第1話『遊戯を継ぐ者』
遊城十代は、デュエルアカデミア高校の入学試験に向かう途中で、伝説のデュエリスト・武藤遊戯に出会い、1枚のカードをもらう。十代は遅刻して会場に着き、試験を受けさせて欲しいと頼むが、クロノス教授は筆記試験の成績がよくない十代の試験を無駄だと言う。十代ＶＳクロノスの決闘が始まる。クロノスのレアカード「アンティーク・ギアゴーレム」は攻撃力3000と強力で、十代はダメージを受ける。追いつめられた十代は、モンスターの声を感じる。それは遊戯からもらったカード「ハネクリボー」だった…。
第2話『フレイム・ウィングマン』
アカデミアでの生活が始まり、オシリスレッドという寮の配属される。そこは劣等生が集まるおんぼろの寮だった。十代は優等生のオベリスクブルーの万丈目ともめ事を起こし、深夜、互いのベストカードを賭けてデュエルする。十代VS万丈目の決闘。抜け目ない万丈目による融合モンスターのコントロールを奪う戦略により、十代は自分の主力モンスター「フレイムウィングマン」の攻撃を受けてピンチになる。
第3話『エトワール・サイバー』
クロノスは明日香の偽ラブレターで十代を罠にはめようとする。しかし、かかったのは翔だった。女子寮で取り囲まれた翔を助けるたけに、十代VS女王・明日香の決闘が始まる。明日香のサイバー・アスリート・デッキから「エトワールサイバー」「ブレードスケーター」「サイバーブレイダー」の華麗で強力なモンスターが登場し、十代を追いつめる。だが十代は、新たなるエレメンタルヒーロー「サンダージャイアント」を喚ぶ･･･。
第4話『５重合体！ＶＷＸＹＺ（ヴィトゥズィ）』
月に一度のテストが行われる。十代は寝坊した上に、途中で荷物を運ぶおばさんを助けて、さらに遅刻する。筆記試験が終わり、生徒たちは購買部で新カードを手に入れるが、遅れた十代は手に入れそこねる。助けたおばさんは購買部員で、１枚のカード「進化する翼」をくれる。 デュエル実技試験は十代VS万丈目の決闘になる。万丈目のVWXYZの５体の強力コンボに太刀打ちできない。十代はおばさんからもらったカードを見てひらめく。
第5話『闇のデーモンデッキ』
十代たちは、生徒が次々に消えたと言い伝えられる幽霊寮に行き、明日香の兄の手がかりを探そうとする。十代たちの前に怪しい風貌の男タイタンが現れ、デュエルを仕掛ける。クロノスが雇った「自称・闇のデュエリスト」だった。十代VSタイタンの決闘。タイタンのデッキは闇のゲームを髣髴させるダークで危険なものだ。十代のライフが減るとき、体の一部も消える。本当に闇のゲームなのか…!?。
第6話『ハネクリボーの奇跡』
【つづき】十代VSタイタンの決闘②。タイタンのダイスは当たり続け、十代は追い込まれて、体がさらに消えていく。やがて十代は意識を失いかけるが、ハネクリボーの声に呼び覚まされる。タイタンのカラクリを見破り、偽・闇のゲームは終了したかに見えたが…。本当の闇のゲームが発動し、闇にとりつかれたタイタンとの決闘になる…。そしてもう一人、ハネクリボーの声を聞く者がいた。
第7話『翔の乗り物（ビークロイド）デッキ』
幽霊寮への侵入がばれて、十代は翔とのタッグデュエルで、クロノスが用意する相手と戦って勝たないと、退学にされる。十代は翔を励ますが、翔は自信が持てない。翔を特訓するデュエルが始まる。翔のデッキは乗り物系だ。十代は、翔があるカードを引いたときに、表情が一変したのを見逃さなかった。それは「パワーボンド」という超強力カードだが、翔はかつての苦い経験から、それを使うことができない･･･。
第8話『最強！サイバーエンド・ドラゴン』
十代は、翔の心の傷を知るために、兄であり、カイザー（帝王）の異名を持つ強豪デュエリストの亮に挑む。十代VS亮の決闘。亮の「サイバードラゴン」を基本にして、縦横に融合して強化されるデッキは、十代のEヒーローデッキにも通じるところがある。互いに認め合う。帝王・亮に対して善戦する十代を見て、落ち込んでいた翔の中で何かが吹っ切れる…。
第9話『一撃必殺！ちゃぶ台返し』
引きこもりがちの隼人を、父・熊蔵が学園に乗り込んで実家に連れて帰ろうとする。隼人VS熊蔵の決闘。世界的にも高名なデュエリストである熊蔵の一撃必殺のデッキは、なんと「酔いどれデッキ」だった。唖然とする一同。隼人は「コアラ」系モンスターで対抗する。熊蔵の酔いどれモンスターは、見た目に反して手ごわい。そして一撃必殺の永続魔法「ちゃぶ台返し」が爆裂する…。
第10話『十代＆翔！タッグデュエル（前編）』
学園残留をかけた十代＆翔VS迷宮兄弟の決闘が始まる。迷宮兄弟は、クロノスが雇った伝説の強力タッグ屋だ。迷宮兄弟は数ターンのうちに「雷魔神」「風魔神」「水魔神」を召喚し、融合して「ゲート・ガーディアン」を召喚する。十代は迷宮兄弟とのデュエルを楽しむが、翔はヤル気と不安が入り交じって、攻撃が裏目に出る。
第11話『十代＆翔！タッグデュエル（後編）』
【つづき】十代＆翔ＶＳ迷宮兄弟の決闘②。攻撃力3750のゲートガーディアンを前に、十代と翔は苦戦する。十代は翔に「お前ならできる」と励まされて、少しずつ自信を取り戻す。魔法カード「シールドクラッシュ」で、ゲートガーディアンを破壊する。だが迷宮兄弟は、自らのライフを半分支払う決死の覚悟で、さらに強力な攻撃力3800の「ダーク・ガーディアン」を喚ぶ。さらにピンチになる十代＆翔コンビに勝機はあるのか…？
第12話『酸素＋水素＝Ｈ２Ｏ（ウォーター）ドラゴン』
ラーイエローの三沢は、成績、スポーツ、デュエル、どれも新入学生ではNo１クラスの優等生だ。十代は陽気で屈託のない三沢を好きになる。一方、万丈目は十代に負けたため、ブルー内での立場がそろそろ危うい。イエローNo.1新入生の三沢と学園残留を賭けてデュエルする。三沢VS万丈目の決闘。万丈目は炎属性デッキで挑む。対する三沢は、酸素・水素の小型ドラゴンをベースに、化合して水属性の強力な「ウォーター・ドラゴン」を召喚する…
第13話『野生解放！ＳＡＬデュエル』
