第1話（第1期 ）『かっとビングだぜ、オレ!!』
未来のデュエル・チャンピオンを目指す九十九遊馬は、「かっとビング！」を合言葉に、自分の可能性を信じて何事にも挑み続ける元気な少年。しかし、肝心のデュエルの腕前は初心者レベルで、連敗記録のチャンピオンになりつつあった。 ある日、悪友・鉄男のデッキが学校一の不良・シャークに奪われてしまう。恐れず果敢に立ち向かう遊馬だったが、お守りとして大切にしていた「鍵」を壊された上に、全国大会レベルの腕前をもつシャークとデュエルで勝負することになってしまう！ 強力なモンスターの召喚方法「エクシーズ召喚」を駆使するシャークを前に、遊馬は・・・！？
第2話『わが名はアストラル』
シャークとのデュエル中、突然、遊馬の前に現れた謎の生命体、その名は「アストラル」。自らをデュエリストと名乗り、様々な助言をしてくるが、遊馬は全く聞く耳を持たない。一方、敵のナンバーズ・モンスター「リバイス・ドラゴン」の猛攻はやむことを知らず、ますますピンチに追い込まれる遊馬。しかし、持ち前の「かっとビング！」で反撃するべく立ち向かう!!
第3話『トドのつまり事件です!!』
デュエルが終わっても、謎の生命体アストラルは遊馬のそばから離れない。二人の奇妙な共同生活?が始まった。 そんな中、パソコンのデータが突然消えてしまい怒る明里からにげるように街に出た遊馬だったが、なんと街全体がとんでもない大騒動に!!街を混乱させる原因となったのは、コンピューターウィルス。いったいこれは誰の仕業なのか!?犯人を捕まえようとのりだす遊馬だが・・・！
第4話『逆転のカウントダウン！秘策はアストラル!?』
街を混乱させた犯人は、なんと遊馬の尊敬する担任、右京先生だった！デュエルで勝負する2人だが、右京先生のナンバーズ・モンスター「テラ・バイト」に追い詰められる遊馬。アストラルも、遊馬のライフが減るごとに姿が薄れ消えかけていく。さらに右京によって仕掛けられたウィルス爆弾の爆発まであとわずか・・・！ この絶体絶命のピンチに、遊馬は勝利することができるのか!?
第5話『デュエルのウラを読むウラ！』
アストラルが現われてからというもの連勝を続ける遊馬。そんな彼に近づいて来たのは、常に物事のウラを読む隣のクラスの徳之助だった・・。遊馬のナンバーズを奪うべく、あの手この手を使う徳之助。まんまと罠にはまりデュエルをすることになった遊馬は、大切なホープを奪われてしまう！
第6話『裏切りのナンバーズ!?』
徳之助の策略にはまり、ホープを奪われてしまった遊馬、それが原因で消えかかるアストラル。なんとか応戦しようとする遊馬だが、敵のリバース効果によって絶体絶命のピンチに!!そんな中、消滅寸前のアストラルが指示したのはランク1のモンスターを守ること・・。はたしてこのピンチをどうやって切り抜けるのか？
第7話『正義の大盤振る舞い！エスパー・ロビン参上!!』
遊馬と行動をともにし始めて少し経った頃、アストラルはTV番組のヒーロー「異次元エスパー・ロビン」に夢中になっていた。ある日、ロビンの撮影がやってくると街中が大騒ぎ！アストラルと小鳥にせがまれ撮影現場にやってきた遊馬は、ロビンを演じている風也に出会うが、彼には意外な一面が!?
第8話『スター・ロビンよ永遠に』
街を混乱に陥れた犯人は風也だった。彼を止めるため、遊馬ｖｓロビンのデュエルが始まる。ロビンはNo.83ギャラクシー・クイーンをはじめとするモンスターを続々召喚し遊馬に襲いかかるが、アストラルにはその効果が手に取るようにわかっていた・・・！
第9話『キャットオドロく猫デッキ!?』
遊馬のクラスの目立たない少女・キャットちゃんの罠にはまった遊馬と小鳥。捕われた小鳥を救うため、アストラルも不気味な雰囲気に警戒するキャットちゃんとデュエルで対決する遊馬！次々と繰り出される戦略はまるで「化け猫デッキ」！彼女の目的とはいったい!?
第10話『逆襲のシャーク！』
これまでのデュエルの勝利は、アストラルのおかげだと言われた遊馬は、自分の実力を証明するため再びシャークに挑む！なかなかデュエルに応じないシャークだったが、ついに２人のデュエルが始まる。ナンバーズを持たないシャークに対し、自分もナンバーズを使わずに挑むと宣言する遊馬だが!?
