第101話『エド、必殺の一撃！「ブルーＤ』
エドと斎王のデュエルは続く。斎王は２１番目のアルカナフォース「ザ・ワールド」を炸裂させる。大ダメージを受けたエドではあったが、光の波動に取り込まれた斎王の中に、「本当の斎王」がいると信じ戦い続ける。が、斎王の容赦ない攻撃に追い込まれるエド。あきらめかけたその時、エドに異変が起こり、反撃に転じる。そのエドの姿には「心優しかった斎王」が重なって見えるのであった。。
第102話『光の波動ＶＳネオ・スペーシアン』
光の波動に取り込まれた斎王との戦いに敗れたエド。斎王はエドと引き換えに「レーザー衛星」の鍵を十代に要求する。窮地に追い込まれる十代。その時「ネオス」があらわれ【鍵】が斎王に渡る前に阻止する。怒り狂った斎王は十代とデュエルし、決着をつけることに。斎王はエド戦同様に未来を予言し、優勢にデュエルを展開する。一方、十代は得意の「融合」を使いモンスターを召喚するのだが。
第103話『十代ピンチ！フィールド魔法「光の結界』
光の波動に取り込まれた斎王はフィールド魔法「光の結界」を発動する。この結界は「カードの精霊たち」の力も弱めるという効果があり、十代のモンスターたちを追い込む。さらに斎王はアルカナフォース「ザ・ワールド」を召喚し、十代に襲い掛かる。一方、邪悪な斎王に操られたオージーン王子は「レーザー衛星」の鍵を２つ手に入れ、衛星を機動する。止めに入った剣山であったが、もうすでに遅く、レーザー衛星は地球めがけてビームを発射したのである。果たして・・・・・
第104話『勝利の行方は？！十代ＶＳ斎王』
十代はグローネオスを召喚し、光の結界を破壊する。形勢を逆転した十代は、邪悪な斎王にダイレクトアタックを仕掛ける。窮地に追い込まれた邪悪な斎王は、『ザ・マテリアル・ロード』『ザ・スピリチアル・ロード』『ザ・ヘブンズ・ロード』を生贄とし、究極のカード「アルカナフォース・エクストラ・ザ・ライト・ルーラー」を召喚し、強烈な一撃を与える。一方十代も「グランモール」と「ネオス」をコンタクト融合させ「グラン・ネオス」を召喚させ、反撃に転じるのだが・・・・
第105話『新学期スタート！波乱の予感』
新学期を迎える前日、白の結社によって白くなった校舎をブルーに塗る万丈目。一方、十代は斎王戦でともに戦ったネオスと今まで戦いを振りかえるのであった。それはエド戦で敗北し、カードがすべて真っ白にあるという現象を経験し、ネオスペーシアンと出会い、ネオスペーシアンのカードを手に入れ、再度エドとガチンコ勝負したことや、エドとタッグを組み美知寿と戦ったことを。
第106話『十代と宝玉獣デッキのヨハン』
デュエルアカデミアは新学期がスターとした。アカデミアには学校のチャンピオンである「アモン」「オブライエン」「クロコダイル」と「プロフェッサー・コブラ」と「謎の男」が留学生として招待され、新たな仲間となった。一方、十代は校舎の屋上で精霊が見える少年とであう。その少年こそが「謎の男」ヨハンであった。コブラはエキシビジョンマッチを提案する。その対戦内容は十代ＶＳヨハンであった。ヨハンは宝王獣という珍しいモンスターを操るデュエリストであった。
第107話『ネオ・スペーシアンＶＳ宝玉獣 』
ヨハンは「アメジスト・キャット」、「トパーズ・タイガー」と次から次へと宝王獣を召喚させる。十代もネオスペーシアン「フレア・スカラベ」と「ネオス」をコンタクト融合させ「フレア・ネオス」で対抗する。そしてヨハンは十代のフィールド魔法を破壊し、新しいフィールドマジック、「虹の古代都市・レインボー・ルイン発動」しネオスペーシアンをデッキ戻させた。この鮮やかな攻撃を見ていたエドはヨハンと宝王獣との知られざる関係について語り始めた。
第108話『プロフェッサー・コブラの刺客』
プロフェッサー・コブラは実力公開システムであり、オープンにデュエルを行う「ディスクロージャーデュエル」を宣言する。そしてそのデュエルの熱さ、集中力、決断力といった闘う心を測定するデスベルトを全校生徒に装着させるのであった。またコブラはオブライエンに十代とデュエルをすることを命令する。その作戦とは十代の潜在能力をすべてださせるものであった。作戦の実行を開始したオブライエンは翔を人質にとり十代とデュエルすることに。
第109話『十代と炎のオブライエン』
翔を人質にすることで十代の潜在能力をすべて発揮させようとするオブライエン。思惑どおり本気のバトルを繰り広げる十代に対して、炎デッキで応戦する。十代のダイレクトアタックに対して永続トラップ「ファイアー・ウォール」を発動し、直接攻撃を無効化するオブラエイン。一方、十代もネオスとフレア・スカラベとコンタクト融合させフレアネオスを召喚し反撃するのだが・・・・
第110話『ティラノ剣山と化石竜のジム』
ジム・クロコダイルはデュエルアカデミアで強い電磁波が発生していることに気付く。ジムは十代、ヨハン、翔、剣山とともにジャングルで調査することに。その時である強い電磁波が発生し、ワニの「カレン」が剣山に襲いかかった。と同時に剣山も電磁波の影響で我をわすれ、ジムに襲いかかったのである。そこでジムは剣山とデュエルをすることに。剣山は本能的に強力な恐竜モンスターを召喚したのに対してジムはマジックカード「化石融合－フォッシル・フュージョン」を発動し、化石竜を召喚するのであった。
第111話『万丈目と雲デッキのアモン』
コブラは自分の近辺を調査しているアモンのことに気付く。そしてアモンに対してデスデュエルを行うように催促するのであった。アモンもコブラが自分の動きに気付き命を狙ってくると察し、ある作戦にでる。一方、万丈目はアモンのことが気になり、彼のプロフィールを調べる。その結果ガラム財閥の長男であることを知った万丈目はアモンにデュエルすることを申しでる。アモンは雲デッキを使い万丈目に攻撃をしかける。
