた遊星』
遊星はワールド・ライディング・デュエルGPを目指すライバルチームに拉致される。行方がわからなくなった遊星を必死になって探すアキたち。遊星が捉えられているトレーラーを発見し救出しようとするが、トレーラーが暴走してしまう。そこに謎のDホイールが現れる。その正体とは・・・。
第72話『風の中にあるもの』
遊星を助けた謎のＤホイーラーはシェリーという女性だった。彼女の目的も遊星を仲間に入れることである。ライディングデュエルを行う遊星とシェリー。一進一退の白熱した戦いを繰り広げる。一方、その戦いを真近で見ていたアキはライディングデュエルのすごさを体験し、魅了されるのであった。
第73話『シンクロ召喚を封じた先に･･･』
遊星は以前戦ったゴーストの事を思い出し、ジャックにデュエルを申し込む。遊星はシンクロ召喚を使わないで戦う方法を模索するが、ジャックに敗戦してしまう。そこに、思い悩む遊星を見つめる覆面の男。その男の目的とは････。
第74話『さらなる進化！アクセルシンクロ』
遊星の前に現れた謎の覆面Ｄホイーラー。シンクロ封じを使う敵に対して己の限界を超えろといい、デュエルを挑んでくる。スピードを上げ、高速でのライディングデュエルを行う覆面Dホイーラーは究極のシンクロ”アクセルシンクロ”を行うのであった。
第75話『十六夜アキ アクセラレーション！』
遊星とシェリーのライディングデュエルを体験したアキは「ライディングデュエル」に魅了され、ライセンスを取得することを決意する。必死に練習するアキをサポートする遊星。そして、徐々にコツを掴んだアキはライセンス取得テストに向かうのであった。遊星たちはアキに新しいD・ホイールをプレゼントする。
第76話『誇り高きデーモン・カオス・キング』
D・ホイール窃盗団が出没するようになったネオ童実野シティ。ジャックが窃盗団と思い捕まえた人間はセキュリティの潜入捜査官であった。自分のミスで潜入捜査官に怪我を負わせてしまった思いから、一人窃盗団のもとに向かうジャック。だがジャックを待ち構えていたものは。。。。。
第77話『登場！スーパーエリート転校生』
新たな石版がネオ童実野シティに届いたのをきっかけに、ルチアーノはデュエルアカデミアに転校してきた。ルチアーノの狙いは、龍可のエンシェント・フェアリー・ドラゴンを奪うことだった。そして、龍可に親しく話しかけるルチアーノを警戒する龍亞は････。
第78話『甦る悪夢！機皇帝スキエル』
龍亞と龍可が戦っていた相手はなんと「ルチアーノ」だった。さらに驚くことに「ルチアーノ」は機皇帝スキエルを召喚したのである。龍可が召喚したエンシェント・フェアリー・ドラゴンを吸収する機皇帝。追い詰められる龍亞と龍可は・・・・・。
第79話『まだ見ぬ世界へ』
ジャックとクロウは、遊星が開発しているニューエンジンのことを案じていた。それは思うように進まず、開発できなければWRPGで苦戦を余儀なくされることを意味していた。そして、二人は遊星のことを本当に理解しているのかと思い巡らせる。ルドガーとの戦いで、抱えている悩みを露呈した遊星。彼の「心の闇」を本当に受け止めてやれているのか・・・。そんな時、三人のもとにある知らせが届く。
第80話『謎のスーパーメカニック』
牛尾と深影から食事の招待を受ける遊星とジャック、クロウ。牛尾たちのらしからぬ行動の真意を問い詰めると、頼みがあると切り出してきた。それは、記憶を失った青年の面倒をしばらく見てほしいというものであったが、遊星とジャックは即座に断った。その場をあとにして、地下駐車場にやってくると、ジャックのDホイールを勝手にいじっている謎の男を見つける。・・・その男の正体とは？