行方不明の万丈目を探すうちに、人間の手によって改造されたデュエル猿（SAL）に出会う。SALは女子を人質にとり、脱走させろと主張する。十代はSALに、デュエルでハナシをつけようと持ちかける。十代VS SALの決闘。SALのデッキからは「怒れる類人猿」「アアクロバットモンキー」の猿系モンスターが召喚される。だが「DNA改造手術」「野生解放」によって自らのモンキーが破壊される・・・あたかもＳＡＬ自身の未来を暗示してるかのように。
第14話『ＶＳ（バーサス）サイコショッカー!?』
冬休みでほとんどの生徒が帰省し、学園はひっそりとする。オカルトを研究している高寺たちは、サイコショッカーの精霊を呼び出そうとする。高寺の話では、その後、サイコショッカーらしき者が現れて、高寺を生け贄にすべく狙っていると言う。十代は、消えた高寺を追って、まだ不完全な体のサイコショッカーの精霊とデュエルする。十代ＶＳサイコショッカーの決闘。サイコの永続魔法「エクトプラズマー」により、次々と十代のライフが削られる…そして、ついにサイコがデュエルでも召喚される。
第15話『青春のデュエルテニス』
テニスの授業でクロノス教授にボールを当てた十代は、バツとして、テニス部の熱血部長の綾小路にしごかれる。明日香と話していると、綾小路が勘違いをして、フィアンセの座をかけてデュエルで決着をつけようと言い出す!?。十代ＶＳ綾小路の決闘。テニス一色の綾小路のデッキからは、伏せたカードの種類を当てさせ、外れたらライフを削る攻撃が炸裂する。テニスさながらの雰囲気でのデュエルに、十代は戸惑う。
第16話『闇夜のキングゴブリン』
深夜にオベリスクブルーの生徒が、謎の大男にデュエルを強要されて負け、レアカードを奪われる事件が頻発する。クロノスは十代に犯人探しを命じる。ラーイエローの大原は、大きな男だが、おとなしくデュエルの腕もない。親友の小原は、デュエルの実力はありそうだが気が弱く、試合では負けてばかり。ブルーの生徒にバカにされても何も言えない。夜、犯人を追った十代が捕えたのは、大原だったが…。十代ＶＳ大原の決闘。
第17話『ドロー！ドロー！ドロー！』
十代は、レアな黄金のタマゴパンを買おうとするが、ここ数日、何者かに盗まれて、もうないと知る。犯人は、見かけが同じパンの中から、タマゴパンだけを盗む、とても「引き」の強い者のようだ。半ば野生化した元ブルーの生徒の大山（たいざん）を捕らえる。「引き」を強化するため、一年間、大自然の中で荒行をしていた男だ。十代ＶＳ大山の決闘。大山のデッキは「引き」のみに賭けた無謀で大胆なデッキだ。
第18話『ＶＳ（バーサス）遊戯デッキ（前編）』
学園に武藤遊戯のデッキが展示されることになった。だが前夜、デッキはイエローの神楽坂によって盗まれる。神楽坂はクロノス、翔を一瞬で破り、十代の前に現れる。十代ＶＳ神楽坂の決闘、それは十代ＶＳ遊戯デッキの決闘でもあった。神楽坂は、トップデュエリスト達のテクニックを研究し尽くしている。遊戯のデッキを卒なく使いこなし、遂にはブラックマジシャン等を召喚する。
第19話『ＶＳ（バーサス）遊戯デッキ（後編）』
【つづき】十代VS遊戯デッキの決闘②。十代は、遊戯のデッキを使いこなす神楽坂に苦戦する。LPは既に1300VS4000。攻撃力2800の「混沌の黒魔術師」「ブラックマジシャン・ガール」「カオスソルジャー」などに圧倒される。精神面でも追い込まれた十代は、次第に平常心を失い、デュエルキングに勝つことはできない、とあきらめかける。だが、敵にはなく、自分のみが持つ強さにやがて気づく。
第20話『恋する乙女は強いのよデッキ！』
十代の部屋に転入生の少年レイが加わる。だが風呂に入らなかったり、カイザーに執着を持ったりと不可解なことがある。レイがカイザーの部屋を物色した時、後を追った十代はレイの秘密を知る。十代だけがブルーの生徒に捕まるが、レイのことは言わなかった。秘密を賭けて、十代ＶＳレイの決闘が始まる。レイは「恋する乙女」など恋愛テイストのデッキだ。それはレイの気持ちを象徴していた。
第21話『融合封じ！十代ＶＳ（バーサス）三沢（前編）』
学園対抗デュエル戦のアカデミアの代表デュエリストを決めるために、十代ＶＳ三沢の決闘。三沢は十代を打ち破るために、綿密な計算のもとで７番目のデッキを準備する。三沢のウォータードラゴンと格闘しながら、Ｅヒーローで対抗する十代だが、それは三沢の戦略にはまっていた…。一方、学園の謎をスクープして一攫千金を狙う男が潜伏し、十代に接触する。
第22話『ワイルドマン召喚！十代ＶＳ（バーサス）三沢（後編）』
【つづき】十代ＶＳ三沢の決闘②。「融合」を三沢に封じられた十代は、Ｅヒーローを進化させることができず苦戦する。三沢のウォータードラゴン（攻撃力2600）に、フィールド魔法「摩天楼」でＥヒーローをパワーアップさせて拮抗する。しかし、三沢の抜け目ない戦略により、ダイヤモンドドラゴンを前に、十代の場はガラ空きにされてしまう。だが十代は新しいＥヒーロー「ワイルドマン」を召喚する…。
第23話『脱力！もけもけデュエル』
十代を排除したいクロノスは、最終兵器（？）として、茂木を動員する。茂木とデュエルした者は、2度とデュエルを出来なくなっているという。十代ＶＳ茂木の決闘。茂木が召喚した「もけもけ」は攻撃力300で、とても頼りない感じだ。だが、しだいに「怒れるもけもけ」「キングもけもけ」と形をかえて、攻撃力3000の強力モンスターとなって十代を脅かす。一方、観戦していた明日香たちは、戦闘意欲がなくなりはじめる。
第24話『復活！万丈目サンダー』
格下寮の十代、三沢に負けた万丈目は、アカデミアから飛び出し、息絶え絶えに大海原を彷徨っていた。謎の船で出会った老人の指図で、アカデミア・ノース校にたどり着く。しかしそこでは、カードをゼロから集める苦行と、ノース校の生徒たちとのデュエルが待っていた。そしてついに万丈目ＶＳノース校のキングの決闘。あらゆる苦難を乗り越え、一回り大きくなった万丈目の実力は…!?