第11話『遊馬とシャーク 傷だらけのタッグデュエル』
「自分の居場所」へ戻ったシャークは、不良仲間と悪事に手を染めようとしていた。それを知った遊馬はシャークを止めるため、最強と恐れられる陸王・海王の不良２人を相手にデュエルを挑むが、シャークは２対２で戦う「タッグデュエル」を提案する・・・！
第12話『希望の合体！アーマード・エクシーズ発動！』
陸王・海王は２体目のＮｏ．を召喚し２人を追い詰めるが、シャークの残り少ないLPを 守るため、自らを犠牲にしてシャークを守ろうとする遊馬。絶体絶命の状況の中、遊馬の熱い想いを感じたシャークは、１枚のカードを遊馬に託すのだった！！
第13話『魂を狩る者！ナンバーズ・ハンター現る！』
「ナンバーズ・ハンター」というまだ見ぬ存在に警戒するアストラルだが、遊馬は気にするそぶりもない。そんな２人のまわりで不思議な現象が起きる。それは紛れもなく、「ナンバーズ・ハンター」を名乗るカイトの訪れを示すものであり、その瞬間ナンバーズを賭けた危険なデュエルが始まった・・・！
第14話『銀河眼の光子竜（ギャラクシーアイズ・フォトン・ドラゴン）』降臨！』
たった１ターンの間に、２体ものNo.（ナンバーズ）を召喚したカイト。遊馬はこの猛攻を必死に耐えようとするが、瞬く間にモンスターを全滅にまで追い込まれてしまう・・・！ さらにカイトは、これまでに見たこともない最強モンスター「銀河眼の光子竜（ギャラクシーアイズ・フォトン・ドラゴン）」を召喚するのだった！！
第15話『死闘、決闘庵（デュエルあん）伝説のモンスター復活!!』
カイトの前に、手も足も出なかったことに落ち込む遊馬とアストラル。そんな時、遊馬は祖母からお使いを頼まれる。行く先である「決闘庵」では六十朗という謎の老人と伝説のモンスターが、遊馬たちを待ちかまえていた！強くなりたいと願う遊馬に課せられた修行とは・・・！？
第16話『必殺忍法！最恐忍者あらわる！』
反発する六十郎の元弟子・闇川とのデュエルが始まった！闇川の繰り出す忍者モンスターに追い込まれる遊馬だが、モンスターという仲間の力を信じ、必死の攻防を続ける。しかし、ついに闇川は切り札であるナンバーズ・モンスター「機甲忍者クリムゾンシャドー」を召還するのだった！
第17話『すべてを見通す者 恐怖の占い師・ジン』
ナンバーズの情報を得るため、占い師の館を訪れた小鳥たち。しかし、その占い師はカイトの下でナンバーズを収集しているという者だった！捕らわれた小鳥たちを救うため占い師・ジンに対峙する遊馬とアストラルだが、カイトとのデュエルの記憶がよみがえり、その幻影に苦しめられるのだった・・・！
第18話『カオスエクシーズ・チェンジ！希望の光ホープ・レイ！！』
ナンバーズを懸けてジンと戦う遊馬。遊馬のＬＰが減る度に、小鳥たちの命も危険にさらされる状況で、ジンは追い討ちをかけるように２体目のナンバーズを召喚する！絶体絶命のピンチの中、カイトの影に怯えていたアストラルは、あきらめない遊馬の姿を見て、闘志を取り戻す！そんな２人の気持ちにより、ホープは新たな力を手にするのだった！！
第19話『約束のかっとビング』
両親の形見として大切にしている「皇の鍵」をなくしてしまった遊馬。アストラルとともに懸命に探すものの、なかなか見つからない。そんな中、「皇の鍵」と遊馬の父の関係に興味をもったアストラルに、遊馬は自分が小さかった頃の様々な父との思い出を語り始める。
第20話『漆黒のナンバーズ 闇遊馬vs鉄男』
ある男にとりついたNo.96ブラック・ミストを無事手に入れた遊馬。しかし、そのデュエルを見ていた鉄男は、遊馬の戦略の荒さを忠告するが、それがきっかけでケンカになってしまう。しかし突然、No.96が溢れ出し、アストラルそして遊馬を次々と飲み込んでしまう！！ ２人を救うため、鉄男は初めてのNo,戦に挑むのだった！
第21話『遊馬vsお掃除ロボット オボミ』
下校中、１台のオボットに出会う遊馬たち。故障したそのオボットを修理すると、たちまち遊馬とデュエルをするまでに友情を深めていった。しかし突然、遊馬の前から姿を消すオボミ…、彼女はある事件の犯人に操られていたのだ。 遊馬はデュエルで戦うことで、かつてのオボミの記憶を取り戻そうとするが！？
第22話『奪われた皇の鍵！激突カイトvsシャーク』
ナンバーズのハンティングを続けるカイトは、遊馬の「皇の鍵」の不思議な力に目を付ける。しかし、シャークによって行く手を阻まれ、ついにカイトとシャークはデュエルで対決する!! カイトの強力なフォトン・モンスターを前に、ナンバーズを持たないシャークは果敢に立ち向かう!!
第23話『宿命の決闘（デュエル）！アストラルvsカイト』
皇の鍵とアストラルを奪われた遊馬は、クラスメイトと協力し、カイトの行方を追っていた！ 一方、「皇の鍵」を手に入れたカイトは、ついに鍵の中への侵入に成功する。 カイトと対面したアストラルは、ナンバーズを守るためカイトとのデュエルを決意するのだった・・・！
第24話『魂のエクシーズ召喚！ＺＥＸＡＬ』
ギャラクシーアイズの力に成す術もないアストラルだったが、「かっとビング」を胸に、必死の攻防を続けていた。しかし容赦なく攻め続けるカイトの前に絶望を見たその時、遊馬が姿を現す。二人の想いが一つになった時、新たなエクシーズ召喚に成功し、激闘は思いもよらない方向へ！
第25話『時の訪れ 現われし３つの太陽』
ある朝遊馬が目覚めると、あたりは不思議な光に包まれ、時が止まっていた。 そして空に輝く３つの太陽・・・、これはナンバーズの危機を知らせるものなのか!? まだ見ぬ恐怖を感じるアストラルとともに、遊馬は原因究明に走る。その頃、カイトはナンバーズの情報を得るため、フォトンの力を使いアストラルの記憶を辿っていた。
第26話『開幕！ＷＤＣ（ワールド・デュエル・カーニバル）』
世界中のデュエリストが熱き闘いを繰り広げる「ワールド・デュエル・カーニバル」の開催が近づいた。 遊馬も自分の夢である「デュエル・チャンピオン」という自分の夢をつかむため、これから始まる戦いに意気込んでいた。ところが、ＷＤＣ参加証「ハートピース」が遊馬には届かない!?