第81話『イェーガー捕獲作戦！』
苦心して作り上げたプログラムをイェーガーに盗まれてしまった遊星達は、プログラムの奪還を誓う。一方、イェーガーはプラシドと連絡を取っていた。プラシドはイェーガーにプログラムを届けるよう命じる。不本意ながらも命令に従い、治安維持局を出るイェーガー。だが、遊星達に追われている事に気付いたイェーガーは行き先を変え、遊星達と対峙するのだが・・・・・・。
第82話『不動遊星 敗北確率１００％！』
イェーガーを追って、廃工場に潜入した遊星。そこで、プラシドの仕掛けた罠によって、遊星の戦績をインプットされたガードロボとデュエルをすることに。遊星は、必死に攻撃を仕掛けるものの、過去のパターンから手の内を読まれ、次々とかわされてしまう。そんな中、時限爆弾のタイマーが作動し始める。追い詰められる遊星は・・・。
第83話『容疑者！？ジャック・アトラス』
イェーガーの協力とスターダスト・ドラゴンの力でガードロボを倒し、廃工場からの脱出に成功する遊星達。辛くも危機を乗り切った遊星達であったが、ある朝、セキュリティの来訪を受けたジャックは何のことか解らないまま本部に連行されてしまう。深影と牛尾の元を訪れた遊星達は、信じられない映像を見せられる。そこにはジャックのホイール・オブ・フォーチュンに乗り、レッド・デーモンズ・ドラゴンを操るＤ・ホイーラーが次々と他のＤ・ホイーラーを大破させている様子が映し出されていた。それを見た遊星達は何かを思い出すのだが・・・・・・。
第84話『もう一人のジャック』
自らの汚名を返上するために、治安維持局から脱走したジャック。そして、偽ジャックと対峙し、激しいデュエルを繰り広げた。しかし、一瞬の隙を突かれ、偽ジャックに敗北してしまう。ジャックの安否を気遣う遊星たちは、カーリーの取材からジャックのホイール・オブ・フォーチュンが２台あったことをつきとめ、ジャックの偽者の存在を知る。偽ジャックの正体は何者なのか！？遊星たちは偽ジャックを見た現場に向かい、「トラスト・ガーディアン」のカードを見つける。これは本物のジャックに持たせたはずのカード・・・。彼はどこへ・・・？そんな一同の想いを嘲笑うかの如く再び偽ジャックがハイウェイに姿を現すのだった！
第85話『ポッポタイムの古時計』
カラクリ時計を見上げてため息をつくゾラ。町内の会合で、止まったままのカラクリ時計を新しいものに変えることが決まってしまったのだと言う。そんな折、遊星たちのガレージにゾラの息子レオが現れた。父の作った時計を直すため、修行の旅から帰ってきたというが、どうも様子がおかしい。ゾラのもとに行き、時計を直してやると大見得を切るレオをゾラは冷たく追い返す。その理由とは・・・。
第86話『クラッシュタウン』
荒野の中を遊星のＤホイールが疾走する。やがて、デュエルディスクが縛りつけられている墓標のような杭を見つけた。その時、赤いスカーフをした男達に追われている作業員達を目撃した遊星は、彼らの前に飛び出した。「この町じゃデュエリストは大歓迎だ」と言われるが、遊星は心の中で『俺は友を取り戻すためにやってきた！』と言い放つ。
第87話『鬼柳救出！さまよえる決闘者（デュエリスト）の街』
暴力と無法、そしてデュエルに支配されているクラッシュタウン。その町はマルコムとラモンの二大勢力が牛耳っている。そのラモンに雇われ、生気のない瞳で黙々とデュエルをしていたのは鬼柳だった！そんな鬼柳の姿を見て衝撃を受け、何とか彼を救おうと考えた遊星は、あえて鬼柳と敵対している側に雇われる。そして、バーバラと共にある作戦を立て、遊星自身が鬼柳とデュエルを行うことに。大勢の人々の見守る中、ついに遊星と鬼柳のデュエルが始まる！！