第25話『ＶＳ（バーサス）万丈目サンダー（前編）アームドドラゴンの脅威』
アカデミアとノース校との対抗戦。意気揚々とする十代の前に現われたのは、たくましくなった万丈目だった。ノース校では「万丈目サンダー」と呼ばれている。十代VS万丈目サンダーの決闘。万丈目一族の力で、デュエルはテレビ中継される。万丈目のアームド・ドラゴンはレベルアップモンスターで、ターン毎に強力になっていく。さらに強力なモンスター効果で、十代のEヒーローはなすすべもない…。
第26話『ＶＳ（バーサス）万丈目サンダー（後編）アームドドラゴンＬＶ７（レベルセブン）』
【つづき】十代VS万丈目サンダーの決闘②。万丈目のアームド・ドラゴンはレベル７（攻撃力2800）になり、十代は防戦一方になる。十代は「スペシャル・ハリケーン」でアームド・ドラゴンを一掃する。十代は、万丈目の気持ちが自分にではなく、客席の兄に向けられていると気づく。万丈目は再びアームド・ドラゴンLV７を召喚する。しかし、精神的に優位に立った十代は鮮やかな反撃を企てる。
第27話『課外授業は闇のデュエル!?（前編）』
大徳寺先生の誘いで、十代たちは課外授業で古代遺跡に行く。そこで古代世界にトリップして、墓荒らしの容疑をかけられる。大徳寺たちの身柄をかけて、十代VS墓守の長の決闘が始まる。それは闇のゲームで、十代はリアルな痛みを感じる。墓守デッキからは「墓守のアサシン」「墓守の呪術師」などが召喚され、さらにフィールド魔法『王家の眠る谷－ネクロバレー』により、墓地への干渉ができなくなる。
第28話『課外授業は闇のデュエル!?（後編）』
【つづき】十代VS墓守の長の決闘②。十代はハネクリボーの進化コンボを封じられ、逆転のチャンスを逃す。墓守の長は自らを場に召喚する。墓守一族の連携プレーに十代のライフは500に下がる。墓守のアサシンは、攻撃を一瞬躊躇する。その瞬間に十代は体制を建て直し、エッジマンをドローする。しかし、いけにえがないため召喚できない･･･。
第29話『ＶＳ（バーサス）ダークネス（前編）真紅眼の黒竜（レッドアイズ・ブラックドラゴン）の挑戦』
十代たちは、７人の刺客「セブンスターズ」の手から、アカデミアの奥にある３枚のカードを守るために、校長より７つの鍵を渡される。１人目の刺客「ダークネス」が十代の前に現れる。十代VSダークネスの決闘。敗者はカードに魂を封印される闇のゲームだ。さらに翔と隼人が人質に取られる。ダークネスはレッドアイズ・ブラックドラゴンを召喚して十代を圧倒する。
第30話『ＶＳ（バーサス）ダークネス（後編）真紅眼の闇竜（レッドアイズ・ダークネスドラゴン）の攻撃』
【つづき】LPは早くも 700VS3000 で十代が不利。ダメージの度に自らの身体を炎に焼かれ、翔と隼人も危険になり、心身ともに辛い状況になる。ダークネスは、ついにレッドアイズ・ダークネスドラゴンを召喚する。墓地の７体のドラゴンの力で、攻撃力は4500になる。十代はワイルドマンと魔法「ワイルドハーフ」を巧みに使ってレッドアイズのパワーを下げ、ワイルドジャギーマンを融合召喚するが･･･。
第31話『クロノスVS吸血美女（ヴァンパイア）カミューラ』
2人目の刺客として、美しくも不気味なヴァンパイア女「カミューラ」が上陸する。十代は前回勝ったが、闇のゲームで体力を消耗したために安静中。クロノス教諭は本当は逃げたかったがドジって、クロノスVSカミューラの決闘となってしまう。クロノスは「アンティーク・ギアゴーレム」を頂点とした中世デッキで挑む。カミューラは「ヴァンパイア・ジェネシス」などのヴァンパイア・デッキで迎え撃つ。負けると人形にされる闇のゲームが始まる。
第32話『カイザーVSカミューラ幻魔の扉発動！』
クロノスを破ったカミューラは、次の対戦相手に、ルックスが好みのカイザー亮を選ぶ。カイザー亮VSカミューラの決闘。カイザーは序盤から容赦なく、パワーボンドで強化したサイバーエンドドラゴン（攻撃力8000）で攻撃するが、亮のデッキを知り尽くしたカミューラにかわされる。カイザーは「サイバーバリアドラゴン」「サイバーレーザードラゴン」と多彩な攻撃で、カミューラを追い込む。だがカミューラは魔法カード「幻魔の扉」を使うとき、闇の力によって卑怯な戦法に出る・・・。
第33話『輝け！シャイニング・フレア・ウィングマン』
十代は吹雪から闇のアイテムを受け取り、カミューラに決闘を挑む。復活した十代VSカミューラの決闘。十代はテンペスター（攻撃力2800）を召喚する。カミューラは「幻魔の扉」で、明日香たちを生け贄にしようとするが、十代の闇のアイテムに妨げられる。自らを生け贄にして、テンペスターを奪い、十代のライフを一気に1200まで下げる。十代のデッキを盗み見ていたカミューラに、十代の戦略は通じない･･･。
第34話『湯けむり旅情！青眼の白龍（ブルーアイズ・ホワイトドラゴン）』
重いデュエルが続いて十代は落ち込んでいる。ハネクリボーの導きで、温泉の向こうの精霊界へ足を踏み入れる。そこに精霊カイバーマンが現れる。「ブルーアイズ」のカードが十代と戦いたがっている、と言う。十代ＶＳカイバーマンの決闘。海馬瀬人のデッキそのものだ。ブルーアイズ、白龍の聖騎士の前に、いつしか十代は本気のデュエルをする。ついにアルティメットが召喚される…。
第35話『兄弟の結束！おジャマデルタハリケーン』
万丈目の兄がアカデミアを買収しようとする。買収の条件として、万丈目サンダーＶＳ万丈目の兄・長作の決闘が始まる。万丈目は攻撃力500以上のモンスターを使えないハンデを背負わされるが、なんとか弱小モンスターをかき集めて、デッキを構築する。召喚するモンスターは守備表示でしのぐしかできない。長作は攻撃力2500級のドラゴンで攻勢をかける。だが、お邪魔トリオ３体を場にそろえた時、万丈目サンダーの反撃が始まる…。
第36話『三沢っちVSアマゾネス！ムコとりデュエル』
３人目の刺客はアマゾネスの「タニヤ」。三沢を指名して、負けたら婿になれという。三沢ＶＳアマゾネス・タニヤの決闘。徹底して計算された三沢の化学デッキは、プラスとマイナスの磁気モンスターを使いこなして、バトルの主導権を握る。しかし、タニヤのアマゾネスデッキは大雑把なイメージとは違い、実はよく計算されたデッキだった。積極的に好意を伝えるタニヤに、冷静な三沢は精神的にも揺さぶられる。
第37話『肉弾デュエル！アマゾネスのデスリング』