第27話『WDC（ワールド・デュエル・カーニバル）キックオフ！炎のストライカー・国立カケル』
遊馬ＷＤＣ初戦の相手は、サッカー少年・国立カケル。カケルのフィールド魔法によって、辺りはスタジアムに変化し、いよいよデュエルキックオフ！「オフサイド・トラップ」をはじめとする、カケルの見事な戦略に手も足も出ない遊馬だが、仲間モンスターとのチームプレーで勝利を目指す！
第28話『工事現場デュエル！重機デッキを打ち破れ！！』
次なる対戦相手は、建設重機大好き少年・油圧ショーベェ。 彼が操る重機デッキに興味津々の遊馬は、さっそくデュエルを開始するが、ショーベェは強大な攻撃力をもつモンスターエクシーズ「重機王ドボクザーク」を召喚し、追い討ちをかける！
第29話『鉄道デッキ発進！爆走決闘者（デュエリスト）アンナ』
遊馬の命を狙う謎の人物…、その正体はアンナという少女だった。彼女は遊馬へ復讐を果たすためデュエルを挑んでくる。しかも彼女の繰り出す鉄道デッキはどれもパワー全開、脅威的な攻撃力で遊馬に襲い掛かる!! アストラルすら予測不可能なデュエルに打つ手もない遊馬だが!?
第30話『遊馬最大の試練！死闘、野菜デスマッチ』
ＷＤＣ開催中、遊馬は野菜作りに命を懸ける矢最豊作に出会う。すぐに意気投合したが、 ＷＤＣ優勝を目指す2人はデュエルで戦うことに。しかも今回の特別ルールは、攻撃する度に野菜を食べなくてはいけない「野菜デスマッチ」！このデュエル、遊馬にとってとんでもない試練が待ち受けていた！
第31話『その名はチャーリー！史上最強の運を持つ男』
美術館からナンバーズが盗まれた！明里の命令で犯人・チャーリーに接触した遊馬とアストラル。チャーリーは盗んだ「No.7」の威力を確かめるためだと、遊馬のハートピースを賭けてデュエルを始めてしまう！しかし、遊馬とアストラルが目にしたのは「No.7」のもつ強運を味方にしたデュエルだった！
第32話『無敵の強運！No.7 ラッキー・ストライプ』
逃亡するチャーリーを乗せたモノレールで、ナンバーズをかけた遊馬のデュエルが始まった。 しかし、チャーリーの切り札「No.7 ラッキー・ストライプ」の強運は凄まじく、気が付けばチャーリーのライフポイントは「10万」という想像を絶する数値になっていた…！
第33話『地獄のタッグデュエル！悪魔のヒーローⅣ（フォー）』
ＷＤＣ2日目が始まった！鉄男と委員長は、極東エリア・チャンピオンであり、デュエリスト憧れの存在・Ⅳ（フォー）との対戦が決まり、はりきっていた。遊馬とアストラルが見守る中、Ⅳvs鉄男・委員長のタッグデュエルが始まると、誰も知らないⅣの素顔があらわになっていくのだった…!!
第34話『決意の復讐 哀しき決闘者（デュエリスト）シャーク』
不気味なナンバーズを操り、鉄男と委員長を地獄に追い詰めたⅣ。そこにⅣへの復讐に燃えるシャークが現れるが、弟Ⅲが立ちふさがり、２人のデュエルが始まる。しかしこのデュエルには、シャークの決闘者としての運命を左右する危険な罠が仕組まれていた。
第35話『衝撃のスクープ！小鳥の危険な未来』
未来が見えるというカメラマン・秀太が現れ、多くのデュエリストを恐怖に陥れていた。しかも秀太が写した写真には、小鳥が大事故にあう未来が写っていたのだった!! 危険な未来を変えるべく、遊馬はナンバーズに心を支配された秀太とのデュエルに挑む！
第36話『未来を切り開く力！希望皇ホープレイ』
ついに秀太は「No.25フォーカス・フォース」を召喚。ホープを呼ばなければ勝てない、しかしホープを呼べば遊馬はこのデュエルに負けると予言されていた！小鳥も危険にさらされた絶体絶命の状況下、遊馬は自らの手で未来を掴むべく、思い切った作戦に出る!!
第37話『WDC（ワールド・デュエル・カーニバル）失格!? ハートランドの刺客ドロワ＆ゴーシュ』
「ズル」でハートピースを集めた徳之助は、大会運営委員のドロワ＆ゴーシュに見つかり、罰として、この２人とのデュエルをすることに。しかも勝たなければ失格になってしまうという。恐怖におののく徳之助を見て、遊馬は自分が身代わりとして、この１vs２の変則タッグデュエルを受けるのだった!!
第38話『希望をつなげ！ホープ剣マーズ・スラッシュ!!』
WDC大会運営委員ドロワ＆ゴーシュと戦う遊馬。一方、アストラルは「皇の鍵」の中でNo.96による危機に遭遇していた！守備を固めるだけで精一杯の遊馬だったが、ついにホープが姿を現す！しかしこの瞬間、ドロワ＆ゴーシューによるナンバーズ狩りが始まり、フォトンの力がさく裂するのだった！
第39話『宿命の対決！キャットちゃんVSドッグちゃん』
予選を勝ち抜いている遊馬とキャットちゃんは、お互いの健闘ぶりを称えあっていた。そんな時、遊馬のハートピースが野良犬に奪われてしまう！後を追う遊馬とキャットちゃん、そんな2人を待ち構えていたのはなんと犬の集団!? ついに史上初、猫VS犬のデュエルが始まる！
第40話『ハートランドからの来訪者ハルト』
弟・ハルトの病気を治すため、過酷なナンバーズ・ハントを続けるカイト。疲れ切った兄を見たハルトは何かを求めハートランドを抜け出し、偶然にも遊馬とアストラルに出会う。アストラルの強い希望により、ハルトを九十九家に連れて帰る遊馬だったが…!?