第88話『勝利の先にある罠』
ラモンやマルコムを始め、大勢の人々が見守る中、遊星と鬼柳のデュエルが続く。鬼柳は遊星に負けることでデュエルから解放されることを望んでいた。だがデュエルを裏切れない鬼柳は、エースモンスターである「インフェルニティ・デス・ドラゴン」を召喚し遊星に迫ってくる。一方、遊星は何とかこの状況から鬼柳を救い出す作戦を決行するために、必死にデュエルを続ける。そして、ついに遊星は鬼柳を倒すのだった。隙をついて作戦を決行しようとしたその時、仲間のはずのバーバラが不審な行動をとるのだが・・・！？
第89話『ガトリング・オーガの恐怖』
バーバラにショックガンで撃たれて身動きのとれない遊星。実は、バーバラの正体はマルコムの仲間だったのだ。鉱山に送られてしまった遊星たち。機転を効かせ鬼柳と共に脱出するが、デュエルに敗れ鉱山に送られて亡くなった人たちの墓地を目にする。全て自分のせいだとショックを受ける鬼柳。そこへウェストとニコが現れた。２人の父親も鉱山に送られたことを知り、皆の救出を決意する遊星。しかし追ってきたロットンがその前に立ちはだかる！
第90話『死闘のライディングデュエル』
鉱山へ向かおうとした遊星の前にロットンが立ち塞がりデュエルが始まる。鬼柳に連れられたウェストとニコは、偶然、父親・セルジオと再会し共に鉱山脱出を試みる。執拗に追いかけてくる監視員によって絶体絶命のピンチに陥るが、お互いの力を合わせて何とか切り抜ける。その中でセルジオの語る言葉に何かを感じる鬼柳。一方、遊星とロットンのデュエルは一進一退の攻防戦を繰り広げていた！！
第91話『タッグデュエル 鬼柳・遊星VSロットン』
セルジオの犠牲によって、ピンチを脱する鬼柳達。父親の死を目の当たりにしたニコ、ウェストを励ましながら鬼柳は追手を振り切り、遊星と合流する。だが、ロットンによって遊星と鬼柳は険しい崖下へと突き落とされてしまう。そして、ロットンは兄であるマルコムを陥れ、バーバラと共にタウンの実権を手に入れる。そんなロットンの前に遊星と鬼柳が再び立ちはだかる。ついに、ロットンVS遊星・鬼柳のタッグデュエルの幕は切って落とされた！ロットンの激しい攻撃に遊星たちは・・・・・・!?
第92話『サティスファクション』
バーバラやファミリーが見守る中、遊星・鬼柳VSロットンのデュエルは続く。鬼柳は死闘の中で、自分を信じる者へ応えるために、新たなデュエルをし続けることをさらに強く決意する。しかし、ロットンの鬼柳への攻撃の手は緩むことがなかった。両者の死力を尽くしたデュエルを目の当たりにしたファミリーの間に動揺が走る。そして、 ついに遊星・鬼柳VSロットンのデュエルがクライマックスを迎えるのだったが！？
第93話『戦慄！主従の覚悟！！』
クロウとジャックの協力により、卑怯なロットンとバーバラを打ち砕くことができた遊星達。鬼柳はクラッシュタウンを復興するため街に残ることを決意し、再び遊星達と別れることに。一方、治安維持局に爆弾を仕掛けた、という連絡が入る。それは自らの持つカードの秘密を治安維持局のスーパーコンピュータを利用して探ろうとするシェリーとミゾグチが仕掛けた罠だった。それに気付いた遊星はふたりを追うが、行く手にミゾグチが立ち塞がる！
第94話『追憶 朋友が託した遺志』