三沢はタニヤの婿として連れ去られたが、一夜で解放される。タニヤの体力、精神力、デュエルのレベル、どれも三沢が及ばないパワーだと言う。十代は興味を持ち、タニヤに勝負を申し入れる。十代ＶＳタニヤの決闘。「アマゾネスの剣士」とバトルして勝ってもダメージは十代に降りかかる。またフィールド魔法「アマゾネスの死闘場」は、互いの体力の限りを尽くしてバトルする肉弾戦のようだ。２人は戦ううちに互いを認め合う。
第38話『水中デュエル！伝説の都アトランティス』
島に大金持ちのアナシスという男が上陸し、三幻魔のカードを賭けて「闇のデュエル」をしようという。海底でいざデュエルというときに、アナシスが「海のデュエル」と「闇のデュエル」勘違いしていたことに気づく。海のデュエルをしたい十代は、決闘を申し込む。十代ＶＳアナシスの決闘。フィールド魔法「伝説の都アトランティス」で、アナシスの水属性モンスターが有利になる｡「暗黒大要塞鯱」「海竜ダイダロス」等の強力水モンスターに十代は苦しむ。
第39話『名探偵サンダーＶＳ黒サソリ盗掘団』
十代たちの「七精門の鍵」が盗まれる。学園に潜伏していた黒サソリ盗掘団５人衆の仕業だった。事件を解決した万丈目VS黒サソリ団（リーダー＝ザルーグ）の決闘が始まる。万丈目はアームドドラゴンのレベルアップで攻めるが、黒サソリ５人衆に封じされてしまう。5人のコンビネーション攻撃をくらい１ターンで2000LPを失い、もう一度攻撃を受ければ万丈目は負ける。万丈目はおジャマトリオに賭ける。
第40話『Ｈ・Ｅ・Ｒ・Ｏ（エイチイーアールオー）フラッシュ！』
セブンスターズの次なる刺客は「アビドス３世」。古代エジプトで無敗を誇った「デュエルの神」と呼ばれた少年王だ。十代VSアビドス３世の決闘。十代は互角の勝負をし、アビドスに「お前は本当は弱いだろう」と言う。アビドスは初めて決闘の手ごたえを感じ、嬉しくなる。アビドスは場に３つの棺をそろえて「スピリッツ・オブ・ファラオ」を召喚し、同時に４体のシモベで脇を固める。だが十代も反撃にそなえ大きな布石を打っていた…。
第41話『闇の闘牛場（ダーク・アリーナ）発動！明日香ＶＳタイタン』
明日香は記憶が戻らない兄の看病を続ける。兄の記憶をかけて、明日香はタイタンと決闘する。タイタンは以前のインチキ決闘者ではなく、真の闇のデュエリストになっていた。タイタンは「デーモン・マタドール」系モンスターと、「闇の闘牛場～ダーク・アリーナ」で明日香を暗闇に誘い、優勢に立つ。明日香の「サイバー・ブレイダー」は、暗闇で攻撃対象を選べず、マタドールに破壊される。
第42話『学園祭デュエル！ブラマジガール乱入』
学園祭でコスプレデュエル大会が開催される。明日香がハーピィレディに、万丈目はXYZドラゴンに扮装する。十代とのデュエルに、ブラックマジシャンガールに扮した謎の美少女が立候補する。十代VSブラマジガールの決闘。ブラマジガールのかわいくて、意外（？）に強力なデッキから、マジシャンズ・ヴァルキリア、ブラマジガールなどが召喚され十代は押される。これ程の実力を持つ少女は、アカデミアにはいないはずだが…。
第43話『明日香にセカンド・ラブ・チャンス!?』
ギャンブル界で成功した青年「ボーイ」が、アカデミアに乗り込んで、自分をセブンスターズとの対戦メンバーにしろと売り込む。旧知の明日香がボーイに決闘を申し込む。ボーイの戦術は、コインの表裏を当ててデュエルをリードするギャンブルデッキだ。「セカンドチャンス」で２回のコイントスをし、確実に表裏を当てていく。しかし明日香は、幼少期からボーイの弱点を見抜いていた…。
第44話『７人目の影』
大徳寺先生が消え、セブンスターズに負けていないか心配になる。十代たちは大徳寺を探して黒い森に入る。一方、明日香は消えた吹雪を追って、最後のセブンスターズである謎のデュエリストと決闘するが、圧倒的な力の差で負ける。万丈目も大徳寺の手がかりを追って、謎のデュエリストにたどり着き決闘するが負ける。大徳寺は無事なのか･･･？、そしてこの謎のデュエリストの正体は･･･？
第45話『VSアムナエル！Ｅ（エレメンタル）ヒーロー絶対封じ』
七精門の６つの鍵が開く。十代は廃寮に行き、大徳寺のミイラ死体を見つける。最後のセブンスターズ「アムナエル」が現れる。十代ＶＳアムナエルの決闘。敵は錬金術の考え方をベースにしたデッキだ。十代は多彩な属性のＥヒーローで攻撃する度に、永続罠「エレメンタル・アブソーバー」に無効化される。さらに錬金釜カオス・ディスティルから次々とモンスターが現れ、ダイレクトアタックを仕掛けてくる。
第46話『地水炎風（ちすいえんふう）融合！エリクシーラー』
【つづき】十代ＶＳアムナエルの決闘②。アムナエルは大徳寺であり、ミイラ死体もまた大徳寺であった。この姿は錬金術の力で人形に魂を入れた人造人間だと告白する。アムナエルは永続罠マクロコスモス、原始太陽ヘリオス、双子の太陽等を使い、舞台を太陽系宇宙に変える。構成する惑星には、明日香、万丈目、吹雪が閉じ込められていた。十代は惑星直列の攻撃を受ける。ついに三つ子の太陽（攻撃力3900）が現れる･･･。
第47話『明日香VS万丈目！サイバー・エンジェル－弁天－』
万丈目は明日香への恋心が抑えられなくなる。吹雪にそそのかされて、七精門の鍵を盗み出し、明日香にデュエルを強要する。万丈目ＶＳ明日香の恋を賭けた決闘。万丈目は「恋文」「秘めた思い」のカードを使いつつ、勝手に恋の誇大妄想をする。おジャマトークンとおジャマキングで明日香のモンスター召喚を封じて勝利をつかみかけるが、「恋に勝つこと」を優先して、好機を逃す。明日香は「サイバーエンジェル」で逆転を狙う。
第48話『VS影丸（前編）２つの幻魔』
理事長の影丸老人が七精門の鍵を奪い、「三幻魔」のカードを手中にする。十代ＶＳ影丸老人の決闘。影丸は、第１の幻魔「神炎皇ウリア」を召喚する。攻撃力は墓地の罠カードの数×1000で、相手の罠を跳ね返す。十代はウリアを破るが、その度に簡単に復活される。さらに第２の幻魔「降雷皇ハモン」（攻撃力4000）が召喚され、十代は２体の幻魔を前に、苦しい状況になる。影丸は幻魔を通じて、デュエルモンスターの精気を得て、若い肉体になる。
第49話『VS影丸（後編）三幻魔覚醒』
【つづき】十代ＶＳ影丸の決闘②。十代に立ちはだかる２体の幻魔の攻撃力は5000と4000。さらに第３の幻魔「幻魔皇ラビエル」（攻撃力4000）も召喚される。影丸の狙いは十代をも取り込んで、デュエルモンスターから永遠の生命を得ること。十代はLPが600に下がる。だが大徳寺が残した謎のカードに願いをかけ、シャイニングフレアウィングマンの融合と解除を巧みに使って、ピンチをしのぐ。エリクシーラーにそのカードを装着して、一気に逆転を狙う。