第112話『サンダーＶＳアイ・オブ・ザ・タイフーン』
万丈目はＶＷＸＹＺドラゴン・カタパルトキャノンを召喚し、怒涛の攻撃をアモンに浴びせる。が、余裕の笑みを浮かべたままその攻撃をうけていたアモン。ついに反撃を開始する。リバースカードを2枚オープンし、レインストームとナチュラル・ディザスターの効果で万丈目にダメージを与える。応戦する万丈目だったが、アモンのコンボ攻撃によりさらに窮地に追い込まれる。が、万丈目は負けずに「おジャマ・デルタサンダー」で反撃にでるのだが・・・・。
第113話『十代ＶＳ裏切りのＥ（エレメンタル）ヒーロー』
デス・デュエルにより大量の怪我人がでたことで、プロフェッサー・コブラがその事件に関与していると確信した十代たちは、コブラが潜む研究施設ＳＡＬに向かう。地下に続くエレベーターを見つけた十代たちはＳＡＬの地下へと進み、そこで二手に分かれてコブラを探すことに。その道中で十代は佐藤先生に出会う。そして佐藤はいう「オレを倒さなければコブラのいるこの扉は開かない」と。佐藤とデュエルすることになる十代。佐藤が召喚したスカブ・スカーナイトは攻撃したモンスターを味方にするモンスターであった。十代に攻撃しているバースとレディーに対して十代は・・・・
第114話『絶体絶命！傷だらけのヒーロー』
佐藤はスカブ・スカーナイトの効果によりバースト・レディとエア・ハミングバードを味方にし、十代に攻撃をしかける。一方十代もセイラーマンを融合召喚させ、佐藤にダイレクトアタックをしかける。そのバトルをモニターで見ていたコブラは、十代にこのデュエルに仕掛けられた罠を告げる。罠とは明日香が人質となっていることと、佐藤が攻撃をうけると明日香が閉じ込められている部屋の水が増すことであった。攻撃できなくなった十代に対して佐藤は容赦ない攻撃をしかけるのであった。・
第115話『精霊狩りのギース』
コブラの第2の刺客を十代たちに送り込んだ。その刺客とはカードの精霊が見えるギース。彼は宝玉獣のサファイア・ペガサスを生け捕りにし、デュエルを強要する。体力の消耗した十代に変わり、ギースに立ち向かうヨハン。ヨハンとギースのデュエルが始まる。ギースはヨハンの宝玉獣を狩るがごとくカウンタートラップ「ハンティングネット」を発動し、アメジスト・キャットを捕獲する。宝玉獣を助けようとするヨハンであったが、さらなる罠が待ち構えていた。
第116話『宝玉獣ＶＳ地獄の番犬（ヘル・ガンドッグ）』
ギースは様々なトラップカードで、宝玉獣を捕らえていき、またヘル・ガンドックを召喚し、ヨハンに攻撃を浴びせる。ギースの卑劣なデュエルに怒りを覚えたヨハンは反撃を開始する。ギースの罠を予測し、それを上回る戦術でトパーズ・タイガー、エメラルド・タートルを召喚し、攻撃するヨハン。追い詰めらわたギースは、ヨハンの弱点をつき、攻撃の手を止めさせる。手出しできないヨハンに対し、ギースは永続魔法「身代わりの痛み」を発動し、ダメージを与えるのだった。
第117話『決戦！十代ＶＳプロフェッサー・コブラ』
コブラの刺客を倒した十代とヨハンのもとに明日香やジムなどの仲間たちが集まり、プロフェッサー・コブラのもとに急ぐ。一方、単独でコブラの元に向かっていたアモンは、十代たちよりも先にコブラのもとに到着し、「彼らは来ない」と告げる。先を急ぐ十代たちだったが、電子制御装置がショートし、次々と隔壁がしまりはじめ、行く手を阻まれたと思った時、オブライエンが走りこんできて、隔壁を両肩で止めるであった、オブライエンの助けのもと、ついにコブラの前に到着した十代。そしてコブラとのデュエルがはじまるのであった。
第118話『恐怖！毒蛇王ヴェノミノン』
コブラはフィールド魔法「ヴェノム・スワンプ」を発動し、十代が召喚したモンスターに毒を浴びせ、攻撃力を下げ、破壊するのであった。対する十代はスパークマンとエッジマンを融合し、新しいヒーロー「プラズマ・ヴァイスマンを召喚し、ヴェノム・スネークを破壊する。が、コブラはトラップカードの効果を使い、２体のモンスターを召喚し、毒攻撃を行う。さらに、2体のモンスターを生贄に毒蛇王ヴェノミノンを召喚し、プラズマ・ヴァイスマンを破壊する。コブラの毒デッキになす術のない十代は新たなヒーローを召喚するのだが。
第119話『トリプルコンタクト融合！マグマ・ネオス』
コブラのモンスター「毒蛇王ヴェノミノン」の攻撃に思うように攻めることができない十代。が、マジックカード「ミラクル・フォージョン」を引き当てたことで、十代はワイルド・ジャギーマンを召喚し、ヴェノミノンを破壊する。ヴェノミノンを破壊されたコブラはトラップカード「毒蛇神降臨」を発動し、「毒蛇神ヴェノミナーガ」を召喚する。ヴェノミナーガの攻撃でダメージを受けた十代だったが、このダメージにはヴェノミナーガの効果が発動しており、３ターン後には全身に毒がまわり、デュエルに敗北するというのものだった。それでも立ち向かう十代はスパークマンとネクロダークマンを融合し、ダークブライトマンを召喚し、コブラに攻撃するのだが・・・・。
第120話『異世界での戦い！宝玉獣ＶＳハーピィレディ』
コブラとの死闘で気絶した十代が目を覚ますとそこは・・・・砂漠だった、その砂漠にデュエルアカデミアの校舎だけが建っているという異常な状況であった。地質学に詳しいジムはデュエルアカデミアが異世界に飛ばされたのではと告げる。異常事態に混乱するデュエルアカデミアの生徒たち。そこに更なる危機が。この世界では実体化したモンスターが襲ってくるのであった。ハーピィレディの襲来に対峙するヨハンだったが。
第121話『砂漠のサバイバル！ヨハンＶＳ蟻地獄』