第41話『消えたハルト！新たなる敵トロン』
ハートランドシティをさまよっていたハルトは、後を追う遊馬の前で謎の男とともに姿を消してしまう。 ハルトの行方を追い、新たな敵トロンの城に潜入する遊馬とカイトの前に、シャークの復讐相手Ⅳ（フォー）とその弟Ⅲ（スリー）という強敵が立ちふさがり!?
第42話『遊馬とカイト 魂のタッグ・デュエル』
ハルト救出のため、遊馬とカイトはタッグを組みⅣとⅢのデュエルに挑む！カイトは独自のデュエルを貫き攻める一方だが、遊馬はカイトのダメージを防ごうとサポートに徹する。そして勝負を決するべくカイトは銀河眼の光子竜を召喚するが、敵のナンバーズに力を封じられてしまう…！
第43話『奇跡のオーバーレイ！超銀河眼の光子龍（ネオ・ギャラクシーアイズ・フォトン・ドラゴン）』
トロンの儀式によって奪われていくハルトの力。さすがのカイトも劣勢の気配を見せ始めたその時、ハルトの想いによってカイトは新たな力に覚醒する！！フィールドに現れた史上最強のモンスター、それは兄弟の強い絆が生み出した「超銀河眼の光子龍」だった！！
第44話『運命の分かれ道！デュエルを捨てた遊馬！』
アストラルとカイト、ナンバーズを求める２人の間で、遊馬は自分が何をするべきか悩んでいた。そんな時、Ⅴから父・一馬が生存している事を聞いた遊馬は、父が目指した「世界の果て」にひとり旅立とうとする。しかし、かつて「決闘庵」で出会った師匠・六十郎が姿を現し…!?
第45話『遅れてきた強敵！ロビンVSゴーシュ』
ＷＤＣ予選最終日。決勝トーナメント出場までに必要なハートピースがあと１つとなった遊馬だが、 偶然にも「ロビン」こと風也と、大会運営委員を退き真のデュエリストの姿となったゴーシュのデュエルを目にする！２人は、見る者の心までも熱くする攻防を繰り広げるのだった!!
第46話『家族のために…優しき復讐者・Ⅲ!!』
遊馬は復讐に染まった凌牙と再び対決する。大ダメージを受けながらも、凌牙の復讐を止めるために遊馬は必死で立ち向かう。ところが、家に戻った遊馬を待っていたのは、凌牙とのデュエルの一部始終を観察していたⅢだった！彼の目的とは!?
第47話『遊馬が棄権!? 奪われた「かっとビング！」』
笑顔が消えた自分の家族を取り戻すため、Ⅲは自らを強化し、遊馬とのデュエルに挑む！ 早くもNo.33 超兵器マシュ=マックを召喚するⅢ、一方遊馬もアストラルとともに必死の攻防を続けるが、Ⅲは遊馬を闇の世界へと誘うのだった!!
第48話『アストラル、死す…!?』
Ⅲの力により「かっとビング！」を忘れてしまった遊馬。一方のアストラルもⅢによって捕われの身となり、身体だけではなく心までも離れてしまった２人は窮地に追い込まれる。この状況を打破しようとするアストラルだが、遊馬への最後の希望を残しついに消滅してしまう…!!
第49話『激闘の果て！ホープレイVSアトランタル』
「かっとビング！」を取り戻した遊馬は、アストラルが残したホープ、ホープレイと共に劣勢を逆転しようとするが、悪魔と化した強敵Ⅲの前では全く歯が立たない。Ⅲが家族のために得た新たな力は、自分ですらも抑えることができないほど凶暴化し、この世界を破滅へと導く…！ アストラルを失った遊馬には、デュエルで奇跡を起こすしか生きる道は残されていなかった。
第50話『波乱の前夜祭！姿を現わした悪魔の決闘者・トロン』
決勝トーナメントへの出場が決まり、絶好調の遊馬。そんな時、Mr.ハートランドが主催するパーティーの招待状が届く。小鳥たちと会場に乗り込んだ遊馬を待っていたのは、カイトや凌牙、そしてⅣ・Ⅴといったいずれ戦うであろう強敵たち。そしてついに悪魔の首謀・トロンが姿を現わす!!