第50話『隼人VSクロノス！エアーズロックサンライズ』
隼人は、絵がうまく、Ｉ2社のカードデザインコンテストで優勝する。だがクロノス教諭との試験デュエルに勝たなければ、希望するカードデザイナーになれない。隼人ＶＳクロノスの決闘。隼人にプレイミスはなく、クロノスのアンティークギア系カードと互角の勝負をするが、次第にアンティークギアゴーレムに圧倒されて、くじけそうになる。一年前のオーストラリア旅行での決心を思い出し、魔法「エアーズロック・サンライズ」で逆転を狙う･･･
第51話『VSカイザー（前編）パワー・ボンド×（アンド）サイバーエンド』
学園トップのカイザー亮は卒業記念の模範デュエルの対戦相手に十代を指名する。十代ＶＳカイザー亮のデュエル。気負った十代は普段よりも周到になり、サイバーエンドドラゴンとパワーボンドのコンボを防ごうとする。だがカイザーは１ターン目からサイバーエンドドラゴンを融合召喚する。致命ダメージは避けるが、カイザーの巧みな融合と解除により、十代は主導権を奪われる。ついにパワーボンドで強化したサイバーエンドドラゴン（攻撃力8000）を召喚される。
第52話『VSカイザー（後編）ファイナル・フュージョン』
【つづき】十代ＶＳカイザー亮のデュエル②。十代は、強化したサイバーエンドドラゴンの猛攻をLP＝100で食い止める。空腹の十代はオニギリを食べて、本来の自分らしさを取り戻す。そして地水炎風の４属性のEヒーローを揃えて、罠カードでカイザーのフィールドを一掃する。だがカイザーは再び強化サイバーエンドを召喚し、さらに「リミッター解除」で攻撃力を16,000に引き上げる。「融合」を得意とする２人の戦いのスケールが極限に達する･･･。
第53話『運命のはじまり！新入生エド・フェニックス』
十代たちは2年生に進級する。おとなしそうな新入生が十代とデュエルする。新入生のデッキは強力ではなかったが、それもそのはず、直前に売店で買った8パックで40枚に間に合わせた即興のものだった。それでも「大天使ゼラート」で、十代のＬＰを1200までに下げる。デュエル中に携帯電話で謎の男と話して、このデュエルが男の予言通りで面白みのないものだと実感する。翔たちは、新入生が著名なスターデュエリストのエド・フェニックスであると気づく･･･。
第54話『サンダーＶＳエリート君！メカおジャマキング発進』
万丈目は、中等部でトップの成績だったエリート新入生の五階堂とデュエルする。かつては中等部でトップだったが、いまやレッド寮で、おジャマモンスターを使う万丈目を、新入生は落ちぶれたと言う。万丈目は、XYZコンボで格好よく先制攻撃をするが、「ギルフォード・ザ・レジェンド」などの戦士族デッキに反撃される。しかし万丈目は動じず、この１年間の集大成を見よ！とばかりに、「メカおジャマキング」を使う…
第55話『ティラノ剣山登場ざうるす！』
イエローの１年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルを挑む。元・番長だった剣山は、十代を倒して、アカデミアでもカリスマであることを証明したいからだ。剣山は恐竜が大好きで、恐竜デッキを使う。フィールド魔法「ジュラシック・ワールド」で、恐竜族・鳥獣族をパワーアップさせ、罠をも跳ね返す。さらに「超・進化薬」で始祖鳥を「ブラックティラノ」（攻撃力2900）に進化させ、十代を脅かす。
第56話『翔ＶＳ昆虫少女！インセクト・プリンセス』
翔にイエロー寮昇格の話が持ち上がる。クロノスが用意した、ブルー寮の胡蝶蘭という少女にデュエルで勝つことが条件だ。翔は怯えるが、十代たちの言葉にヤル気を出し始める。翔はビークロイドデッキで、蘭は昆虫デッキで戦う。蘭は翔のフィールドにアリを増殖させ、それを攻撃することで、「インセクト・プリンセス」の攻撃力を2900まで上げる。翔は「パワーボンド」をあえて使わずに戦い、3体のビークロイドを合体させて「ジャンボドリル」を召喚する。
第57話『カイザーＶＳエド！プロリーグの戦い』
プロのデュエルリーグで、カイザー亮とエド・フェニックスがデュエルする。エドのデッキは、Eヒーローデッキだが、十代とは違うカードや戦術を持ち、「フェニックスガイ」を融合召喚する。カイザーはサイバードラゴン系で迎え撃つ。十代たちは、かつての戦いぶりから、エドを強くないと思う。ついにカイザーはパワーボンドで強化したサイバーツインドラゴンで王手をかけるが…。
第58話『ＶＳエド（前編）Ｅヒーロー対Ｅヒーロー』
どちらが真のヒーロー使いか決着をつけよう ～十代VSエドのデュエルが始まる。十代はフレイム・ウィングマンで先制攻撃をする。すぐにエドは同じ融合素材からフェニックスガイを召喚し、相討ちをしかける。さらに戦いは、シャイニング・フレア・ウィングマンＶＳシャイニング・フェニックスガイの上級融合Ｅヒーローの戦いになる。エドは、能天気にヒーローに憧れる十代を認めない。
第59話『ＶＳエド（後編）運命のＤヒーロー』
【つづき】十代ＶＳエドのデュエル②。エドはフィールド魔法「幽獄の時計塔」を発動させ、不気味に運命の時を刻む。さらに「Ｄヒーロー」シリーズのモンスターを次々と召喚する。それはディスティニー（運命）に導かれた、Ｅヒーローよりも上級のモンスター群で、時間を自由に操るという。十代は自軍のヒーローを消されて数ターン先に飛ばされ、復活した時には敵に操られて攻撃を受けるコンボに苦しむ。ついに時計塔に幽閉されいていたＤヒーローが現れる。
第60話『明日香ＶＳ吹雪！兄妹アイドルへの道』
十代はエドに負けて、カードが白紙にしか見えなくなる。一方、クロノスたちの命を受け、吹雪が、妹の明日香とデュエルする。吹雪は明日香を説得し、兄妹コンビを組んで芸能界デビューしたい。吹雪はフィールド魔法「究極のステージ衣装」を発動し、モンスターを3000ポイント上昇させる。しかし、衣装が大きすぎて身動きがとれず、攻撃時は元の攻撃力のままという効果で役に立たない。明日香は儀式モンスター｢サイバーエンジェル」シリーズで対抗する。
第61話『斎王登場！運命のタロットデッキ』
万丈目の前に、神秘的な男・斎王が現れてデュエルする。斎王は手札のカードをテーブルに伏せたままにし、万丈目にデッキをシャッフルさせて、引いたカードによって万丈目の運命を見通すという、まさにタロットのような戦い方だ。「ザ・ハングドマン（吊るされた男）」は正位置か逆位置かによって、まったく逆の効果を発揮する。…運命を絶対とする斎王と、運命を自ら切り開く万丈目の対決になる。