何者かによって重傷を負ったレイ。レイを治療するための薬を手に入れるために、三沢が見た潜水艦に向かう十代たち。潜水艦がある場所には砂漠を歩いて渡らなければならなった。そんな十代たちの前に実体化したタイタンが現れ、行く手を阻む。タイタンＶＳヨハンの戦いが始まる。サンド・ドゥードゥルバグを実体化させ、攻撃してくるタイタンに対して、宝玉獣で対抗する。が、砂漠に強いモンスターを召喚するタイタンに徐々に追い込まれるヨハン。
第122話『デュエルアカデミア危機！ゾンビ生徒の恐怖！』
潜水艦で薬を見つけた十代たちは急ぎデュエルアカデミア向かう。一方、学園を守るために警備していた万丈目ところに怪しい生徒たちが来て、「デュエルしよう～」とデュエルを申し込む。デュエルをする万丈目だったが、次から次にデュエルを申し込まれ・・・・。学園に到着した十代たちは警備をしているはずの生徒がいないことに不審に思っていると、どこからともなく生徒が現れ「デュエルしよう～」と声をかけてくる。学園の異常に気付いた十代たちは・・・・
第123話『レイ救出作戦！Ｅ・ヒーローＶＳ堕天使ナース』
学園内に増殖するゾンビ生徒。このままでは重傷で寝ているレイがいる保健室も占領されてしまうと動揺する十代。皆で協力しあい保健室に向かうことに。途中幾度となくゾンビ生徒に教われれるも、なんとかと保健室に到着した十代とヨハン。そこにまっていたのは、すでにゾンビとなった鮎川先生だった。レイに薬を飲ませることを阻止する鮎川。意を決し鮎川とデュエルする十代。鮎川先生は堕天使ナース・レフィキュルを召喚し、あえて十代のライフを回復するのだが・・・・。
第124話『学園分裂！腹ペコデュエル』
学園内にはゾンビ生徒が徘徊し、外は実体化したモンスターがいるという危機的状態に追い込まれた十代たち。それでも残った生徒たちを守るべく、バリケードなどをつくり体制を強化していた。が、そんな中、空腹に耐えかねた原田、寺岡、山中たちが逃走し行方不明になる。行方不明の生徒を探す十代たちに呼びかけるマルタン。食料倉庫と十代たちが占拠している発電所エリアを交換しようと。そのエリアをかけたデュエルをする相手は「笑い」「無表情」「怒り」の仮面をつけた３生徒だった。対峙するオブライエン・ヨハン・ジムだったが・・・
第125話『ヨハン・ジム・オブライエンＶＳ仮面の三騎士』
ヨハンＶＳ「無表情」仮面、オブラエンＶＳ「笑い」仮面、ジムＶＳ「怒り」仮面の食料倉庫をかけたデュエルが続いている。ヨハンは「無表情」仮面の「沈黙の虚構」により徐々に追い込まれ、またジムも「怒りのアンカーナイト」でライフを削られる。オブライエンは冷静にデュエルを行いつつ、このデュエルが囮であることを把握し、一気に勝負にでる。オブライエンの「囮」であるという事実を聞いたヨハン、ジムも応戦に転じるのであった。一方、マルタンのことが心配になっているナポレオン教頭がどこかに行くのを見たレイは十代を誘いその後を追うことに。
第126話『十代ＶＳ万丈目・竜騎士ダークソード』
三幻魔が収められている場所に向かったマルタンを追いかける十代。が、その十代の前に立ちふさがったのはゾンビになっている万丈目であった。どうしても道を譲らない万丈目に対して十代はデュエルをすることに。リターン・ゾンビやブラッド・ヴォルスを召喚し、十代に襲いかかる万丈目。一方、ヨハンたちのデュエルが囮だったことを知った生徒たちは食料がある場所になだれ込むも、ゾンビ生徒たちにやられ、ほとんどの生徒がゾンビと化するのであった。そんな中、オブライエンは発電エリアで何者かの通信を聞くのであった。
第127話『封印を破りし者・マルタン』
鮫島校長とペガサスはレインボードラゴンを収める石版を発見し、その現場に向かった。三幻魔のカードを手にしたマルタンは、アモンに対して三幻魔をかけてデュエルをしようと挑発する。心揺れ動くアモンであったが、自分の気持ちを確かめるべぐ、マルタンとデュエルすることに。マルタンはマッドリローダーを守備表示で召喚し、アモンは攻撃力３０００の「クラウディアン・アイ・オブ・ザ・タイフーン」を召喚し、マルタンのライフを３０００削る。その攻撃に対して余裕のマルタン。一方、ヨハンたちはレインボードラゴンのカードを受け取ることのできる施設を見つけ、そこに向かうのだった。
第128話『宝玉獣ＶＳサイバー・エンド・ドラゴン』
レインボードラゴンのカードを受け取るためには壮絶なるデュエルエナジーが必要だった。そこでヘルカイザー亮とヨハンがデュエルをすることに。亮は最初のターンからキメラテック・オーバー・ドラゴンを召喚し、さらに装備魔法フィーチャー・フュージョンを発動し、次の自分のターン目にサイバー・エンドを召喚するてはずを整える。ヨハンはアメジスト・キャットでダイレクトアタックを行うが、亮はまったく動じず、更なる攻撃をすべくサイバー・ダーク・ドラゴンを召喚するのであった。
第129話『三幻魔の脅威！十代ＶＳマルタン』
マルタンはデュエルゾンビになった生徒たちを人質に十代を誘う。対峙する十代とマルタン。十代は、マルタンの三幻魔のカードを警戒しつつも、デュエルを始めることに。マルタンは攻撃力０のカオス・コアを召喚しカード１枚伏せてターンを終了する。十代は一気に決着をつけるべくＥ・ヒーローを召喚する。一方、ヨハンはレインボードラゴンのカードが入ったカプセルが落ちた場所を探しにオブライエンとともに砂漠の探索するのだが。。。。
第130話『レインボードラゴン覚醒』
十代のもとに、レインボードラゴンのカードを手に入れたヨハンが戻り、十代とともマルタンとデュエルをすることに。不利な条件などまったく意に介さないマルタンは三幻魔である幻魔皇ラビエル！降雷皇ハモン！そして神炎皇ウリアの召喚に成功する。ヨハンも対抗するように、自分のフィールド・墓地に７つの宝玉をそろえ、ついにレインボドラゴンを召喚するのであった。三幻魔ＶＳレインボードラゴン。その勝利の行方は・・・・
第131話『エースカード大集合！！開け、次元の扉！』