第51話『行くぜ決勝大会！デュエル・コースターでGO！』
予選を勝ち抜いた最強デュエリストたちが、デュエル・コースターに乗り込む！次なる対戦相手はこのコースターの行方次第。遊馬も意気込み新たにスタートを切ろうとするが、肝心のハートピースを忘れてしまうというとんでもない凡ミスを犯してしまう。遅れをとり焦る遊馬だが、その背後には思わぬ刺客が迫っていた。
第52話『デュエル・コースターVS爆走列車!!』
「フォール・ガイズ」という謎の賞金稼ぎに襲われる遊馬。相手の３人の強力なチームワークは、容赦ない攻撃を遊馬に浴びせる。コースターをレーンチェンジさせ難を逃れようとするが、３人のフォーメーションに動きを固められ絶体絶命の大ピンチ！そんな遊馬を救ったのは、鉄道デッキを操る「アイツ」だった！
第53話『運命のレール 罠（トラップ）カードで運試し!?』
デュエル・コースターは次のステージで一騎打ちとなる相手を決める地下セクションへ。デュエリストたちは、それぞれの敵に狙いを定め、コースターのスピードを上げる。遊馬はこれからの闘いに備え、ギリギリまで削られたLPを取り戻そうと、罠ポイントで一か八かの賭けに出る！一方カイトは、弟ハルトを苦しめた憎き悪魔トロンのコースターを追うが、そこに思わぬ邪魔が入ってしまう。
第54話『トロンVSドロワ 死蝶の誘い！命懸けのジャングルフィールド』
カイトの身を案じたドロワは、トロンをジャングルフィールドに誘い込み、8,000のLPでデュエルを挑む！ドロワが操る蝶デッキにはこの上なく好都合なこのフィールド効果は、トロンのLPを徐々に蝕んでいく。「カイトを守る」その誓いを胸に、攻め続けるドロワ。しかし、そんなドロワの気持ちをあざわらうかのように、静かにトロンの反撃が始まる…！
第55話『ギャラクシー・アイズ封印!?宇宙級ナンバーズあらわる！』
ドロワの想いを伝えようと、カイトのもとへ急ぐ遊馬。その頃カイトは、敵方であり、かつての師であるⅤとのデュエルを始める。早くもNo.9 ダイソン・スフィアを召喚するⅤ。しかし召喚したはずのダイソン・スフィアは姿を現さないばかりか、攻撃すら届かない。まだ見ぬ敵に苦戦するカイトに追い討ちをかけるかのように、ⅤはトロンとDr.フェイカー、そして一馬の過去を語り始める。
第56話『宇宙大決戦！ネオ・ギャラクシーアイズの逆襲』
圧倒的な能力を誇るダイソン・スフィアに対し、必死の攻防を続けるカイト。しかし、エースモンスター「銀河眼の光子竜」の攻撃さえ歯が立たず、更なる窮地に追い込まれる。遊馬、カイトそしてⅤ、それぞれの家族への想いが複雑に交差するこのデュエル、闘いの行方は未来へと進もうとする者が手にする運命のカードにかかっていた。
第57話『シャーク撃沈！悪夢のファンサービス』
遊馬たちが見守る中、ついに凌牙とⅣの闘いが始まった。互いにナンバーズを召喚し、それぞれの復讐に燃える2人のデュエルは、ターンを追うごとに激しさを増していく、しかし、Ⅳが繰り出したNo.「ヘブンズ・ストリングス」が驚異の猛攻撃を見せ、凌牙は大ダメージを受け、倒れてしまう…！ トロンの野望が渦巻くフィールドで、このまま凌牙の想いは断たれてしまうのか!?
第58話『シャーク覚醒！新たなるカオス・ナンバーズあらわる』
全ては復讐のため…闘志に燃えたぎるⅣが痛恨のプレイングミス。フィールドに現われたトロンの幻影に追い詰められさらなる狂気に満ちていくⅣは新たなNo.「ディスティニー・レオ」を召喚する！オーバーレイ・ユニットが０となったとき、勝利を手にする圧倒的効果をもつモンスターを前に成すすべもない凌牙。その時、凌牙の心の中に突き刺さったあの「爪」がうずき始めるのだった。
第59話『激戦！遊馬VSゴーシュ これがオレのデュエル魂』
決勝トーナメントも大詰め、デンジャラス・キャニオンのフィールドに降り立った遊馬とゴーシュ。自分のデュエル魂を呼び起こした遊馬のかっとビングに魅せられ、念願の戦いに闘志を燃やすゴーシュ。一方、遊馬は何としても次のステージに進むため守りを固めるのだった。そんな遊馬に失意を覚えたゴーシュは、遊馬の真のデュエル魂を取り戻すため、全身全霊のデュエルを仕掛ける！
第60話『決戦への序章 新たなる敵Dr.フェイカー』
大切なデッキを失くしたことに気付き、遊馬と仲間たちはデッキの在りかハートランドへの潜入を決行する。その時、ハルトの気配を感じたアストラルは遊馬とともに眠ったままのハルトの部屋へと向かう。しかし、そこに現われたのはカイトとハルトの父であり、ハートランドの創設者Dr.フェイカーだった！
第61話『消えかけた絆！遊馬VSシャーク、宿命の決闘（デュエル）!!』
Ⅳとの決闘で、CNo.（カオスナンバーズ）という新たなる闇の力を手にした凌牙。そんな凌牙の身を案じる遊馬だが、ついに２人の決戦の日が訪れた。しかし、遊馬の前に現れた凌牙はトロンの紋章の力に操られ、自らの手で復讐を終わらせるべく遊馬に猛攻をしかける！
第62話『蘇れシャーク！絆に懸けた「かっとビング！」』
Dr.フェイカー、トロンといったこの哀しき戦いの首謀者が見守る中、彼らの思惑通り、ついに凌牙のフィールドに「シャーク・ドレイク・バイス」が召喚される！その力に圧倒されつつも、凌牙の心から消えた絆を取り戻すため、遊馬は希望皇ホープを召喚し無謀ともいえる策に打って出る！
第63話『恐るべき闇の策略！暴かれたトロンの正体!?』
準決勝2回戦、カイトとトロンの決闘が始まる。トロンの心はDr.フェイカーへの復讐心で満たされ、その息子カイトへとぶつけられた。序盤から銀河眼（ギャラクシー・アイズ）を召喚し、トロンに猛攻をしかけるカイト。しかしトロンの卑劣な戦略は、カイトの弟・ハルトにまで及んでいくのだった…！
第64話『ネオ・ギャラクシーアイズ咆哮！闇を打ち砕く兄弟の絆』
卑劣な手段でデュエルを進めるトロン。カイトを案じた遊馬は、ハルトのもとに駆け付け、トロンとのつながりを断ち切る。怒りに満ちたカイトは、ついに超銀河眼の光子龍を召喚！一気に形勢逆転を狙うが、トロンにも更なる切り札が…！
第65話『ナンバーズ総力戦！遊馬VSトロン驚異の超異空間デュエル！』
数々の激闘が繰り広げられてきたＷＤＣもついに決勝戦。悪魔・トロンを野望を止めるため、遊馬は決勝戦が行われる「スフィア・フィールド」に立つ！No.（ナンバーズ）の力を最大限に引き出すというこの「スフィア・フィールド」で、遊馬vsトロンの最後の死闘がついに幕を開けるのだった！
第66話『戦慄のデュエル！立ち上がれ絆の英雄（ヒーロー）ゼアル』
ナンバーズによる激闘が繰り広げられる中、ついにトロンがNo.69紋章王コート・オブ・アームズを召喚する！カイトの力でも及ばなかったこの自らの復讐の化身ともいえるモンスターを従え、ついにトロンが仮面を脱ぎ、その正体をさらす！遊馬とアストラルも心をひとつに、ゼアルの力で立ち向かう。
第67話『勝利を信じて！ファイナル・シャイニング・ドロー！』
トロンが操るナンバーズ「コート・オブ・アームズ」の攻撃は勢いを増すばかりで、ついにはホープレイの効果までも奪われてしまう！トロンに追い詰められ、いよいよ絶体絶命となったその時、決して諦めない遊馬の想いが、このデュエルに奇跡を呼ぶ…!!