第62話『新Ｅ（エレメンタル）ヒーロー！ネオス』
失意の十代は亜空間をさまよう。不思議だがフレンドリーなイルカ型宇宙人の導きで、かつて十代が子供時代に描き、海馬コ社が宇宙に打ち上げたイラストカードに再会する。だがそれは宇宙意思の力により、完全なるカードに進化していた。十代は敵性宇宙生物とデュエルする。宇宙の果てにあるエネルギー体「ネオスペース」の力を得て、モンスターをパワーアップさせるという新デッキのコンセプトを、十代は理解し始める。
第63話『剣山VSカレーの魔人！スパイシーデュエル』
イエロー寮長の樺山教授は、カレーをえさに、レッド寮に入り浸りっぱなしのティラノ剣山たちをイエロー寮に連れ戻そうとする。剣山ＶＳ樺山のデュエル。樺山は永続魔法「カレーポット」を発動させ、ニンジン、ポテト、玉ねぎを順にゲームから除外させて、ついに「カレー魔人 ルー」を召喚する。ルーは、スパイスカードにより、攻撃力４１００にまで上がる。それはまるで、用意周到に準備して、じっくり煮込んだカレーのようであった。
第64話『翔VS剣山！アニキへの熱き想いデュエル』
十代の留守中に、翔とティラノ剣山が、「十代の弟分」の地位をめぐってケンカする。翔ＶＳ剣山の、アニキへの熱き想いを賭けたデュエルが始まる。まず剣山の主力モンスター「ダークティラノ」が、翔にダイレクトアタックを決める。翔は永続罠「サイバー・サモン・ブラスター」で、剣山のライフを少し（300）ずつ奪う。さらに「レスキューキューロイド」「デコイロイド」で防御コンボを完成させる…
第65話『ヘルカイザー亮！キメラテック・オーバー・ドラゴン』
プロリーグでエドに負けて以来、カイザー亮に精彩がない。怪しいプロモーターに誘われ、地下デュエルに出場する。野蛮な観客の前で、体を張った見世物的要素の強いデュエルだ。カイザー亮ＶＳ犬飼のデュエル。サイバードラゴンなどの機械族を錆びつかせる「酸のラストマシンウィルス」により、カイザーはモンスター召喚を封じられた上に、ダメージを受ける。ＬＰが減る度に体に電流が流され、観客は興奮する…。
第66話『十代初夢デュエル！』
森で迷子の十代は、空腹で薄れ行く意識の中で、今までのデュエルを思い出す。入学試験ではクロノス教諭の「アンティーク・ギア・ゴーレム」を「フレイムウィングマン」で打ち破ったこと。入学直後、ブルー寮のエリートだった万丈目の「XYVWZドラゴンキャノン」と戦ったこと。アカデミアの代表権を賭けて三沢の７番目のデッキと戦ったこと。カイザー亮の「サイバーエンドドラゴン」の前に始めて負けたこと…。
第67話『VSエド（前編）新たな力！アクア・ネオス』
久しぶりに十代が帰ってくる。レッド寮の廃止を賭けて、エドと戦う。エドのＤヒーローは依然強力だ。十代は前回の敗北から完全に立ち直り、宇宙の波動をキャッチして進化するという「ネオス」デッキで戦うと意気揚々だ。アクア・ドルフィン、Ｅヒーロー・ネオス、アクア・ネオスと進化させ、ドレッドガイを打ち破るが、その瞬間デッキに戻ってしまった!? 十代は「ネオス」デッキを使いこなせるのか？
第68話『VSエド（後編）炎のフレア・ネオス』
【つづき】十代ＶＳエド②。ネオスデッキを使いこなせていない十代は、Ｄヒーローの直接攻撃にさらされてＬＰ＝200のピンチになる。だがネオスデッキから「エア・ハミングバード」でライフを大きく回復させ、「フレア・スカラベ」を攻撃力を上げて召喚する。さらにフィールド魔法の新たなる空間「ネオスペース」内で、「Ｅヒーロー・ネオス」（攻撃力2500）とコンタクトさせて、「フレア・ネオス」を召ぶ･･･
第69話『クロノスVSナポレオン！トイソルジャーの行進』
レッド寮廃止をめぐり、クロノス臨時校長とナポレオン教頭が衝突する。教諭同士のデュエル。ナポレオンの軍隊デッキから、３体の「トイ・ソルジャー」が現れ、魔法カード「強行軍」「鼓笛隊」によって、クロノスに大ダメージを与える。その瞬間、レッド寮には鉄球が打ち込まれて壊され始める。クロノスが「アンティークギア」モンスターで反撃をすると、大工がレッド寮を修復し始める。
第70話『明日香VS万丈目ホワイトサンダー！』
万丈目はブルーの生徒を次々と倒し、ブルー寮を白く染める不可解な行動をとる。斎王が率いる「光の結社」こそが学園を納めるべきだと言う。明日香がそれを阻止しようとデュエルする。万丈目の永続魔法「ヘルズ・ホワイト」は、自分の手札をすべて見せてプレーするかわりに、相手に600のダメージを与える。その戦術に、明日香はペースを乱される。万丈目はすかさずアームドドラゴンで、明日香を追いつめる。
第71話『VSゲームチャンプ！巨大戦艦テトラン発進』
白の結社から、シューティングゲームの覇者・銀流星が刺客として送られる。宇宙戦艦さながらのデュエルシステムで、十代と銀が戦う。銀の「巨大戦艦テトラン」は、３重のシールドが張り巡らされ、なかなか破壊できない。さらに永続魔法「ボスラッシュ」で、クリスタル・コア、ビッグ・コアといった巨大戦艦を絶え間なく召喚する。十代はもぐらの様な「グラン・モール」で空間にワームホールを作るが･･･。
第72話『デッキ破壊を破壊せよ』
白の結社から強豪プロデュエリスト「エックス」が送り込まれ、十代とデュエルする。エックスの戦法は「デッキ破壊」で、その独特の戦術は初対戦で勝つことは難しい。エックスの戦術にはまり、十代は大量のカードを墓地に送られてピンチになる。一時はグローモスで突破口が開けるかに見えたが、エックスにかわされる。次第に、心理的にも、デッキのモンスターとの信頼感をも揺るがされる･･･。
第73話『剣山VS斎王！恐竜ＤＮＡだドン』
斎王は、タロットで見通した「なびかぬ力」を確かめるために、アカデミアに乗り込んでティラノ剣山にデュエルをしかける。斎王のタロットデッキは、カードの「正位置」「逆位置」で運命が反転する。剣山は恐竜デッキで対抗し、一時はリードしてるかに見えたが、斎王はそれすらも見通していたようだ。斎王は「なびかぬ力」の象徴である「ストレングス」の正・逆位置の効果を巧みに使い、剣山を追いつめる。
第74話『黄泉ガエル！イキカエル！デスガエル！』
十代は修学旅行の行き先を決めるため、斎王たちの代表の少女ローズとデュエルする。彼女のデッキは、カエルデッキだ。序盤から、「悪魂邪苦止（おたまじゃくし）」を墓地にためて、３体の「デスガエル」（攻撃力1900）を召喚し、魔法カード「死の合唱」で十代のモンスターを全滅させてダイレクトアタックを決め、十代に致命的なダメージを与える。さらに３体を融合して「ガエル・サンデス」を召喚する。十代はカエルにこだわるローズを不思議に思う･･･。