レインボードラゴンの力で無事に現実世界に戻ってくることができた十代たち。が、しかしヨハンは戻ってきていなかった。今回の事件に「ユベル」のカードが元凶であることを知った十代は責任を感じ、自分を追い込む。一方明日香たちはユベルのカードと十代の関係について鮫島校長から話をきくことに。そんな中、三沢とツバインシュタイン博士はデュエルアカデミアにまたもや異変が起こることに気付く。
第132話『生死を賭けた決闘（デュエル）』
ヨハンを探すために、デュエルアカデミアで起こった「揺り戻し」により再度異次元の世界に戻った十代たち。が、戻った世界は以前とは違うところであった。ヨハン救出にあせる十代は単独で行動し、地下の迷宮に迷い込む。十代がいないことに気付いたオブライエンと三沢も迷宮の中へ。地下で合流した十代たちの前にタニヤが現れ、一緒にこの迷宮を脱出することに。この地下迷宮を守るバードマンと遭遇し、デュエルすることになる十代。が、この世界のデュエルは本当に生死をかけた決闘であった。
第133話『十代VS暗黒界の斥候スカー』
地下迷宮を脱出し、出口の扉を開いた十代たちは次なる世界へ。そこは中世ヨーロッパのような石畳の道と石で作られた建物の世界だった。が、町は人の気配がなく、また何者かに荒らされたように荒廃していた。。その時、一人の少年カイルが暗黒界の斥候スカーに襲われそうになった。少年を守るためデュエルをする十代。十代ＶＳスカーのデュエル。スカーはデーモン・ソリュジャーを召喚するが、十代はサンダージャイアントを召喚したたみかえるように攻撃を行う、。気迫のこもった十代のデュエルに驚く明日香たち。
第134話『十代VS暗黒界の騎士ズール』
ヨハンらしき人物を見たという情報をもとにその場所に一人向かう十代。残された明日香たちは戸惑いつつも十代のあとを追うことに。一方カイルたちを守っていた戦士フリードは十代が暗黒界たちのところにいったことを好機と考え住民たちの避難を行う。ヨハンがいると思われた収容所についた十代を待ち受けていたのは暗黒界の騎士ズールであった。罠とわかった十代はズールにデュエルを挑む。十代はネオスとグロー・モスをコンタクト融合させグロー・ネオスを召喚し、ズールに攻撃をしかける。そのころ十代を追っていた明日香たちにも魔の手が・・・・。
第135話『十代VS暗黒界の狂王ブロン』
地図とソニックダックを手に入れた十代は次なる目的地である砦を目指しまたも一人で先に行くのであった。一方、明日香たちは十代の先走った行動に困惑しつつも後を追いかけることに。そんな明日香、万丈目、吹雪、剣山たちのもとに暗黒界の狂王ブロンの手下である武神ゴルドと軍神シルバが襲いかかる。砦に到着した十代は一人中に入る。そこで待っていたのはブロン。十代とブロンはデュエルをはじめる。ブロンは暗黒界の狩人ブラウを召喚し、永続魔法「邪心経典」を発動する。
第136話『邪心教典発動！暗黒界の魔神レイン』
【つづき】狂王ブロンは永続魔法「邪心経典」を発動させ、また速攻魔法「邪心教義・怒」をも発動させることにより人質の一人であった万丈目が光の粒子となって消えた。十代が攻撃すれば残りの人質である明日香、剣山、吹雪が犠牲になるため攻撃できない十代。窮地に追い込まれ、攻撃することをやめ。フェザーマンを守備表示で召喚するだけであった。ブロンは永続トラップダークネス・ハーフを発動し、ダークトークン2体を十代の場に召喚させる。一方、翔はジムとオブライエンの助けによりゴルド、シルバの脅威から逃れ、十代のもとに向かう。
第137話『翔の決意！「友情の証』
剣山、吹雪、明日香らが光の粒子となって消えても、なお勝利を求めて戦う十代のデュエルを見た翔は十代に対して疑心を抱き始めていた。そして、一人十代を忘れようとして歩いているとオジャマ・イエローが溺れているのを発見し、助ける。なんとあの万丈目のオジャマ・イエローであった。オジャマ・イエローから万丈目の最後の様子を聞いた翔はさらに十代に対する疑念が増しデュエルディスクを谷に投げるのであった。そんな翔とオジャマ・イエローの前にデビル・ドーザーが現れ襲いかかる・・・・。
第138話『覇王降臨・死の決闘者（デュエリスト）たち』
行方不明になった十代を探すジムとオブラエイン。その道中バトルフットボーラーに襲われている老人と少年を助ける。そして老人からデュエリスト狩りを行っている覇王軍のことを知る。ひとまず老人と少年の集落に向かうジムたち。向かったその集落にも覇王軍が攻めてきており、絶対防御将軍バーガンディが集落を守っていた。バーガンディからは覇王軍の情報を聞いたジムは十代がいるであろう覇王城に向かうのであった。
第139話『ダーク・フュージョン！インフェルノ・ウイング！！』
覇王の正体は・・・・十代であった。驚愕するジムとオブラエン。ジムは覇王十代に対して「何故なんだ！」と問うも何も言わない覇王十代。ジムとオブラエインは一旦その場から逃げる。ジムはそこでオブラエンに包帯を巻いている右目の秘密について語るであった。幼い頃カレンを救うために失った右目。その右目にはかけがえのない友を救うときに奇跡を起こす「オリハルコンの眼」がはめられたと。そして不吉な赤い彗星が向かっているこの時がこの「オリハルコンの眼」で十代を救う時だと。決意を新たにしたジムは覇王十代のもとに向かいデュエルを申し込むのだった。
第140話『空前絶後・超融合発動！』
【つづき】覇王十代ＶＳジム。覇王十代は「Ｅ－ＨＥＲＯ（イービルヒーロー）マリシャス・エッジ」を召喚し、ジムへ強烈な攻撃をしかける。一方、ジムも「ウルルの守護者」を召喚させ、防戦する。さらに攻撃をしかける覇王十代は「Ｅ－ＨＥＲＯ（イービルヒーロー）ヘル・ゲイナーを召喚し、追い討ちをかける。瀕死の状態になり、なおも立ち上がりデュエルを続けるジム。覇王十代の中に以前の十代を見出したジムはここで「オリハルコンの眼」を発動させるのであった。