ブルーノがシェリーに協力し、治安維持局のスーパーコンピューターでシェリーのカードを解析したが、そのカードからは何も発見する事ができなかった。その頃、クロウが旧友であるピアスンの墓を訪れると、治安維持局の牛尾と深影が犯人の手がかりを持ってやってきた。クロウはその死の真相を探るため、同じくピアスンのもとで働いていたボルガーを尋ねる。そして、ボルガーの口からは衝撃的な事実が語られた・・・・・・！
第95話『舞い上がれ！ブラック・フェザー・ドラゴン！！』
ピアスンの生き方に敬愛の念を抱いていたクロウは、その死の謎を解くために、ボルガーにデュエルを挑んだ。ボルガーを破るために、次々とカードを繰り出すクロウであったが、旧知のふたりはお互いの手の内を存分に知っていた。そして、一気に勝負にでたボルガーはなんと、ピアスンを殺した犯人がもっていたはずの「ブラッド・メフィスト」を召喚する。いったいなぜボルガーがこのカードを・・・？
第96話『結成！チーム５Ｄ’ｓ』
ボルガーとの死闘を乗り越え、その胸にしっかりとピアスンの想いを抱いたクロウ。一方、ボルガーの命を受けたボルガー＆カンパニーのスタッフの協力によって、着々とWRPGに向けての準備を整えていく遊星達。チーム名も”チーム・5D’s（ファイブディーズ）”と決まり、大会に備える一同であった。そんな矢先、初戦の相手である”チーム・ユニコーン”のアンドレとデュエルをすることになった遊星だったが・・・・・・!?
第97話『絶望と葛藤の先に・・・』
プラクティスタイムにおける偶然を装って仕組まれた遊星とアンドレのデュエルには、恐るべき陰謀が隠されていた。その事に気づくことなく、遊星は正面からデュエルに挑むが、アンドレの天性のカードプレイングセンスに徐々に追い込まれてしまう。そこへ自らのモンスターを破壊する、というさらなる奇策をもって挑んでくるアンドレ。果たして、この前哨戦の行方は・・・・・・？
第98話『WRGP開幕 チーム５Ｄ’ｓ ＶＳ チームユニコーン』
ＷＲＧＰに向けさらなる調整に入った「チーム・5D’s」であったが、クロウがトレーニング中の事故から大会に出場できなくなってしまう。代わりに出場することになったアキはクロウの熱い想いを背負って大会に臨む。そして、ついにＷＲＧＰの予選がスタート！遊星たち「チーム・5D’s」初戦の相手はなんと「チーム・ユニコーン」。練習試合でパワーデッキを使い、力押ししてきたアンドレに対抗するために「チーム・5D’s」は第一走者ジャック、第二走者アキ、第三走者遊星という布陣を組む。そして幕を開けたジャックｖｓアンドレの戦い。スタート直後、ルールすれすれの加速で先攻を取りにくるアンドレ。その真意とは・・・・！？
第99話『燃えろ！フェニキシアン・クラスター・アマリリス』
先を読んだアンドレ達は思惑通りのデュエルを展開し、ジャックはアンドレに敗れてしまった。周回遅れの数が増せば、チーム・５D’Sは棄権と見なされてしまう。しかし、ジャックはデュエルの衝撃で故障したホイール・オブ・フォーチュンを押してピットに戻り、なんとか第二走者であるアキにつなげる。アキＶＳアンドレ。アキは速攻をしかけ、アンドレのライフを削って行くが・・・！？
第100話『窮地 ラスト・ホイーラー遊星』
アンドレと死闘を繰り広げたアキだったが、チーム・ユニコーンの巧妙な作戦に敗北を喫してしまう。しかし、アキは秘策を実行し、遊星に”スターダスト・ドラゴン”のカードを残していく。そして、ついに遊星がバトルのフィールドに立つ。優勢のアンドレに対し、まずはマックス・ウォリアーを召喚する遊星。果たして、遊星はどんな作戦で攻めていくのか・・・・・・？