第75話『修学旅行タッグデュエル』
アカデミアの生徒一行は修学旅行で童実野町に行く。武藤遊戯や海馬瀬人を輩出したデュエルの聖地だ。十代たちは、武藤遊戯の生家を訪ねて双六爺さんに出会う。町を散策中に双六がさらわれ、追っていた翔と剣山は背中合わせのまま、光の結社の２人の刺客～雷丸と氷丸のコンビにタッグデェエルを仕掛けられる。剣山の恐竜モンスターは、「氷帝の城」にパワーダウンし、先制攻撃を受ける。
第76話『究極合体！レックスユニオン』
【つづき】翔＆剣山ＶＳ雷丸＆氷丸のタッグデュエル②。雷丸と氷丸は互いに仲が悪いが強力で、翔と剣山のＬＰは早くも1000を切る。剣山の恐竜モンスターは、氷丸の氷デッキと相性が悪く、また翔の乗り物モンスターは、雷丸の魔法「システムダウン」「暴走コンデンサー」に動きを封じられる。だが口ゲンカをしていた翔たちは、十代に迷惑がかかると知った時、団結し始める。
第77話『恐怖の四帝！デミウルゴス・ＥＭＡ（エマ）』
斎王の妹・美寿知（みずち）に戦力外通告をされた岩丸は十代を倒そうと躍起になる。十代の顔がわからずに途方に暮れている時、レッド寮のキャンプに合流する。十代と岩丸はお互いに正体を知らないが、仲良くなる。いざ友好的にデュエルをしようとした時、互いが憎むべき存在であることが分る。「地帝グランマーグ」（攻撃力2400）をベースに、４帝の力を合わせた「デミウルゴスＥＭＡ」を召喚し、攻撃力4900に達する…
第78話『最強タッグ！？十代＆エド（前編）』
十代とエドは、美寿知の導きで、バーチャル空間に入る。十代＆エドＶＳ美寿知の変則タッグデュエルが始まる。美寿知は「鏡」を使い、自分をもう一人出現させる。翔たちを救いたい十代、ナンバー１であることを証明したいエド、と２人の思惑は異なり、連携プレーもうまくいかない。「聖なる結界－ミラーバインド」は合わせ鏡のようにモンスターを無限に映し出し、十代たちのモンスターを破壊する。そして場の「月輪鏡」に映る満月はモンスターが破壊される度に、すこしずつ不気味に欠けていく…。
第79話『最強タッグ！？十代＆エド（後編）』
【つづき】十代＆エドＶＳ美寿知の変則タッグデュエル②。美寿知は２体の「魔鏡の式神」を生け贄に、戦闘では破壊されない無敵の「闇の神－ダークゴッド」（攻撃力3000）を召喚する。さらにフィールド魔法「無限の降魔鏡」で合わせ鏡に映して、１０体のダークゴッドを場にそろえる。負け試合を覚悟したエドに対して、十代はいまだ熱い闘志を持つ。新たなネオスペーシアン「ブラック・パンサー」を召喚する。
第80話『絶望の国のアリス』
レッド寮に転校生の美少女アリスが現れる。剣山はアリスに夢中になるが、不審に思った三沢は同名の謎めいたレアカードがあることを知る。その夜、十代はアリスがデュエリストを呪い、剣山を取り込もうとしていることを知る。十代ＶＳアリスのデュエル。アリスは攻撃力０の人形パーツを次々と召喚し、ちぐはぐに合体させた人形「ドールキメラ」を召喚する。ドールキメラは攻撃を受けるごとに、そのパーツを増やして、どんどん攻撃力を上げていく…
第81話『クイズデュエル！？ＶＳナゾラー・パネル９』
明日香に密かに想いを寄せるクイズ王の神田は、明日香と口論している十代に出くわし、デュエルを挑む。神田はクイズデッキを使い、永続魔法「クイズアワー！」を発動させる。すると人格が変わったように明るくなり、十代が攻撃するたびにクイズ司会者のごとく、問題を出す。十代は体力勝負の問題はクリアするが、デュエルの知識問題はことごとく外し、LPが下がる…
第82話『三沢ＶＳ万丈目 アサルト・キャノン・ビートル』
三沢は、光の結社の勧誘が自分にだけ来ないため、弱いと思われているのかと焦る。自ら斎王に会い、デュエルで勝ったら島から出て行けと言う。斎王のかわりに万丈目が三沢とデュエルする。万丈目は新ユニオンモンスター３体を合体させ「アサルト・キャノン・ビートル」（攻2800）を召喚し、おジャマ達を弾丸のように使い、三沢のＬＰを1600にまで下げる。三沢の先を見据えた頭脳プレーはこの上を行っているのだが…
第83話『ヘルカイザー亮ＶＳマスター鮫島』
ヘルカイザー亮は、封印された強力デッキを求めて、「サイバー流デュエル」の昔の師範である鮫島元校長を訪ねる。亮VS鮫島の師弟デュエル。亮は序盤からサイバーエンドドラゴンを召喚するが、鮫島はコピーモンスターで防ぐ。鮫島のサイバーオーガは「柔よく剛を制す」のごとく、亮のモンスターの攻撃力を吸収して攻撃力4000に達するが、亮はサイバー・レーザー・ドラゴンでかわす。鮫島が罠カードで、亮のサイバーエンドドラゴンを奪ったとき、ついに最終決戦となる…。
第84話『ジェネックス開幕！目指せ１番！』
鮫島校長が「デュエル・ワールドカップ」の開会を宣言する。アカデミア島を舞台に、生徒と世界のプロデュエリストが参加する一大デュエル大会だ。斎王は、ヨーロッパの強国のセレブ・オージーン王子とデュエルする。王子はワンターンキルで勝つと豪語し、斎王も自分のターンが来る前にデュエルは終わると予言する。「サテライトキャノン」は攻撃力4000となり、斎王に向かって攻撃を開始する･･･。
第85話『神のカード「ラーの翼神竜」を操る男！？』
十代の前に研究者風のフランツが現れる。Ｉ２社より急遽来たペガサスと前田隼人から、彼はＩ２社の社員で、最強カード「ラーの翼神竜」のコピーカードを使う危険な男だと聞く。十代ＶＳフランツのデュエル。序盤から「ラーの翼神竜」を召喚する。本来なら神の懲罰を受けるはずも、自身が作った魔法カード「神縛りの鎖」で神を操る。隼人が十代のためにデザインした新フィールド魔法カード「摩天楼２－ヒーローシティ」に想いを託す。
第86話『デュエルの花道』
対戦相手がいないと嘆いていた十代の前に、突如太鼓が鳴り響き、桜吹雪が舞う。そしてその中から歌舞伎の衣装を身に付けたプロデュエリスト「カブキッド」が登場し、十代にデュエルを挑む。カブキッドは観客を楽しませるデュエルこそがプロのデュエルだと主張し、派手な舞台を演出するフィールド魔法「歌舞伎舞台～大橋」を発動する。そんな派手なデュエルに関心するも疑問をいだく十代は・・・・。
第87話『がんばれ！おジャマトリオ（前編）』