第141話『恐怖の覇王！彷徨えるオブライエン』
十代の行方を捜すヘルカイザー亮とエド。ゴブリン兵から情報を聞きだし、覇王が十代であることを知り、覇王城へと向かう。一方、覇王十代の強さに恐怖したオブラエインはその場から逃げは廃墟の中に潜んでいた。そんなオブライエンの手の中にはジムの「オリハルコンの眼」があった。恐怖心に打ち勝つことができないオブライエンはデュエルデスクを置き、歩きだす。その様子を見ている翔。森の中を彷徨うオブライエンの前に現れる「海神の巫女」とダンシングフェアリー。彼女らはオブライエンに対して「覇王と戦う勇者ですか」と問うのであった。
第142話『勝ち残る者が正義！覇王ＶＳオブライエン』
スカルビジョップの裏切りを見破ったオブラエインはデュエルで勝負することに。オブライエンはヴォルカニック・エッジなどを召喚し、徐々にライフを奪うのに対し、スカルビジョップは儀式魔法・合成魔術を発動し、「ライカン・スロープ」を召喚する。「ライカン・スロープ」の攻撃と効果によりライフを１００まで追い詰められるオブライエンはエースカードの「ヴォルカニック・デビル」を召喚させ、スカルビショップに勝利する。その戦いを見た村人たちはぜひともオブライエンにリーダーとして町を守って欲しいと依頼する。そんな中、覇王軍が町を目指して進軍してくるのであった。
第143話『ヴォルカニック･デビルＶＳ最凶のイービル・ヒーロー』
覇王城に乗り込んだオブライエンはついに覇王十代とデュエルすることに。覇王はターク・フィージョン発動し、ワイルドサイクロンを召喚し、攻撃する。一方オブライエンは永続魔法ブレイズ・キャノン・トライデントを発動し対抗するが、覇王はヘル・スナイパーを召喚させ、さらに追い討ちをかける。そんな戦いの中、ジムから託された「オリハルコンの眼」が輝きだし、覇王の本当の姿を映し出す。反撃に転じるオブライエン。ヴォルカニック・デビルを召喚し、覇王を追い詰めるのだが。
第144話『発動！究極封印解放儀式術』
オブライエンとの戦いでついに覇王十代からもとにもどった十代。が、覇王として戦った影響などから高熱をだし、倒れてしまう。看病するエドと亮は、同じくこの次元に飛ばされてきたクロノス教諭とエコーがモンスターに襲われているのを発見する。エドはエコーが落としたペンダントを見つけ、そのペンダントの中にアモンの写真が入っていることに気付く。亮・エド・クロノス・エコーたちが話をしているところに急に霧が発生する。その霧が晴れるとそこはまったく違う場所であった。そしてそこには「アモン」が立っていた。
第145話『究極封印神エクゾディオス召喚！』
エドＶＳアモン。アモンは「封印されしエクゾディア」解放するために手札補充の戦略でデュエルをしていた。エドはそのことに気付き手札が4枚しか持つことができない「フォースオブフォー」を発動する。あくまでもエクゾディアを手に入れたいアモンは「究極封印解放儀式術」を発動し、「エコー」を生贄にささげる。そして究極封印神エクゾディオスを召喚させるのであった。エクゾデォオスは攻撃するたびに「封印されし」と名のつくカードを墓地に送るのであった。一方エドもディスクガイ・ダイヤモンドガイ・ダンクガイを生贄にドグマガイを召喚するのであった。
第146話『封印された融合』
アモンに破れ、エドも失う十代。闘う気力も失い、ただヨハンを求め、前に進むことだけ精一杯となってしまう。そんな十代を見た亮はここで俺とデュエルをしろとデュエルを強要する。やむなくデュエルを行う十代。が、いつもと様子が違っていた。亮の怒涛の攻撃に対しその場しのぎのデュエルであった。そして亮は気付くのであった。十代が融合のカードを使えなくなっていることを。融合のカードを使えなくなった十代の前にバオウが現れデュエルを挑まれる。
第147話『因縁の対決！サイバー流ＶＳ宝玉獣』
バオウは十代が「融合」のカードを使えないことを知りデュエルを挑んできた。レベル包囲網－グラビティ・ゲイン－』を発動し、レベル４以下のモンスターが攻撃できないようにし、十代を追い込む。その戦いの最中三沢とタニヤが合流し、十代を励ます。何とか勝利した十代だったが、以前「融合」のカードは使えないままであった。一方、亮は地下デュエルの影響で心臓病を患っていた。そんな彼の前に「ヨハン」が現れる。以前行った次元を超えた戦いの決着をつけようと亮はヨハンにデュエルを挑むのであった。
第148話『究極ドラゴン対決！サイバー･エンドＶＳレインボー・ダーク』
亮ＶＳヨハン。亮はサイバー・ドラゴンの2連打をヨハンに浴びせるが、ヨハンもトラップカード「虹の行方」を発動し、攻撃を封じる。そして、ヨハンは究極宝玉神レインボー・ダーク・ドラゴンを特殊召喚し、亮に攻撃するのであった。追い込まれた亮はサイバー・レーザー・ドラゴンを召喚し、反撃にでるも、レインボー・ダーク・ドラゴンの効果により破壊を無効にされてしまう。だが、亮はあきらめず、ひたすら「レインボー・ダーク・ドラゴン」の破壊を行うデュエルを展開するのであった。
第149話『魔神対決！幻魔ＶＳエクゾディア』
亮との戦いで力を消耗したヨハンは一旦十代の前から姿を消し、ユベル城に戻るのであった。だが、最上階の玉座にエはクゾディアを手に入れたアモンが待ち受けていた。自らが王であることを証明するためにヨハンにデュエルを挑むアモン。ここにアモンＶＳヨハンの戦いが始まる。ヨハンは１ターン目から降雷皇ハモンを召喚し、またエクゾディア対策として手札団殺を発動させる。アモンはエクゾデュオスを召喚し、対抗する。一方、十代は、亮の戦いを見、また三沢の言葉に励まされ、決意を新たにし、ヨハンのもとに向かうのであった。
第150話『“ユベル”召喚！』