第68話『崩壊への序曲 スフィア・フィールド砲の脅威！』
WDCでの闘いを終えた遊馬たちを待っていたのは、これまでの悪事の根源・Dr.フェイカーだった！スフィア・フィールドの中で苦しむ遊馬とアストラル、捕われたハルトを救おうとするカイト、そして遊馬を救おうとする凌牙の新たな戦いが始まるのだった…！
第69話『集いし三勇士、未来を懸けたラストデュエル！』
スフィア・フィールド砲に捕われたアストラルとハルトを救うため、遊馬、カイト、凌牙の３人がDr.フェイカーにデュエルで挑む！フェイカー自ら最強と豪語する「No.53偽骸神（ぎがいしん）ハートアース」に恐れることなく斬りかかるホープ！この攻撃をきっかけに死闘が幕を開けるのだった！
第70話『戦慄の最凶龍現る！偽骸神龍（ぎがいしんりゅう）ハートアース・ドラゴン』
フェイカーのモンスターの激しい攻撃に、３人のライフポイントは残りわずか、アストラルの体も消え始めていく！苦境の中、３人はそれぞれのエース・モンスターを召喚し必死の攻防を続けるが、それをあざ笑うかのようにフェイカーの猛攻は激しさを増すばかりだった！
第71話『奇跡のかっとビング！未来を切り開けゼアル!!』
遊馬、カイト、凌牙、この戦いを通して生まれた3人の絆が、ついにDr.フェイカーのNo.「Heart-eartH Dragon（ハートアース・ドラゴン）」を撃退！しかし喜びもつかの間、モンスターが復活するだけでなく、フェイカーの体は何者かにのっとられ最強の力を得ていた…!! そして遊馬たちは、このフェイカーを操る者の正体を知り、驚愕するのだった。彼の目的とはいったい…!?
第72話『雌雄決する時!!遊馬VSカイト、ＷＤＣもう一つの決勝戦！』
ＷＤＣ全ての闘いが終わり、残るは遊馬の願い「カイトとのデュエル」のみとなった！ 華麗な戦略を魅せるカイト、そして勝つことを信じ、全身でデュエルを楽しもうとする遊馬。 ところがそんなカイトの表情にはいつものデュエルに対する情熱、激しさが感じられない。まるで輝きを失ったようなカイトに遊馬とアストラルは…！
第73話（第1期 最終回）『幻の大激突!!ダブル希望皇（ホープ）VSダブル銀河眼（ギャラクシーアイズ）!!』
カイトの心の奥底に眠る葛藤を解き放った遊馬。２人は息をつく暇もないほどの激しいデュエルを展開し、それぞれのエースモンスターとともに全身全霊でぶつかりあうデュエルが続く。 結末が見えない闘いの中、フィールドには奇跡ともいえる光景が広がるのだった!! 勝つか負けるか、そしてこのデュエルの先に待つものとは…。
第74話（第2期）『バリアン襲来!驚愕のカオス・エクシーズ・チェンジ!!』
遊馬とアストラルが優勝を手にしたWDCが幕を閉じ、平和が訪れたハートランド・シティ。しかしアストラル世界と敵対するバリアン世界の使者たちが最強の「切り札」を手に暗躍していた…！狙いはアストラルと、彼の記憶であるナンバーズ。カードの力で人々を洗脳し、遊馬たちに襲い掛かる！この危機に今までライバルとして闘ってきた遊馬、カイト、凌牙が再び手を取り立ち上がる!!
第75話『勝利の方程式よ揃え 打ち砕けカオスエクシーズ!』
バリアン世界の切り札「RUM バリアンズ・フォース」を使い、カオス・エクシーズを召喚した風魔。 ホープの効果も封じられ、遊馬は絶対的なピンチに陥っていた。そんな時、バリアンからアストラルを守ろうとする遊馬の想いを知ったアストラルは、傷だらけになって闘う友のもとへと急ぐ！
第76話『よかれと思ってただいま参上!真月零と申します』
遊馬のクラスに転校生がやってきた！その名は「真月零」。ＷＤＣで優勝した遊馬の大ファンだという。一方、学園ではみんなが憧れるプロデュエリスト・片桐の特別授業が行われていた。この特別授業を受けられずに悔しがる遊馬を見て、真月はサインをもらいに走り出す!!しかし、そんな真月を待っていたのは、バリアンに洗脳された片桐の「熱血指導」だった！
第77話『デュエルの乱れは校則違反!? 出撃!?特命風紀コマンダー』
なんと、遊馬がクラス委員長に！やる気まんまんの遊馬だが、「委員長」こと等々力は複雑な心境…。そんな等々力の前に憧れの生徒会長が現れ「特命風紀コマンダー」に任命する。風紀コマンダーは生徒たちの校則違反を厳しく取り締まり、学園中の生徒たちは大迷惑で…!?