プロデュエリストと対峙する万丈目。光の結社の一員となった彼はホワイトナイツ・ソードマンのカードを操り、圧倒的強さで勝利する。そのデュエルを観戦した十代に対して万丈目は対戦を要望する。が十代は万丈目のデッキに「おジャマトリオ」がないことに気づく。万丈目にとって大切なカードである「おジャマトリオ」のカードを探しだし、そのカードを使うことで万丈目を元に戻そうと考える十代。そしておジャマトリオを手に入れた十代と万丈目がついにデュエルで勝負することに。
第88話『がんばれ！おジャマトリオ（後編）』
光の結社の一員である万丈目は、斎王から託されたカード「ホワイトナイツ・ロード」を使って十代に攻め立てる。一方、十代は万丈目にとって大切なカード「おジャマトリオ」のカードを使って防戦する。どんなに攻撃を受けても、おジャマトリオで対抗する十代。またおジャマトリオも万丈目に「仲間」だったことを訴える。そして・・・・ついに、やられて惨めな状態のおジャマトリオを見た万丈目は目覚めるのであった。
第89話『ヘルカイザーＶＳダークネス吹雪』
ヘルカイザーとなった亮がジェネックスに参加するためアカデミアに帰ってきた。その様子を見ていた親友「吹雪」はある決意をしてヘルカイザーの前に立つ。以前、ダークサイドに落ちた時に救ってくれた恩を返そうと。ついに吹雪VSヘルカイザーのデュエルが始まった。吹雪はあえてダークネスを力を使いレッドアイズブラックドラゴンを召還する。一方、ヘルカイザーは・・・・・。
第90話『アカデミアのプライド』
生徒たちが、プロデュエリストに負けることでアカデミアの評判が悪くなることを危惧したクロノスとナポレオン教頭は秘密兵器としてある人物たちをジェネックスに参加させる。一方、プロデュエリスト「ソムリエ・パーカー」とデュエルをしていたジュンコとモモエ。苦戦を強いられ、あきらめかけたその時に、光の結社に入ったはずの明日香が姿を現す。そして明日香はジュンコとモモエからデュエルを引き継ぎ、ソムリエと対峙することに。
第91話『ワンターンキルの死神』
ジェネックスにワンターンで相手を倒すデュエリストが参加しているという噂が流れる。その正体は死神のカードと契約し、ドローパワーを得た橘だった。死神に魂を売った橘とデュエルをすることになる十代。デュエル開始とともに、橘はマジックカード「一撃必殺居合いドロー」のカードを引き、十代めがけてワンターンキルをしかける。果たして十代は・・・・・。
第92話『トライアングル・デュエル』
クロノス平教員とナポレン教頭は「クビ」になるという噂が広まっている中、鮫島校長から「出て行け～」と怒鳴られる。意気消沈している二人だったが、鮫島校長を訪問しようとしていたII社のペガサス会長を見かけ、I２社の就職を志願する。しかたくデュエルに勝てば就職を許可するというペガサス。そしてペガサスVSクロノスVSナポレンというトライアングル・デュエルがスタートする。果たしてクロノスとナポレオンは・・・・
第93話『白夜の決闘！十代ＶＳ明日香（前編）』
斎王の中で２つの人格が葛藤をしてた。光の波動を受け、世界を破滅しようとする人格と、それを防ごうとする善良なる心をもつ人格が。善良なる心の人格は世界の破滅を防ぐべく、重要なカギを十代とエドに手渡す。それを知った光の波動を受けた斎王はカギを取りかえすべく、十代の前に明日香を送り込む。斎王によって強力なデッキなった明日香は白夜女王（ホワイトナイトクイーン）で十代に攻撃を開始する。
第94話『白夜龍！十代ＶＳ明日香（後編）』
斎王によって強化された明日香のデッキは十代を徐々に追い込む。苦戦する十代はなんとかもとの明日香にもどるよう「心」に訴えかけるのだが。まったく十代の言葉に耳を傾けない明日香はついに最強のカード白夜龍（ホワイトナイツドラゴン）を召喚する。窮地にたった十代は、万丈目と吹雪から託された「明日香への思い」が詰まったカードを切り札につかうのだが・・・・。
第95話『仁義なき兄弟デュエル 亮ＶＳ翔』
やさしくまた尊敬できる兄さんに戻って欲しいと願う翔は、ヘルカイザー亮にデュエルを挑戦する。だが、亮は非情にも翔に、ライフポイントの減少と同時に電流を浴びるデュエルを条件にする。ここに亮VS翔の兄弟デュエルが開始される。翔はいつもどおり相手をリスペクトしたデュエルを展開するのだが、亮はサイバー流裏デッキを駆使し、翔に襲い掛かる。
第96話『相対性フィールド！十代ＶＳ天才博士』
光の波動を受けた斎王は重要なカギを奪還すべく、またしも十代に刺客を送り込む。その刺客は十代がもっとも不得意としてる理論的なデッキを組む天才物理博士ツバイン・シュタインだった。ツバインは相対性フィールドを発動し、十代を迎え撃つ。そして、十代の得意とする融合を無効にするモンスターを召喚し、優位にデュエルを展開する。
第97話『登場！謎の世界チャンプ！』
,鮫島校長が開催したジェネックスの真の目的は「究極のＤのカード」を持つものを探すことだった。またエド・フェニックスも同様に父を殺し、カードを持ち出した犯人を捜すべくデュエルを行っていた。時を同じくして、デュエルのプロリーグの世界タイトルマッチが開催されようとしていた。プロリーグに十年君臨する王者「ＤＤ」。エドの後見人でもある「ＤＤ」とＩＱ２００のコレクターのデュエルが始まる。が、しかしその勝負は一瞬にして終わるのであった。究極のＤのカードを使ったＤＤによって。
第98話『ついに発動！究極のＤのカード』
世界チャンピオンＤＤが自分父親を殺し、カードを奪ったという真実を聞かされたエド。そして斎王から託された鍵をかけたデュエルを挑まれることに。Ｄヒーローのカードを駆使し、戦うエド。が、世界チャンピオンと互角以上に戦っていたが、ついにＤＤは究極のＤのカード「ブルーＤ」を発動するのであった。窮地にたったエドは・・・・・。
第99話『十代ＶＳレーザー衛星の恐怖』
オージーン王子の秘書であるリンドから「鍵」の秘密を聞かされる十代。その「鍵」とはレーザー衛星のコントロールキーであった。オージーン王子は斎王の命により十代から「鍵」を奪うべく、彼にデュエルを挑む。サテライトキャノン３体を召喚し、攻撃する王子。ピンチとなりフレイムウイングマンで対抗する十代であったが・・・・。
第100話『究極のアルカナ「ザ・ワールド』
光の波動が斎王に取り付いたという父の言葉を確かめるべく、斎王のもとに向かうエド。そして光の結社専用デュエル場にたどり着いたエドは、斎王に問いただすのであった。が、斎王は光の波動に取り込まれ別人格となり、エドにレーザー衛星の鍵を返すよう強要してきた。エドは意を決し、斎王とデュエルすることに。斎王はすべての運命を見透かしたようにアルカナのカードを繰り出す