アモンＶＳヨハンの続き。ヨハンは3幻魔を融合した究極の幻魔アーミタイルを召喚し、アモンのエクゾディアの召喚を封じた。が、アモンは動揺することなく、フィールド魔法「霧の王城」を発動させ、霧の王を召喚し、逆にアーミタイルを消滅させるのであった。一方、ヨハンのもとに向かう十代はユベル城にたどり着く。そこで見たものは・・・・
第151話『ネオスＶＳアドバンスド宝玉獣』
アモンのとの戦いに勝利し、力を回復したヨハンのもとにたどり着いた十代。ヨハンに取り付いたユベルからヨハンを救出すべく、「デュエルの力」を信じデュエルディスクを展開する。十代ＶＳヨハン（ユベル）のデュエル。ヨハンはアドバンスド宝玉獣コバルト・イーグルを召喚させる。一方、十代は融合のカードをドローする。意を決して「融合」を発動させフレイムウイングマンを召喚し、攻撃するのだが、ヨハンはアドバンスド･ダークの効果で攻撃を無効にするのだった。
第152話『超融合発動！レインボー・ネオス』
十代ＶＳヨハン続き。ヨハンは究極宝玉神レインボー・ダーク・ドラゴンを召喚させ、ネオスを破壊するのであった。窮地に追い込まれた十代だったが、なんとかピンチをしのぎ反撃にでるのであった。その戦い最中、十代は宝玉獣たちから、ヨハンの魂がレインボー・ダーク・ドラゴンの中にあり、元のレインボー・ドラゴンに戻すことでヨハンを救出することができることを教えられる。そして、アクアドルフィン、エア・ハミングバード・ネオスを召喚させ、究極のトリプルコンタクト融合でストーム・ネオスを召喚させるのであった。
第153話『選ばれしカード対決！エレメンタル・ヒーローＶＳユベル』
ヨハンを救出するために、「超融合のカード」を使いレインポー・ドラゴンとネオスを融合させたレインボー・ネオスを召喚させた十代。無事ヨハンを救出することができたが、「超融合のカード」がユベルのものとなってしまった。そして、最後の決着をつけるべく、十代はユベルとデュエルをすることに。ヨハンの宝玉獣のカードを託されて。一方、翔もこの戦いの唯一の目撃者となるために十代の後を追ってユベルのもとに向かった。ついにユベルとのデュエルが始まり、ユベルが「サクリファイス・ロータス」を召喚する。
第154話『甦る覇王十代！』
十代ＶＳユベル続き。ユベルは自分を場に召喚させる。ユベルへの攻撃はすべて相手プレイヤーへのダメージとなり、十代を苦しめていた。意を決した十代は自分の中で死んだ「覇王十代」の心を甦らせ、ユベルと対峙することに。そしてネオスペーシアンたちの力をかりユベルに攻撃する十代だったが、ユベルもトラップカード「ゼロ・ホール」や「ヘイト・バスター」の効果で対抗するのであった。そんな中、ユベルはある呪文をとなえるのであった。そして。。。。。
第155話『レインボー・ネオスＶＳユベル究極態』
ヨハンから託された宝玉獣のカードを使い、レインボー・ネオスを召喚した十代は、「レインボー・ヴェール」を装備させ、ユベルに攻撃をしかける。一方ユベルは第二形態になり、「デモンズ・ローズ」を発動させ、ダメージを防ぐ。そして、マジック・サイクロンを発動し、レインボー・ヴェールを破壊し、十代に攻撃をしかける。ライフポイントが残りわずかになっている十代は墓地の「ネクロ・ガードナー」の効果で何とかしのぎきるのであった。そんな一進一退の攻防が続く中、ユベルは究極形態「ユベル／ダス・エクストリーム・トラウリヒ・ドラッヘ」と進化するのであった。
第156話『十代復活！？新たなる旅立ち』
デュエルアカデミアに戻ったのは万丈目、明日香、剣山、翔、吹雪、クロノス、オブライエン、ジム、ヨハン。その中に十代の姿はなかった。そして、一週間がたったレッド寮の食堂には十代と同じくもどらなかった三沢、亮と十代を含めた3人の写真が飾られていた。そんな十代の写真を見てた万丈目は初めて十代とデュエルをした時のことを思い出すのであった。そんな感慨にふける万丈目に対して翔は十代が戻ってくると信じているのだが。
第157話『忍びよる脅威！「謎の来訪者』
十代がデュエルアカデミアに戻り、一ヶ月が過ぎようとしていた。ヨハン、オブライエン、アモン、ジムはそれぞれの学校に戻り、翔と万丈目とレイはブルー寮に移動し、新たな学園生活がスタートしたのだが、十代はレッド寮から一歩も出ず引きこもったままだった。そんな中、突如デュエルシステムに不具合が発生する。ソリッドビジョンが反応しないカードが出始めるである。その原因を究明するために万丈目、明日香、そして藤原優介がコンピューター室などを調査するのであった。一方、十代にも送り主不明の携帯電話が届き、ある情報が伝えられるのであった。
第158話『さらばデュエルアカデミア！十代の選ぶ道』
なぞの生徒「藤原優介」の存在を見破った十代。そんな十代も重大な決断をし、鮫島校長に「退学届け」を提出する。「退学届け」を受けとれないという鮫島の指示である人物にあう十代。その人物とは影丸と斎王であった。今後起こるであろう危機を感じた影丸、斎王は十代にそのことを伝えにきたのである。そんな3人の前にスーツの男が現れるのであった。
第159話『ダークネスの真相！十代ＶＳ吹雪』
藤原優介から吹雪を助けたのはオブライエンだった。オブライエンはＩＩ社から新たな任務を受け、デュエルアカデミアに戻ってきたのであった。そして十代はダークネスの謎を解くべく吹雪とデュエルすることに。吹雪はダークネスの力をかり、レッドアイズ・ブラックドラゴンを召喚させ、さらにレッドアイズ・ブラックドラゴンを生贄にレッドアイズ・ダークネス・ドラゴンを特殊召喚し、十代に襲いかかる。
第160話『融合する魂！ネオスＶＳ Ｆ・Ｇ・Ｄ（ファイブ・ゴッド・ドラゴン）』
藤原優介の正体は「カードの精霊オネスト」だった。対峙する十代は魂の中にいるユベルの力を使い、オネストの攻撃を食い止める。そして十代は今起こっている世界の異変についてオネストに問い、オネストは語り始めるのであった。その様子を見ていたダークネスの使者トゥルーマンことミスターＴは十代たちを消そうと攻撃をしかけてくる。その攻撃によりオネストがやられ、怒り心頭の十代はミスターＴにデュエルを挑む。ミスターＴは１ターン目から「Ｆ・Ｇ・Ｄ」を召喚させるのであった。