第78話『シャーク激昂!! 捕らわれた妹を救え！』
ハートランド学園で最も影が薄い漫画研究部、通称「漫研」。唯一の部員・有賀が遊馬をモデルに漫画を描きたいと申し出る。抜群に格好良いヒーローを想像した遊馬は大喜び！一方、まだ病状が回復しない妹を心配する凌牙に、妹がいなくなったとの知らせが入り…!?
第79話『氷結乱舞!! 氷の女王 神代璃緒』
凌牙の妹「璃緒」が学園復帰！途端に学園中の注目を浴び、各部は璃緒をマネージャーにと争奪戦を繰り広げる。そんな中、璃緒と遊馬たちは華道部を見学すると、バリアンに支配された部長の愛華が遊馬にデュエルを仕掛けてくるのだった…！
第80話『猛攻タイマンバトル!! 遊馬 VS 不屈の闘士アリト』
バリアン世界の七皇に新たな動きが出ていた。なかなか成果を出せないギラグの前に現れたアリト。しかしこのアリト、人間界で出会った小鳥に恋をしてしまう。しかも良いタイミングでジャマに入る遊馬を「恋のライバル」として敵視し、デュエルを仕掛けてくるのだった！
第81話『小鳥がカオスエクシーズ・チェンジ!? 波乱のスポーツデュエル大会』
ナンバーズ倶楽部、最大の危機到来!!誰が「マスコットガール」になるかを巡り、メンバーみんなが大ゲンカ。困惑した遊馬は真月と解決策を考えるが、そこへ正体を隠したギラグが現れ、「スポーツデュエル大会」を提案する！ギラグの企みとは…？
第82話『孤高のバリアン騎士（ナイト） 銀河眼（ギャラクシーアイズ）使いミザエル現る』
バリアンの強力な力を目の当たりにした遊馬は、アストラルを守ることへの不安を感じ始める。一方、目的の成果を出せないギラグたちに業を煮やしたバリアン世界のドルベは新たな使者「ミザエル」を送り込む。荒ぶるドラゴンを操り、圧倒的な力をもつミザエルが、遊馬に襲いかかる！
第83話『超弩級次元竜（ちょうどきゅうじげんりゅう）!! 銀河眼の時空竜（ギャラクシーアイズ・タキオン・ドラゴン）』
107番目のNo.を操るミザエルの猛攻に呆然とする遊馬とアストラル。このミザエルが召喚した「銀河眼」には、ホープすらも太刀打ちできず、もはや遊馬には成す術もなかった。もはや気力のみでデュエルを続ける遊馬の前に現れたのは、なんとカイトだった!!すると2人の「銀河眼」が共鳴し…!?
第84話『蘇れ!! 遊馬VSシャーク復活の決闘（デュエル）』
ミザエルとのデュエルで身も心も傷ついた遊馬は、凌牙とともにケガの治療で入院していた。いつもの元気がない遊馬にイラ立つ凌牙。一方、アストラルも「バリアンズ・スフィア・キューブ」の影響によって傷つき、バリアンに対する脅威を感じていた。そんな時、「皇の鍵」が何者かに奪われてしまい!?
第85話『疾風迅雷のカウンターバトル！決意の闘士アリト』
いつものように真月と登校する遊馬。そんな二人の前に、バリアンに洗脳された無数のデュエリストが襲い掛かる！真月を守りながら必死に応戦する遊馬だが、なんと真月まで洗脳されてしまう。そんな最大のピンチに、バリアンの使者アリトが現れる！彼の目的とはいったい…!?
第86話『唸れ！カオス・ナンバーズ 遊馬に向けたファイナルブロー』
遊馬とアリト、全力でデュエルを楽しもうとする２人。バリアンズ・スフィア・キューブの影響を受け、弱り始めていたアストラルだったが、遊馬と心をひとつにゼアルへと姿を変える！遊馬・アストラルの本気の姿に胸を打たれたアリトも本来のバリアンの姿となり、カオス・エクシーズを召喚する！
第87話『ギラグ猛襲！炸裂、秘孔死爆無惚（ひこうしばくむほう）』
遊馬とのデュエルを終えたアリトが何者かに襲われた！怒りのギラグは、その犯人が真月であると考え、残りの「バリアンズ・スフィア・キューブ」を手に、真月にデュエルを挑む。しかし、遊馬は仲間である真月を守るため、一人でギラグへのデュエルへと向うのだった！
第88話『Ｖ（ブイ）の鼓動 超新生ホープレイＶ（ブイ）!!』
ギラグが使った「バリアンズ・スフィア・キューブ」の力で倒れたアストラル。遊馬は真月と２人、ギラグに挑む。しかしギラグの秘孔デッキの効果で、ホープまでもが内側からダメージを受け破壊されてしまう。そんな時、自分を信じ守ってくれた遊馬のため、真月が想像を絶する奇跡を起こす!!
第89話『共闘ダークアストラル 影の巨人への挑戦!!』
バリアンズ・ガーディアンという真月の正体を知った遊馬は、アストラルに秘密にしたまま２人でバリアンの調査を進める。一方、皇の鍵の中でバリアンに関わる記憶を探るアストラルの前に、あのブラック・ミストが現われる！「アストラルには悪が必要」だと言うブラック・ミストを受け入れないアストラルに近づく巨大な黒い影。その声の主は「汝を試す」と、アストラルにデュエルを挑んでくるのだった。
第90話『オボミ奪還作戦!? 恋スルオイラハ無敵デアリマス』
カイトに命じられ、バリアンの調査を続けるオービタル７。ひと息ついたその瞬間、運命の出会いが訪れる！相手はオボミ！しかし、オボミが遊馬の家でこき使われていると勘違いしたオービタルは、カイトに内緒で遊馬とのデュエルを決意する！愛しのオボミを悪から救うため、カイトに匹敵するデッキを手に、遊馬とアストラルに全力で挑むオービタル。その熱い恋心に、勝利の女神は微笑むのか!?