第161話『シャル・ウイ・デュエル？ペアデュエルへの招待』
思い出作りとしてデュエルパーティーを開催すること企画する剣山たち2年生たち。一方、明日香は進路のことで悩んでいた。アカデミアに残りキッズスクールの講師になるかまたは海外に留学するかを。そんな中、開催されるデュエルパーティーは男女ペアを組み、卒業生と在校生でデュエルをするというものだった。明日香は相手を誰にするか決めかねていたとき、ひょんなことから十代とペアを組むことに。
第162話『十代ＶＳ明日香！秘めた想いの伏せカード』
ペアデュエルの決勝戦。十代・明日香ペアと剣山・レイのペアが戦うことに。明日香は戦略をねり、カードを伏せる。一方レイは十代と明日香のペアの息が合っていないことを確認し、意味ありげにカードを伏せるのであった。そして十代は明日香に言われ伏せカードを確認するが、明日香の思惑とは関係なく自分のデュエルを展開するのであった。その様子に怒った明日香に対してレイは伏せカードをオープンするのであった。そのカードとは。。。。。
第163話『サイコ・ショッカーからの挑戦状』
突如、鮫島校長を襲ったものが現れた。その人物とはサイバー流とほぼ同時にできた流派サイコ流を操る男「猪爪誠」。彼の目的はサイコ流を主流流派にすべく、サイバー流を倒しにきたのである。サイバー流元師範の鮫島を倒した猪爪の次のターゲットは・・・・サイバー流継承者「丸藤亮」であった。そのころ「亮」はデュエルアカデミアの保養所で体の回復を図っていたのであった。そんな亮の前に猪爪から挑戦状が届くのであった。そしてついて亮と猪爪は対峙するのであった。
第164話『受け継がれしサイバー・ダーク・ドラゴン』
亮のデュエルを引き継ぐと宣言した翔。亮のデッキを使って練習するがうまくいかない。そんな翔の前に十代が現われ翔に告げる。「亮のモノマネをしてもだめだぜ。そのデッキは亮と一緒に戦ってきたんだから亮の物真似をする人間なんて見抜いてしまうと。もっとデッキっと聞いてみなそしてお前のデッキしな」と。そして翔は猪爪と対決することに。翔は最初兄と同じ戦法で戦い、猪爪もまた同様に戦っていた。が、翔がサイバー・ダーク・ドラゴンを召喚した時に猪爪はサイコ・ショッカーを特殊召喚したのであった。
第165話『目指せ万丈目!プロデュエリストへの道！』
兄たちの力を借りずプロデュエリストを目指す万丈目。が、彼の手元に届くのは不採用地通知ばかりであった。そんな万丈目の様子を見かねたクロノスは万丈目を連れてあるところに向かうのであった。その場所とはエドのクルーザーであった。そこでクロノスはエドに申し出る「万丈目を弟子にしてくれ」と。エドの弟子になった万丈目だったが、彼が見たプロデュエリスト「エド」の日常は想像を絶するものであった。朝の7時に同時に鳴り出す取材の電話。握手会の長蛇の列など。そして最も驚いたのは天才とうたわれるエドがコーチと血のにじむようなデュエルのトレーニングをしていたことに。
第166話『アームド・ドラゴンＶＳドラグーン・Ｄ・エンド』
大事なカードを失い、プロを引退したエド。一方、万丈目はマイクと組むことで一躍スターの座を射止めたのであった。そんな万丈目のもとにエドの元秘書のエメラルダが現れ、カードを盗んだ真犯人が誰かを告げる。マイクは万丈目を更なるスターにすべく、元師匠であったエドとの再戦を行うように計らうのであった。万丈目は決闘の前に十代のもとを訪れ、あることを依頼する。そして、ついに万丈目とエドの再戦が始まる。
第167話『恩返しデュエル！クロノスＶＳ元祖ドロップアウト・ボーイ』
剣山たちが作った卒業アルバムを見たクロノスは突然大声を出すのであった。そして普段より厳しい授業を展開するのであった。算数の授業をしたり、漢字の勉強をさせたり、腕立て伏せをさせたり。。。。。そして挙句の果てに授業をボイコットし、休講にし、逃げ回ったりするのであった。見かねた十代はクロノスにデュエルを申し込むのであった。そして対決する十代とクロノス。まさに入学試験以来の対決であった。クロノスはアンティーク・ギア・ソルジャーを召喚させる。一方十代もフレイム・ウイングマンを召喚するのであった。
第168話『卒業デュエル開始！ネオスＶＳホルスの黒炎竜』
ついにデュエルアカデミアでは卒業デュエルがスタートするのであった。のんびりとデュエルを楽しもうと思っていた十代に在校生が列をなしてデュエルを申し込んできたのであった。そしてブルー寮ででかなりの実力があると言われている二年生の空野（そらの）が十代とデュエルをすることに。空野はたった１ターンで「ホルスの黒炎竜」をレベル４からレベル８へと成長させるのであった。
第169話『決断の代償！オブライエン炎の闇』
オブライエンの前に現れるミスターＴ。オブライエンとミスターＴによるデュエルが始まる。オブライエンはヴォルカニック・エッジを召喚し、ライフを５００奪う。一方、ミスターＴはダーック・アーキタイプを召喚させ、ヴォルカニック・エッジに攻撃することで新たなモンスター「ダーク・サイコ・アイ」を召喚するのであった。するとオブライエンの前にはいるはずのない父親が現れるのであった。動揺してはいけないと冷静に対処するオブライエンだったが。。。
第170話『斎王再び！「絶対運命決定力」発動！！』
大量にミスターＴが出現し、十代を取り囲む。逃げ場を失った十代の前に現れる人物・・・・それは斎王だった。ミスターＴから逃れた十代に対して斎王は重要情報を伝えるのであった。ミスターＴの標的はデュエルアカデミアであるということを。が学園には行かすことができないという斎王は突如十代にデュエルを挑んでくるのであった。応戦するしかない十代に対して、斎王は「ザ・フール」と「死者の巡遊」のコンボでモンスターを召喚できないようにし、追い込むであった。