第91話『シャークvs璃緒 100戦目の喧嘩デュエル!!』
登校中にケガをした鉄男に優しく手を差し伸べたのは、凌牙の妹・璃緒だった。恐れ多くも璃緒の優しさに恋してしまった鉄男。遊馬とナンバーズ倶楽部のメンバーは、鉄男の初恋に大騒ぎ！まずは兄である凌牙に認めてもらおうとデュエルを挑む鉄男だったが、あっさり断られてしまう。それを見ていた委員長＆徳之助の発言が誤解を生み、ついに凌牙と璃緒、史上最悪の兄妹ゲンカデュエルが始まるのだった!!
第92話『激戦カップルデュエル ｢アンナ奴｣と俺がタッグ!?』
今日はハートランド学園の文化祭！遊馬たちのクラスも「モンスターカフェ」で忙しく働いていた。モンスターに扮装して楽しんでいた小鳥とキャットちゃんの顔を曇らせたのは…遊馬に会いにやってきたあのお騒がせ娘・アンナだった！ちょうどその場に、真月が「カップル・デュエル大会」の知らせをもってやってくる。相手になるプロ・デュエリスト夫婦の名前を聞いたアンナは、遊馬とペアを組み強引に出場するが…。
第93話『献身的な愛 遊馬に託したラストドロー!!』
プロデュエリストのラブラブ夫婦とタッグ・デュエルで戦う遊馬とアンナ。自分にデュエルを教えてくれた海美がデュエルをやめることに激怒するアンナと遊馬のペアは、華麗な連携を見せる羽原ペアにどんどん追い詰められていく。しかし、海美はバリアンの力に洗脳されていた…！操られるがままに、遊馬とアンナに猛攻を仕掛ける海美。その時、アンナが昔海美に教えてもらった大切な何かに気付くのだった。
第94話『真月の危機！暗躍者ベクターの襲撃』
真月からの緊急連絡に駆けつけた遊馬。なんと真月がバリアンとデュエルで闘っていた。勝負がつけられないまま身を引いたそのバリアンの名はベクター。真月たちバリアンズ・ガーディアンを長年悩ませていた凶悪バリアンだという。そんなバリアンの出現に身を引き締めるが、ついに遊馬とベクターがデュエルで対峙する！しかも、この2人は以前対決したことがあったというが…!?
第95話『いざ決戦の地へ！皇の鍵の飛行船、発進!!』
凶悪なバリアン・ベクターに、自分の身代わりとなってさらわれた真月にショックを受ける遊馬。消えたベクターから「マスター・キー・ビートル」のカードを受け取ったアストラルは、このカードから不思議な力を感じるのだった。そんな時、遊馬のもとへ駆けつけたカイトと凌牙はこの事件にバリアンが絡んでいることを知り、すぐにでもバリアン世界へ乗り込もうとするが、その方法が見つからないでいた。
第96話『凶気のベクター 魔境サルガッソの闘い！』
異次元飛行艇でサルガッソにやってきた遊馬たちを待っていた、ベクターたちバリアン。そしてベクターへの怒りが頂点に達した遊馬のデュエルが始まった。同時に、カイトvsミザエル、そして凌牙vsドルベとのデュエルも始まる！このサルガッソに仕組まれたフィールド魔法「異次元の古戦場」は、遊馬たちのLPをどんどん削っていく。身も心も傷つく遊馬に、ベクターは衝撃的な事実で更なる追い討ちをかける！
第97話『敗北へのカウントダウン！デッキ破壊の恐怖』
ベクターの卑劣な罠により、身動きがとれなくなった遊馬とアストラル。何の疑いもなく信じてしまったことが、アストラルたちみんなを傷つける結果となり、悔しさが増すばかり…！そんな遊馬を、小鳥たちNo.倶楽部のメンバーは懸命に応援する。アストラルも遊馬の過ちを受け入れ、2人はゼアルへと姿を変え攻撃を仕掛けるが、ベクターの発した言葉でアストラルの様子が一変してしまう…!!
第98話『限界突破!!「希望皇ホープレイ・ヴィクトリー」』
悪に染まったアストラルに主導権を奪われたダーク・ゼアル。驚異の攻撃力でベクターに大ダメージを与えるが、その戦いぶりは自らもダメージを受ける危険なものだった。自分のせいでこんな姿になったアストラルにショックを受ける遊馬だが、このままではデュエルに負けてしまう…しかし遊馬の声は、もはやアストラルには届かない。ベクターが決定的な攻撃を放った時、アストラルを守るため、遊馬が決死の行動に出る！
第99話『飛行船再起動! 伝説のNo.を目指せ!!』
サルガッソの戦いで敗れたベクターは、遊馬に対する憎悪から次なる脅威を引き起こす。それは、バリアン世界の「神」の復活！一方、遊馬とアストラルは、異次元飛行船に示された一馬からのメッセージから謎の遺跡に眠るNo.の存在を知り、仲間たちとともに遺跡を巡る冒険へ旅立つことに。最初の遺跡に向かう道中「ナッシュ」と名乗る謎の少年と出会う。果たして彼の正体とは…!?
第100話『古への追憶 ドルベと白馬伝説の幻影』
謎の少年とともに遺跡に眠るNo.を探しに行く遊馬たちは、最深部でNo.を守る精霊と出会う。No.を得るため精霊とのデュエルを決意する遊馬だが、このデュエルにはからくりが仕組まれていて、凌牙と少年が捕らわれの身となってしまう。何とか2人を助けようとする遊馬、しかし罠を解くヒントは古代文字で描かれた遺跡の壁画に隠されていた。そんな絶体絶命の中、少年が驚くべき能力を発揮する…！