第171話『運命の終焉！マグマ・ネオスＶＳザ・ダーク・ルーラー』
デッキが「愚者の種蒔き」によってカードがどんどん削り取られていき、窮地に追い込まれる十代。そこへハネクリボーの声が届き、なんとか応戦するもの、ザ・ダーク・ルーラーの正位置の効果により、バトルフェイズ中２回も攻撃されることに。カードが残り１３枚になり、追い込まれる十代のもとに「斎王を救ってほしい」と願うミズチの声が届く。救うためには斎王を倒さなくてはならないことを悟った十代は意を決して斎王と向き合う。
第172話『デュエルアカデミアの危機！立ちはだかる宝玉獣』
斎王との戦いを終え、デュエルアカデミアに行こうとする十代の前にミスターＴが現れるのであった。一方、デュエルアカデミアではミスターTの魔の手が伸びており、空野の姿になったミスターTと剣山がデュエルを繰り広げていた。十代はミスターＴとデュエルをするのが、ミスターＴはなんとヨハンしか持っていない宝玉獣デッキを使ってきたのであった。ヨハンまでもがミスターＴの手におちたと思った十代は必死に宝玉獣と戦うのであったが。。。。
第173話『ダークネスの侵攻！奪われた記憶』
デュエルアカデミアでは、ミスターＴが乗っ取った空野が次々と生徒を襲いダークネスの世界へと導いていた。学園に残っているのは吹雪と万丈目、明日香とジュンコとモモエだけとなる。そんな彼らの前にもとうとうミスターＴが現れ、襲ってくるのであった。ミスターＴ倒され生徒はダークネスの世界に引き込まれ、残った人間は消された生徒の記憶をなくすのであった。万丈目、明日香がミスターＴに敗れ、彼らの記憶を失った吹雪は誰もいなくなった学園を彷徨うのであった。そんな吹雪の前にダークネスが現れるのであった。
第174話『発動！「クリアー・ワールド」恐怖のネガティブエフェクト』
ダークネスの正体は藤原優介だった。藤原はダークネスの世界の素晴らしさを説くが、その考えに反発する吹雪。藤原はフィールド魔法「クリアー・ワールド」を発動し、吹雪にネガティブエフェクトを与えるのであった。さらに、上級クリアーモンスターである「クリアー・バイス・ドラゴン」を召喚するのであった。この「クリアー・バイス・ドラゴン」は相手モンスターの攻撃力の２倍が攻撃力となるモンスターであった。窮地に追い込まれる吹雪。そんな吹雪に対して追い討ちをかけるように万丈目、明日香、翔たちの心の闇を見せる藤原。
第175話『バトルロワイヤル！十代ＶＳヨハンＶＳ藤原』
十代とヨハンはタッグを組み、藤原とデュエルを開始する。藤原はフィールド魔法「クリアー・ワールド」を展開し、ネガティブエフェクトを発動する。さらに藤原はクリアーレイジゴーレムとクリアー・ファントムのコンボで十代に攻撃を仕掛ける。だが、ヨハンのサポートにより窮地を脱する十代。十代とヨハンの絆を断たなければ勝利することができないと悟った藤原はヨハンの心を覗き、心の闇を探るのであった。
第176話『絆を守りしものレインボー･ネオスＶＳクリアー・ヴィシャス・ナイト』
十代・ヨハンＶＳ藤原 後編。ヨハンの心の闇を利用して十代とヨハンの固い絆を破壊しようとしたが失敗する藤原。が、その絆により逆上した藤原は「属性重力アトリビュート・グラビティ」を発動するのであった。この効果によりヨハンのモンスターたちが十代のモンスターを攻撃するのであった。そして十代の攻撃の時には「属性変化アトリビュート・カメレオン」を発動し、逆にヨハンのモンスターを十代のモンスターが攻撃するということを行うのであった。絆を否定し、互いに攻撃しあうことを行なわせた藤原の前にオネストが現れ、藤原の悲しい過去を話すであった。
第177話『恐怖のコンボ！「虚無と無限』
藤原からダークネス引き離すことに成功した十代。しかし、世界は皆既日食の闇に包まれたままであった。その闇の中からついに、真のダークネスが現れるのであった。ダークネスは十代に告げる。デュエリストの心の闇によりダークネスの世界が創られたと。ダークネスの世界から皆を救うべく、十代はダークネスと決闘を挑む！恐怖のコンボ「虚無と無限」を発動させるダークネスに対して十代は。。。。
第178話『最後の希望！遊城十代』
十代はネオスとユベルを融合させ、ネオス・ワイズマンを召喚させ、ダークネスに攻撃する。だが、余裕の笑みを浮かべるダークネスは、ダークネス・アイを復活させ、「虚無と無限」のコンボを発動させるのであった。一進一退の攻防が繰り広げられる中、ダークネスから衝撃の真実が十代に告げられる。それはダークネス自身が人間の未来の姿であるということを。人類の運命をかけ、戦う十代。
第179話『さよなら十代！涙の卒業式』
十代は究極コンタクト融合を行うことでゴッド・ネオスを召喚させダークネスに勝利するのであった。世界はもとに戻り、十代にかけよる翔たち。そして。。。。。卒業式を迎えるのであった。涙ぐみ司会がまともにできないクロノス。在校生代表として送辞を読む剣山だったが、涙でまともに贈る言葉が言えず。明日香、翔、万丈目、十代たち卒業生に卒業証書がわたされるのであった。その晩、謝恩会が開催されるのであったが、その場に十代の姿はなかった。荷造りをし、旅にでようとした十代の前にハネクリボーが現れ、ある場所へと導くのであった。
第180話（最終回）『真の卒業デュエル！十代ＶＳ伝説のデュエリスト』
遊城十代ＶＳ武藤遊戯。ハネクリボーの導きで武藤遊戯のいる世界に飛んだ十代。神のカードを持つ遊戯と真の卒業デュエルを行うことに。それは十代が3年間戦い続けたことにより失ったものを見つける戦いでもあった。十代はネオスを召喚し、遊戯もブラックマジシャンを召喚し、激しいデュエルが始まるのであった。果たしてその結末は。。。。。